Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Forum robot Постоянный участник на сервере в Москве |
Проведение и параметры агарозного гель-электрофореза. Выбор % геля для разделения: линейных; суперскрученных и кольцевых; одноцепочечных молекул DNA. Напряжённость поля. Количество DNA, которое можно наносить на дорожку. Выбор красителя для контроля фореза: Выбор красителя: бромфеноловый синий; ксиленцианол; Cresol red; OrangeG. |
Гость IP-штамп: frftLGqhpFF.A гость |
6x Orange Loading Dye Solution (#R0631) 0.2% orange G 0.05% xylene cyanol FF 60% glycerol 60 mM EDTA При этом ксиленцианол мигрирует с > 4 kb, а оранжевый - с 50 bp. Такой подход позволяет оптимизировать рабочее напряжение, а, соответственно, и разделение. И еще - я человек в мол.биологии непросвещенный, а потому да простят меня профессионалы, если я скажу всем известную вещь: вносить образцы в лунки гораздо проще, если под камеру подложить листок темной (черной или синей) бумаги, чтобы оттеняла лунки. |
Гость IP-штамп: frl40BbmgYAq. гость |
|
mesentsev Постоянный участник |
|
Re Участник |
(Гость @ 24.01.2006 11:40) Люди, хелп! Если кто-нибудь знает что-то про технологию внесения биополимеров в гель под названием Shark Teeth, напишите, пожалуйста! Акульи зубы - не гель. а гребенка в виде этих самых зубок. Втыкается в гель, и не вынимается, а образец наносится тонким-тонким носом в дырки между зубами. См. инструкцию к Макрофору. Только это не про агарозный форез. Сообщение было отредактировано Re - 24.01.2006 19:16 |
Гость IP-штамп: frl40BbmgYAq. гость |
|
Oligolamer Украина |
Я так понял, если окрашивают этидиум бромидом - то и Агарозный или ПААГ гель-электрофорез - всё равно? Хм, нашёл ответы на свой вопрос: Лучше читать последнюю. Сообщение было отредактировано Oligolamer - 01.06.2006 13:02 |
Totty Санкт-Петербург |
|
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
а почему ТБЕ ТАЕ а не SB (sodium borate) ? а почему UV а не Blue ( Safe Imager , Dark Reader , FlashGel) А ПОКОЧАНУ )))) |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
Erratum in: Biotechniques. 2005 Jan;38(1):60. Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis. * Brody JR, * Kern SE. Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USA. PMID: 14989083 [PubMed - indexed for MEDLINE] |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
Review: 1 [Click to change filter selection through My NCBI.] 1: Electrophoresis. 2001 Mar;22(5):814-28.Click here to read Links A whole new way of looking at things: the use of Dark Reader technology to detect fluorophors. * Seville M. Clare Chemical Research, Inc, Denver, CO 80206, USA. mseville@clarechemical.com The Dark Reader optical system (Clare Chemical Research, Denver, CO, USA) uses relatively low intensity broad-band visible blue light in combination with broad-band optical filters to detect fluorescence with a level of sensitivity that often surpasses that of UV transilluminators and can rival that of laser-based scanners. Applications of DR (Clare Chemical Research) devices include the detection of DNA and SYBR-stained protein samples following, and also during, electrophoresis. Unlike laser-based imaging systems, the fluorescence is directly visible to the user as well as being fully compatible with charge-coupled device (CCD) and Polaroid camera-based detection and imaging. Additionally, the DR optical system functions well in multicolor fluorophor environments. Because the Dark Reader does not emit any UV light, the extent of DNA damage incurred when visualizing DNA samples is drastically reduced compared to the damage produced by a UV device and this can have a significant benefit on downstream cloning protocols. Furthermore, dye photobleaching is minimal, extending the length of time that a fluorescent sample is visible. The inherent flexibility of the DR optical system allows many different configurations of the Dark Reader to be constructed such as transilluminators, hand lamps and integrated transilluminator-electrophoresis units. PMID: 11332748 [PubMed - indexed for MEDLINE] |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
