Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Выделение ДНК из агарозного геля с помощью glass milk -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: С помощью glass milk
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 15.03.2006 15:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Выделение ДНК из агарозного геля с помощью glass milk

Метод можно использовать для выделения/очистки как двухцепочечной, так и одноцепочечной DNA. Он позволяет выделять фрагменты ~0.2-15kbp с эффективностью не менее 80%. Можно чистить DNA в водных растворах (между ферментативными реакциями). Описано приготовление Glass Milk.
Участник оффлайн! Dimpler




 прочитанное сообщение 15.03.2006 15:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Использовал готовый набор Fermentas. Каталожный номер K#0513. Работает очень плохо(фрагменты были ~700bp). Предпочиатю выделять ДНК из геля методом замораживания-размораживания в 0,5 мл эппендорфе с последующим протыканием дырочки в дне и центрифугированием. Если агароза мешает в дальнейшей работе, применяю переосаждение спиртом (EtOH и iProOH выходы дают примерно одинаковые).
Гость
IP-штамп: frsCQkPH3djzA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.03.2008 22:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

PCR fragment purification with Glass Microfiber filter GF/A, Watman, Cat No 1820 037

1. Run 1.3 % agarose gel with PCR fragment and DNA lader marker.

2. Cut piece of glass filter and cover it with elution membrane from one side. They both should be the same size. I user “Spectarapor membrane tubing, M.W. cutoff 12 000 – 14 000 Dalton).

3. Make a hole in the agarose gel just in front of your PCR fragment and insert glass filter/ elution membrane in the hole. Glass filter face PCR fragment side.

4. TAE buffer should not over cover the gel. Pour out extra TAE buffer. Dry gel with paper towel.

5. Run gel for 5 more min at 108 V (your DNA from PCR fragment will be on your glass filter).

6. Place filter into 500ml tube. Make a cut in the bottom of the tube with a needle. Place this tube into 1.5 ml Epinforf tube. Centrifuge for 8 min 13 000 rpm.

7. Precipitate with 0.7 volume of iso-propanol. Centrifuge 15 min 13 000 rpm.

8. Wash with cold 70% ethanol. Let it dry. Dissolve in 20ml TE.

Gel: _ _ _


_ PCR fragment
------- glass filter
------- elution membrane



Storage of elution membrane.

Cut the elution membrane into 5 cm pieces. Cut off the edges of membrane. Boil for 30 min in H2O. Replace H2O to 1mM EDTA. Boil for 1 min. Store at 40 C up to 6 months.
Участник оффлайн! Miss Marple
Участник
Москва vs. Европа



 прочитанное сообщение 25.04.2008 12:29     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

При использовании[Qiaex II] кита в нашей группе получается стабильно низкий выход продукта. Для коротких 1кб продуктов 40-60 процентов, для длинных >4кб 8-12 процентов.
Поиграли с временем для растворения агарозы, связвания и элюции - помогает, но незначительно. Чешем в затылке.
Участник оффлайн! Pythonoid
Участник



 прочитанное сообщение 29.06.2010 15:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

У меня силика сильно слипается после ц/ф. Даже пипетируется с трудом.

В чем может быть проблема?
Выделяю геномную ДНК.
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 29.06.2010 16:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

--У меня силика сильно слипается
У вас перегрузка по ДНК.
Силки - мало, ДНК- много
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 29.06.2010 20:24     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(guest: ммм @ 29.06.2010 17:41)
Ссылка на исходное сообщение  --У меня силика сильно слипается
У вас перегрузка по ДНК.
Силки - мало, ДНК- много

ммм прав. Возможно, еще силика очень мелкая. Каким китом пользуютесь?
Участник оффлайн! Pythonoid
Участник



 прочитанное сообщение 30.06.2010 10:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(-Ъ- @ 29.06.2010 21:24)
Ссылка на исходное сообщение  ммм прав. Возможно, еще силика очень мелкая. Каким китом пользуютесь?


силика - сигмовская.
буферы - классические.

