Интересные расклады:

Illumina

Pacific Bio

Thermo

прикупить Иллюмины или чревато?

Берите Рош если имеете силу не выходить 2-3 года из них.

https://www.google.com/search?q=RHHBY

Выкладываю немного информации к размышлению.
Буду признателен за любые замечания.

В PacBio неожиданно сделали очень неплохой прибор - Sequel (объявили об этом 1 октября). Производительность предыдущей модели увеличили в 7 раз, а стоимость уменьшили до 350 тыс.$. До конца года обязуются изготовить десяток исключительно для американцев, а в 2016 году начнут поставлять по всему миру. Причём совместно с Рошевцами, которые обеспечили финансирование этой разработки.

Посоны поняли что если они не выкатят продолжателя их пиросеквенатора прямо осенью - они просто проиграют рынок совсем всяким мелким тазикам с канистрами со всеми ихними нанятыми Х-пердами на конрактах и печеньками...

А пока немногочисленные пионеры будут заниматься обкаткой и траблшутингом новой химии на этом ящеге Рош будет иметь возможность в очередной раз всех удивить еще через год. Жаль, что выкатить вылизанную технологию железо-химия-данные для безамплификационного секвенатора на рынок у них не получилось, как оне обещали, в 2015 году.

3. Двухстадийная конвекционная ПЦР не будет востребована, так как конвекция будет невоспроизводима при разном пластике и даже мелких вариациях дозирования в пробирки, к тому же вихревая теплопередача внутри самой жидкости при конвекции примерно в 20 раз эффективнее чем теплопередача на интерфейсе жидкость(пробирка) - воздух. И, подозреваю, раз в 5 эффективнее (быстрее) чем серебро-пробирка-жидкость. На этом кстати и держится воспроизводимость обычного ПЦР между разными твердотельными термоциклерами (если принять технологии конструирования их тепловых элементов у разных конкурентом примерно одинаковыми по эффективности и скорости нагрева и охлаждения). Вы просто не сможете подвести без расплавления стенки пробирки достаточно энергии для того, чтобы поддерживать такую мощную конвекцию. А без этого почти весь объем будет греться одновременно. Как только кипящий чайник отходит ниже 99С температура воды по всему его объему безо всякой конвекции даже (которая к слову всегда в нем хаотична и никак не формирует устойчивый соленоид!) становится по всему объему кроме верхних нескольких миллиметров одинаковая. Избирательно подогревать воду в определенных регионах можно только СВЧ-волнами через стенку. Но вот избирательно охлаждать пока нечем

2. Хороший способ, определенно дешевле переочищения. Только вот беда - полимераза работающая на диффузионном контроле с постоянно открытым и пустым активном центром может быстрее чем следы комплементарных нуклеотидов начать ошибочно втыкать превалирующие в растворе драгоценные чистимые дНТП вместо комплементов. Конкурентная кинетика этих двух процессов неочевидна, потому в любом случае нужно пробовать чтобы понять можно так действовать или нельзя. И в любом случае всей этой байде после деплитинга всего мусора будет нужна еще одна очистка. А это в самом идеальном случае - еще процентов 5-10 потерь материала по итоговому выходу.

1. Вопрос: кто будет выпускать эти матрицы с такими покрытиями, тем самым прямо нарушая патентный запрет на выпуск совместимых с аппаратами генуинных запчастей? Ведь он наверняка прописан в диклеймбере всех ИонТоррентов.

Спасибо за замечания. Обсуждать их начну с Вашего конца (или c моего начала):

1. Многоразовое покрытие (нитрид кремния) было на чипах выпуска 2011 года. Если они у кого-то завалялись (юзанные), то можно использовать повторно. Нынешние чипы (с танталовым покрытием) , скорее всего, можно регенерировать щёлочью, но это ещё нужно проверять. Если регенерироваться не будут, то придётся покрывать силикатами - добавить в 1 мл ацетона каплю ТЭОСа, несколько капель столового уксуса и залить в проточную ячейку. Для формирования силикатного покрытия должно хватить несколько секунд. Главное - не передержать.

2. Способ очистки dNTP от примесей с помощью ферментативного истощения ("mop-up") использовался для повышения качества флуоресцентно меченых трифосфатов и уже описан в литературе (см. ссылку). В простейшем виде нужно в пузырёк с рабочим раствором дНТФ (и с Mg2+) добавить немного гранул ДНК-агарозы (никованной, с нативной BstEII). Дополнительная очистка, скорее всего, не потребуется. Там даже у основного компонента концентрации микромолярные, а у примесей - наномолярные. Вряд ли образование следовых количеств пирофосфата сможет помешать секвенированию.

3. Работоспособность конвекционной ПЦР доказательств не требует. Не применяется из-за того, что хорошо работает только на больших (миллилитровых) объёмах, а это никому не нужно. А вот для эмульсионной ПЦР, используемой для клонировоания секвенируемых фрагментов ДНК на ионосферах, она подходит идеально. Объёмы эмульсий там измеряются миллилитрами, а то и десятками миллилитров. Сейчас их "аликвотят" по лункам ПЦР-планшета, а после амплификации опять собирают в общую пробирку и центрифугируют. От этого идиотизма нужно избавляться.

