Молодец, genseq, грамотно изложил первоочередные задачи советской власти! Ты только это, последний абзац убери или перепиши как-нибудь от греха подальше. Можно то же самое сказать, но другими словами.
Прошла ровно неделя после появления на Geektimes "жёсткого" варианта "Первоочередных задач":
Можно подвести первые итоги. Новостей, как обычно, две. Одна - хорошая, другая - плохая. Начну с хорошей. Опус всего за неделю набрал 9 тысяч просмотров. Плохая новость заключается в том, что почти все комментарии (143 шт./7 дней) весьма негативные.
P.S.: Carbon Copy был абсолютно прав. Писать нужно было не о "взломе ПО", а о "информационной безопасности" и о "реверс-инжиниринге программного обеспечения". Теперь хоть знаю, как это называется у профессионалов.
ksm, 19.11.2017 12:14
" ...весьма негативные" - хипстеры лютуют! да, среди негативных пустозвонства тоже >95%, по моим скромным оценкам.
kblag, 19.11.2017 13:07
genseq, мне кажется Вы немного неправильно понимаете аудиторию geektimes. Для Вас секвенатор - это глобальная идея, а для читателей - очередная прикольная штуковина. Про то, как эту штуковину собрать читать прикольно, про то, как Россия должна догнать и перегнать - нет. Geektimes это не политический ресурс. Но так как про сбор секвенатора на кухне или подробностей функционирования от опытного сервис инженера информации в статье нет, то и "выхлоп" соответствующий - обсуждение фразы про взлом.
genseq, 19.11.2017 17:27
(kblag @ 19.11.2017 11:07)
genseq, мне кажется Вы немного неправильно понимаете аудиторию geektimes.
Аудиторию понимаю правильно. Именно в этой навозной куче можно найти требуемые жемчужные зёрна. Но в комментариях они не светятся. Пишут на личную почту.
vb, 19.11.2017 23:26
(genseq @ 19.11.2017 15:27)
Аудиторию понимаю правильно. Именно в этой навозной куче можно найти требуемые жемчужные зёрна. Но в комментариях они не светятся. Пишут на личную почту.
ну удачи, коли так.
genseq, 18.12.2017 10:52
Сегодня - небольшая круглая дата. Количество просмотров публикации "Задачи отечественного секвенаторостроения" на перевалило за 10 тысяч.
Особых новостей в области NGS пока не вижу, хотя 1 декабря в Нью-Йорке завершилась конференция Oxford Nanopore. Её основные итоги описаны здесь:
Заметным событием (для тех, кто понимает) стала сборка гексаплоидного генома пшеницы (Triticum aestivum). Новые секвенаторы SmidgION и PromethION обещают выпустить в продажу только во второй половине 2018 года.
Ещё недавно появилась публикация о проблемах мобильного секвенирования (т.е. о MinION). Рекомендую:
И ещё в минувшую пятницу появилось сообщение о первом риде, длина которого превысила миллион нуклетидов (1,015 Mb):
genseq, 07.01.2018 14:26
Из-за праздников пропустил описание запуска MinION в Санкт-Петербурге от 31.12.2017:
genseq, 19.01.2018 10:32
Ещё одна пропущенная новость. Illumina недавно объявила о том, что продажа секвенаторов iSEQ 100 (проект Firefly) начнётся в I квартале этого года. Прибор довольно дешёвый (~$20 тыс.) и компактный (30.5×33×28 см, 16 кг). Способен за 17,5 часов секвенировать до 3000 ампликонов (2х150 bp):
Картинки: Illumina_iSeq_100.jpg — (24.22)
avial, 22.01.2018 13:42
А стоимость расходки неизвестна пока?
genseq, 22.01.2018 14:39
The 2x150 cartridges are priced at $625 each, with small (~5%) discounts for packs of four.
-Ъ-, 22.01.2018 15:36
Генсек, подавай в суд, там тебя нагло используют:
Очень крутой кит!
kblag, 22.01.2018 16:08
Новый компонент набора – Реагент В заменяет магнитные частицы AMPure® Beads на этапе финальной очистки библиотек* после стадии преамплификации.
так может частицы Генсека и он в доле
avial, 23.01.2018 10:14
(genseq @ 22.01.2018 12:39)
The 2x150 cartridges are priced at $625 each, with small (~5%) discounts for packs of four.
Тогда я чего-то не понимаю - а смысл менять Майсек вот на это? Что-то среднее получается между микрокитом за $800 с 8 млн. PE и нанокитом за $500 с 2 млн. PE. И вместо того, чтобы выпустить 4 млн. за $600 для майсека, они делают отдельный прибор. Опять маркетологи постарались, гениально просто. Конечно, в качестве нового прибора цена вкусная, но в качестве удешевления NGS-анализа (например, 400-500 тыс. ридов за 100 баксов) опять глухо, при наличии майсека светлячок просто не нужен. А ведь могли бы занять нишу индивидуального таргетного секвенирования, для запуска 1-2образцов многие были бы готовы купить в дополнение к существующему зоопарку.
ksm, 23.01.2018 10:30
так новый прибор под амплисеки, чтобы цену на расходники клиентом отбивать, а ниша, о которой вы пишите - Сэнгер
avial, 23.01.2018 11:10
На панель размером меньше одной мегабазы (а это генов 20-30) на майсек надо копить 12 или 24 образца и то покрытие избыточное для герминальных. Вариантов дешево поставить такую панель для 1-2-3 образцов на сегодняшний день для иллюмины не существует - микро и нанокиты все равно слишком дороги. А потребность ставить 1-2-3 образца есть.
genseq, 11.02.2018 22:14
Новости нанопорового секвенирования:
1. В начале февраля прошли запуски MinION в Нижнем Новгороде и в Оболенске (!!!?):
2. On 8th Feb 2018, Clive G Brown provided a tech update on Oxford Nanopore by webcast.
Key updates included: A pathway to a sub-$1,000 genome using PromethION (and longer term, MinION). PromethION pricing is now on the store. Introducing Flongle, an adapter for MinION and GridION that enables smaller, single-use flow cells for smaller samples. Flongle may be used in the lab for smaller tests of quality checks, outside the lab, or may be developed into tests for applications like diagnostics, agriculture, food safety, water testing, education. First Flongles will be available for Early Access around the London Calling conference. As Oxford Nanopore aims to get closer to our anyone/anywhere goal, we are launching MinIT, a pre-configured IT solution that replaces a laptop for MinION or Flongle.
kblag, 11.02.2018 22:31
Про Оболенск подтверждаю - закуплено три штуки и пробный запуск был. У меня там брат работает
LMP, 12.02.2018 10:46
А по-подробней можно? Как получилось. Или пока рано?))
SkyGen, 12.02.2018 12:00
Коллеги, мы со своей стороны можем пригласить вас на вебинар - о нашем опыте инсталляций шести систем MinION в России - зарегистрироваться можно тут: goo.gl/tx9mq3
LMP, 12.02.2018 12:12
(SkyGen @ 12.02.2018 10:00)
Коллеги, мы со своей стороны можем пригласить вас на вебинар - о нашем опыте инсталляций шести систем MinION в России - зарегистрироваться можно тут: goo.gl/tx9mq3
ссылка не открывается. Вы бы программу вебинаров что ли выложили, а то звучит как реклама скаджина: чего её слушать она и так в "фирмах" висит.
SkyGen, 12.02.2018 13:03
(LMP @ 12.02.2018 13:12)
ссылка не открывается. Вы бы программу вебинаров что ли выложили, а то звучит как реклама скаджина: чего её слушать она и так в "фирмах" висит.
Спасибо за ответ! У нас ссылка открылась в сокращенном варианте - который указан выше. На всякий случай вот оригинальная ссылка на регистрацию: вот сокращенная: goo.gl/tx9mq3
Вы можете скопировать ее в браузер.
Название вебинара: Успешные запуски секвенаторов MinION от Oxford Nanopore Technologies в России – теория и практика от СкайДжин
Анонс: Технология нанопорового секвенирования сегодня занимает новые позиции в мировой науке: каждый день приходят новости о новых решаемых задачах и улучшении точности получаемых данных. СкайДжин – официальный дистрибьютор Oxford Nanopore Technologies – приглашает вас принять участие в вебинаре, на котором мы расскажем не только о технологии, но и поделимся успешным опытом по запускам первых MinION в октябре 2017 - феврале 2018 года в российских лабораториях.
Дата: 26 февраля 2018 г Время: 16.00 по московскому времени Регистрация: требуется
genseq, 28.02.2018 08:47
(SkyGen @ 12.02.2018 10:00)
Коллеги, мы со своей стороны можем пригласить вас на вебинар - о нашем опыте инсталляций шести систем MinION в России - зарегистрироваться можно тут: goo.gl/tx9mq3
Пропустил начало вебинара из-за проблем с компьютером. Наверное, поэтому не услышал ничего о шести системах MinION, инсталлированных в России. На сайте Скайджин фигурируют новости только об одном московском (ЦНИИЭ) и трёх российских (Новосибирск, Нижний Новгород, Оболенск):
Отсюда - вопрос: Где инсталлированы ещё два Мин'ИОНа?
-Ъ-, 28.02.2018 12:28
(genseq @ 28.02.2018 09:47)
Отсюда - вопрос: Где инсталлированы ещё два Мин'ИОНа?
Ну найдешь где, а что дальше, кому это интересно Интересная у тебя работа, Генсек. Мне предлагали поиграться - отказался, еле ноги унес.
sceptique, 28.02.2018 17:32
Врачам они официально продать ничего не смогут: РУшки для медицинских госзакупок в 2018 году у прибора не будет, посему только в чистую науку можно будет купить или чистым коммерсантам у которых после проверок не всю оборотку арестовали ещё
Играться с ним незачем, на вебинаре достаточно наговорили, чтобы понять что это за зверь. Я лично понял его характер. Скопировать его, скорее всего, даже зная белки, будет близко к невозможному, судя по всему поры, даже самые лучшие, недостаточно всё ещё стабильны. А у большинства пиратов вообще ничего не будет работать, уже через час после рефолдинга в мембране.
genseq, 07.03.2018 11:58
Появилась идея использовать криптовалютные технологии для хранения и монетизации секвенированных геномов. Покопавшись в Интернете обнаружил сразу несколько попыток её реализации. Причём самая серьёзная, на платформе Ethereum, затеяна нашими людьми:
Конкуренты:
Фигли думать - всё давно придумано!
sceptique, 09.03.2018 22:38
75-100 МБайт на каждого жителя в блокчейн грузить, да еще в открытом виде - это не только безумие в плане размера такой цепочки на всех граждан, но и открытое нарушение уголовного кодекса РФ.
Нашими людьми это затеяно пока они не понимают, что раскрывать свои геномные данные всем - это всё равно что подарить свои отпечатки пальцев, паспорт и кредитки разбойникам в лесу.
genseq, 10.03.2018 09:06
(sceptique @ 09.03.2018 20:38)
75-100 МБайт на каждого жителя в блокчейн грузить, да еще в открытом виде - это не только безумие в плане размера такой цепочки на всех граждан, но и открытое нарушение уголовного кодекса РФ.
Нашими людьми это затеяно пока они не понимают, что раскрывать свои геномные данные всем - это всё равно что подарить свои отпечатки пальцев, паспорт и кредитки разбойникам в лесу.
Достоинством блокчейн-технологии является хорошая защищённость геномной информации. Её собственником является только обладатель генома. И только он имеет право ей распоряжаться - предоставлять полный или ограниченный доступ заинтересованным лицам или организациям. Причём за вполне конвертируемую криптовалюту. Или за её эквиваленты (токены). А вырученными токенами оплачивать услуги биоинформатиков и прочие плюшки.
По-моему идея вполне достойная "раскрутки". И не только по-моему. Одних только токенов ZNA (от Zenome) продано уже почти 10 миллионов. И оплачены они конвертируемыми эфирами и биткойнами.
sceptique, 10.03.2018 14:49
Вы не расшифруете, что значит "хорошая защищённость", дорогой ГенСеq?
Сервера (все!) этой цепочки находятся на территории РФ, сертифицированы ФСТЭК и ФСБ на отсуттсвие незадокументированных особенностей программного кода? Все (ВСЕ, Карл!) участники блокчейна имеют письменные разрешения от загрузчика в блокчен своего генома на владение своими генетическими данными, и, главное, ключ от блока с конкретным геномом есть ТОЛЬКО у его владельца изо всей "цепи"?
Достоинством блокчейн-технологии является лишь самый мутный из всех возможных механизм сокрытия данных и ключа, позволяющего их расшифровать. Данные просто случайным образом размазываются по всем участникам "цепи", маленькими кусками-блоками. При этом все ссылки на блоки имеются у всех, и КАЖДЫЙ, у кого есть набор ключей (а что-то мне подсказывает, что он есть не только у декларированных и доверчивых лохов-юзеров) может по данным сети стащить (украсть, стибрить и прочие эпитеты) данные, даже не засветившись, поскольку случайный доступ никак нельзя посторонним связать с конкретной целью, которую хочет собрать злоумышленник, спёрший или тихо скопировавший всю непубличную цепочку себе. Блокчейн - это не технология защиты чего-либо типа данных. Это технология бесследного их воровства и обобществления без возможности изъять их из публичного доступа, поскольку однажды туда загруженное уже невозможно стереть, как и в большом интернете.
genseq, 10.03.2018 19:37
Похоже, в блокчейновых технологиях Вы разбираетесь намного лучше меня. Мои познания ограничиваются тем фактом, что криптовалюту (биткойны, эфиры и т.п.) воруют не так уж и часто.
Today there are 30 Tokens that operate within the healthcare, medicine or pharmaceutical space. In the next 12 months there could 120, maybe 150 new tokens in issue as more and more entrepreneurs and innovators flock to the ICO markets in search of funds to develop their healthcare products and services.
sceptique, 10.03.2018 23:51
Раздувание венчурных пузырей, особенно с публично-торгуемыми компаниями - это намного более древний "бизнесс", чем обобществление своих геномов
sceptique, 11.03.2018 14:27
(genseq @ 10.03.2018 20:37)
... криптовалюту (биткойны, эфиры и т.п.) воруют не так уж и часто.
Так называемую "криптовалюту", или токены, украсть (в классическом понимании этого слова, то есть - присвоить без ведома владельца и общества) невозможно, поскольку они - именные и вся цепь (весь интернет) знает кому какое количество чего принадлежит. И пока крптоключ владельца не удостоверит переход прав собственности - она не может измениться, поскольку нельзя чисто технически перезатереть многие миллионы цепочек, хранящихся распределенно в одно и то же измененнное состояние без ведома владельца. Нельзя - пока владелец криптоключа не подпишет сам переход их состояния в новое. Или, чего пока не происходит, но ради чего всё и делается, некто, кто тихо владеет всеми ЧУЖИМИ частными ключами СВОЕЙ цепи не захочет присвоить или переписать на себя или своего бенефициара ЧЬИ-ТО токены. Обычно это происходит после смерти владельца или с полным заметанием следов и гарантией, что прошлый владелец НИКОГДА не заявит сам о краже. Поэтому - о кражах просто никто не знает в силу закрытости использования непубличных приватных ключей, а не потому, что их нет, дорогой ГенСеq. Просто говоря - красть информацию могут только "руты" этих сетей и цепей, про которых активно верещится, что "их нет".
genseq, 25.04.2018 09:02
Наступило 25 апреля. Поздравляю всех с Днём ДНК!
Иллюстрации к докладу на сегодняшнем семинаре можно посмотреть здесь:
Просмотрел, новость - двухнедельной давности. Иллюмина - это наше всё, потихоньку подминает под себя геномное секвенирование в США.
Illumina to Acquire Pacific Biosciences for Approximately $1.2 Billion, Broadening Access to Long-Read Sequencing and Accelerating Scientific Discovery
SAN DIEGO & MENLO PARK, Calif.--(BUSINESS WIRE)--Nov. 1, 2018-- Illumina, Inc. (NASDAQ: ILMN) and Pacific Biosciences (NASDAQ:PACB) today announced they have signed an agreement for Illumina to acquire Pacific Biosciences at a price of $8.00 per Pacific Biosciences share in an all-cash transaction. This price represents a premium of 71% to Pacific Biosciences’ 30 trading day volume weighted average share price as of the market close on October 31st, 2018, and a total enterprise value of approximately $1.2 billion on a fully diluted basis.
The agreement has been approved by the board of directors of Illumina and Pacific Biosciences. The acquisition complements Illumina sequencing solutions with accurate long-read sequencing capabilities to answer a set of complex genomic questions. While Illumina’s accurate and economic short-read sequencing platforms address the majority of sequencing applications optimally, select applications, such as de novo sequencing and sequencing of highly homologous regions of genomes, are better addressed with accurate long-reads. With its acquisition of Pacific Biosciences, Illumina will be positioned to provide integrated workflows and novel innovations that bring together the best of both technologies to help researchers advance their discoveries faster and clinicians offer new tests economically.
apoptos, 05.12.2018 22:28
Коллеги, как-то вы про BGI забыли )) Вот занимательный новости и слова про 70%, не думаю, что вранье...
Ну и наконец-то qiagen можно купить в нормальном месте...
так, к слову пришлось... ибо кто-то хотел слить одно в другое, но можно вспомнить и про с винтом и про лабиринт...
Carbon Copy, 06.12.2018 03:52
(apoptos @ 05.12.2018 20:28)
Коллеги, как-то вы про BGI забыли )) Вот занимательный новости и слова про 70%, не думаю, что вранье...
Канешн канешн, со смехотворной длинной рида 35 букв только геномы растений секвенировать. Пусть лохам втирают про 70% геномов различных видов растений и животных. Длинные риды (PacBio, Oxford Nanopore)- обязательное условие секвенирования сложных растительных геномов с большим количеством повторов.
banned sceptique-NMRguy, 06.12.2018 04:57
Вы мне лучше скажите, куда провалилась страсть хеликоновцев торговать строго американским? Что с ними случилось?
Длинные участки можно и нужно капиллярником проходить (в нормальных лабах это делают в параллель) всё равно - он не ошибается вообще (особенно в полиплоидных геномах, в отличие от всего остального). Про ПакБио - особенно смешно с учётом того, как оно ошибается и ломается. И сколько при этом стоило...
Carbon Copy, 06.12.2018 06:07
(banned sceptique-NMRguy @ 06.12.2018 02:57)
Длинные участки можно и нужно капиллярником проходить (в нормальных лабах это делают в параллель) всё равно - он не ошибается вообще (особенно в полиплоидных геномах, в отличие от всего остального). Про ПакБио - особенно смешно с учётом того, как оно ошибается и ломается. И сколько при этом стоило...
Пожалуйста, не пишите того, чего не знаете, Вы себя ставите в неловкое положение. Я на PacBio секвенировал много чего, в том числе геном пшеницы (не помню - какого то определённого сорта). Про капиллярник - Вы себе обьём работы представляете хоть немного?
genseq, 06.12.2018 09:18
(apoptos @ 05.12.2018 20:28)
Коллеги, как-то вы про BGI забыли )) Вот занимательный новости и слова про 70%, не думаю, что вранье...
Спасибо за новость. Не знал, что у BGI появился официальный представитель в России. Интересно, сколько стоит их MGISEQ-2000? И почём расходные материалы?
Картинки: MGI.jpg — (74.9)
Dima11, 06.12.2018 10:35
(Carbon Copy @ 06.12.2018 04:52)
Канешн канешн, со смехотворной длинной рида 35 букв только геномы растений секвенировать. Пусть лохам втирают про 70% геномов различных видов растений и животных. Длинные риды (PacBio, Oxford Nanopore)- обязательное условие секвенирования сложных растительных геномов с большим количеством повторов.
35 букв???
150+150
Carbon Copy, 06.12.2018 17:32
(Dima11 @ 06.12.2018 08:35)
35 букв???
150+150
И чо? У Complete Genomics было 35 букв, но китайцы по всей видимости накрутили по максимуму, как всегда в ущерб качеству. По большому счёту длина рида не критична для многих аппликаций. Illjumina же цветёт и пахнет с 150 буквами. SOLID правда вылетел в трубу с 50. НО, растительные геномы ими не отсеквенируешь однозначно. Поэтому "70% геномов различных видов растений и животных" - не боле, чем профанация и рекламный трюк.
banned sceptique-NMRguy, 11.12.2018 07:15
(Carbon Copy @ 06.12.2018 07:07)
Пожалуйста, не пишите того, чего не знаете, Вы себя ставите в неловкое положение. Я на PacBio секвенировал много чего, в том числе геном пшеницы (не помню - какого то определённого сорта). Про капиллярник - Вы себе обьём работы представляете хоть немного?
Пшеница от рака не умирает и в суд её родня на Вас за пропуск соматической мутации не подаст. Так что веселитесь со своими овощами сколько хотите и на чём хотите, главное от людей держитесь подальше - ради собственнного блага.
А хвалится что заправлял реагентами ПакБио и вынимал из него данные с кучей ошибок в коде - стало тем же самым, что воспоминать о полётах на станции "Мир" и секвенировании рошевским Джуниором. "Какая хорошая была станция Мир! Какие в ней были ШЛЮЗЫ!" Как интересно было секвенировать геном пшеницы на ПакБио! Какие длинные из неё вылазили РИДЫ!!!!
Carbon Copy, 11.12.2018 17:31
(banned sceptique-NMRguy @ 11.12.2018 05:15)
Пшеница от рака не умирает и в суд её родня на Вас за пропуск соматической мутации не подаст. Так что веселитесь со своими овощами сколько хотите и на чём хотите, главное от людей держитесь подальше - ради собственнного блага.
А хвалится что заправлял реагентами ПакБио и вынимал из него данные с кучей ошибок в коде - стало тем же самым, что воспоминать о полётах на станции "Мир" и секвенировании рошевским Джуниором. "Какая хорошая была станция Мир! Какие в ней были ШЛЮЗЫ!" Как интересно было секвенировать геном пшеницы на ПакБио! Какие длинные из неё вылазили РИДЫ!!!!
Ну что тут сказать. Хамство никогда никого не украшало, пусть даже и сдобренное весёлыми смайликами. Если Вам нечего сказать по существу, так как Вы по всей видимости не разбираетесь в предмете обсуждения абсолютно, лучше было бы промолчать. Отвечать выпадом на выпад я не собираюсь, чтобы не устраивать очередной говносрач, тем более, что смысл Вашего высказывания весьма туманен. Одно лишь замечу про "овощи" - Монсанто секвенирует растения так, что секвенаторы горят от перегрузки, а данные потом анализируются целым биоинформатическим институтом. И нигде эти результаты не публикуются, так как всё - частная собственность.
banned sceptique-NMRguy, 12.12.2018 19:57
На здоровье. Главное - пусть не забывают маркировать их "ГМО" и сами почаще этим питаться. Их страна (монсант разных) - их порядки.
kb1, 27.12.2018 17:12
Ну и наконец-то qiagen можно купить в нормальном месте...
[/quote]
Может со временем и отечественное что-то появится
banned sceptique-NMRguy, 28.12.2018 07:21
Они и Сибэнзим теперь продают!! Ааааа!!!!
А это вообще невероятно:
-Ъ-, 28.12.2018 10:48
[quote=kb1,27.12.2018 18:12] Ну и наконец-то qiagen можно купить в нормальном месте...
[/quote]
Может со временем и отечественное что-то появится
[/quote] Имеет тот же недостаток что и WGA - biasis во вновь синтезированном ДНК. В статье на эту тему ничего. Но в любом случае, думаю, когда под рукой крохи "ценнейшей днк" - найдет применение.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Молодец, genseq, грамотно изложил первоочередные задачи советской власти! Ты только это, последний абзац убери или перепиши как-нибудь от греха подальше. Можно то же самое сказать, но другими словами.
Challenges_2017.pdf
SEQ___2018.ppt
))