А Вы не в курсе как фракция частиц (1-10 мкм) влияет?
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 30.06.2010 14:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

чем мельче тем вязче.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 30.06.2010 14:43     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

ммм, частично прав - есть силики мельче микрона, но плохо сорбирующие ДНК.
У Сигмы-Олдрджа несколько десятков силик(гелей) и ей подобных аналогов. Синтетических и природных, волокнистых и сферических и т д..
Говорите, буфера классические? confused.gif
Участник оффлайн! Pythonoid
Участник



 прочитанное сообщение 01.07.2010 09:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(-Ъ- @ 30.06.2010 15:43)
Ссылка на исходное сообщение  ммм, частично прав - есть силики мельче микрона, но плохо сорбирующие ДНК.
У Сигмы-Олдрджа несколько десятков силик(гелей) и ей подобных аналогов. Синтетических и природных, волокнистых и сферических и т д..
Говорите, буфера классические? confused.gif


Ну енто гуанидинистые) а не '90'
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.07.2010 11:11     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Pythonoid @ 29.06.2010 16:46)
Ссылка на исходное сообщение  У меня силика сильно слипается после ц/ф. Даже пипетируется с трудом.

В чем может быть проблема?
Выделяю геномную ДНК.

Можно попробовать уменшить скорость ЦФ до 2 тыс/мин, но увеличить время ЦФ до 1 мин. Пипетирование отменяется - только вортексирование.
С силикой Sigma S-5631 это обычная история ... frown.gif
Участник оффлайн! Pythonoid
Участник



 прочитанное сообщение 01.07.2010 12:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(-Ъ- @ 01.07.2010 12:11)
Ссылка на исходное сообщение  Можно попробовать уменшить скорость ЦФ до 2 тыс/мин, но увеличить время ЦФ до 1 мин. Пипетирование отменяется - только вортексирование.
С силикой Sigma S-5631 это обычная история ... frown.gif


А на что лучше заменить ее? На celite?
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 01.07.2010 18:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

-На celite?
Это почти песок, очень грубая фракция не нада на нее заменять.
Подходит селикагель от 10 до 20-50 микрон.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.07.2010 14:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

пардон, конечно, а на кой молочко всех мастей, если есть колонки? Давненько не пил молока (вообще, никто из млеков не потребляет в природе молока во взрослом состоянии), вспоминаю как страшный сон. колонки форева
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 02.07.2010 17:36     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(RJ Dio @ 02.07.2010 15:06)
Ссылка на исходное сообщение  пардон, конечно, а на кой молочко всех мастей, если есть колонки? Давненько не пил молока (вообще, никто из млеков не потребляет в природе молока во взрослом состоянии), вспоминаю как страшный сон. колонки форева

С молоком вам не повезло в детстве. smile.gif По теории это одно и то же - что молоко, что колонки, что шарики магнитные, покрытие силикой. Как-нибудь подкину, всех трех видов киты, для испытания-сравнения всех трех видов, если не против, конечно.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 02.07.2010 17:43     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

... ну что за жизнь все без молока да без молока...
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.07.2010 22:42     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

А MN не проверял? рекомендую, для полного счастья. wink.gif
Участник оффлайн! anybody




 прочитанное сообщение 18.07.2010 09:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

А что это за штуковина такая?

www.diamond-dna.ru

кто-нибудь пробовал выделение днк ? это что челекс русский чтоли или что-то еще
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.07.2010 18:05     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(anybody @ 18.07.2010 10:59)
Ссылка на исходное сообщение  А что это за штуковина такая?

www.diamond-dna.ru

кто-нибудь пробовал выделение днк ? это что челекс русский  чтоли или что-то еще

Не разобрался - сайт такой смешной. smile.gif Крутая оборонная разработка. umnik.gif
Похвально то, что пробники дают. Так что попробуйте и нам расскажете.
guest: ммм
IP-штамп: frKx.BJzj62lY
гость



 прочитанное сообщение 18.07.2010 20:09     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

--2. Адсорбция примесей, ингибирующих ПЦР с помощью сорбента (ДНК остается в растворе). Частицы сорбента имеют нанометровые размеры и не взаимодействуют с ДНК, что предотвращает ее механическую и химическую деградацию.

Судя по названию и проскакивающему лет 6-7 назад на форуме вопросу про нано алмазы и ДНК E.coli. Наночастицы это наноалмаз, получаемый взрывотехническим способом.

--3. Дополнительная очистка раствора осаждением белков (ДНК остается в растворе). Происходит дополнительная очистка ДНК от белков, полисахаридов и компонентов лизис-буфера.

Странно, но возможно ПЭГ.

--4. Осаждение и отмывка ДНК. Происходит селективное осаждение молекул ДНК высокоэффективным осадителем. Осаждающий буфер абсолютно нетоксичен и инертен; в отличие от спиртов, используемых для осаждения ДНК, не ингибирует ПЦР.

Скорее всего высокая соль, возможно ацетат магния или кальция
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.12.2016 19:27     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Можно ли заменить в данной методике NaI на KI ?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.12.2016 20:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

можно
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.12.2016 21:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

А разработчики случайно не из Пущино?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.12.2016 09:48     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(metrim @ 04.12.2016 20:27)
Ссылка на исходное сообщение  Можно ли заменить в данной методике NaI на KI ?

Нельзя. МММ - теоретик. frown.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.12.2016 09:50     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(metrim @ 04.12.2016 20:27)
Ссылка на исходное сообщение  Можно ли заменить в данной методике NaI на KI ?

Кстати, о какой методике речь? Много воды утекло за 6 лет.
Агароза в КСI не плавится, даже при нагревании. Но самое главное - ДНК не липнет к сорбенту (силике) при высокой конц-ции КСI. Проверено собственноручно более 20 лет назад.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 05.12.2016 10:47
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.12.2016 11:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

МММ - правильный теоретик. Речь шла о замене NaI на KI, а не на KCl.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.12.2016 11:25     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(genseq @ 05.12.2016 12:03)
Ссылка на исходное сообщение  МММ - правильный теоретик. Речь шла о замене NaI на KI, а не на KCl.

Ах да...KI yes.gif ашибился redface.gif ... пардон.
Прав был мой друг - в понедельник надо выходить на работу после обеда. yes.gif beer.gif
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.12.2016 11:40     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(-Ъ- @ 05.12.2016 10:50)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати, о какой методике речь? Много воды утекло за 6 лет.
Ну вот собственно о методике по выделению ДНК из форезного геля , той что в разделе Методы и к которой дданная ветка - "коменты"

На хлорид калия я ничего менять и не собирался beer.gif

Ну так иодид натрия на калий заменить без эффекта на работоспособность в буфере длф плавления можно?
Почему "если нет разницы" везде в методиках я вижу тока иодид натрия?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.12.2016 12:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

Я не сравнивал но KI может быть меньше растворимость и им просто не достичь нуной консентрасии(если не ошибаюсь 6,6М). Но по секрету скажу, что скажем калия роданид уже в 3М концентрации скорее всего растворит агарозку.

Сообщение было отредактировано MMM - 05.12.2016 12:44
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.12.2016 13:55     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Иодиды натрия и калия не удобны в работе. Высокомолярные растворы даже а темной посуде начинают желтеть (появление молекулярного иода). Приходилось добавлять к раствору кристаллики тиосульфата чтобы обесцветить. Потом плюнул и заменил его на гуанидина тиоцианат.
Протоколы на эту тему висят в инете, а самого Bio101 страницу не нашел. Видимо Кайджин сожрал с патрохами.

http://kirschner.med.harvard.edu/files/pro..._geneclean2.pdf
http://www.labnet.fi/doc/nucleic_acid_purification.pdf

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.12.2016 16:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

а я, кстати, выделял с желтым NaI. особенных проблем не было...
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.12.2016 10:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(genseq @ 04.12.2016 22:21)
Ссылка на исходное сообщение  А разработчики случайно не из Пущино?

я бы не удивился. ТОгда по определению работать не должно
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 20:43
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft