Полная версия страницы  English  

Технологии секвенирования следующего поколения.

Pages: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24
ASDF, 25.09.2014 11:57
Если делаете ампликоны (16S РНК правильно???) с единичной клетки, зачем тогда НГС???

16S ПЦР спокойно поднимет и с одной клетки
genseq, 25.09.2014 18:44
(ASDF @ 25.09.2014 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Если делаете ампликоны (16S РНК правильно???) с единичной клетки, зачем тогда НГС???

16S ПЦР спокойно поднимет и с одной клетки


Если мне не изменяет мой склероз, у простейших должна быть не 16S, а 18S РНК. Причём идентифицируют их обычно по последовательности митохондриального гена cox1. У него копийность выше.
Guest, 25.09.2014 19:03
(-Ъ- @ 25.09.2014 11:14)
Ссылка на исходное сообщение  Делаете полногеномную амплификацю (WGA) и секвенируете любым способом.
Алешин разве ушел из Университета?

нет, почему? НИИ ФХБ часть Университета.
А wga штука коварная. Хотя для 18s сойдет.
kb1, 26.09.2014 15:28
(ASDF @ 02.09.2014 18:01)
Ссылка на исходное сообщение  А какие новости в развитии ПЦР ??? Просто рутиной стало...



Появилась новая разновидность ПЦР c большей чувствительностью: PCDR

http://www.biotechniques.com/Biotechniques...ues-339744.html

http://www.biotechniques.com/Biotechniques...ues-353302.html
genseq, 27.09.2014 08:11
По-моему, это тривиальное сочетание гнездовой ПЦР с SDA в духе MDA. Т.е. MDA с двумя парами специфичных праймеров. Мне когда-то попадался на глаза патент на MDA с несколькими специфичными прамерами. Так что ничего нового в PCDR, похоже, нет. "Повторение пройденного" в упрощённом формате:
http://www.jpbsonline.org/article.asp?issn...ulast=Fakruddin
kb1, 27.09.2014 19:25
(genseq @ 27.09.2014 09:11)
Ссылка на исходное сообщение  По-моему, это тривиальное сочетание гнездовой ПЦР с SDA в духе MDA. Т.е. MDA с двумя парами специфичных праймеров. Мне когда-то попадался на глаза патент на MDA с несколькими специфичными прамерами. Так что ничего нового в PCDR, похоже, нет. "Повторение пройденного" в упрощённом формате:
http://www.jpbsonline.org/article.asp?issn...ulast=Fakruddin


Ну, нового возможно и нет, а увеличение чувствительность на несколько порядков есть smile.gif
ASDF, 27.09.2014 22:14
чувствительность обычной ПЦР - десяток копий в реакции. Если добавить несколько порядков, то мы переходим на метафизический уровень.

Даже детекция единичных копий есть огромное зло ясчитаю, особенно в диагностике инфекций, можно найти все что только существует

Это же касается и НГС из 1 пг РНК - концов не найти....., насеквенировать можно все что угодно.
genseq, 24.10.2014 15:07
Во вторник (21 октября) Термофишеровцы объявили о замене полимеразы, что позволит повысить точность чтения:
http://news.thermofisher.com/press-release...icon-sequencing
Называется это Hi-Q. Пустячок, а приятно. Тем более, что выпуск чипов PII перенесён на следующий год.

