Уважаемые генетики! Возникла необходимость посчитать добавочный риск заболевания (odds ratio) в аддитивной генетической модели для case-control выборки (и при этом адъюстировать ее на некоторые параметры). Насколько мне известно, такая возможность есть в SAS программе, но ее, к сожалению, под рукой нет. Чем и как еще можно это сделать? Буду признательна за любые информативные ссылки!

Возможно, можно использовать логистическую регрессию в SPSS, но тогда мне не очень понятно, как нужно кодировать генотипы для этой модели. Понятно, что в случае аддитивной генетической модели добавочный риск для гетерозиготы будет r, а для гомозиготы по риск-аллелю 2r против "здоровой" гомозиготы. Но как это отразить в кодировке?!

Если у вас есть опыт подобных расчетов, поделитесь, пожалуйста, алгоритмом! Заранее огромное спасибо!

Cochran-Armitage Trend Test с соответствующими модели весовыми коэффициентами (для мультипликативной те же веса тоже подходят с некоторыми оговорками) - это если совсем правильно (можно и на бумажке посчитать).

http://www.kingdouglas.com/SPSS/DiverseCul...for%20Trend.TXT

Это для SPSS. Вообще, там вроде анализ трендов довольно развит или нет?

Не алгоритм, но в общем http://test.tapotili.ru/risk.html

http://test.tapotili.ru/calculator_or.php

Спасибо большое! К сожалению, в подобных онлайн-программках невозможно адъюстировать OR на возраст, пол и пр. факторы. А как раы это мне и надо сделать...

Прочие модели (доминантную,, рецессивную, мультипликативную) мы считаем обычно бинарной логистической регрессией в SPSS с адъюстированием на пол, возраст и т.п. Программа выдает ОR и confidence interval. Хотелось бы такие же показатели получать для аддитивной модели в SPSS.

Очень благодарна Вам за ссылку, но этот алгоритм считает только Z-score, а не OR, да и не понятно, как добавить к нему адъюстирование.

Эээ, а почему тогда аддитивную нельзя посчитать той же регрессией?
Тест на тренды Кохрановский - та же урезанная регрессия для узкого применения в конкретной ситуации с заранее заданными оценками.
А если уж мультипликативную считаете - так она от аддитивной вообще мало чем отличается в плане расчетов.

The contingency table can also be
analysed using a logistic regression model,
where the outcome (0/1) is a case or
control, and the explanatory variable of
genotype has three levels (AA, AB, BB).
Statistically, this method is equivalent to
the contingency table, but the logistic
regression modelling can be easily
extended to further SNPs,
epidemiological risk factors or clinical
variables such as disease severity or age at
onset. Standard statistical packages will fit
this model. This method can also be used
to analyse a codominant model, where
the disease risk associated with AB
individuals lies between that of AA and
BB individuals, but not in the specific
relationship of a multiplicative or additive
model.

Подниму темку)
Подскажите, в некоторых публикациях OR считают относительно референсного генотипа - наиболее часто встречающейся гомозиготы, OR для которого принимается за 1, и относительно него считается для гетерозиготы и альтернативной гомозиготы.
Для чего берется референсный генотип? Что это даёт?
Обычно просто его считают в таблицах 2х2 и сравнивают частоты одного генотипа (случай и контроль) с суммами двух других генотипов...
Заранее благодарен


The statistic point of view lead us to describe a polymorphism like a categorical variable with one level for each possible genotype. The reference category often is the homozygous form.
To assess association between one polymorphism and disease we make the contingency table and then apply a chi-square test. The estimation of the OR (odds ratio) for each genotype respect to the reference genotype will give us a notion about the measure of the association.

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

Anyone can connect บาคาร่าออนไลน์ with their audience slot xo through blogging and enjoy 11hilo you who your readers are. สล็อต the myriad benefits that 123GOAL blogging provides

organic traffic from nigoal from the first sentence.ลิงค์รับทรัพย์ search engines promotional พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง content for social media ราคา บอล and recognition from a new Hotgraph audience you haven’t tapped into yet.