Полная версия страницы  English  

Технологии секвенирования следующего поколения.

Pages: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24
genseq, 25.09.2017 13:32
(-Ъ- @ 25.09.2017 09:13)
Ссылка на исходное сообщение  
Генсек, охота тебе ликбезом заниматься. no.gif Способствуешь процветанию мракобесия чинуш в области "секвенаторостроения", вводишь в заблуждение неокрепшие умы, пардон.
А теперь что будем делать с порами, сужать или расширять? wink.gif 
Слава богу не поддался твоему вредному влиянию лет 10 или 15 назад.


Ликбезом заниматься неохота. Но иногда нужно. Не столько для чинуш и неокрепших умов, сколько для того, чтобы самому не отстать от жизни.

Поры будет местами расширять, а местами сужать. Еще было бы неплохо делать их с хеликазным доменом во входном вестибюле ионного канала. Сейчас прорабатываю TrwB из R388. Думаю, что существуют и другие варианты, которые после соответствующих модификаций могут оказаться лучше нынешней R9.5 (модифицированной CsgG).

А насчёт вредного влияния ты прав. Я и сам стараюсь ему не поддаваться. И не зацикливаться на устаревших технологиях NGS. wink.gif

**********************************************************

Почему-то незамеченным мировой общественностью осталось сообщение китайцев (BGI) о приёме заявок на полногеномное секвенирование (30х100PE, Q30>80%) за $600 на китайских же секвенаторах BGISEQ-500:
https://www.bgi.com/us/human-whole-genome-s...ncing-from-600/
BGISEQ-500 Service
Human Whole Genome Sequencing from $600
Including:
Sample QC, library construction and sequencing
High quality 30X 100PE data delivered in standard .fastq format
Multiple bioinformatics options available.

картинка: China_GeneBank.JPG
Машинный зал Китайского национального ГенБанка (150 BGISEQ-500)

Кстати, о китайцах. Их секвенаторы делают WGS одного генома за 2 дня. Иллюминовский NovaSeq 6000 на самых больших ячейках за то же время способен просеквенировать до 50 геномов человека. Т.е. китайские полторы сотни BGISEQ-500 эквивалентны трём американским NovaSeq 6000. rolleyes.gif
genseq, 12.10.2017 10:46
Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября: wink.gif


Файл/ы:

скачать файл ________NGS_2017.ppt
размер: 4.27
кол-во скачиваний: 320


Carbon Copy, 12.10.2017 16:31
(genseq @ 12.10.2017 08:46)
 Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября:  wink.gif

Познавательно. Почерпнул для себя кое-что новое, хотя сам секвенировал на многих платформах (Roche 454, Illumina NextSeq MiSeq, PacBio RSII), некоторые из которых уже успели почить. В современных условиях на мой взгляд реализация подобных высокотехнологичных проектов в России невозможна по многим причинам.
genseq, 17.10.2017 21:06
Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D
-bI, 18.10.2017 09:55
confused.gif wall.gif eek.gif
sceptique, 19.10.2017 11:47
(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Это очень хорошо. umnik.gif
Такими темпами даже до наших завхозов и откатчиков в так называемой "академии" дойдёт, что деньги на исследования и технологии, которые они спёрли, им никогда не удастся заместить за счёт их западных друзей, их технологий и образцов для подражания. Логачёва правильно написала, ей действительно пора пересматривать картину своего аутичного мира на более реалистичную, в которой у её страны, университета и лаборатории всего два союзника в мире - Армия и Флот. Ну или валить отсюда работать сиделкой в СШП, если шок слишком сильный, поскольку в науке там тоже перманентный кризис и места с деньгами только для своих. Ну, и, какбе, убрать мифическую "эволюцию" уже наконец из названия своей лабы.

Кстати, на регистраторе патч-клямпа давно пора сделать прототип и, потом, свой поровый секвенатор. Если не хотим отстать навсегда. Если, конечно, у нас есть в стране ещё электроника такого класса, для засекания изменения сигнала с единичных пор-ячеек. Еще раз: если нанопоровские секвенаторы так хороши, как заявляют из производители, то через лет 5-10 других на рынке не останется и уже сейчас нужно срочно начинать делать свой.
-Ъ-, 20.10.2017 14:13
(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Нет, это была последняя капля - выдвигаю себя в Президенты! Сабчак может, а я нет?!
Долой тоталитаризм, каждому молбиолоху по минИОНУ!!! tongue.gif
ksm, 20.10.2017 17:08
Мне пах-био, пжалста!
genseq, 20.10.2017 17:20
PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам. weep.gif
ksm, 20.10.2017 18:35
(genseq @ 20.10.2017 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам.  weep.gif

так они ж теперь по ту сторону санкций!
dk, 20.10.2017 19:54
Так PacBio - американцы, тоже, наверное, под санкциями? Отечественный Нанофор-5 - вот наш ответ империализму!
sceptique, 20.10.2017 22:52
Может Собчак отправить к её друзьям за миниИОНами, а потом принять на работу в МГУ почетным профессором эволюционной теории и обойти таким образом санкции?
ksm, 21.10.2017 11:40
либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.
Fanat MMM, 21.10.2017 14:25
(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Это точно. Сименс же продали санкционные газовые турбины
sceptique, 21.10.2017 21:44
(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Мини тем и хороши, что они не тяжелые и не такие уж и дорогие, даже сейчас.
Плохи они тем, что расходка у них проприетарная и закрытая, а без неё они безполезны.
ksm, 23.10.2017 19:20
"3. Во избежание попадания в Список запрещенных к отгрузкам лабораторий запрещается передавать продукцию Oxford Nanopore Technologies третьим лицам.
4. Компания СкайДжин может поставить несколько стартовых наборов MinION для разных конечных пользователей в рамках одной организации. Если пользователи будут разные и не будут передавать приборы третьим лицам, и будут пользоваться ими по фактическому адресу лаборатории, то СкайДжин и Oxford Nanopore Technologies будут рады поставить новую технологию."

какая-то чушь! причем тут адрес лаборатории? закупает-то юр-лицо!
т.е. они предлагают сиеквенс запускать в отделе закупок?!)))
ksm, 23.10.2017 19:54
на самом деле я знаю как решить их проблему, но это весьма темное колдунство:
человек, который будет работать на секвенаторе, посылает им собственную кровь вместо подписи.
Оксфорды высылают ему известную только им панель олигов по типу амплисека под сиквенс, и сами параллельно секвенируют ее. Пользователь обязан добавлять в каждый сиквенс собственноручно приготовленную из собственной крови библиотеку, в противном случае секвенатор взрывается и уничтожает пользователя.
КРОВАВОЕ БАРКОДИРОВАНИЕ!!!
sceptique, 24.10.2017 18:29
(ksm @ 23.10.2017 20:20)
Ссылка на исходное сообщение  "3. Во избежание попадания в Список запрещенных к отгрузкам лабораторий запрещается передавать продукцию Oxford Nanopore Technologies третьим лицам.
4. Компания СкайДжин может поставить несколько стартовых наборов MinION для разных конечных пользователей в рамках одной организации. Если пользователи будут разные и не будут передавать приборы третьим лицам, и будут пользоваться ими по фактическому адресу лаборатории, то СкайДжин и  Oxford Nanopore Technologies будут рады поставить новую технологию."

какая-то чушь! причем тут адрес лаборатории?  закупает-то юр-лицо!
т.е. они предлагают сиеквенс запускать в отделе закупок?!)))

Это очень хороший договор на поставку.

Никто не мешает заключить договор на оказание услуг секвенирования между организациями и их оказывать с использованием этих приборов на их территориях по их адресам. А еще лучше - после заключения такой договор засекретить.
LMP, 25.10.2017 10:55
У СкайДжина, видимо представительства в ЕС нет. Так бы просто на себя закупали, а дальше уже их дело куда и кому везти.
sceptique, 25.10.2017 14:36
(LMP @ 25.10.2017 11:55)
Ссылка на исходное сообщение  У СкайДжина, видимо представительства в ЕС нет. Так бы просто на себя закупали, а дальше уже их дело куда и кому везти.

Нет, с ними бы так не заключили договор. Я вообще удивлён, что англосаксы даже своим карманным "учёным" на нашей территории эти секвенаторы продали. Все договора на высокотехнологичные и наукоемкие изделия в ихней системе проходят одобрение комитетов по экспортному контролю, работающих по прецедентному принципу. Если СкайДжин, по данным ихнего извращенческого недогосударства, поставит хоть раз миниИОН каким-либо третьим лицам из стоп-списка (даже если купил на себя), то его дистрибьюторский договор немедленно разорвут (а он наверняка эксклюзивный) и заключат с кем-то ещё. Так что в плане этих приборов наши гейропейские друзья умеют делать за деньги из наших граждан и коллег весьма внимательных своих сотрудников при распространении приборов... shuffle.gif

Видать, боятся китайцев с их демпингом, хотят основать управляемый плацдарм присутствия на будущее. Чтобы когда о крупномасштабной интервенции на наш рынок пойдёт речь, среди наших аборигенов уже был кто-то кто сможет научить за короткий срок всех как на этом работать.
genseq, 25.10.2017 15:31
В начале года иллюминовцы обещали представить общественности до конца года секвенатор Firefly. Конец уже близок, поэтому на днях они продемонстрировали этот секвенатор публике. Отзывов ещё нет, но он уже, похоже, вполне работоспособен.


Картинки:
картинка: Firefly_.JPG
Firefly_.JPG — (24.49)   

картинка: Firefly.JPG
Firefly.JPG — (31.06)   

kblag, 25.10.2017 15:55
уродец какой-то
sceptique, 25.10.2017 16:37
кому интересно как он светится синей линией?

пусть длину ридов опубликуют, цену на 1 запуск и сколько ридов получается с 1 запуска.
ksm, 25.10.2017 18:27
(sceptique @ 25.10.2017 17:37)
Ссылка на исходное сообщение  кому интересно как он светится синей линией?

пусть длину ридов опубликуют, цену на 1 запуск и сколько ридов получается с 1 запуска.

Sequencing error rates are already less than 1 percent, deSouza said. The instrument will generate around 1 gigabase of data per run and will be able to analyze between four to eight samples per run for about $100 per sample.
genseq, 25.10.2017 19:06
(ksm @ 25.10.2017 16:27)
Ссылка на исходное сообщение  Sequencing error rates are already less than 1 percent, deSouza said. The instrument will generate around 1 gigabase of data per run and will be able to analyze between four to eight samples per run for about $100 per sample.


Это они говорили в начале года. Сейчас должна появиться свежая информация.
sceptique, 25.10.2017 19:29
Таргетное секвенирование, сталбыть. 125килобаз - это один длинный ген с промотерной областью или 2-3 коротких. Как по мне - за 6000 рублей весьма неплохое соотношение цены и результата. А если он сам будет 2-3 мильона стоить - капиллярники с рынка он точно вытеснит.

Осталось узнать цену лицензии на медицинские цели. Её всегда продают отдельно и раз в 5 дороже самого прибора...
genseq, 07.11.2017 11:15
Ещё одно событие, незамеченное мировой общественностью.
На ASHG 2017 был представлен Saphyr - прибор для картирования никазных сайтов в очень длинных фрагментах ДНК:
https://bionanogenomics.com/products/saphyr/
От предшественника (Irys) отличается очень приличной производительностью. Одна ячейка выдаёт >640 Gb для фрагментов >100 т.п.о. или >320 Gb при увеличении их длины (>150 т.п.о.).
Может служить хорошим дополнением к флуоресцентным секвенаторам, позволяющим определять CNV и прочие геномные перестройки.
Neo 777, 08.11.2017 18:02
Что мешает нам сделать свой отечественный секвенатор, на полностью наших комплектующих? или уже все настолько плохо, что не сможем??
kblag, 08.11.2017 18:19
Что-бы сделать хорошо нужен рынок сбыта и большой масштаб. Это не вопрос можем или нет, а кто будет покупать. Как показывает практика, приборы сделанные на коленке в единичных копиях стабильно работают только в руках авторов.

Из своих комплектующих мы пока даже пластик для ПЦР делать не можем.
LMP, 09.11.2017 10:59
(kblag @ 08.11.2017 16:19)
Ссылка на исходное сообщение  
Из своих комплектующих мы пока даже пластик для ПЦР делать не можем.
сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так smile.gif А в целом всё верно frown.gif Нанофор-то обычный уже лет 17 как "доводят"...
kblag, 09.11.2017 11:15
сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так

про этот проект я в курсе, только вот не знаю, чем он завершился и где купить пластик smile.gif
хотя посыл верный - начинать нужно с малого
-Ъ-, 09.11.2017 13:52
(LMP @ 09.11.2017 11:59)
Ссылка на исходное сообщение  сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так smile.gif А в целом всё верно frown.gif Нанофор-то обычный уже  лет 17 как "доводят"...

Партия прикажет - доведут, куда денутся. Но может уже обновленной командой. confused.gif
Даже Трамвай доводят и доводят уже 15 лет, все никак... А европя ведь ждет! weep.gif
Думаю, сначала решили Армату довести. smile.gif
Neo 777, 09.11.2017 18:30
Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования. И что тогда будет со страной? Это очень опасно - ничего не уметь производить самим - начиная от компьютеров и сотовых телефонов до секвенаторов.
Получается, нас очень легко могут поломать, если захотят, в любой момент.
-Ъ-, 09.11.2017 18:43
(Neo 777 @ 09.11.2017 19:30)
Ссылка на исходное сообщение  Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования. И что тогда будет со страной? Это очень опасно - ничего не уметь производить самим - начиная от компьютеров и сотовых телефонов до секвенаторов.
Получается, нас очень легко могут поломать, если захотят, в любой момент.

Господам всем тогда хана, а товарищи знают как в таком случае этому Западу надрать одно место. tongue.gif
igm, 09.11.2017 20:33
(Neo 777 @ 09.11.2017 19:30)
Ссылка на исходное сообщение  Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования.
Эти санкции УЖЕ ВВЕДЕНЫ США в отношении энергетического сектора России и распространяются на все фирмы во всех странах.
Carbon Copy, 09.11.2017 21:48
(genseq @ 09.11.2017 14:56)
Ссылка на исходное сообщение  Попытался опубликовать на Geektimes некоторые соображения о задачах отечественного секвенаторостроения. wink.gif
Сейчас модераторы рассматривают мою заявку.  rolleyes.gif
Если опубликуют, то дам ссылку. beer.gif 
До появления на Geektimes можно посмотреть здесь: smile.gif

Молодец, genseq, грамотно изложил первоочередные задачи советской власти! Ты только это, последний абзац убери или перепиши как-нибудь от греха подальше. Можно то же самое сказать, но другими словами.
И ещё, как уже было отмечено другими участнегами, отсутствует целеуказание для чего же и кем же это геномное секвенирование будет использоваться. На примере США я могу сказать, что примерно три четверти (как бы не больше) секвенаторов гоняют в клинике для диагностики рака - мутационные и экспрессионные узко направленные панели. Полные геномы - без надобности. Исходя из этого, твои предпочтения по нанопоровому секвенированию мягко говоря неоправданы. Знаешь сколько PacBio машин простаивает, потому что супер-дорогие длинные риды никому не нужны?
-Ъ-, 10.11.2017 14:52
(genseq @ 09.11.2017 22:54)
Ссылка на исходное сообщение Нашей целью является разработка технологии регенерации таких ячеек, которая позволит в десятки (или даже в сотни) раз уменьшить стоимость нанопорового секвенирования.

Нет, Генсек, это не является нашей целью! Это унизительно сидеть и ждать...
Одноразовые штучки должны идти только прямым, кратчайшим путем в педальное ведро.
Сколько тебя учить, что мы должны идти своим путем - вперед и вверх. smile.gif
sceptique, 11.11.2017 13:46
(Carbon Copy @ 09.11.2017 22:48)
Ссылка на исходное сообщение... Знаешь сколько PacBio машин простаивает, потому что супер-дорогие длинные риды никому не нужны?

ПакБИО - это мертворождённый прибор, незачем его брать ориентиром. И сколько их простаивает - это говорит о том, что и пендосня иногда тупит, ошибается и лажает, тратя напечатанные ими самими деньги впустую.

А дешевый модульный принцип секвенатора размером с флешку простаивать не будет, потому что себестоимость - копейки и риски почти нулевые произвести то, что никому не нужным будет. Я, правда, до сих пор сомневаюсь в качестве и безошибочности его работы, поскольку сырых данных кроме разработчиков в общий доступ пока никто не выкладывает и проверить против какой-нибудь секвенированной клеточной линии человека самому пока нельзя эти независимые от производителя данные. А значит обман не исключён пока.

Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.
Carbon Copy, 11.11.2017 19:29
(genseq @ 11.11.2017 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  Последний абзац переписал. wink.gif

Ничего ты не переписал. Кто пишет про взлом програмного обеспечения и реверс-инжиниринг открытым текстом? Тебе чего, анти-российских санкций мало? Ну так навалят ещё и прекратят поставки любого оборудования в Россию, так как вы там всё воруете и обьявляете об этом во всеуслышание на весь белый свет.

(sceptique)
  Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.

Вот когда длинные риды будут стоить как иллюминовские короткие, тогда они действительно понадобятся многим, но опять же не всем. И да, в некоторых случаях без них не обойтись - например пре секвенировании геномов растений из-за огромного количества повторов. И в клинике - для гаплотипирования. Но, пока никто не хочет платить за банкет. Некоторые, правда, которым деньги подвозят самосвалами, секвенируют на PacBio так, что дым стоит коромыслом. И не надо про мертворожденность PacBio тут заливать - технология самая передовая, но к сожалению дорогая. MinIon стоит копейки, а за расходники к нему - цены тоже пока весьма кусательные.
ksm, 11.11.2017 19:30
(sceptique @ 11.11.2017 14:46)
Ссылка на исходное сообщение  поскольку сырых данных кроме разработчиков в общий доступ пока никто не выкладывает блаблабла


да полноте, данных до *опы. http://nextgenseek.com/2014/09/oxford-nano...genome-is-here/ для примера.
вот в СРА (прости господи): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=minion миньоны
genseq, 12.11.2017 12:13
Сегодня на Geektimes появилась публикация "Задачи отечественного секвенаторостроения": beer.gif
https://geektimes.ru/post/295313/
В связи с этим убрал ранее выложенные здесь варианты.
sceptique, 12.11.2017 16:05
(Carbon Copy @ 11.11.2017 20:29)
Ссылка на исходное сообщение  Ничего ты не переписал. Кто пишет про взлом програмного обеспечения и реверс-инжиниринг открытым текстом? Тебе чего, анти-российских санкций мало? Ну так навалят ещё и прекратят поставки любого оборудования в Россию, так как вы там всё воруете и обьявляете об этом во всеуслышание на весь белый свет.

(sceptique)
  Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.

Вот когда длинные риды будут стоить как иллюминовские короткие, тогда они действительно понадобятся многим, но опять же не всем. И да, в некоторых случаях без них не обойтись - например пре секвенировании геномов растений из-за огромного количества повторов. И в клинике - для гаплотипирования. Но, пока никто не хочет платить за банкет. Некоторые, правда, которым деньги подвозят самосвалами, секвенируют на PacBio так, что дым стоит коромыслом. И не надо про мертворожденность PacBio тут заливать - технология самая передовая, но к сожалению дорогая. MinIon стоит копейки, а за расходники к нему - цены тоже пока весьма кусательные.

Не прекратят - им самим нехило обратно достаётся, пендосам всяким и ихним корпорациям по оборудованию, никто не в обиде. lol.gif Потому и реверс-инжинирингом занимаются у нас всякие оборванцы с гика, а не серьезные конторы, работающие на результат, как в том же Китае. В статье есть важный момент про тот же нанопоровый МИНион - он оказывается не работает без онлайн-контроля через сеть в реальном времени "британскими учоными"©™.
Вские брюкеры-хрюкеры уже до того дошли, что здесь, в России, свои протоколы и софт разрабатывают мозгами и умами МГУ, а потом им же их коллеги отказываются готовые разработки продавать, ссылаясь на санкции. lol.gif А если и продают, то за 10-15-кратную стоимость их изготовления. Где был изготовлен первый прототип того, что сейчас называется масс-спектрометр Q-TOF? В нашей Черноголовке совместно с Питером, в середине 90-ых. Кто его сейчас продаёт нам же и почем? Поинтересуйтесь в сети, выпадете в осадок.

Деньги самосвалами подвозят тем, кто в сговоре с основателями ПакБИО, приборы которой были ущербены с самого начала своего существования, и если бы не тонны вонючей лжи про их "прорывной характер разработки", то и изначально никому нужны бы не были. А так они хоть как-то вынуждены демонстрировать востребованность, за свои же деньги, надеясь что у остальных получится еще хуже. А тут они сильно ошиблись в своем калифорнийском нездоровом оптимизме. Время работает не на них а против них, это уже понятно.

Когда ИОН раскрутится, он всё подомнет под себя, включая клинику, поскольку там себестоимость расходки нулевая почти в сравнении, а точность и безошибочность - оптимизируется анализом статистики прочтений и всячески по-другому дорабатывается.
ksm, 12.11.2017 18:10
(genseq @ 12.11.2017 13:13)
Ссылка на исходное сообщение  Сегодня на Geektimes появилась публикация "Задачи отечественного секвенаторостроения": beer.gif
https://geektimes.ru/post/295313/
В связи с этим убрал ранее выложенные здесь варианты.

Генсек, там на ваш способ изучения, который вы лихо "взломом" величаете уже народ шипеть начал
Carbon Copy, 12.11.2017 19:26
(sceptique @ 12.11.2017 14:05)
Когда ИОН раскрутится, он всё подомнет под себя, включая клинику, поскольку там себестоимость расходки нулевая почти в сравнении, а точность и безошибочность - оптимизируется анализом статистики прочтений и всячески по-другому дорабатывается.

ИОН клинику не подомнёт под себя никогда. Вы все тут - теоретики, оторванные от практики и не знаете и не понимаете рынка услуг next-gen секвенирования. А клинический рынок - это практически полное отсутствие геномного секвенирования. Клиникам нужно очень много коротких ридов из большого числа образцов, только тогда это становится экономически выгодно. Мультиплицирование ограничено только набором баркодов и в клинике секвенируют всегда десятками и сотнями образцов. Гоняют они в основном РНК-сек для экспрессии раковых тканей, где 75 оснований иллюминовского рида - более, чем достаточно, либо же мутационные панели опять же на рак - и опять же короткие риды. Геномное секвенирование и длинные риды им даром не нужны.
Длинные риды нужны очень узкому кругу исследователей, которые сейчас юзают PacBio. И пожалуйста, прекратите обсирать технологию, тем более, что вы не знаете о ней ничего. Вот этих научных маргиналов вы собираете осчастливить ИОН-ом? Да таких в России-то может пара лабораторий наберётся. Да, кольцевой бактериальный геном без gap-ов за раз - зашибись. Да, геном пшеницы - селекционеры будут очень благодарны. Ну и что? Хотя, конечно, на безрыбье и ИОН - хорошо, хоть и стыренный, но надо же с чего-то начинать. Возможно, лишь ради престижа и инвестиции отбить не удастся никогда. А для практики ещё раз повторюсь - нужно очень много коротких ридов и мультиплицирование образцов. Именно это и определяет коммерческий успех Иллюмины, как лидера next-gen секвенирования на сегодня.
sceptique, 12.11.2017 22:34
Командуйте у себя на кухне, пожалуйста. Хамство и эмоции не вернут рынок проигравшим ПакБио. Таргетное секвенирование будет полупроводниковым, пока живо. Потом будет поровым, поскольку поровое по расходке почти ничего не стОит. Себестоимость анализа на поровом севенаторе сравнима с биочипами, а ошибок уже сейчас в 3 раза меньше, чем там.

Если прибор по себестоимости изготовления стоит $100, а расходка на запуск - $20, то никакие шкафы за лимон баксов с расходкой за $1000 будут никому скоро не нужны. По крайней мере, на западе. А для наших будет самое то - купить приборы, распилить бюджеты и через год-другой остаться даже без китайской расходки и с санкциями и унизительными разрешениями на запуск этих волшебных британских палочек вне МГУ...

И ни один нормальный спец ни в клинике ни в науке не откажется от приборов, которые за в 10 раз меньшие деньги будут давать в 100 более длинные риды.
Carbon Copy, 13.11.2017 01:25
sceptique, если из нас двоих кто-то и хамит, то это Вы. Жалоба модераторам уже отправлена, поэтому впредь следите пожалуйста за языком и фильтруйте базар. Я спокойно обрисовал положение вещей в настоящий момент, а в ваших тирадах ничего громе фантазий и оскорблений - нет. Если бы да кабы во рту росли грибы, машинка будет за $100 и рас ходники - за $20. Wishful thinking и маниловщина. Mне этот диалог уже наскучил. На genseq-a я бы вообше настучал куда следует, чтобы он прекратил публикацию подрывных материалов, в которых он ставит в одну линию уважаемые российские научные учреждения и нарушения авторских прав плюс взлом програмного обеспечения. На кого работаешь, genseq?
avial, 13.11.2017 08:51
О, он и здесь модераторам жалуется.
А тем временем на последнем АСКО уже были представлены результаты исследования о том, что лечение как минимум одного типа рака (люминальный B РМЖ, если правильно помню) по стандартам имеет лучшие показатели безрецидивной и общей выживаемости по сравнению с новомодными экспрессионными профилями. Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи.
Кстати, в раке мутационных панелей мало и нужны вообще-то еще крупные перестройки. Короткие риды за счет математики кое-как научились с этим справляться буквально последние год-два, но при наличии технологии, которая позволит эти перестройки ловить напрямую - все немедленно перейдут на нее.
А уже какое количество перестроек надо ловить в наследственных болячках - пока что работает связка аффиметрикса или аджилента плюс НЖС (и иногда MLPA), но единая технология (особенно, если будет дешевле) опять-таки вытеснит всех.

Поменьше слушайте вот таких теоретиков.
sceptique, 13.11.2017 12:02
> Wishful thinking и маниловщина.
Анализ патента и статьи про нутро миниИОНа и его поры поколения R9.
Из $100 себестоимости этой палочки основная часть - это микроконтроллер и цепи первичного усиления/АЦП. Собственно, всё. Предельная технологичность с высокими ошибками. Технологичность настолько высокая, что позволяет менять белок поры (который в основном и генерирует частоту ошибок) и усилительную микроэлектронику/АЦП отдельно друг от друга. Никаких wetware, сохнущих резинок, валов, бачков с реагентами и микронасосов. Никаких сверхчутких ФЭУ, сверхдорогих калиброванных фотолинеек, решеточных монохроматоров и прочего.
Ну, может 1-2 есть на прибор. Это по конструкции - лазерный принтер Хьюлетт-Паккард, изначально так умно и модульно сделанный, что не завоевать весь рынок он не может.

Я сомневался про ошибки, но если в 9 из 10 нуклеотидов он не ошибается, а ридов копит целое море, то слегка переплатив уже сейчас можно весь контиг восстанавливать многократными прочтениями. То есть $20 умножить на 3-4, или даже на 10, и получить за $200 себестоимости весь геном за 2 дня со всеми снипами, гетерозиготами и достоверностью. Получить в поле, портативно, на сотовом телефоне. Или внутри машины на прометИОНе, который размерами (и себестоимостью производства, наверняка) - с лазерный принтер при своей производительности.

Понятно, что для завхоза из африканского сельхоза они поставят ценник, иллюстрирующий для него на понятном ему языке цену его незнания физики и химии с математикой, технологий микроэлектроники и многое другое. Сейчас, в начале - это 800-1000% его себестоимости производства и разработки.
Но это - неизбежность, в принципе. Завхоз, не желающий разрабатывать свои секвенаторы и биотек будет скоро кормить разработчиков чужих. С награбленного. Мне лишь наш народ жаль. И генсека...
LMP, 13.11.2017 14:35
(avial @ 13.11.2017 06:51)
Ссылка на исходное сообщение  Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи. Кстати, в раке мутационных панелей мало и нужны вообще-то еще крупные перестройки.
+, а подтвержденных совсем мало:
http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/drug_resistance
И дальше тестирования хромосомных аберраций в плане диагностики пока мало кто ушел.
Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи.
Так особо и не разочаруете. Раковые "подписи" они ж больше для научных представлений о типах и стадиях. Другое дело, когда изучают молекулярный механизм такого-то препарата, тогда транскриптом - лучший инструмент, хоть и дорогой пока что. Тут еще дело не столько в масштабировании анализов, сколько в их стандартизации.
Neo 777, 14.11.2017 19:13
Читаю Ваши диалоги, господа-товарищи, читаю... Спорите Вы спорите...
В ключе обсуждаемой темы становятся очевидными следующие положения.
1. Обладание аппаратурой, позволяющей быстро, качественно и дешево читать любой отрезок генома или геном полностью - это и важная стратегическая, и научная задача. Решать ее нужно обязательно. Кто знает, какие задачи медицины нам станут по силам, когда геном каждого конкретного человека мы сможем расшифровывать менее чем за сутки, при стоимости такого исследования равной обычному анализу крови - 200 руб.
Думаю, если мы будем параллельно нарабатывать базу корреляций между конкретными болезнями и изменениями последовательностей нуклеотидов в конкретных разных участках генома ("патогеномная сетка" - ПГС (pathogenome mesh - PGM)@) (что делается, но не в том виде, объеме, темпами), - это может кардинально изменить те или иные направления медицины.
Хотелось бы, чтобы родившемуся (или даже развивающемуся в утробе) младенцу помимо всех прочих анализов делали полное секвенирование генома.

2. Сопутствующий вопрос: на какой стадии эмбрионального развития человека мы уже сейчас можем делать полногеномное секвенирование?

3. Если мы до скончания веков будем сидеть на игле импортного оборудования от компьютеров и мобильных телефонов до секвенаторов, то это чревато. Отечественные секвенаторы, разной мощности, с полным циклом их производства на нашей территории, обязательно должны быть. Причем в принципе без разницы, скопируем мы что-то, или скопируем а потом улучшим, либо заново изобретем и т.д. Все все друг у друга копируют, а потом стараются улучшить, превзойти.

4. Сопутствующий вопрос: почему наше верховное руководство не шевелится в этом направлении?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2022 Invision Power Services, Inc.