Полная версия страницы  English  

Технологии секвенирования следующего поколения.

Pages: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24
papa Karlo, 08.12.2011 01:46
Да не то слово что дельное.... Мне издалека все гораздо виднее чем на местах... :-))

Кстати вам для производства понадобитсся станок - лазерный резак и 3D принтер тоже. Чтоб можно было просто даже дизайн продавать с какими-то ключевыми компонентами вашего производства. Сейчас все так делают.

Лазерный резак штука невыгодная, у нас например в центре технологического творчества молодежи одна минута работы его стоит 1 евро. То есть сделать красиво кубик из 8мм оргстекла 20х20х20 с кучей всяких там дырочек и прорезов обойдется в 60 евро. но если его купить и обслуживать за счет института ... то вполне можно дешево вещи делать.
Guest, 08.12.2011 01:56
Нда... А до секвенирования a la rus еще не дошли?
papa Karlo, 08.12.2011 02:05
Хорошо бы сделать любительский секвенатор на 300-500 бп.... в пределах $1000 с каким-то невероятно дешевым набором реактивов ( возможно что не особо чистых ) ... Пусть низкокачественно но все по-настоящему.... чтоб был худо-бедно результат. И естественно никакой радиоактивности. Вполне можно можно будет небольшой личный бизнес организовать на этом проекте. Но естественно без налогов и всего прочего.... любительский такой бизнес.
papa Karlo, 08.12.2011 02:46
Основной рынок для подобной продукции - это совсем не Россия - поэтому дороже чем за 1000 не пойдет. Вообще американские школьные бюджеты на мелкое оборудование не любят цифру выше $600, тогда как азитаские бюджеты вполне потерпят и 1200.
Guest, 08.12.2011 02:52
В принципе набор Юный химик тоже не обязательно сразу все нужные результаты выдавал... А пластмассовый секвенатор на брелке? Или Кен и Барби секвенируют ДНК мамонта - игра для юных мериканских дебилофф.

Меня больше статья и Азия интересуют.
Guest, 08.12.2011 02:54
Даже статья скоро своя будет, скорее со-творчество.
papa Karlo, 08.12.2011 02:58
Да далась вам эта статья.. господи право... у меня их вполне достаточно. Ценности в них никакой нет. Профессором мне все равно не быть уже. Убитое время. Лучше право бы еще 10 лет назад бы занялся бы чем-нибудь другим.
Guest, 08.12.2011 03:12
Запросто профессором можно... Но только молчите о намерениях. smile.gif))
genseq, 11.12.2011 10:50
(papa Karlo @ 07.12.2011 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством  наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов  расчитанных именно на любителей.  Вот он там что-то от-ПЦРил  на той самодельной мыльнице  и естественно хотел бы и отсеквенировать.  Но на рынке нет пока секвенатора для любителей....  вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру  наберется.  Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....

А тот факт что прибор из России  только прибавит популярности  в этой среде  био-хакеров.  Они его сами до ума доведут  и будут этим жутко гордиться.


Как-то так? rolleyes.gif


Файл/ы:

скачать файл Open_SEQ.doc
размер: 227
кол-во скачиваний: 1110


papa Karlo, 11.12.2011 20:41
Во, прекрасная заявка , и главное понятная.... и я так подозреваю что вы уж увидели целый фронт работ в этом направлении. Станете миллионером - не забудьте про меня , бедного художника из Бельгии.

Лучше всего было бы начать с переделки какого-нибудь существующего прибора в секвенатор... Ну например из ДВД-драйва. Придумать какой-нибудь одноразовый диск со спиральной электрофоретической дорожкой.... типа капнул туда образец в центр , положил на металлическую пластину на льду , подключил к электричеству и через пару часиков вставил в ридер и оппаньки - вот вам сиквенс, 300 бп. Достаточно для начала подробно обосновать дизайн, то есть как это будет работать... с небольшой флеш-анимацией естественно, а уж потом собирать общественное внимание и народные пожертвования на реализацию опытного образца. Вообще тема биохакерства в России пока плохо разработана.... тут вполне есть куда развиваться да и заграница в этом деле весьма благосклонно настроена на помощь.
Почему бы не сделать Пущино центром биохакерского двожения в России? Представляете себе Первый Международный Сьезд Биохакеров в маленькой подмосковной деревушке куда раньше иностранцу без спецразрешения нельзя было и носа сунуть. Человек 30-50 если собрать то и уже событие прогремит на весь мир.

Целые геномы любителям сиквенировать нахрен не надо, а вот какой-нибудь полиморфизм у себя посмотреть или мутацию - это интересно и занимательно. Вы же знаете сколько медики берут за подобные анализы..... а все потому что лицензионные методики запатентованы. Вот уж где раздолье для биохакеров. Я уж молчу об юных Шерлоках Холмсах которым такой аппарат на дому весьма был бы интересен.....по-вполне понятным причинам. Взорвем нахрен весь этот жадный мир патентов и лицензий.... всех на Волю....
comp3v, 11.12.2011 22:35
когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.
papa Karlo, 11.12.2011 22:40
А вот и ничего подобного. Конечно уже и сейчас можно отдать образец в центр секвенирования и получить результат через 3 дня за 30 баксов.
То есть самому возиться с секвенатором и реактивами уже нет коммерческого смысла.

Но движение биохакеров совсем не об этом.... это совершенно отдельный рынок. Это любители, хоббиисты...Это другая параллельная вселенная. Там действуют другие мотивации и другие законы.

Низкая стоимость - это необходимое но не достаточное условие. Главное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей. По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности.
papa Karlo, 11.12.2011 23:00
кстати вслед за секвенатором имеет смысл взять старый советский еще олигосинтезатор ручной и переделать под этот рынок. Пусть там будет максимум длину 30 букв можно сделать, но это нужно будет делать вручную и долго чтоб почувствовать процесс, как в старые добрые времена.

Качество тут тоже непринципиально. Вполне можно открыть небольшое предприятие по выпуску таких любительских синтезаторов в виде наборов - Сделай Сам и наборов реагентов к ним....


Если цена укладывается в некие рамки то огромное количество людей купят просто чтоб своими руками попробовать что это такое.... Просто из любопытства и интереса к новому. Постоянно редко кто этим будет пользоваться. Так же и дети теряют интерес к новым игрушкам довольно быстро, потом их разламывают чтобы посмотреть что там внутри и опять хотят что-нибудь новое.
comp3v, 12.12.2011 01:16
(papa Karlo @ 11.12.2011 21:40)
Ссылка на исходное сообщениеГлавное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там  и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом  улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей.  По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности.
с этим я вполне согласен.
genseq, 12.12.2011 08:09
В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги?
vtosha, 12.12.2011 09:59
Найти кого-то, кто хочет это делать, и написать совместный грант.
-Ъ-, 12.12.2011 10:04
Плотник никогда не исправится - отвлекает занятых людей от "финансовых ветров". smile.gif
papa Karlo, 12.12.2011 13:10
В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги? ........

Ну вы посмотрите где эти два паренька которые ПЦР в жизни не видели взяли деньги на свой проэкт старого ПЦРника ... собрали с народа на специальном сайте который именно для таких случаев и предназначен. Поэтому нужен просто американский партнер в проект, ибо иностранцам там на сайте денег не собирают, увы. Вот такие вот они американские патриоты.


Деньги можно взять в банке..... банки именно для этого и существуют чтобы давать деньги в долг с риском их невозврата в случае неудачи со старт-апом.

Тем более сейчас банки они все вообще сильно провинились перед обществом и должны как-то искупать свою вину.... и давать деньги на всякие такие вот общественно-полезные работы, практически бесприбыльные.
papa Karlo, 14.12.2011 21:47
кстати Генсек... вот тебе хороший проэкт - организовать ФабЛаб в Пущино.... как раз именно под проектные работы на биохакерское оборудование.

..........................

Центр научно-технического творчества студентов в ближайшее время появится в Томском государственном университете систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР), сообщает официальный сайт вуза. Планируется, что в рамках этого центра будут работать две лаборатории – проектная с выходом на инженерный центр и программно-аппаратная для создания конструкций моделей. Затем их будут испытывать на специальном полигоне.

Для реализации задуманного в лабораториях планируется установить автоматизированные рабочие места проектировщика кибермоделей, являющиеся собственной тусуровской разработкой, а также американскую лабораторию прототипирования Fab Lab, модификацию производственной лаборатории. С их помощью студент в виртуальном и реальном пространстве сможет создать вполне реальный проект от начала до конца.

