типа - Ион Торрент , как пример "обхода патента"

Как обходить я тебе не скажу, чтобы Генсека не опередил.

Вот что говорится о патентах в историческом обзоре "Seuencing for all":

Авторами ключевого патента с непритязательным названием “Sensing
apparatus and method” (GB Appl.0105831.2 - 09.02.2001; US Pat.7686929 B2 –
30.03.2010) являются английские учёные C.Toumazou и S.Purushothaman. Изюминкой предлагаемого ими способа секвенирования является динамическое
снижение pH при включении нуклеотидов в ДНК. Правда, по их мнению, это
снижение должно происходить в результате ферментативного гидролиза
выделяющегося пирофосфата (строки 50…55 описания патента и п.15 формулы):
...
Впоследствии они убрали из первичного патента пирофосфатный гидролиз и увеличили количество пунктов в формуле с 15 до 31, сохранив исходное название (“Sencing apparatus and method”, US Pat.8114591 B2 - 14.02.2012) и дату приоритета (09.02.2001), что позволило окончательно запутать и патентоведов, и юристов.

Компания Ion Torrent заключила с DNA Electronics, которой принадлежат несколько подобных патентов, неэксклюзивное лицензионное соглашение (03.09.2010). Через пару месяцев после этого (01.11.2010) DNA Electronics и 454 Life Sciences (Roche) подписали партнёрское соглашение, целью которого является разработка дешёвой и высокопроизводительной системы секвенирования ДНК. В обоих случаях речь идёт не о каком-то конкретном патенте, а о предоставлении “relevant IP from its semiconductor technology portfolio”.

http://www.bio-itworld.com/news/06/27/2011...ors-rights.html



http://patft.uspto.gov/netacgi/nph-Parser?...rmand,+nader%22

Подпишусь на тему)

Вот что говорится об американском патенте в историческом обзоре "Seuencing for all":

Аналогичный подход был описан и запатентован специалистами Стэнфордского университета (US Pat.7223540), но их претензии к компании Ion Torrent были слишком вялыми и остались без последствий.

Умоляю! Прочитайте обзор хотя бы один раз!

генсек - меня торренты и протоны не интересуют , как и "сиквинирование для всех"

Можно удалять?

удаляй - только екзомы торрентом не отсиквинируешь

реальные размеры грантов - вполне вменяемые.

"Краткий курс NGS. Часть II. Наборы и реагенты".
Буду признателен за любые замечания, обнаруженные ошибки и предложения по редактированию.

чтото сомневаюсь я в 16S торрентом ?
http://www.genome.gov/Pages/Newsroom/Curre..._HMP_061312.pdf

2М ридов для РНК-Сек ?
http://tools.invitrogen.com/content/sfs/br...A-Seq-flyer.pdf

http://genome.ucsc.edu/ENCODE/protocols/da...ndards_V1.0.pdf

Генсек работает, а ленивые студенты да и их преподы дальше отдыхают .

ну протоколы генсека не подойдут к Микробиому Земли
http://www.earthmicrobiome.org/emp-standard-protocols/

Немного доработал иллюстрации к докладу. Добавил новость о начале продаж Протонов, которая появилась прошедшей ночью.

Не получил ни одного замечания от почтенной публики. Что-то не верится, что ошибок совсем нет. Что касается приводимых гостем ссылок, они очень полезны, но к содержанию доклада отношения не имеют.

до этого значит протонов дарили ?
http://www.prnewswire.com/news-releases/io...-148743345.html

Не дарили, а инсталлировали у избранных коллабораторов, помогающих довести секвенатор до работоспособного состояния. Не уверен, что бесплатно, но уверен, что на особых условиях.

http://pathogenomics.bham.ac.uk/blog/2012/...-announcements/

генсек - интересно , что это за изотермальная "лавина" у протона вместо емулшн ПЦР будет ?

Поищите во вводной лекции:
http://molbiol.ru/forums/index.php?act=Att...=post&id=146459

ну и к чему красные олиги пришиты - к шарикам или pH-метрам в протоне ?