Ещё одна новость - появился PGM Dx (т.е. "диагностический"). Правда, пока только на сайте, и только для заказчиков из США. Непонятно, чем он отличается от обычного PGM. Скорее всего, это немного улучшенная модификация с отличиями только в программном обеспечении, да и то с чисто внешними.
Gregory, 26.10.2014 11:21
Я не знаком с технологией NGS и мне требуется небольшая консультация профессионала. Подскажите пожалуйста - фирма FTDNA предлагает следующий продукт.
"The BIG Y product uses next-generation sequencing to reveal genetic variations across the Y-Chromosome:
Targeted Non-recombining Y-DNA sequencing
Illumina HiSeq 2000
55X to 80X average coverage
Around 11.5 to 12.5 million base-pairs of reliably mapped positions of non-recombining Y-Chromosome
Analyzed using Arpeggi genome analysis technology for improved variant calls
All samples are processed in-house using our custom laboratory methods and informatics. Your sample never leaves our company and is never shared with outside vendors.
The VCF and BED files will be available for download on your results page. For our users’ convenience, we will format raw results in .BAM format. You may request your file by contacting helpdesk@familytreedna.com." Вопрос такой: на сайте YFull предлагают прислать этот BAM файл и на его основе определить митохондриальный гаплотип. Как такое возможно? В этом продукте секвенируется тотальная ДНК и BAM файл содержит и мито последовательность тоже?
genseq, 27.10.2014 09:38
Вы ничего не перепутали? В верхней части странички сайта с вопросами и ответами о BIG Y есть рекламка теста Family Finder + mtFullSequence (298$). В самих ответах митохондриальная ДНК не упоминается:
https://www.familytreedna.com/learn/y-dna-testing/big-y/

Насколько я понял, BIG Y - это таргетное секвенирование нерекомбинирующей части Y-хромосомы на HiSeq 2000 (11,5...12,5 млн.п.о. с 55...80-кратным чтением). От всего прочего избавляются гибридизацией. Если очистка не идеальна, то в образце могут оставаться следовые количества митохондриальной ДНК. Да и специально захватить её не сложно. Странно, что они этого не делают.
Gregory, 27.10.2014 17:46
(genseq @ 27.10.2014 10:38)
Ссылка на исходное сообщение  Вы ничего не перепутали? В верхней части странички сайта с вопросами и ответами о BIG Y есть рекламка теста Family Finder + mtFullSequence (298$). В самих ответах митохондриальная ДНК не упоминается:
https://www.familytreedna.com/learn/y-dna-testing/big-y/

Насколько я понял, BIG Y - это таргетное секвенирование нерекомбинирующей части Y-хромосомы на HiSeq 2000 (11,5...12,5 млн.п.о. с 55...80-кратным чтением). От всего прочего избавляются гибридизацией. Если очистка не идеальна, то в образце могут оставаться следовые количества митохондриальной ДНК. Да и специально захватить её не сложно. Странно, что они этого не делают.


Да FTDNA в BIG Y ничего не говорит про мтДНК. Такую услугу оказывает сервис YFull. я прочитал об этом на форуме "Молекулярная генеалогия". Люди высылают BIG Y RAW файл и на YFull определяют МИТО гаплогруппу. Мне это показалось невероятным. Если в образце остаются следы мтДНК, то она будет отсеквенирована? И будет ли возможно данные по мтДНК извлечь из RAW файла или то что предлагает команда YFull это лажа?
genseq, 27.10.2014 17:55
От митохондриальной ДНК не так то просто избавиться, поскольку в клетке её тысячи или даже десятки тысяч копий. Так что теоретически всё возможно. Если кто-то уже убедился, что последовательности мтДНК присутствуют в данных BIG Y, то не вижу поводов для сомнений.
Gregory, 27.10.2014 18:09
(genseq @ 27.10.2014 18:55)
Ссылка на исходное сообщение  От митохондриальной ДНК не так то просто избавиться, поскольку в клетке её тысячи или даже десятки тысяч копий. Так что теоретически всё возможно. Если кто-то уже убедился, что последовательности мтДНК присутствуют в данных BIG Y, то не вижу поводов для сомнений.

genseq, спасибо за разъяснение.
genseq, 19.12.2014 09:11
Оценка качества секвенирования на MinION (Oxford Nanopore) японцами (А. Михеевым):
https://vk.com/doc168842140_329630460?hash=...9df4a80bdf87c78
Качество не плохое, а отвратительное. Идентифицировать удаётся не больше 10% получаемых последовательностей, а для получения более-менее внятной информации нужно многократное чтение.


Картинки:
картинка: MinION.JPG
MinION.JPG — (39.19)   

mlog, 19.12.2014 13:45
вот спасибо - хотя я с этим мнением знакома, но конкретную статью пропустила.
lager, 22.12.2014 20:13
(Gregory @ 26.10.2014 12:21)
Ссылка на исходное сообщение  Я не знаком с технологией NGS и мне требуется небольшая консультация профессионала. Подскажите пожалуйста - фирма FTDNA предлагает следующий продукт.
"The BIG Y product uses next-generation sequencing to reveal genetic variations across the Y-Chromosome:
Targeted Non-recombining Y-DNA sequencing
Illumina HiSeq 2000
55X to 80X average coverage
Around 11.5 to 12.5 million base-pairs of reliably mapped positions of non-recombining Y-Chromosome
Analyzed using Arpeggi genome analysis technology for improved variant calls
All samples are processed in-house using our custom laboratory methods and informatics. Your sample never leaves our company and is never shared with outside vendors.                                             
The VCF and BED files will be available for download on your results page. For our users’ convenience, we will format raw results in .BAM format. You may request your file by contacting helpdesk@familytreedna.com." Вопрос такой: на сайте YFull предлагают прислать этот BAM файл и на его основе определить митохондриальный гаплотип. Как такое возможно? В этом продукте секвенируется тотальная ДНК и BAM файл содержит и мито последовательность тоже?

потомок Чингиз Хана ? wink.gif
ramipril, 23.12.2014 20:12
(genseq @ 24.10.2014 16:07)
Ссылка на исходное сообщение  Во вторник (21 октября) Термофишеровцы объявили о замене полимеразы, что позволит повысить точность чтения:
http://news.thermofisher.com/press-release...icon-sequencing
Называется это Hi-Q. Пустячок, а приятно. Тем более, что выпуск чипов PII перенесён на следующий год.

Ещё одна новость - появился PGM Dx (т.е. "диагностический"). Правда, пока только на сайте, и только для заказчиков из США. Непонятно, чем он отличается от обычного PGM. Скорее всего, это немного улучшенная модификация с отличиями только в программном обеспечении, да и то с чисто внешними.


хи куку проверил не лучше такары smile.gif
кузя1, 24.12.2014 10:20
(mlog @ 19.12.2014 14:45)
Ссылка на исходное сообщение  вот спасибо - хотя я с этим мнением знакома, но конкретную статью пропустила.

маш читайте книги иссточник знанья smile.gif
genseq, 14.01.2015 21:31
Есть две новости про NGS. shuffle.gif Хорошая и плохая. rolleyes.gif Начну с плохой. weep.gif

Иллюмина в понедельник анонсировала свои новые достижения в области секвенаторостроения. Все достижения сводятся к тому, что секвенаторы HiSeq X, которые в прошлом году продавали исключительно оптом (по 10 шт.) в этом году будут продаваться комплектами по 5 шт. (HiSeq X Five System) и даже поштучно (HiSeq 3000/4000):
http://www.illumina.com/company/news-cente...?newsid=2006979
Новость не такая уж и плохая, но уж очень непритязательная.