Как надеются в руководстве университета, возможность такого проектирования на моделях во многом заменит нынешним студентам практику на производстве на реальном оборудовании и сформирует у них первые навыки проектно-конструкторских работ.
bee1, 15.12.2011 03:48
(comp3v @ 11.12.2011 23:35)
Ссылка на исходное сообщение  когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.


Мы не сделали скандала - нам вождя недоставало.
Настоящих буйных мало - вот и нету вожаков.
Но на происки и бредни сети есть у нас и бредни,
И не испортят нам обедни злые происки врагов!
bee1, 15.12.2011 12:37
(comp3v @ 11.12.2011 23:35)
Ссылка на исходное сообщение  когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.


комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий
genseq, 15.12.2011 16:58
(bee1 @ 15.12.2011 10:37)
Ссылка на исходное сообщение  комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий


Цена экзомов упала ниже тонны баксов:
https://www.23andme.com/exome/
http://bgiamericas.com/human-exome-sequenc...-at-999/exome2/
bee1, 15.12.2011 18:00
(genseq @ 15.12.2011 17:58)

сиквинс плюс биоинхфарматика пока ниже тонны не падает
bee1, 15.12.2011 18:06
(genseq @ 15.12.2011 17:58)


даже на хисеке2000 в мултиплексе в одну дорожку врядли менше 1000 баксов будет один прогон
papa Karlo, 15.12.2011 20:13
Где Ген-сек-то?
Я уже сам заинтересовался своей идеей со спиральными дорожками на пластиковом диске в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя переделанный немного ДВД-драйв.

Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные СД-диски под это дело. Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек то расход материалов будет минимальным. В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза.

Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать форез, зафиксировать и прочитать. Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб. Там все есть для такой разработки.
genseq, 15.12.2011 20:45
(papa Karlo @ 15.12.2011 18:13)
Ссылка на исходное сообщение  Где Ген-сек-то?
Я уже сам заинтересовался своей идеей  со спиральными дорожками на пластиковом диске  в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя  переделанный немного ДВД-драйв.

Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать  натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные  СД-диски под это дело.  Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек  то  расход материалов будет минимальным.  В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза.

Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек  прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать  форез, зафиксировать и прочитать.  Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб.  Там все есть для  такой разработки.


Здесь я. Не волнуйтесь.

С лазерной резкой и гравировкой знаком. Позавчера получил комплект деталей для сборки форетической камеры в одной фирме и заказал ещё один, с повышенной точностью раскроя, в другой. Стоит это в России 20...30 руб. за метр реза + 3...4 руб. за каждый контур. Ваши цены (за минуту) меня поражают.

Сделать прецизионные канавки гравировкой невозможно. После резки края имеют небольшие оплавленные выступы и приходится браться за напильник. Так что лучше мелкие детали формовать штамповкой. И не из дисков, а из заготовок. Любые материалы сейчас вполне доступны.
В общем, если есть желание, то можете повозиться. Мне идея с переделкой DVD в капиллярный форетический секвенатор кажется слишком сложной и не слишком рациональной. Полупроводниковый аналог PGM сделать намного проще.
papa Karlo, 15.12.2011 21:29
Ну не знаю, то что я тут вижу ..... суперпрецизионная работа у лазера.... лучше уже ничем не сделаешь. Какие там заусеницы?
А штамповка - это сами-понимаете уже не любительский уровень. это производство.

Тут ведь речь идет не о сиквенаторе как таковом, а о универсальном микро-форезнике с одноразовыми катриджами которым можно и секвенировать и просто результаты ПЦР смотреть. За счет микро-размеров получается дешевизна реагентов.

Идея диска с канавками весьма красиво смотрится. Тем более что ДВДишник ничего не стоит сам по себе, это уже массовое производство, просто софт нужен новый к нему, чтоб он дорожки считывал.
genseq, 15.12.2011 21:47
Наверное, у Вас не обычная, а прецизионная лазерная резка. Это, действительно, стоит дороже, но оно того стоит. Так что дерзайте. Только не забудьте, что для микрофорезника потребуются нанолитровые объёмы. Так что наносить пробы лучше электроимпульсом, и не на гель в канавке, а загонять в капилляр. Но тогда зачем городить спиральные канавки? С капиллярами работать проще. В результате речь идёт уже не о DVD и дисках, а о самодельном капиллярном форезнике.
papa Karlo, 16.12.2011 02:26
Ну зачем нанолитровые? Почему бы просто не сделать дорожку скажем квадратную или там полукруглую с размерами 1х1х1 мм. Ну или там 2мм.... Это будет что-то среднее между каппилярником и обычным макро-форезом. То есть обьем образца будет 1 микролитр что вполне удобоваримо, никакого электроимпульса не надо. капаем в разрыв дорожки и все .