Biotium GelRed Nucleic Acid dye Until recently Sybr green had been our labs nucleic stain of choice. We have, however, recently migrated to Biotium’s GelRed. GelRed is a newer nucleic acid gel stain that is safer and more temperature stable than other dyes. GelRed is safer because it is non mutagenic and is diluted in water. It is more thermostable than Sybr dyes because it does not degrade with repeated freeze-thaws or long storage (couple months at RT) and can be stored at room temperature, and sensitivity seems to at least equal if not exceed Sybr green when visualized with UV transilluminator. The dye is used similarly to Sybr dyes with staining (available at 10,000X ) or direct sample additions. The technology is not particularly ground breaking or new but the safety profile of this product makes it a viable alternative to potentially more dangerous dyes. Review by Vitelli Join Today Scientific & Medical Experts Needed! |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
GelGreen DNA used in-agarose and viewed on a Dark Reader transilluminator Save Time...... GelGreen can be added to the agarose just before pouring a gel. DNA bands are stained almost immediately and there is no need to incubate in a bath of stain after electrophoresis. Save even more Time...... Because GelGreen is very stable in aqueous solution, it is possible to make up and store agarose containing GelGreen for immediate use at a later date. Left; DNA samples separated using agarose containing GelGreen and viewed on a Dark Reader transilluminator. GelGreen Safety GelGreen is among the safest of the nucleic acid stains. Based on the Ames test, GelGreen shows no mutagenic effects on bacterial strains TA98 and TA1537 both with and without metabolic activation. Download the Biotium safety report here. GelGreen versus SYBR Safe GelGreen is more sensitive than SYBR Safe GelGreen is 2 - 3 times more sensitive than SYBR Safe. Using GelGreen in-agarose, it is possible to detect about 0.5 ng of dsDNA by eye and about 0.2 ng using a CCD camera. |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
Home > Research Products > Electrophoresis > Nucleic Acid Electrophoresis > FlashGel™ The FlashGel System is the fastest way to separate DNA and the only way to watch DNA migration as it happens. This revolutionary new tool separates DNA in 2 – 7 minutes. Monitor gel runs right at the bench, without UV light. The highly sensitive system allows a 5X reduction in DNA levels – saving both time and money. * Get results in 5 minutes or less. * Watch DNA migrate at your bench, in real-time without UV light. * Enjoy outstanding resolution and exquisite sensitivity. The FlashGel System consists of enclosed, disposable, precast agarose gel cassettes and a combination electrophoresis and transilluminator unit. * FlashGel Cassettes contain precast, prestained agarose gels and buffer – no need for gel preparation, buffer addition or gel staining. * The FlashGel Dock is an electrophoresis apparatus with a built-in transilluminator that provides both separation and detection. See FlashGel Run! |
:) IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Ameba |
вопрос: какие установки нужны для источника питания Эльф кроме вольтажа на см ванночки. Т.е. какие цифры в Амперах и Ваттах надо устанавливать??? спасибо |
varvarka |
Есть ли у кого-нибудь что-то по типу таблицы, выражающей зависимость подвижности красителей(бромфеноловый синий и ксилен цианол) от процентности агарозного геля? Какому размеру фрагментов они соответствуют при разделении в 0,7%, 0,8%, 1%, 2% и 3% геле? Заранее спасибо ответившим, особенно ответившим правильно |
varvarka |
а при какой процентности геля? Я так понимаю, как мигрируют красители именно от этого и зависит |
Alexkiev |
|
guest: ммм IP-штамп: frwHRv5zEzGDY гость |
--...При этом ксиленцианол мигрирует с > 4 kb, а оранжевый - с 50 bp..." --а при какой процентности геля? Я так понимаю, как мигрируют красители именно от этого и зависит. Вроде красители в агарозе мигрируют на одно и тоже Rf не зависимо от процентности. А вот фрагменты сильно зависимо от процентности. Берете 2 маркера 100b и 1000b и в разных процентностях агарозы гоните с красителями и очень хорошо определяете, что с чем бежит. 3 процентный агароз вам уже трудно будет растворить. Я так дУмаю-у<c> |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(Alexkiev @ 25.07.2007 14:44) Как лучше выделить днк 200п.н. из геля для последующей амплификации. Скорее всего малая концентрация? Спасибо Мне кажется это лишняя работа элюировать ДНК из геля для последующей амплификации. Срез геля в воду, заморозить-разморозить и 1-2 мкл на ПЦР. Вы реамплифицируете кг. |