Картинку передрал отсюда:
https://tools.invitrogen.com/content/sfs/br...c_sheet_FLR.pdf
Иллюстрирует технологию Wildfire, которая должна работать (или уже работает) в последней модификации серии 5500. О начале продаж (и апгрейдов предыдущих обычных 5500 и 5500 xl) было объявлено в конце мая, но пока "засветилаcь" всего одна инсталляция 5500 xl W:
http://ir.lifetechnologies.com/releasedeta...eleaseID=678584
Красные олиги пришиты к поверхности. Микросферные носители здесь не используются, что резко упрощает и ускоряет пробоподготовку.

По-видимому, тот же принцип собираются использовать в пробоподготовке у Протонов. Но это будет только у чипа Proton III, отличающегося от всех предыдущих отсутствием лунок и высоким разрешением (1,2 Gp) Это выше, чем у чипов Ion 314 почти на 3 порядка. Но выпуск этих гигапиксельных чипов с "лавинной" (Avalanche) пробоподготовкой состоится через полтора года.

"По-видимому, тот же принцип собираются использовать в пробоподготовке у Протонов. Но это будет только у чипа Протон ИИИ, отличающегося от всех предыдущих отсутствием лунок и высоким разрешением (1,2 Гп) Это выше, чем у чипов Ион 314 почти на 3 порядка. Но выпуск этих гигапиксельных чипов с "лавинной" (Аваланче) пробоподготовкой состоится через полтора года. " (ц)
вроде сказали , что "лавина" подходит ко всем чипам ?
где сказано , что у Протона-3 не будет лунок ?

Dr. Rothberg announced today at the Ion World 2012 customer conference that Life Technologies has developed Avalanche™, a revolutionary 30-minute emulsion-free template preparation chemistry that will work on all Ion platforms.

Встречалось где-то в блогах.

в блогах были фантазии на тему "безлуночного" Протон-3

http://www.yuzuki.org/the-ion-chef-avalanc...nsor-piii-chip/

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?p=84022

по тексту Ротберга - "лавина" - на всех Ионах .
некотырые блогерры "перевели" , что только на Протон-3 .
вот и верь тут

если они олиги приклеют в лунки , то тогда 2/3 лунок - на выкид
делим 1.2 на 3 и получаем Протон-3 с 400 М лунок

Последняя версия иллюстраций к докладу на тему "Краткий курс NGS. Часть II. Наборы и реагенты".

генсек - за рекламу торрента тебе хеликон должен доплачивать
http://find.lifetechnologies.com/sequencin...rmsen16s/ltlink

Скажите, а кто-то уже сталкивался с графеновым секвенированием? У кого какие впечатления?

http://www.pnas.org/content/early/2012/07/...715109.full.pdf

http://www.eurekalert.org/pub_releases/201...o-emo090312.php

Duplex Sequencing - графИновое секвенирование?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...ismej20128a.pdf

генсек - чип-секи на торренте не сделать даже на 318-ом чипе

Read The Fucking Manual

Genome Res. 2012 Sep;22(9):1813-31.
ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.
Landt SG, Marinov GK, Kundaje A, Kheradpour P, Pauli F, Batzoglou S, Bernstein BE, Bickel P, Brown JB, Cayting P, Chen Y, Desalvo G, Epstein C, Fisher-Aylor KI, Euskirchen G, Gerstein M, Gertz J, Hartemink AJ, Hoffman MM, Iyer VR, Jung YL, Karmakar S, Kellis M, Kharchenko PV, Li Q, Liu T, Liu XS, Ma L, Milosavljevic A, Myers RM, Park PJ, Pazin MJ, Perry MD, Raha D, Reddy TE, Rozowsky J, Shoresh N, Sidow A, Slattery M, Stamatoyannopoulos JA, Tolstorukov MY, White KP, Xi S, Farnham PJ, Lieb JD, Wold BJ, Snyder M.
Source

Department of Genetics, Stanford University, Stanford, California 94305, USA;
Abstract

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) followed by high-throughput DNA sequencing (ChIP-seq) has become a valuable and widely used approach for mapping the genomic location of transcription-factor binding and histone modifications in living cells. Despite its widespread use, there are considerable differences in how these experiments are conducted, how the results are scored and evaluated for quality, and how the data and metadata are archived for public use. These practices affect the quality and utility of any global ChIP experiment. Through our experience in performing ChIP-seq experiments, the ENCODE and modENCODE consortia have developed a set of working standards and guidelines for ChIP experiments that are updated routinely. The current guidelines address antibody validation, experimental replication, sequencing depth, data and metadata reporting, and data quality assessment. We discuss how ChIP quality, assessed in these ways, affects different uses of ChIP-seq data. All data sets used in the analysis have been deposited for public viewing and downloading at the ENCODE (http://encodeproject.org/ENCODE/) and modENCODE (http://www.modencode.org/) portals.