Тут приятно то что остается простор для пользователя... он может експериментирвать с длиной, глубиной, профилем ... да практически все можно будет менять. Лазер - он универсальный - как нарисуешь ему так и сделает. Тут ведь нет необходимости в сотнях таких дисков.... это же не обычная лаба.
Капиллярник - это целая история.... замучаешься его воспроизводить. да и неудобен он для редких експериментов не требующих прецизионной точноости в результатах.
genseq, 16.12.2011 08:48
Я хороших перспектив
Никогда не супротив.

Вам осталось написать проект и выполнить его. Правда, придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Так что ищите деньги.
Или Вы всё собираетесь сделать своими руками, в свободное от основной работы время и бесплатно? Точнее - за свою зарплату, поскольку бесплатно лазерную резку Вам никто делать не станет.
papa Karlo, 16.12.2011 13:17
Я практически все делаю в свободное время и за свой счет :-)) Но у меня приоритеты другие пока... Все болЬше научно-художественные гаджеты. А такой проект с ДНК-диском - это для энтузиастов био-хакеров. Вот в том -то и проблема что на свете очень мало людей с кучей свободного времени, хорошим образованием и желанием что-нибудь своими руками делать. У нас тут тоже хрен найдешь кого... Эта ФабЛаб обородованная по-последнему слову мейкерского движения практически пустая стоит..... приходят интересуются , посмотрят на 3Д-принтер самодельный и уходят , а так чтоб вот проекты какие делать , обсуждать с другими, творческие группы организовывать.. ни хрена не идет процесс. Ну разве что лазерный резак приходят часто пользовать.... но не более того.
genseq, 20.12.2011 09:26
А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки?

Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело.
papa Karlo, 20.12.2011 12:29
Ну это неа, ФабЛаб - это прототипирование , тут стекло как-то совсем ни к чему.
-Ъ-, 20.12.2011 12:51
(genseq @ 20.12.2011 10:26)
Ссылка на исходное сообщение  А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки?

Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело.

Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" no.gif . Плотника хлебом не корми - дай по...деть...
papa Karlo, 20.12.2011 15:35
Почему хлебом? Я давно уже на рис перешел.
genseq, 20.12.2011 17:55
(-Ъ- @ 20.12.2011 10:51)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" no.gif . Плотника хлебом не корми - дай по...деть...


"Стекляшки" - это хобби. Отвлекаться на них нерационально, но хобби и не должно быть рациональным. Что касается "плотника", то его художественный склад может оказаться очень полезен для рекламы продукции компании "Clone Torrent". Да и представительство в Евросоюзе было бы очень полезным. Хороших специалистов мало, а готовых п...деть бесплатно ещё меньше, так что не вспугни мне кандидата на на эту вакантную должность. wink.gif
genseq, 31.12.2011 16:02
С Новым годом!


Картинки:
картинка: happy_new_year_2012_400x400.jpg
happy_new_year_2012_400x400.jpg — (21.27)   

bee1, 01.01.2012 13:29
с новым годом хисеки2000 - не слухайте генсека
genseq, 05.01.2012 10:11
Оценка специалистами работы на PGM. Всё лучше и лучше:
http://www.edgebio.com/blog/?p=842
bee1, 05.01.2012 23:11
(genseq @ 05.01.2012 11:11)
Ссылка на исходное сообщение  Оценка специалистами работы на ПГМ. Всё лучше и лучше:
хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=842

я вроде уже тебе говорил - економсиквинирование в швейцарии - 10% дорожки Хисека2000 - 300 еврикофф - какого XXXX солдат на форуме обявы выкладует ?
genseq, 10.01.2012 09:07
1. В продаже появился Ion 318. beer.gif
2. Ion 316 подешевел более чем на 40%. beer.gif
3. Сервер для PGM тоже стал дешевле на 40%. beer.gif
4. Доступным стало paired-end секвенирование. beer.gif