Alexkiev |
(Ъ @ 25.07.2007 18:24) Мне кажется это лишняя работа элюировать ДНК из геля для последующей амплификации. Срез геля в воду, заморозить-разморозить и 1-2 мкл на ПЦР. Вы реамплифицируете кг. Спасибо, попробую на следующей неделе. А что если уже выделил из геля с помощью QG и при исходнике с приблизительной количеством 50 нг получил 40 мкг в 40 мкл. На форезе 1,2% в 10 мкл пробы ясен перец ничего не видно, агароза супер. Поставил на ПЦР, отправил 20 мкл в смесь, жду результатов. Сколько приблизительно может быть продукта? Спасибо |
Guest IP-штамп: frk8PufZKUro2 гость |
Вопрос 2: Кстати, знает ли кто-нибудь можно ли полученный продукт из ПЦР, точнее всю смесь после реакции ПЦР (уже полученная вставка, с конц. 1нг в 1 мкл, праймеры, нуклеот., полимераза, вода...), разделить на двое (по 25мкл) и довести оба эппендорфа до 50 мкл, добавив dNTP, праймеры, полимеразу... и запустить реакцию по новой, тем самым обезвредив концентрацию пирофосфатов... и в результате получить больше нужного продукта? ПЦР не дает внушительного количества. Спасибо |
Lesha Постоянный участник |
Если требуется проконтролировать циклизацию 3kbp фрагмента, то надо использовать 2% агарозу. |
RJ Dio Постоянный участник |
(Guest @ 27.07.2007 01:16) Вопрос 1: Может ли в реакции сильнее амплифицироваться плазмида, чем нужная вставка?? Вопрос 2: Кстати, знает ли кто-нибудь можно ли полученный продукт из ПЦР, точнее всю смесь после реакции ПЦР (уже полученная вставка, с конц. 1нг в 1 мкл, праймеры, нуклеот., полимераза, вода...), разделить на двое (по 25мкл) и довести оба эппендорфа до 50 мкл, добавив dNTP, праймеры, полимеразу... и запустить реакцию по новой, тем самым обезвредив концентрацию пирофосфатов... и в результате получить больше нужного продукта? ПЦР не дает внушительного количества. Спасибо если у Вас не нарабатывается большое кол-во продукта (20 нг в мкл и выше), дело уж конечно не в пирофосфатах- откуда бы им взяться, коли буквы не включились в амплификат (его мало)? Скорее всего проблемы с праймерами- посмотрите, нет ли "бомбы" (димер праймеров) внизу, или полимераза дохнет, что вря ли. Если проблема не лечится "в лоб", то просто замешайте исходно большой объем смеси, грубо говоря, накопите продукт экстенсивным путем, и всех делов. |
Ъ IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg гость |
(Guest @ 27.07.2007 00:16) Вопрос 1: Может ли в реакции сильнее амплифицироваться плазмида, чем нужная вставка?? Вопрос 2: Кстати, знает ли кто-нибудь можно ли полученный продукт из ПЦР, точнее всю смесь после реакции ПЦР (уже полученная вставка, с конц. 1нг в 1 мкл, праймеры, нуклеот., полимераза, вода...), разделить на двое (по 25мкл) и довести оба эппендорфа до 50 мкл, добавив dNTP, праймеры, полимеразу... и запустить реакцию по новой, тем самым обезвредив концентрацию пирофосфатов... и в результате получить больше нужного продукта? ПЦР не дает внушительного количества. Спасибо Я наверное перегрелся на солнцепёке (отпуск все-таки) - не понимаю в чем проблема плазмида или вставка, одна пара праймеров... По классике в ПЦР сильнее амплифицмруется всегда более короткий фрагмент... Без бутылки не разберешься, дождусь вечера. |
guest: dragon IP-штамп: fr.xhxKG0LvkM гость |
Спасибо |
guest: ммм IP-штамп: frdsQJwk7r3sc гость |
Бромий этидием или сибирским зеленым и иже с ними -до или после фиксирования в кислоте. После нейтрализации -Обязательно ли сушить? нет |
Guest IP-штамп: frbPGnT4OGKa6 гость |
Чем тогда думали в Сигма, если сделали столик в камере для фореза из белого пластика, к тому же скользкого |
Dmitry S Москва |
(Guest @ 23.07.2009 02:15) в первом случае можно наклеить синей изоленты под место, где карманы)) Но от скольжения избавиться сложно - гель частенько уплывает от любых дуновений во время фореза. хоть гвоздями прибивай |
Бору Постоянный участник Киев. обл., Украина |
Сообщение было отредактировано Бору - 16.06.2010 17:28 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Бору @ 16.06.2010 18:24) За Трис.НСI в форезном буфере ставлю кол. |
Бору Постоянный участник Киев. обл., Украина |
