Генсек. мы что купить не можем? Раз такая пьянка, давай купим парочку! Пользоваться б.у - это же такой... ну сам понимаешь.
genseq, 27.01.2012 14:59
(-Ъ- @ 27.01.2012 09:44)
Генсек. мы что купить не можем? Раз такая пьянка, давай купим парочку! Пользоваться б.у - это же такой... ну сам понимаешь.
Мне ими не пользоваться. Мне их распилить. И желательно побыстрее. А новые будут добираться 2...3 месяца. Да и рука на них не поднимется.
bee1, 27.01.2012 20:01
(genseq @ 26.01.2012 19:14)
Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ион 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные?
скорее всего - да минимальная упаковка в 4 314-х чипа вроде 800 ефриков ?
Самое интересное Ион Прот6он реально убивает Ион Торрент на корню - скоро Ионы Торренты вместе с 314, 316 и 318 будут дарить в нагрузку
У меня большое подозрение, что Ионы Торренты и 314, 316, 318 - это типичный способ АБИ продавать бета-версии разработок лохам
в германии 316 кит на 4 чипа - 1380 евриков с налогом будет
-Ъ-, 07.02.2012 14:12
Все больше и больше убеждаюсь что проекты по полногеномному секвенированию - мафиозные проекты! Лохи вовлечены в финансирование "передовой науки", покупая "промежуточную" красиво упакованную какашку! Даром не взял бы... Пардон, сорвалось.
Guest, 07.02.2012 14:37
(-Ъ- @ 07.02.2012 14:12)
Все больше и больше убеждаюсь что проекты по полногеномному секвенированию - мафиозные проекты! Лохи вовлечены в финансирование "передовой науки", покупая "промежуточную" красиво упакованную какашку! Даром не взял бы... Пардон, сорвалось.
дк деньги-то народные чего их жалеть
-Ъ-, 07.02.2012 14:40
(Guest @ 07.02.2012 15:37)
дк деньги-то народные чего их жалеть
А у меня вот уже 20 лет деньги не народные!
Guest, 07.02.2012 14:43
(-Ъ- @ 07.02.2012 14:40)
А у меня вот уже 20 лет деньги не народные!
дк вроде некоторые тоже не нанародные деньги Ионы Торренты впервые в стране "запускают в коссмос" Типа Торрент-Фобос
ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО?
Guest, 07.02.2012 17:58
(Guest @ 07.02.2012 17:50)
ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО?
Вам уже возвернули?
Guest, 07.02.2012 17:59
(Guest @ 07.02.2012 17:58)
Вам уже возвернули?
тьфу, это не к тому, это был вопрос к Ъ
-Ъ-, 07.02.2012 18:21
Мне всегда было интересно узнать о "кругообороте капитала" в таких конторах... Неужели можно так заработать на продаже расходки и прочей мелочи, чтобы потом можно было легко купить Хай-, Май-, Торент- и Солид - Секи и зарабатывать деньги, оказывая услуги?
А иногда я смотрю на свои кровные, но тоже недешевые приборы, и думаю - лучше бы я купил.... и ....
-Ъ-, 07.02.2012 18:22
(Guest @ 07.02.2012 18:50)
ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО?
Это не ко мне, это к Генсеку.
Guest, 07.02.2012 18:25
(-Ъ- @ 07.02.2012 18:21)
Мне всегда было интересно узнать о "кругообороте капитала" в таких конторах... Неужели можно так заработать на продаже расходки и прочей мелочи, чтобы потом можно было легко купить Хай-, Май-, Торент- и Солид - Секи и зарабатывать деньги, оказывая услуги?
А иногда я смотрю на свои кровные, но тоже недешевые приборы, и думаю - лучше бы я купил.... и ....
да вы прям как будто не знаете, что они сами ничего не покупали? это ж аутсорсеры.
-Ъ-, 07.02.2012 18:40
(Guest @ 07.02.2012 19:25)
да вы прям как будто не знаете, что они сами ничего не покупали? это ж аутсорсеры.
Ладно, не буду задавать наивные вопросы в прямом эфиры.... Признаться, тоже очень хочется "народные средства возвращать"...
Guest, 08.02.2012 02:47
Работайте лучше! Сиквенируйте и моделируйте! Чтобы у меня недвижимость в цене не упала.
Это в прокуратуру уже вопросы.
Notch, 08.02.2012 10:13
(-Ъ- @ 07.02.2012 19:22)
Это не ко мне, это к Генсеку.
см. на сайте: 1 дорожка Иллюмина -54 т.р. 1/4 слайда Солид 91 т.р.
7 дорожек (ячкйка) И-326 т.р. 1 слайд С-217 т.р.
Интересно, что они будут делать со своими приборами после появления Ion Proton.