http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr
https://products.appliedbiosystems.com/ab/e...e2&catID=608847
http://www.prnewswire.com/news-releases/io...-136921308.html
genseq, 10.01.2012 22:15
Оказывается, PGM со всеми своими чипами (Ion 314 - 1,5 Mp; Ion 316 - 7 Mp; Ion 318 - 12 Mp) уже скоро может устареть. Через пол года должна появиться новая модель - "Ion Proton" (149000$), предназначенная для секвенирования экзомов (чип "Ion Proton™ I Chip" - 165 Mp). К концу года для неё обещают сделать чип на 660 Mp, позволяющий проводить экспрессное полногеномное секвенирование ("Ion Proton™ II Chip") за 1000$.
Guest, 11.01.2012 00:19
(genseq @ 10.01.2012 09:07)
Ссылка на исходное сообщение  1. В продаже появился Ion 318. beer.gif


Между тем Иллумина анонсирует Hiseq2500 и трёхкратное увеличение производительности майсека: http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml...6757&highlight=

tongue.gif wink.gif beer.gif jump.gif
genseq, 12.01.2012 14:03
Немного о Ion Proton:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=16709

Опять о нём же.
Демонстрация Ion Proton на выставке CES 2012 (Consumer Electronics Show 2012):
http://www.youtube.com/watch?v=HidQYCqYwg4


Картинки:
картинка: g6EfD.png
g6EfD.png — (110.02)   

картинка: FOmV2.jpg
FOmV2.jpg — (47.85)   

картинка: lowIC.jpg
lowIC.jpg — (26.85)   

картинка: 136791016.jpg
136791016.jpg — (67.48)   

Guest, 18.01.2012 12:34
(genseq @ 10.01.2012 09:07)
Ссылка на исходное сообщение  1. В продаже появился Ион 318. beer.gif
2. Ион 316 подешевел более чем на 40%. beer.gif
3. Сервер для ПГМ тоже стал дешевле на 40%. beer.gif
4. Доступным стало паиред-енд секвенирование. beer.gif

хттп://финд.лифетечнологиес.цом/ионфирсттщелве/пр
хттпс://продуцтс.апплиедбиосыстемс.цом/абе...е2&цатИД=608847
хттп://щщщ.прнещсщире.цом/нещс-релеасес/ио...-136921308.хтмл


где 318 ? confused.gif

Протон1 с 165 лимонов ячеек это очередной миф ? confused.gif
genseq, 21.01.2012 08:35
Интервью Ротберга от 20.01.2012 г.:
http://www.bloomberg.com/video/84660602/

Начался приём заявок на Ion Proton:
http://www.dailydisruption.com/2012/01/lif...e-day-for-1000/


Картинки:
Proton.JPG - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку
Proton.JPG — (48.47)   

bee1, 21.01.2012 13:12
уболтал - куплю ионпротон smile.gif

похоже на 165 лимонов лунок - 20 лимонов пройдет даже при самых кривых руках smile.gif

похоже на протона можно впряямую перенести чип-екзо изза индивидуальных адаптеров , а не Y иллумины
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2901351-1

у кого есть планы сделать ChIP-exo протокол на ион-протоне ? поделитесь резалтами smile.gif

почему мне рекламу на ион-протон шлет инвитроген , а не аби ?

дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана smile.gif

(bee1 @ 21.01.2012 23:39)
Ссылка на исходное сообщение  дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана smile.gif

http://tools.invitrogen.com/content/sfs/br.../cms_039232.pdf

генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?
genseq, 26.01.2012 08:24
(bee1 @ 25.01.2012 22:04)
Ссылка на исходное сообщение  генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?


Зависит от задач. Если для секвенирования de novo, то MiSeq. Если для ресеквенирования, то Ion Proton. Но только не из первой партии. Самые первые образцы всегда имеют неноделки.

Правда, всё может быстро измениться. Если у "протона" будет предусмотрено использование дНТФ с удаляемыми арильными блокаторами 3'-концевого гидроксила, то он подойдёт и для секвенирования de novo.


Картинки:
картинка: F_P.JPG
F_P.JPG — (44.92)   

Guest, 26.01.2012 12:35
меня начинает смущать количество ридов на новом мисеке и на протоне : 15 миллионов на мисеке против 165 миллионов на протоне ? smile.gif

тогда РНК-сек и Чип-сек лучше будет на протоне - на мисеке 10 миллионов откартированных ридов маловато будет
genseq, 26.01.2012 18:14
(bee1 @ 21.01.2012 11:12)
Ссылка на исходное сообщение 
генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?


Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ion 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.