Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Влияние различных веществ на PCR -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: Влияние различных веществ на PCR
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 28.02.2006 16:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Влияние различных веществ на PCR

Концентрации веществ, влияющих на PCR реакцию. Указаны значения, при которых присутствие этих веществ не сказывается на PCR. Красители. Вещества, улучшающие специфичность (и/или) выход PCR реакции. Детергенты. Другие вещества.
Участник оффлайн! Цыгира




 прочитанное сообщение 28.02.2006 16:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Опечатка
BSA 10 µg/ µl ~0.1 µg/ml стабилизация фермента
надо
BSA 10 µg/ µl ~0.1 µg/µl стабилизация фермента
гость: G
IP-штамп: fr4nm6i88vv/M
гость



 прочитанное сообщение 28.02.2006 18:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

BSA 10 µg/ µl - стабилизация фермента? Не многовато BSA?
Гость
IP-штамп: fr3PpYUagJAXg
гость



 прочитанное сообщение 16.11.2006 12:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

HELP!
Уважаемые коллеги! У меня проблема. Для сиквенса 16s ставила ПЦР с праймерами f27-r1392 и f530-r1525. Получала толстый фрагмент, но под ним шла паразитная полоска с низкой концентрацией в каждом случае. Элюировала толстую полосу из геля и ставила ре-ПЦР с теми же праймерами и еще с внутренними: с матрицы f27-r1392 ставила с праймерами 40-1392, 357-1392, с матрицы f530-r1525 с праймерами 530-1492. Во всех случаях та же самая история - идет дополнительная полоса. Вряд ли это внутреннее праймирование, но я боюсь, что при сиквенсе будет ерунда. Насколько плачевна моя ситуация? Может, я гоню волну?
Заранее благодарна за ответ.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 17.11.2006 12:26     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Цыгира - такая концентрация БСА - это в стеклянных капиллярах на Lightcycler smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 17.11.2006 12:32     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

цигира - почитай эту статейку smile.gif
1: Anal Biochem. 1990 May 1;186(2):328-31. Links
Minimizing the time required for DNA amplification by efficient heat transfer to small samples.

* Wittwer CT,
* Fillmore GC,
* Garling DJ.

Department of Pathology, University of Utah Medical School, Salt Lake City 84132.

Hot-air temperature cycling of 1- to 10-microliters samples in glass capillary tubes can amplify DNA by the polymerase chain reaction in 15 min or less. A rapid temperature cycler of low thermal mass was constructed to change sample temperatures among denaturation, annealing, and elongation segments in a few seconds. After 30 cycles of 30 s each, a 536-bp beta-globin fragment of human genomic DNA was easily visualized with ethidium bromide on agarose gels. With rapid cycling, amplification yield depended on polymerase concentration. The time required for DNA amplification can be markedly reduced from prevailing protocols if appropriate equipment and sample containers are used for rapid heat transfer to the sample.

PMID: 2363506 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Участник оффлайн! Sveta Tim
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2007 18:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Пожалуйста, подскажите. Концентрацию ДНК, выделенной из крови с гепарином, увеличить или уменьшить, если при нормальной концентрации не идут реакции?
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 28.02.2007 21:11     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Разбавлять до бесконечности с кратностью два раза - кто кого победит, ингибирующее влияние гепарина на ПЦР или количество матрицы в среде. Потом расскажете на форуме и ПЦР-ный мир отблагодарит Вас.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Sveta_Tim
Участник оффлайн! Solaris




 прочитанное сообщение 01.03.2007 18:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Еще одно вещество, повышающее эффективность PCR, - 2-пирролидон. Рабочая концентрация - 3%.
Гость
IP-штамп: frmSv/J0jZDWc
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 17:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Привет! как избавиться от неспецифики при ПЦР??? Что только уже не пробовала? Подскажите!Заранее спасибо!
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Гость @ 14.03.2008 16:41)
Ссылка на исходное сообщение  Привет! как избавиться от неспецифики при ПЦР??? Что только уже не пробовала? Подскажите!Заранее спасибо!

Правильно выбранные праймеры работают без неспецифики даже бе хотстарта и волшебных добавок. umnik.gif Праймеры в студию и "чистосердечные признания"! yes.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:11     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Ъ @ 14.03.2008 17:01)
Ссылка на исходное сообщение  Правильно выбранные праймеры работают без неспецифики даже бе хотстарта и волшебных добавок. umnik.gif  Праймеры в студию и "чистосердечные признания"! yes.gif

smile.gif а иначе -расстрел на месте smile.gif без последнего "Прощай" smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Гость @ 14.03.2008 16:41)
Ссылка на исходное сообщение  Привет! как избавиться от неспецифики при ПЦР??? Что только уже не пробовала? Подскажите!Заранее спасибо!

