собственно, весь вопрос - каков механизм действия ?
интеркалятор, как и EtBr ?

производитель говорит только о низкой токсичности но не о механизме.
http://probes.invitrogen.com/products/sybrsafe/

коллабораторы красят ssRNA гели этим самым SybrSafe, нам достаются только фотографии.
я знаю, что один из образцов имеет меньше вторичной структуры чем другие (поэтому сами мы красим не EtBr, а метиленовым синим).
Соответсвенно, если SybrSafe - интеркалятор, то все ок и разная интенсивность сигнала определяется разницей вторичной структуры. Если же механизм не интеркаляционный, то нужно думать чего там в образце сдохло...

если покрасить сдс-белок гель этидиум бромидом (не жалея заварки)
то увидете их прекрасненько тогда возникнет вопрос -
как этидий красит белки ну и про сыбрсафе забудете на время

ничего может и не сдохло - если быстро покрасить и на транс -то можно
увидеть ссрнк -если подолще - сыбр может перелезтъ с ссрнк на дсрнк в геле

Dear Guest1, спасибо за ответы, однако они не совсем по теме.
да, мне известно, что можно покрасить SDS-гель бромистым этидием.
да, возможно Sybr Safe может диффундировать в геле.

Однако вопрос был - каков механизм окрашивания нуклеиновых кислот красителем SybrSafe ? Интеркаляция или нет ?

да по-моему все они интеркаляторы
да поищите статьи в пубмеде
вообще я больше слышала про SybrGreen, не знаю то же самое это или нет

Когда ДНК -МНОГО
а КРАСИТЕЛЯ МАЛО -интеркаляция ДЛЯ УСЕХ если интеркаляторы
- обучно в КРАСИТЕЛь-ФОСФАТ райшио моли-на-моли
ну а когда БУХНЕШ от души краски -ессесно липнуть будет дополнительно
куды ни попадя Об этом уж похоже мильен раз писали

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=15249599

1: J Histochem Cytochem. 1979 Jan;27(1):102-13.Click here to read Links
Mass action and acridine orange staining: static and flow cytofluorometry.

* Nicolini C,
* Belmont A,
* Parodi S,
* Lessin S,
* Abraham S.

We present results involving an approach to acridine orange staining of intact cells based on basic physicochemical considerations. We show by static microfluorometry of several in vitro and in vivo cell lines that the important parameters for such staining are the molar ratio (Formula: see text), and molar concentration of acridine orange. Differential nuclear DNA and cytoplasmic RNA staining are totally controlled by these two parameters. We show this by a physicochemical model of cell-dye interaction. Finally, we use the method to study the growth parameters of complex in vivo cell populations by automated multiparameter flow microfluorometry. We have explored also, both by static and flow systems, the effect on AO-cell staining of various cell pretreatments such as Triton X-100 and chelating agents.

PMID: 86559 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://www.jhc.org/cgi/reprint/27/1/102

ок, спасибо большое.

We also noted binding of SG to single-stranded (ss) DNA, although SG/ssDNA fluorescence was at least ∼11-fold lower than with dsDNA.

что, собственно, и хотелось услышать

а вы не спрашивали коллабораторов
почему уместо Второго Сибра их на сыбрсафе потянуло
вроде инвитроген реккомендует для РНК СубрГрин нумбер 2

86206
Fluka SYBR® Green II RNA gel stain
BioChemika, RNA gel stain, 10000× concentrate in DMSO
zoom
1 of 1


CAS Number
172827-25-7
MDL number
MFCD00284716



Expand/Collapse All
Price and Availability
Click For Pricing and Availability
Descriptions
Packaging
package with 500 µl

Application
On denaturing agarose/formaldehyde gels and polyacrylamide/urea gels, the sensitivity of SYBR Green II RNA gel stain is reduced, though still superior to that of ethidium bromide. Without any washing or destaining steps, SYBR Green II can detect as little as 1 ng RNA per band in agarose/formaldehyde gel or polyacrylamide/urea gel using 254 nm epi-illumination, and about 4 ng RNA per band using 300 nm trans-illumination. Staining agarose/ formaldehyde gels with SYBR Green II does not interfere with the transfer of RNA to membranes or subsequent hybridization in Northern blot analysis as long as 0.1%-0.3% SDS is included in prehybridization and hybridization buffers to remove the dye.

Legal Information
U.S. Patent No. 5,436,134. Licensed from Molecular Probes, Inc.

Properties
product line
BioChemika

quality
10000× concentrate in DMSO

abs.
absorption1:1000/481 nm, phosphate buffer 0.68±0.05 (pH 7)

storage temp.
−20°C
Safety

Думаю, что ответ тривиален - какой был на полке, тот и использовали.
Меня же интересовало = можно ли более низкую интенсивность окраски одного из бэндов объяснить особенностями вторичной структуры.
т.е. тем же механизмом что и для этидия.
Ответ получен - да, механизм тот же. Да, так объяснить можно.

Всем еще раз большое спасибо !

но можно и по другому что просто мало этого банду

а может АТ-ГЦ разные

усетаки сибра не этидя

1: Nucleic Acids Res. 2003 Nov 15;31(22):e136.Click here to read Click here to read Links
Demonstration of preferential binding of SYBR Green I to specific DNA fragments in real-time multiplex PCR.

* Giglio S,
* Monis PT,
* Saint CP.

Australian Water Quality Centre, South Australian Water Corporation, Salisbury, South Australia 5108, Australia. steven.giglio@sawater.com.au

SYBR Green I (SG) is widely used in real-time PCR applications as an intercalating dye and is included in many commercially available kits at undisclosed concentrations. Binding of SG to double-stranded DNA is non-specific and additional testing, such as DNA melting curve analysis, is required to confirm the generation of a specific amplicon. The use of melt curve analysis eliminates the necessity for agarose gel electrophoresis because the melting temperature (T(m)) of the specific amplicon is analogous to the detection of an electrophoretic band. When using SG for real-time PCR multiplex reactions, discrimination of amplicons should be possible, provided the T(m) values are sufficiently different. Real-time multiplex assays for Vibrio cholerae and Legionella pneumophila using commercially available kits and in-house SG mastermixes have highlighted variability in performance characteristics, in particular the detection of only a single product as assessed by T(m) analysis but multiple products as assessed by agarose gel electrophoresis. The detected T(m) corresponds to the amplicon with the higher G+C% and larger size, suggesting preferential binding of SG during PCR and resulting in the failure to detect multiple amplicons in multiplex reactions when the amount of SG present is limiting. This has implications for the design and routine application of diagnostic real-time PCR assays employing SG.

PMID: 14602929 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=14602929

-ЕТО хотелось услышать- ДРУГОЕ не хотелось
нормально - Факты не подтверждающие теорию - ОШИБКА ЕКСПЕРИМ;ЕНТА

SYBR связывается с малой бороздкой dsDNA, на чем основана его специфичность в real-time PCR, а интеркалирует, по-моему, хуже. Хотя, если много, налипнет на всем.

эх гель, что ли в студию ?

сколько наносилось на форез - знаю. что за образцы - знаю, поскольку мои собственные. гель покрашен "честно" т.е. не в жутком избытке краски и не светит как носорог.

в одной дорожке сигнал слабее, чем в других. знаем, что пмолей там столько же.
знаем, что именно этот образец этидием красится ХУЖЕ раза в полтора-два чем остальные. Сибра БЕзопасного у меня нет и заказывать его лишь бы проверить результат ? долго, дорого, не хочется и не надо.

Гель далеко от нас, есть только фото. Соратники хотят комментариев.

Дальше варианты:
1) написать им, что криво нанесли неровными руками и дырявой пипеткой или же
2) поискать рациональное объяснение разной интенсивности бэндов при условии прямых рук и исправных пипеток , тем более примерно известно возможное объяснение

уфф.. вроде, объяснил ?

Это ж красители...
Даже, если механизм связывания с ДНК у них одинаковый, то все равно - химические вещества то разные... А у флуоресцентных красителей есть такое понятие как квантовый выход, т.е. отношение количества фотонов реально испущенных к колчеству фотонов поглощенных. Т.е. может просто оказаться, что SYBR Green I имеет квантовый выход ~0.9, а SYBR Safe ~0.5. Вот вам "полтора-два" раза.
Еще одно объяснение, что у них разные максимумы поглощения. Тогда, если их положить на транслюм (в котором свет имеет какой-то максимум, на 360 нм, кажется), то один краситель будет поглощать больше света, а другой - меньше, что тоже вызовет изменение интенсивности.
Поэтому, чтобы от разных красителей получить одинаковые картинки, то мало одинакового механизма связывания с ДНК, надо, чтобы еще и спектроскопические параметры совпадали.
Что же касается вторичной структуры, то в патенте, описывающем SYBR Green I заявлено еще несколько десятков похожих структур. Кто знает, может какая-нибудь из них - SYBR Safe? И все эти вещества взаимодействуют с ssDNA, dsDNA и ssRNA по разному. Известно, например, что SG I взаимодействует с ssDNA хуже, чем Pico Green, чем и обусловлено использование последнего для прокраски одноцепочечной ДНКи.
В общем, как-то так...

а кто вам сказал что пикомолей там стокоже - ветом образце

кстати красители красят не пикомоли а килограммы

Malia

As with all writing บาคาร่าออนไลน์ the language should be slot xo suitable for the audience. 11hilo the language will need to be สล็อต While each has specific 123GOAL easy for that age group to understand

but also exciting and lively nigoal enough to make them ลิงค์รับทรัพย์ common characteristics. พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง want to read it. ราคา บอล Each section has a heading Hotgraph that outlines the main topic