Хорошая новость пришла из Китая (BGI). Китайцы в самом конце прошлого года опубликовали работу с результатами испытаний Irys System (BioNano Genomics):
http://www.bionanogenomics.com/
Эта технология позволяет строить что-то вроде карт рестрикции очень длинных молекул двунитевой ДНК (картировать сайты никазы Nt.BspQI). Апробировали систему, естественно, на геноме китайца. Получили массу информации о делециях, инсерциях и повторах, которые не выявляются обычным секвенированием коротких последовательностей:
http://www.gigasciencejournal.com/content/3/1/34
mlog, 15.01.2015 01:07
(genseq @ 14.01.2015 22:31)
Ссылка на исходное сообщение 
Хорошая новость пришла из Китая (BGI). Китайцы в самом конце прошлого года опубликовали работу с результатами испытаний Irys System (BioNano Genomics):
http://www.bionanogenomics.com/
Эта технология позволяет строить что-то вроде карт рестрикции очень длинных молекул двунитевой ДНК (картировать сайты никазы Nt.BspQI). Апробировали систему, естественно, на геноме китайца. Получили массу информации о делециях, инсерциях и повторах, которые не выявляются обычным секвенированием коротких последовательностей:
http://www.gigasciencejournal.com/content/3/1/34


А чем это лучше optical mapping?

Насчёт плохих новостей, есть локальная плохая новость, но с ней российские иллюмино-пользователи и так знакомы, я полагаю.
genseq, 15.01.2015 11:17
(mlog @ 14.01.2015 23:07)
Ссылка на исходное сообщение  А чем это лучше optical mapping?


Это более производительная разновидность optical mapping.

Недостаток - может использоваться только с никазами. Преимущество - может картировать геном человека за сутки, причём в автоматическом режиме. Испытывали китайцы (BGI), которые в 2010 году были первыми покупателями менее производительной системы оптического картирования Argus.


Файл/ы:

скачать файл ArgusBrochure.pdf
размер: 2.99
кол-во скачиваний: 550


nautilus, 17.01.2015 16:54
(genseq @ 17.01.2015 17:45)
Ссылка на исходное сообщение  Опять напился?

генсек давай не отвлекатся от темы smile.gif
genseq, 18.01.2015 19:32
Первый китайский секвенатор (BGI-1000) обещают представить во втором квартале этого года:
https://www.genomeweb.com/business-news/bgi...technology-year
Wang declined to disclose whether BGISEQ-1000 would be one of the platforms it commercializes this year. He did say that one platform would be a large-scale platform "more accurate than anything you can imagine," while the other would be a desktop instrument with automated sample prep. He said Reid would provide details of the systems in the second quarter.
LMP, 19.01.2015 16:29
(mlog @ 14.01.2015 23:07)
Ссылка на исходное сообщение  Насчёт плохих новостей, есть локальная плохая новость, но с ней российские иллюмино-пользователи и так знакомы, я полагаю.
Новость (локальная) интересная (в плане прогноза развития) и в связи с ней вопрос. Кто бы ни был следующим, все равно на него ляжет роль расширения рынка. А тут еще девальвация. Так, вот интересно: на сколько государство готово в настоящее время и в настоящих валютных условиях поддерживать NGS-пользователей?
ASDF, 19.01.2015 18:49
Главное, не оказаться вообще без представительства. Что, на мой взгляд, в нынешних условиях весьма вероятно. Тогда останется только контрабанда и долгая-долгая спячка всех хай- и ми- секов. Вот будет радость для эплайдовцев. Ровно до тех пор пока и они не решат вообще выйти из нашей страны вследствие идущей ко дну экономики и, соответственно, мизерного рынка...

Так что эта локальная новость очень поганая....
LMP, 19.01.2015 23:20
Но надо и понимать, что мало какого производителя будет устраивать пара десятков пользователей с 1-2-мя заказами в год (в среднем).
mlog, 20.01.2015 23:41
Знаете, я продолжаю наблюдать за ситуацией, и она развивается очень интересно. Пока выглядит скорее хорошо, чем плохо. Show must go on!
mlog, 21.01.2015 06:13
Собственно, вот: http://www.biovitrum.ru/press-center/all_n...ritorii_rossii/

А дальше посмотрим, учтут ли они ошибки предшественников. Есть такое впечатление, что учтут.
LMP, 21.01.2015 10:47
Будем надеется, что их дипломатия в ведении НГС бизнеса окажется достаточно гибкой, коли уж сумели увязать в своем партнерстве всех трех производителей wink.gif
bern, 21.01.2015 11:00
(mlog @ 21.01.2015 07:13)
Ссылка на исходное сообщение  Собственно, вот: http://www.biovitrum.ru/press-center/all_n...ritorii_rossii/

А дальше посмотрим, учтут ли они ошибки предшественников. Есть такое впечатление, что учтут.

http://www.biovitrum.ru/product/kletochnay...iotek_dlya_ngs/
smile.gif
LMP, 21.01.2015 19:23
Ну спецы быстро тренеруются, а потом в ИЛС и так текучка smile.gif
Другой вопрос, как увеличить число пользователей. Ведь это вопрос не рекламы, а гос. финансирования. Каким бы спец не был совершенным, если не будет выдано еще 50 мегагрантов под приобретение никакой успешный маркетинг не поможет... Эплайду и Рошу хорошо, у них есть иной интерес к рынку в России кроме секвенаторов, а у Иллюмины, одни "иллюминаторы" smile.gif Так что Иллюмине +/- пара десятков вяло-текущих пользователей в России это как бы их 0.000.... -й процент прибыли frown.gif
avial, 21.01.2015 20:17
(ASDF @ 21.01.2015 14:54)
Ссылка на исходное сообщение  Откуда такой оптимизм?
Я, правда, никогда дел не имел с ними. Им же придется весь отдел иллюмины из ИЛСа сманивать. Ребята сейчас, наверно, могут им свои условия ставить - других то спецов нету  smile.gif  smile.gif

Есть мнение, что эти ребята иллюмину и сманили. Теперь даже понятно, куда именно.
genseq, 27.01.2015 19:39
Illumina Launches MiSeq FGx for Forensic Applications:

https://www.genomeweb.com/business-news/ill...ic-applications


Файл/ы:

скачать файл MiSeq_FGx.pdf
размер: 72.35
кол-во скачиваний: 780


MrDmitry, 27.01.2015 22:10
(genseq @ 27.01.2015 17:39)
Ссылка на исходное сообщение  Illumina Launches MiSeq FGx for Forensic Applications:

https://www.genomeweb.com/business-news/ill...ic-applications


а что кстати с одномолекулярным в Зелике? Там получился этот проект, никто не знает?
-Ъ-, 28.01.2015 16:15
(genseq @ 27.01.2015 20:39)
Ссылка на исходное сообщение  Illumina Launches MiSeq FGx for Forensic Applications:

https://www.genomeweb.com/business-news/ill...ic-applications

... снаряды рвутся все ближе и ближе.
Впрочем, СТРов хватит на мой век. Со временем все по нишам распределтся: 25 СТР-ов, 250-500 СНП-ов или же ... лишь бы не было войны.
LMP, 02.02.2015 17:53
(genseq @ 18.01.2015 17:32)
Ссылка на исходное сообщение  Первый китайский секвенатор (BGI-1000) обещают представить во втором квартале этого года:

http://www.completegenomics.com/technology/
Это, часом, не та самая технология?
genseq, 02.02.2015 18:07
Она самая. Но обещают удивить длиной секвенирования. Наверное тот же секвенатор (с наноболлами) плюс аналог иллюминовских или кайджиновских трифосфатов.
-Ъ-, 25.02.2015 12:36
(вандейк @ 25.02.2015 02:55)

g. REPLI-g- and ThruPLEX-FD-based protocols seem to be adequate solutions for exome sequencing of low input samples.

Примерно 8 лет назад говорил я тебе, что это - сумасшедшие методы, их полезно держать в арсенале, а ты ... коктейлы, коктейлы (биасы). smile.gif
Так что, возвращайся к Труплексу своему.
kloun, 03.03.2015 11:47
Ну что - вышла статья в Методах Природы - как сделать МНОГО дешёвых библиотек для РНКа-сека.
1. Выделяем, рушим и ремонтируем РНКу (ДНКу можно не убирать).
2. Лигируем адапторы - А+(Баркод 6-8 букв)+кусок Иллюмины или Торрента.
Проблема адапторов - адапторы дорогие, но 1 пробирки хватает примерно на 20 тысяч библиотек - примерно 1-3 цента на одну библиотеку.
3. Смешиваем всё в 1 кучку и убираем у кучки рРНКу.
4. 1 реакция РТ на этой кучке.
5. Почти такое же как №2 лигирование.
ПЦР, БиоА на всей кучке.
Можно смешать 8-32 образцов в каждую кучку - потом сделать 5-11 кучек и повесить индекс Иллюмины - вот и 40-350 библиотек легко сделать ручками.
Полного текста нет у самого - там много ссылок и в сипплиментах данных.
Где нужен метод - всякие скрины, нокауты, нокдауны, препараты.
Нужно для отличной библиотеки 1-10нг на лунку.

Метод проверен на примерно 20 статьях - байясы почти все разобраны в статье. Цена на библиотеку около 2-3 баксов со всеми бусами.
В статье на dUTP было взято 20 или 40 РАЗ больше РНКи, так как dUTP данные очень старые.

Продублирую на другую ветку.

Simultaneous generation of many RNA-seq libraries in a single reaction.
http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/n...nmeth.3313.html
Although RNA-seq is a powerful tool, the considerable time and cost associated with library construction has limited its utilization for various applications. RNAtag-Seq, an approach to generate multiple RNA-seq libraries in a single reaction, lowers time and cost per sample, and it produces data on prokaryotic and eukaryotic samples that are comparable to those generated by traditional strand-specific RNA-seq approaches.
-Ъ-, 03.03.2015 13:58
Ну вот, другое дело. beer.gif
genseq, 05.03.2015 10:19
umnik.gif wink.gif


Файл/ы:

скачать файл ________________________________________.doc
размер: 185.5
кол-во скачиваний: 449


ASDF, 05.03.2015 11:51
Гекнсек, у вас замечательный обзор, но мне все хочется спросить - куда вы его хотите пристроить? Или это для себя, вроде фана ? smile.gif
Guest, 05.03.2015 13:44
Да там много сомнительных вещей, и чего особенно много -- личного мнения автора. Только для себя и сгодится.
ASDF, 11.03.2015 13:58
Who is it?
-Ъ-, 12.03.2015 18:26
(ASDF @ 12.03.2015 12:44)
Ссылка на исходное сообщение  Да я про Албиоген )))

Тел.+7 (499) 550 15 25 с этого сайта,
http://www.albiogen.ru/
если кому интересно.
genseq, 20.03.2015 13:37
Сегодня пришло:


Картинки:
картинка: Albiogen.JPG
Albiogen.JPG — (89.62)   

Vadim Sharov, 04.04.2015 13:47
Мероприятия по NGS
http://www.biohab.ru/index.php?/topic/1034...приятия-по-ngs/

Ситуация с ИЛС
http://www.biohab.ru/index.php?/topic/69-illumina-в-россии/
genseq, 04.04.2015 14:06
Кстати, об ИЛС:
http://www.interlabservice.ru/about/news/?id=10270


Картинки:
картинка: ILS.JPG
ILS.JPG — (80.29)   

genseq, 11.04.2015 10:19
Интересная новость на днях пришла из Китая. Там появился секвенатор NextSeq CN500 - китайский клон Иллюминовского NextSeq 500:
http://investor.illumina.com/mobile.view?c...&d=1&id=2030982
http://www.chinamoneynetwork.com/2015/04/0...-series-b-round
Похоже, производство этих приборов они наладили, причём с помощью Illumina, заинтересованной в расширении рынка сбыта для своих расходных реагентов.


Картинки:
картинка: CN500.jpg
CN500.jpg — (129.01)   

Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2022 Invision Power Services, Inc.