Мож трис-ацетат тогда приготовить? Только порошок все равно 2в1 - Трис-СІ, других Трисов нет... |
genseq Постоянный участник |
(Бору @ 16.06.2010 16:37) Борная кислота испорчена у нас. Мож трис-ацетат тогда приготовить? Только порошок все равно 2в1 - Трис-СІ, других Трисов нет... Похоже, это ко мне . Поставляем наборы готовых гелей для электрофореза ДНК, рассчитанные на использование в ПЦРных лабораториях. В каждый комплект входит пузырёк ТАЭх20 (50 мл) для приготовления литра электрофоретического буферного раствора (EtBr 0,5 мкг/мл). Если нужно, то эти пузырёчки можно продавать и без гелей . Если интересно, то пишите. Ели реклама здесь неуместна, то удалите. Файл/ы:
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Бору @ 16.06.2010 19:37) Борная кислота испорчена у нас. Мож трис-ацетат тогда приготовить? Только порошок все равно 2в1 - Трис-СІ, других Трисов нет... Ну как может испортиться борная кислота? Купите тогда в аптеке. Только ТРИС.ОН. Никаких CI- и Na+ в буфере для фореза. 5 mM борат тоже годится в качестве буфера для агарозного фореза. Читайте выше или поищите по форуму. |
Бору Постоянный участник Киев. обл., Украина |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Бору @ 17.06.2010 14:02) Могу отсыпать сухой (белый порошок) ТВЕ. И дам пропись как самому готовить. Но про Трис.НСI для фореза - забудь. Лучше водопроводную воду... |
genseq Постоянный участник |
(-Ъ- @ 18.06.2010 10:04) Забудьте и про Трис-HCl, и про все прочие буферы на основе Триса. Наиболее продвинутые пользователи за бугром переходят на Li-борат и Li-ацетат. Давно хотел попробовать карбонатный буфер, но всё руки не доходили. Недавно дошли. Приготовили Li-карбонатный буфер. Форезы получаются отлично! При 10V/см ни перегрева, ни закисления или защелачивания. Очень рекомендую! |
mrotzek Постоянный участник |
(genseq @ 21.07.2010 22:22) Забудьте и про Трис-HCl, и про все прочие буферы на основе Триса. Наиболее продвинутые пользователи за бугром переходят на Li-борат и Li-ацетат. Давно хотел попробовать карбонатный буфер, но всё руки не доходили. Недавно дошли. Приготовили Li-карбонатный буфер. Форезы получаются отлично! При 10V/см ни перегрева, ни закисления или защелачивания. Очень рекомендую! * ubMed will retrieve 2 records. J Virol Methods. 2010 May 13. [Epub ahead of print] Fast short-fragment PCR for rapid and sensitive detection of shrimp viruses. Mrotzek G, Haryanti, Koesharyani I, Tretyakov AN, Sugama K, Saluz HP. Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoell Institute, Beutenbergstrasse 11a, 07745 Jena, Germany; Friedrich-Schiller-University, Jena, Germany. Abstract This article describes a fast short-fragment PCR method for the detection of white spot syndrome virus (WSSV), infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV), and monodon baculovirus (MBV). Fast two-temperature (95 degrees C denaturation and 60 degrees C annealing/extension) PCRs were performed in 5-10mul volume samples in miniaturized microplates using a fast Peltier thermal cycler. 40 cycles were completed in 25-30min. Rapid high-resolution agarose gel electrophoresis of 70-150bp PCR fragments was performed in 10min. High sensitivity of PCR product detection (50-100pg) was obtained using ultra sensitive dyes such as GelStar(®) and a gel documentation system equipped with a blue-light transilluminator. This novel method is faster and more sensitive than its TaqMan(®) real-time PCR counterparts. Copyright © 2010. Published by Elsevier B.V. |
Tom1 Постоянный участник |
Такие времена....© |
mrotzek Постоянный участник |
(Tom1 @ 21.07.2010 22:29) Томычь - получишь по морде |
mrotzek Постоянный участник |
(Tom1 @ 21.07.2010 22:29) Кстати - тебе не лень баблоебством заниматся на www.molbiol.ru ? |
Tom1 Постоянный участник |
Такие времена....© |
achiffa Участник |
|
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
|
basil2 Постоянный участник |
(guest: ммм @ 23.09.2011 12:44) Чашки Петри Вот она наша ванночка. А так иже коробочки и под маргарина и ПП контейнеры для холодильника. ... и не забыть добавить фейри! В деревне Виллариба трагедия: горят их конопляные поля. А деревне Виллабаджио праздник! Ветер дует в их сторону! (с) |
RJ Dio Постоянный участник |
|
achiffa Участник |
|
Daemonarchestratygos Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |