По порядку номеров:
1.1 Да
1.2 Да
1.3 Да-да-да. Последнее - не в России.
1.4 Да. И да (не в России).
1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться.
1.5 Смысл есть. Заниматься некому.
1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю.
1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году.
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
Технологии секвенирования следующего поколения.
genseq, 06.12.2019 16:42
Картинки:
H_L.png — (378.82)
dk, 08.12.2019 14:19
Генсек, смотря для чего. Для того же метабаркодинга нанопоры в ближайшем будущем не смогут обеспечить должную производительность (за разумные деньги). А вот если кондуктометрический ГенапСис сможет "подвинуть по цене" Иллюмину и ИонТоррент - вот это будет очень интересно. По крайней мере уже имеет смысл "запастись попкорном" и начать искать несколько нелишних млн.руб. - высокопроизводительное секвенирование должно стать доступнее.
genseq, 08.12.2019 18:06
А какая нужна производительность для метабаркодинга?
dk, 09.12.2019 21:42
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.
genseq, 10.12.2019 09:14
(dk @ 09.12.2019 19:42)
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.1. Главное в нанопоровой технологии - очень низкая себестоимость секвенирования, которая после появления конкурентов приведёт к снижению его стоимости.
2. Пора помирает, но сейчас уже не через несколько "протяжек", а через несколько сотен (или даже тысяч) "протяжек" (ридов).
3. Нынешние нанопоры уже неплохо справляются и с короткими ридами. А если нужно увеличить общее количество коротких ридов, то их сшивают. И секвенируют длинными ридами.
4. Число ошибок медленно, но верно снижается. Сейчас однократное чтение даёт меньше 95% ошибок на ДНК большинства бактерий и 94% на ДНК человека. Качество многократного чтения (>40) превышает Q40, а с нанопорами десятой серии перевалило за Q50. Для метабаркодинга этого более чем достаточно.
dk, 10.12.2019 19:54
Генсек, спасибо! Значит, есть ещё больший смысл копить несколько лишних миллионов!
genseq, 10.12.2019 20:40
А бывают лишние миллионы? 
banned sceptique-NMRguy, 29.12.2019 23:20
(genseq @ 10.12.2019 21:40)
А бывают лишние миллионы? У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние.
Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
микробиом, 30.12.2019 11:35
(banned sceptique-NMRguy @ 30.12.2019 00:20)
У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
пару лет назад.
ваамщето Рош сдох в NGS лет 10 назад
breznak, 14.01.2020 05:04
в пьянстве замечен небыл но по утрам пил холодную воду
Acer-X, 20.01.2020 19:07
(genseq @ 10.12.2019 21:40)
А бывают лишние миллионы? Bit, 22.01.2020 10:17
Обсуждение JPM Morgan Conference в блоге Keith Robison
презентации новинок Illumina и Genapsys
презентации новинок Illumina и Genapsys
genseq, 22.01.2020 10:58
DNA_DAY__Sequencing___2020.ppt
genseq, 22.01.2020 20:16
То же, но в pdf:
Файл/ы:
 DNA_DAY__Sequencing___2020.pdfразмер: 6.12 кол-во скачиваний: 580 |
Acer-X, 07.02.2020 00:36
(dk @ 09.12.2019 22:42)
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.в принципе нанопоры доджны делать 16s microbioms на полной 16с до уровня штамма в клинике
H3K27me2, 12.02.2020 21:46
mail-e, 14.02.2020 16:39
mail-e, 17.02.2020 09:02
(H3K27me2 @ 12.02.2020 22:46)
Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов
H3K27me2, 20.02.2020 22:45
(mail-e @ 17.02.2020 10:02)
Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов либо авторы не указали что мультиплексные библиотеки
либо это юникли маппед ридс но тогда накасячили с либрами
cellcounter, 28.04.2020 23:36
(Vadim Sharov @ 28.04.2020 16:48)
SARS-CoV-2 NGS data analysis in Strand NGS - 29 Апр 2020genseq, 24.08.2020 10:13
BGI в последнее время всё лучше конкурирует с Illumina. Скоро в продаже может появиться парочка новых систем - настольная (модульная, на основе DNBSEQ E) и "напольная" (MGIFLP). А есть ещё и роботизированная (DNBSEQ-Tx), с производительностью 20 Tb в сутки. Правда, модульная была анонсирована ещё в ноябре прошлого года, а роботизированная - в марте этого. Но есть надежда, что до конца года они созреют для продажи.
Картинки:
_100.png — (266.57)
Permission, 01.09.2020 22:53
Молча убрали мой пост. Некрасиво.
А мысль моя была проста, но не приятна для молбиологов и генетиков.
Суть её в том, что сколько угодно можно говорить о полезности и красоте одежды, обсуждать
материалы, используемые для нее, покрои, нитки, размеры, износостойкость и.т.д и т.п. Полезно? Несомненно, в малых масштабах. Однако, «пустячок» вне нашего внимания - какого субъекта наряжают в эти одеяния? Кто это? Как он живёт-может? Это главное. Но это главное - МИМО. Почему? Потому, что сиквенс, точнее его внешняя оболочка, это ПРЕЖДЕ ВСЕГО БИЗНЕС, а это ДЕНЬГИ. И это главное, вытесняющее действительно ГЛАВНОЕ, - кто в этих одеждах? Что он и как он? Разве неправда? Хоть засеквенируйтесь в дребодан. Не зная диалектов языка ДНК --- мРНК --- Белков, все остальное - имитация работы. Когда власть предержащие и деньги дающие поймут это, причем, очень скоро, тогда лингвистическая генетика умрет, не родившись. Что контр продуктивно, это тупик генетики и мол. биологии, стирай - не стирай сей пост.
А мысль моя была проста, но не приятна для молбиологов и генетиков.
Суть её в том, что сколько угодно можно говорить о полезности и красоте одежды, обсуждать
материалы, используемые для нее, покрои, нитки, размеры, износостойкость и.т.д и т.п. Полезно? Несомненно, в малых масштабах. Однако, «пустячок» вне нашего внимания - какого субъекта наряжают в эти одеяния? Кто это? Как он живёт-может? Это главное. Но это главное - МИМО. Почему? Потому, что сиквенс, точнее его внешняя оболочка, это ПРЕЖДЕ ВСЕГО БИЗНЕС, а это ДЕНЬГИ. И это главное, вытесняющее действительно ГЛАВНОЕ, - кто в этих одеждах? Что он и как он? Разве неправда? Хоть засеквенируйтесь в дребодан. Не зная диалектов языка ДНК --- мРНК --- Белков, все остальное - имитация работы. Когда власть предержащие и деньги дающие поймут это, причем, очень скоро, тогда лингвистическая генетика умрет, не родившись. Что контр продуктивно, это тупик генетики и мол. биологии, стирай - не стирай сей пост.
genseq, 02.09.2020 09:53
Убрал молча. Наверное, это некрасиво. Но я убираю все сообщения, не имеющие отношения к теме. Здесь обсуждаются не высшие сферы молекулярной генетики, недоступные простым учёным, а новые технологии секвенирования. Так что извините, но для обсуждения глубинных принципов хранения и передачи генетической информации Вам лучше открыть свою тему. Здесь все отвлекающие от секвенирования сообщения удаляются. 
Permission, 02.09.2020 11:30
(genseq @ 02.09.2020 10:53)
Убрал молча. Наверное, это некрасиво. Но я убираю все сообщения, не имеющие отношения к теме. Здесь обсуждаются не высшие сферы молекулярной генетики, недоступные простым учёным, а новые технологии секвенирования. Так что извините, но для обсуждения глубинных принципов хранения и передачи генетической информации Вам лучше открыть свою тему. Здесь все отвлекающие от секвенирования сообщения удаляются. Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.
kb1, 02.09.2020 15:40
(Permission @ 02.09.2020 12:30)
Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.Ну, так не топчитесь здесь. Вам - в Лувр, а мы красками займемся.
genseq, 16.10.2021 10:36
genseq, 13.12.2021 12:12
Вести с полей (нанопоровое секвенирование):
genseq, 29.12.2021 20:52
С Новым годом!
dk, 30.12.2021 10:33
Генсекыч не выдержал и решил почистить свои темы. Похвально!
genseq, 30.12.2021 20:05
Shikooo, 23.08.2022 23:40
guest: Ufa1688 , 01.09.2022 17:18
In the buildup to the current Ukrainian counteroffensive, the United States urged Kyiv to keep the operation limited in both its objectives and its geography to avoid getting overextended and bogged down on multiple fronts, multiple US and western officials and Ukrainian sources tell CNN.
Macanbola, 25.09.2023 07:16
macanbola78, 29.09.2023 05:05
linkr.bio/macanbolanews
Situs Bandarjitu, 05.10.2023 14:42
adalah Situs yang menyediakan Permainan dengan Pasaran Terlengkap, mudah Maxwin, dan Bandar Resmi yang aman juga terpercaya di Indonesia. Gabung sekarang juga bersama dan dapatkan penawaran Promo menarik dari Situs terbaik Bandarjitu. Bonus New Member dan Rollingan All Game menanti Anda. Daftar Gratis sekarang hanya di
BANDARJITU, 13.10.2023 07:32
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.