Кстати, кто там его приобрел?
Notch, 08.02.2012 10:19
(Guest @ 07.02.2012 16:57)
"Наименование Артикул Цена Кол-во Personal Genome Machine (Ion torrent) 4462917
Сдается мне, что скоро такие машинки будут стоить не дороже обычного секвенатора. А то и амплификатора.
да никто его там не приобретал, вы чего они просто переправляют образцы за границу. а ион, хоть торрент, хоть протон - хайсеку не помеха. Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.
Notch, 08.02.2012 10:59
(Guest @ 08.02.2012 11:47)
да никто его там не приобретал, вы чего они просто переправляют образцы за границу. а ион, хоть торрент, хоть протон - хайсеку не помеха. Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.
а что, есть такая информация? И чему могут помешать данные ошибки?
Guest, 08.02.2012 11:07
(Notch @ 08.02.2012 10:59)
а что, есть такая информация? И чему могут помешать данные ошибки?
Э-э-э... Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а pH. Результат немного предсказуем http://www.edgebio.com/blog/?p=442 http://www.illumina.com/documents/analysis...application.pdf Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.
genseq, 08.02.2012 14:04
(Guest @ 08.02.2012 08:47)
... Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.
У Ion Proton в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у PGM), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3'-группами, и уже на следующей неделе (на AGBT) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) . В патентах это уже давно описано .
guest: Olga , 08.02.2012 16:06
(genseq @ 27.01.2012 14:59)
Мне ими не пользоваться. Мне их распилить. И желательно побыстрее.
Гордость распирает, когда знаешь, что не перевелись на земле русской умельцы или уже не на русской, но все -равно "знай наших!"
Guest, 08.02.2012 16:09
(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Э-э-э... Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.
интересно скока фреймшифты фигачут РНК-Секи риды в "мусор" ? На Хисеке я делаю РНК-Секи 50+50 - пока РПКМы правильные для актина и других хаускиперов
(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Э-э-э... Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.
РНКа-секи на Торренте не сделать: 100-200 миллионов одноконцевых ридов на одно выделение кДНК замучишся получать
(genseq @ 08.02.2012 14:04)
У Ион Протон в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у ПГМ), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3ь-группами, и уже на следующей неделе (на АГБТ) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) . В патентах это уже давно описано .
Кстати, о дНТФ. Не сможет ли кто-нибудь обработать их бромацетоном и получить производные с блокированными 3ь-ОХ групами ?
а улучшения в "емульшн ПЦР" ? или уже без "емульшн" ?
(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Э-э-э... Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.
на Протоне с 165 миллионов дырок - даже если сильно накасячишь - 20-30 лимонов картируемых ридов наверно останется для Чип-Секов и РНКа-секов
(Notch @ 08.02.2012 10:59)
а что, есть такая информация? И чему могут помешать данные ошибки?
ну для Чип-секов пофиг - риды 40-50 нормально картируются с "2 мисмача" Вот тут есть суперметод ЧИП-екзо - но он зараза адаптирован под АБИшные СОЛИДы с лигированием адаптеров в два приема Если его адаптировать на Протоны - то заманчиво http://www.sciencedirect.com/science/artic...092867411013511
Guest, 08.02.2012 18:21
(Guest @ 08.02.2012 18:17)
ну для Чип-секов пофиг - риды 40-50 нормально картируются с "2 мисмача" Вот тут есть суперметод ЧИП-екзо - но он зараза адаптирован под АБИшные СОЛИДы с лигированием адаптеров в два приема Если его адаптировать на Протоны - то заманчиво http://www.sciencedirect.com/science/artic...092867411013511
Baylor College of Medicine, Yale School of Medicine, and The Broad Institute, have each signed up for multiple Ion Proton™ Sequencers and will be the first customers to adopt this transformative technology.
Guest, 21.02.2012 17:36
(genseq @ 08.02.2012 14:04)
У Ion Proton в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у PGM), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3'-группами, и уже на следующей неделе (на AGBT) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) . В патентах это уже давно описано .
вот интересно, насколько хорош в реальности MinION окажется - его, вроде как, аж прямо в этом году обещают начать продавать за нереально маленькие деньги...
genseq, 22.02.2012 06:29
(comp3v @ 21.02.2012 20:02)
вот интересно, насколько хорош в реальности MinION окажется - его, вроде как, аж прямо в этом году обещают начать продавать за нереально маленькие деньги...
Насчёт этого года звучало довольно невнятно. Показывали не прибор, а "концепт" - корпус, в котором предполагается размещать и биосенсоры, и минисеквенаторы. "Нереально маленькие деньги" - это 900$. Только учтите, "прибор" за эти деньги будет одноразовым.
comp3v, 22.02.2012 06:44
ааа, насчёт одноразовости-то я не увидел. Тогда, конечно, немного менее заманчиво.
comp3v, 28.03.2012 17:46
вот ещё, из любопытных новостей:
Ученые из Нью-Йоркского и Калифорнийского университетов объявили, что разработали метод определения последовательности ДНК, анализируя ее изображения, полученные атомно-силовым микроскопом. <...> Для определения последовательности к молекулам ДНК присоединяются наночастицы, затем молекулу наносят на подложку и сканируют скоростным атомно-силовым микроскопом. Подробности обработки ДНК и характер специфичного присоединения наночастиц в зависимости от последовательности ДНК в пресс-релизе не приводятся.
Спасибо за информацию. Впервые увидел ссылку на свой старый (2004 г.) обзор по пиросеквенированию: http://molbiol.ru/bio/001/001.html Наконец-то он хоть кому-то пригодился! Чуть не прослезился.
papa Karlo, 29.03.2012 16:45
Работа финансировалась Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute) в рамках программы поиска технологии, позволяющей осуществлять отдельные секвенирования менее чем за 1000 долларов. По словам профессора Гундлаха, до сих пор стоимость одного исследования измерялась сотнями тысяч долларов, но с новой технологией его можно будет провести всего за 10 долларов и 15 минут.
Насчёт этого года звучало довольно невнятно. Показывали не прибор, а "концепт" - корпус, в котором предполагается размещать и биосенсоры, и минисеквенаторы. "Нереально маленькие деньги" - это 900$. Только учтите, "прибор" за эти деньги будет одноразовым.
Если я правильно понял из пресс-релиза, анонсируется возможность полногеномного секвенирования. Получается, что стоимость геномного секвенирования в таком случае будет сопоставима с Протоном (вроде-как 1000 долларов). При этом, отсутствует статья "амортизация оборудования" стоимостью 150 килоденег. Выходит, что применение "Миньона" будет дешевле, чем протона. Вопрос только в достоверности получаемых данных. К сожалению, информации о точности предлагаемой методики я не нашёл.
Guest, 01.04.2012 00:39
(papa Karlo @ 29.03.2012 16:45)
Работа финансировалась Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute) в рамках программы поиска технологии, позволяющей осуществлять отдельные секвенирования менее чем за 1000 долларов. По словам профессора Гундлаха, до сих пор стоимость одного исследования измерялась сотнями тысяч долларов, но с новой технологией его можно будет провести всего за 10 долларов и 15 минут.
Спасибо за ссылку на очередную сенсацию "нанопорщиков", которую поспешили растиражировать многие сайты. Стараюсь не обращать внимание на подобную ерунду, но очень уж привлекательно всё выглядит у корреспондентов.
статья действительно очень разумная, но не столько "теоретикам и практикам NGS'а" (их дело прочитать геном и обработать данные), сколько потенциальным пациентам и врачам. Причём пациентам даже в первую очередь, потому что основная мысль статьи - "More than just genes contribute to someone getting the disease" - для нормального врача и так очевидна.
По поводу статьи. Во первых, никто и не говорил о том, что секвенирование - панацея от всех бед! Как говаривал один умный человек - "не влюбляйтесь (занимайтесь любовью) в метод!" (с) Надо всему знать меру и понимать, что метод - всего лишь инструмент (хороший/плохой, подходящий/неподходящий, достаточный/недостаточный) для решения той или иной биологической задачи. Молекулярщику достаточно помнить, что он в первую очередь биолог и соответственно мыслить, чтобы обезопасить себя от соблазна полностью полагаться на один, пусть и эффективный, но инструмент добывания информации определённого рода. Ну и во вторых, кто сказал, что нам в настоящий момент известны все мутации, сцепленные с теми или иными болезнями/предрасположенностями/синдромами и т.д.??? То, что известно нам - лишь самая верхушка айсберга, да и та стала нам известна во многом случайно, учитывая серьёзную методологическую лимитированность современной науки. ИМХО, объём новых знаний, благодаря развитию геномного секвенирования будет нарастать лавинообразно и тут уже впору задуматься над тем, сколь эффективно научная общественность сможет использовать такой массив информации... Звыняйте за патетику, что-то накатило
Guest, 03.04.2012 23:32
(BVS @ 03.04.2012 23:27)
ИМХО, объём новых знаний, благодаря развитию геномного секвенирования будет нарастать лавинообразно и тут уже впору задуматься над тем, сколь эффективно научная общественность сможет использовать такой массив информации... Звыняйте за патетику, что-то накатило
А хватит ли квалифицированных сотрудников, чтобы обрабатывать такой массив информации? Не пора ли уже начинать их готовить?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.