Вина красного сухого пробовали? Советую не более двух бокалов. umnik.gif Это у меня такие тяпничные советы как ПЦР улучшить. lol.gif lol.gif beer.gif beer.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Ъ @ 14.03.2008 17:19)
Ссылка на исходное сообщение  Вина красного сухого пробовали? Советую не более двух бокалов. umnik.gif  Это у меня такие тяпничные советы как ПЦР улучшить. lol.gif  lol.gif  beer.gif  beer.gif

А у тебя что - уже рабочий день закончился ? smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 14.03.2008 18:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Guest @ 14.03.2008 17:23)
Ссылка на исходное сообщение  А у тебя что - уже рабочий день закончился ?  smile.gif

А что, хочешь предложить сообразить на троих? smile.gif Конечному продукту только дай знак - всегда готов.
Гость
IP-штамп: fr32TkPWTePOw
гость



 прочитанное сообщение 05.06.2008 07:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

а как развести DEPC если есть раствор 1 мл (Медиген) а конц не известна? плиз
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 05.06.2008 10:03     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Гость @ 05.06.2008 06:22)
Ссылка на исходное сообщение  а как развести DEPC если есть раствор 1 мл (Медиген) а конц не известна? плиз

Сначала в этаноле, 1 или 10%. После растворения в воде, автоклавировать. Следовые количества DEPC сильно ингибируют RT и PCR.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Cinderella
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2008 09:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Kuzminka: Люди добрые, подскажите, почти целый год бьюсь над ПЦР-слабая наработка (еле видимая)продукта амплификации. Что делать?
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2008 09:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Кuzminka :'( : кто-нибудь когда-нибудь пользовался набором для выделения ДНК, а именно: Genomic DNA Purification Kit K0512 фирмы "Fermentas"? Проблема: после добавления преципитационного раствора к р-ру, содержащему ДНК и после центрифугир-я должен образоваться супернатант, но его мы не видим, мы чо слепые или чо??? Заранее спасибо за помощь! :)
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2008 10:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(Гость @ 08.08.2008 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Кuzminka :'( : кто-нибудь когда-нибудь пользовался набором для выделения ДНК, а именно: Genomic DNA Purification Kit K0512 фирмы "Fermentas"? Проблема: после добавления преципитационного раствора к р-ру, содержащему ДНК и после центрифугир-я должен образоваться супернатант, но его мы не видим, мы чо слепые или чо??? Заранее спасибо за помощь! smile.gif

Т.е. хотите сказать, что не видите преципитат (осадок с ДНК)? А супернатант не видеть невозможно, даже если он прозрачный и бесцветный! no.gif.
Guest
IP-штамп: frGVIavw/5x.U
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 12:09     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

там, видимо, какой-то специфический днк-содержащий супернатант должен быть
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 13:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Guest @ 11.08.2008 11:09)
Ссылка на исходное сообщение  там, видимо, какой-то специфический днк-содержащий супернатант должен быть

Если это после хлороформа, да. А если после "преципитационного раствора", нет:
http://www.fermentas.com/profiles/kits/pdf/coa_k0512.pdf
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 12.08.2008 12:38     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Kuzminka: да, в том то и дело, что там должен образоваться осадок ДНК, но я его не вижу. В чем причина?
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 12.08.2008 13:38     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Гость @ 12.08.2008 11:38)
Ссылка на исходное сообщение  Kuzminka: да, в том то и дело, что там должен образоваться осадок ДНК, но я его не вижу. В чем причина?

Если Вы хотите увидеть осадок геномной ДНК из 200 мкл крови, то зря стараетесь. no.gif
Не ищите преципитат ДНК, а делайте все по протоколу до конца. umnik.gif
Угораздило же Вас купить неудобный набор для выделения ДНК из микрообъема крови. confused.gif no.gif
Это протокол удобен при выделении ДНК из больших объемов, более 1 мл крови.
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 14.08.2008 12:54     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Kuzminka: спасибо,конечно, за хорошие советы, но я работаю с растительным геномом. Как быть в этом случае? Заранее благодарю!
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.08.2008 15:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Just add carrier for precipitation, like MB-grade glycogen, and forget about it.
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.08.2008 09:00     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

What is "MB-grade glyconen"? Translate in Russia, please!
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.08.2008 09:05     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

What is "MB-grade glyconen"? Translate in Russian, please!
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 15.08.2008 09:44     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(Гость @ 15.08.2008 08:05)
Ссылка на исходное сообщение  What is "MB-grade glyconen"? Translate in Russian, please!

Гликоген для мол.биол. Специальный, для соосаждения ДНК и РНК, без ДНК-аз и РНК-аз.
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.08.2008 16:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

GlycoGen, sorry for the typo.
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 18.08.2008 07:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Kuzminka: Thanks! А ск-ко вешать в граммах? Т.е.сколько его необходимо добавлять7 Заранее благодарю!
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение 18.08.2008 15:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Гость @ 18.08.2008 06:24)
Ссылка на исходное сообщение  Kuzminka: Thanks! А ск-ко вешать в граммах? Т.е.сколько его необходимо добавлять7 Заранее благодарю!

With glycogen from IVGN (SKU# 10814-010) which is 20 ug/uL, just add 1 uL per Eppendorf (i e, 0.5-1.5 mL final volume) precipitation.

Tip: Make sure you vortex your DNA solution after you added glycogen.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.04.2015 00:39     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

А есть ли какие то компоненты или факторы могут влиять на "посадку праймера" на матрицу?
То что приведено - влияет скорее на функционирование полимеразы, а что может оказывать влияние, мешать комплиментарному связыванию праймера с матрицей, искажать процесс?
Guest
IP-штамп: fr4MbcymAiCcU
гость



 прочитанное сообщение 29.04.2015 13:32     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

ПЦРу очень помогают crowding агенты - типа трегалозы, высокомолекулярных ПЭГов.
из недавнего замечено, что RecA белочек тоже помогает убрать неспецифику.
а в обсчем - удачные праймеры, оптимальный буфер и полимераза (или смесь) творят чудеса...

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.11.17 00:42
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft