Выложил сегодня в соседнем топике сочинение на указанную тему. Хотелось бы обсудить его отдельно, поскольку там всё уже очень запущено и загажено. Буду признателен за любые замечания, а также за выявление грамматических, орфографических и стилистических ошибок в этом опусе.
Конструктивные предложения приветствуются. Все неконструктивные замечания и ссылки без комментариев будут удаляться. В обсуждении принимают участие только зарегистрированные посетители форума.
GG, 08.09.2011 11:16
Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.
ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.
genseq, 08.09.2011 11:27
(GG @ 08.09.2011 09:16)
ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.
Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.
Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.
ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.
некоторые каммены к "докладу" ХиСек2000 - 600Гб - Если МедГенетика - это "персональный геном" - то полупроводниковый Ион Торрент никогда его не сделает
Епигенетику тоже забудь на Ион Торренте
genseq, 22.09.2011 11:03
HiSeq 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Tb, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb. Давно не следил за цифрами. 600 Gb - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?
Ion Torrent уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.
Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).
Guest, 22.09.2011 14:18
(genseq @ 22.09.2011 11:03)
ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами. 600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?
Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.
Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).
"Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал
Guest, 22.09.2011 15:07
(genseq @ 22.09.2011 11:03)
ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами. 600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?
Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.
Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).
ню-ню - геном на одном чипе примерно какого размера в литрах будет "емульшн ПЦР" для такого "чипа" ? посчитай надосуге
genseq, 22.09.2011 18:02
При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ion 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.
Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.
Guest, 23.09.2011 14:22
(genseq @ 22.09.2011 18:02)
При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.
Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.
Иллуминовский Геномный Аналайзер (ГА2Х) сейчас делает 100гб за один прогон Зачем ждать мифические "нацболы" ?
genseq, 24.09.2011 08:33
(Guest @ 23.09.2011 12:22)
Зачем ждать мифические "нацболы" ?
Спасибо за название. Пользоваться западной терминологией не хочется, а сам ничего хорошего не придумал. Пусть будут "нацболы".
Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?
Дэвушка, у тебя папамама есть...?
k7riYg, 27.09.2011 17:32
(-Ъ- @ 26.09.2011 23:55)
Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?
Дэвушка, у тебя папамама есть...?
не очень-то это красиво, цитировать ЛС. кстати, на этом самом семинаре любопытно было Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты
Guest, 27.09.2011 17:53
(k7riYg @ 27.09.2011 17:32)
не очень-то это красиво, цитировать ЛС. кстати, на этом самом семинаре любопытно было Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты
интересно, что солдатов "откопал" за этот час ?
k7riYg, 27.09.2011 17:56
(Guest @ 27.09.2011 18:53)
интересно, что солдатов "откопал" за этот час ?
майсек хвалил, ну и хайсек само собой. ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике
-Ъ-, 27.09.2011 19:36
(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
майсек хвалил, ну и хайсек само собой. ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике
Понятное дело, каждый кулик (исправлено) ... или по другому ... а вшивый о ... праально
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...
В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет " - устами говорящей коровы.
Такие времена-с..., пардон за плагиат.
k7riYg, 27.09.2011 20:31
(-Ъ- @ 27.09.2011 20:36)
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...
Эх... если б это было единственным поводом для бешенства относительно нашей науки, я был бы счастлив Есть вещи существенно более неприглядные. Ладно, это уже не про технологии секвенирования, а про некоторые другие "технологии"... Распила и отката.
Guest, 28.09.2011 09:45
(-Ъ- @ 27.09.2011 19:36)
Понятное дело, каждый сверчок ... или по другому ... а вшивый о ... праально
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...
В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет " - устами говорящей коровы.
Такие времена-с..., пардон за плагиат.
почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов
-Ъ-, 28.09.2011 10:04
(Guest @ 28.09.2011 10:45)
почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов
А может его купили илюминаты ...Впрочем, не знаю. Генсек расследует, выяснит и выложит тут эту ценнейшую инфу.
-Ъ-, 28.09.2011 10:12
(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
майсек хвалил, ну и хайсек само собой. ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике
Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы. Понимаю, что утрирую , но... Как уже говорил, не интересны "фабричные дела"...
Guest, 29.09.2011 10:17
(k7riYg @ 27.09.2011 17:56)
майсек хвалил, ну и хайсек само собой. ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике
"и советовал всем биологам учиться биоинформатике " (ц) пускай лучше биоинхфарматики учут биологию
Guest, 29.09.2011 13:38
(-Ъ- @ 26.09.2011 22:55)
Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?
а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?
Guest, 30.09.2011 12:52
(genseq @ 22.09.2011 18:02)
При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.
Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.
вчера с одной дорожки ХиСека получил 185 миллионов 50 бп РНК-Секов ридов для "генекспрессии" - сколько нужно чипов торрента на этот експеримент ?
Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". Единственный продолжительный этап - RCA... По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов. По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.
Космонавтом быть хочу, Пусть меня научат.
Guest, 30.09.2011 13:33
(-Ъ- @ 30.09.2011 13:12)
Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". Единственный продолжительный этап - РЦА... По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов. По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.
Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". Единственный продолжительный этап - RCA... По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов. По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.
Вообще-то хотелось сказать немного другое . И даже казалось, что получилось. Ан нет, судя по пересказу .
(k7riYg @ 27.09.2011 16:32)
Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты
(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
Я хотел сказать нечто более интересное (более рискованное утверждение). По моему мнению, Applied Biosystems уже решила, что гонка Illumina/SOLiD проиграна. И на сегодня это самый существенный фактор при сравнении машин Illumina и SOLiD. PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.
#######################
(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике
(-Ъ- @ 28.09.2011 09:12)
Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы.
Ещё сильнее недолёт. Судя по пересказу, я посоветовал всем быть красивыми и здоровыми.
На самом деле, когда я говорил о биоинформатике, то сравнивал нынешнюю ситуацию со временем появления массовых персоналок. Тогда тоже многие считали, что им удасться отвертеться от основ работы на персональном компьютере. Сейчас практически все базовыми навыками владеют.
То же самое, по моему мнению, будет с биоинформатикой (для биологии) и прогностической/превентивной медициной (для медицины). Независимо от индивидуальных предпочтений, через сравнительно короткое время все будут владеть базовыми навыками. А совет был -- заняться этим заранее, чтобы знания, которыми так и так придётся овладеть, были плюсом в карьерном росте.
Guest, 30.09.2011 15:20
Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном?
Первый раз увидел эту статью сходив по Вашей ссылке. Но очень удивлюсь, если Marie-Laure Yaspo выпустила в печать явную ерунду и Ваше глумление оправдано
k7riYg, 30.09.2011 15:38
(Redactor @ 30.09.2011 16:16)
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.
ну как -- сказали, что унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется
Насчёт биоинформатики согласен, неправильно передал нюансы.
Redactor, 30.09.2011 15:48
(k7riYg @ 30.09.2011 14:38)
ну как -- сказали, что унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется
По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).
Paired end чтения в предлогаемом комплекте Ion Torrent нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Illumin'овских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.
genseq, 30.09.2011 15:52
(guest: Beta @ 29.09.2011 20:21)
а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?
В сентябре пришли 3 шт. в Москву. Точно не знаю, но, кажется, в Геноаналитику, в Центр биоинженерии и в МГУ. В ноябре должен прийти один в Калининград. Ещё скоро один должен появиться в Новосибирске (тендер уже завершён). Возможно, это ещё не всё, но больше ничего не знаю. Буду признателен за дополнения.
Guest, 30.09.2011 16:00
(Redactor @ 30.09.2011 15:48)
По производительности Ион Торрент и МиСея очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (СОЛиД и ХиСея).
Паиред енд чтения в предлогаемом комплекте Ион Торрент нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Иллуминьовских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.
Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"
Тебе подавай только экстрим...для наслаждений. С таким же успехом может не справиться и ДНК-аза. Впрочем, не знаю...
genseq, 01.10.2011 11:25
(Redactor @ 30.09.2011 13:48)
По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).
Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.
Redactor, 01.10.2011 13:07
(genseq @ 01.10.2011 10:25)
Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.
А несуществующая технология Васи Пупкина даже ещё не начала растрачивать свой потенциал. Выходит, она вообще самая крутая.
Если разновариваем, то может будем придерживаться "обсуждаемых" аргументов?
Redactor, 01.10.2011 13:11
(Guest @ 30.09.2011 15:00)
Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"
И не только, есть ещё применения. Но, Вы правильно указываете, что малые и большие машины -- совершенно разные аппараты с отдельными областями применения.
Мы и Сенгеровским сиквенсом довольно часто пользуемся. Это же не повод начать говорить, что он "лучше" или "хуже" NGS.
Dima11, 02.10.2011 14:48
Во ! что и постоянно талдычу Ложка - к обеду, разные задачи - разные приборы!
Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print] The real cost of sequencing: higher than you think! Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB. Source
Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu. Abstract
ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?
PMID: 21867570 [PubMed - as supplied by publisher]
genseq, 06.10.2011 18:39
(Guest @ 06.10.2011 10:50)
Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print] The real cost of sequencing: higher than you think! Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB. Source
Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu. Abstract
ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?
PMID: 21867570 [PubMed - as supplied by publisher]
Для доступа к этой статье требуется подписка. Не сможете ли поделиться текстом?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.