PMID:
22955991
[PubMed - in process]
PMCID:
PMC3431496

Free PMC Article

решительно требую обновления.

у меня острое осеннее генетическое обострение!

Что именно хотите обновить? Задайте тему.

что именно?
1. статье ровно год, а за год в этой теме меняется очень много.
2. очень-очень-очень хотелось бы видеть статью, где:
2.1. кратко сведено из прошлой статьи то, что можно назвать главным с точки зрения сегодняшнего дня
2.2. развернуто показано, что произошло за год, какое продвиежение,
2.3. чего возможно стоит ожидать в следующем году
(то есть, в трех шагах показано смещение фокуса)
2.4. какие следстствия это имеет на ключевых лидеров "публичного сиквенирования" типа 24andme
2.5. какие продвижения в эпигенетическом сегменте темы
2.6. какие интересные следствия -- всё это имеет для обычных скучных прямоходящих, мало сведущих в протоколах и прочих всяких PCR-реакциях

как-то так, но кажется это уже совсем другая, хотя тоже очень интересная статья была бы

Вижу Генсек задумался...
Не стоит отвлекаться на малоэффективную просветительскую неблагодарную работу. Профи все знают, а "прямоходящие" пока превратятся в "человеков"
Новую тему открывайте.

Шутки шуками, но могут быть и ... соматические изменения! Это уже не шутки.

"Шутки шуками, но могут быть и ... соматические изменения! Это уже не шутки"

до всяких василиев мне-таки ещё далеко, пока можно расслабиться


"Профи все знают"

кст, профи тоже не всё знают, самый частый ответ, который я слышу: "ой, блин, давненько не копался в теме, вот несколько лет назад было так: ..."

Мне уже начало казаться, что интерес к этой теме совсем увял. Напомню, что тема предназначалась для разработчиков новых секвенаторов. Основная её задача - найти единомышленников в этой области. Задача оказалась практически невыполнимой по причине отсутствия интереса к этому практически у всех посетителей данного топика. Попользоваться секвенаторами хотели бы многие, а вот желающих поучаствовать в их разработке можно пересчитать по пальцам. Причём всего по двум. Поэтому я особенно благодарен этим двоим.

Один из них предложил принципиально новую систему подачи реагентов в проточную ячейку секвенатора - возвратную. Несмотря на простоту идеи самому мне додуматься до этого не удалось. Наверное, по причине её гениальности. Этот же человек уже изготовил основные элементы жидкостной системы - многоходовой (восьмиканальный) кран (селектор) и перистальтический насос. Оба - на шаговых моторах, управляемых компьютером.
Моторы довольно громоздкие. Каждый весит более 200 г. Поэтому ещё один участник разработки занялся подключением к компьютеру шаговых микромоторчиков (по 30 г.), рассчитанных на напряжение 5V, т.е. способных получать питание по шине USB. Он же занимается разработкой управляющей программы.

Основной проблемой является разработка электроники, считывающей информацию с чипа. На это нужно около миллиона рублей, но кроме миллиона нужен ещё и PGM. Последнее сложнее, поскольку новенький PGM в России стоит около 6 млн. руб., а подержанные ещё не появились. Точнее - в Интернете было одно предложение из Австралии, но у меня не было 50 тыс.$.

Впрочем, Вам всё это не интересно, поскольку к эпигеномике не имеет ни малейшего отношения.

https://www.eff.org/document/haskell-v-harr...uit-re-junk-dna

наценка в 4 раза? ну нифига себе!

В реальности все еще хуже, со вспомогательными приборами и т.п. стоимость будет ну никак не меньше 10 млн.

Как странно, а почему так? В Штатах он 50 тысяч $ стоит. У нас обычно всё в полтора-два раза дороже, но чтоб в 4, это как-то уж слишком!