Sequell:

К достижениям этого года можно добавить китайский (BGI) суперсеквенатор Revolocity (10000 геномов в год) стоимостью 12 млн.$. Правда, он не совсем китайский. Точнее - не китайский, а американский - от Complete Genomics:
http://www.completegenomics.com/revolocity/
https://www.youtube.com/watch?v=Q3mpVUm-c64&feature=youtu.be
Представили его ещё летом, в июне. Недавно хвастались появлением третьего заказчика, но отзывов от первых двух ещё нет:
http://www.completegenomics.com/press-rele...supersequencer/

Ещё одна новость - экзомы по 250$.
Пока - только для клиентов с медстарховкой от Discovery Ltd., причём только из Южной Африки и Великобритании:
http://www.humanlongevity.com/human-longev...united-kingdom/

MinION Analysis and Reference Consortium: Phase 1 data release and analysis

Очень грамотно изложено..
Очень интересная тема.. десять лет назад я предлагал в Болгарии заняться секвенгатором на принципе протяжки через датчик.. местные "генетики" корифеи сказали что такой проблемы нет.. что секвенс никому не нужен.. Когда вернулся в Россию и тут тоже олигархи на таком уровне, что не понимают о чём речь.. А свой секвенгатор на принципе неразрушающего секвекнса - это что-то.. ведь есть очень ответственные моменты, и скажем, проверить результат генной инженерии - перед имплантацией в ядро - дело очень важное.. сейчас положение получше,я уже имею разработку на все компоненты этой технологии ,разработка не будет стоить более 1 млн.дол.. стоимость подготовки тут минимальна, области использования - самые широкие.. Скорость работы - не менее 10 тыс НО в секунду на датчик ( возможно ускорение до 1 млн сек)- точность секвенгирования не сравнима с существующими...

Вообще-то большая скорость протяжки через нанопоры и есть основная беда MinIon'а. Ее наоборот пытаются замедлить, использую специальные растворители, чтобы точность повысить.

Это было сделано ещё 9 лет назад.. за это время я существенно продвинулся в тех- обеспечении и упрощении .. и придумал это раньше их, у меня есть свидетели в Болгарии, я там делал доклады по генетике в Академии Наук и в лаборатории генанализа я обсуждал этот вопрос. Жалко, что не нашёл финансирование. Выйти на тестовый образец можно за 1 год при небольшом финансировании.. Эта технология может быть использована и для микроРНК и для пептидов и т.п.. У меня ещё много подобных заморочек есть..

Всё дело в датчиках ... и принципах..

BGISEQ-500:
~200 тыс$, производительность до 200 Gb
Заявки принимаются с 25 декабря. Поставки - с февраля 2016 года (только для китайцев! ).
http://www.genomics.cn/en/navigation/show_...gation?nid=4203
http://www.yuzuki.org/bgiseq-500-debut-at-...of-genomics-10/

В конце ноября BGI объявила о прекращении разработки анонсированной этим летом системы Revolocity (10000 геномов в год) и о сокращении 40% персонала её разработчиков из Complete Genomics. Останутся только спецы из R&D, которых перенацелят на BGISEQ-500.

Забыл выложить здесь ещё одну новость из Китая. Тамошняя компания Direct Genomics пытается реинкарнировать технологию Helicos:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=64014

На прошлой неделе (11.01.2016) Illumina анонсировала MiniSeq - настольный (на 44% меньше MiSeq), сравнительно дешёвый ($49 500), сравнительно быстрый (2х150 за 24 часа), хотя и не для крупных геномов (до 7,5 Gb за цикл):
http://www.illumina.com/systems/miniseq/specifications.html
Продавать начнут в конце этого квартала.

"Аппарат" рассчитан на 22...25 млн. ридов (или пар ридов при парноконцевом секвенировании). Стандартные режимы - 2х150 bp , 2х75 bp и 1х75 bp.
http://www.illumina.com/systems/miniseq/specifications.html

Ну что, каждое слово - как приговор.
Генсек, список использованной литературы зачетный ))

Тем временем в США:
http://www.usnews.com/news/articles/2016-0...nizing-medicine

Угу, да. Если у приборов длина прочтения будет скоро 2-3 нуклеотида, то даже такие заказные статейки и всякие горе-программы уже перестанут помогать их "внедрять"... Огромную регуляторную роль в геномах эукариот играют протяженные повторы и дупликации генов (об которые спотыкаются почти все имеющиеся секвенаторы), а всякие горе-инноваторы продолжают стремиться к клопообразной длине рида и удобной замене канистр с реактивами при этом, что делает повторы непроходимыми при сборке контига, а приборы близкими к безполезным.

Какие идиоты и зачем их в таком количестве напокупали?

Для сборки де ново и индикации крупных структурных элементов уже есть фича - автоматический мэппинг, например:
http://www.bionanogenomics.com/technology/...genome-mapping/

Покупаешь и секвенатор и вот эту приблуду, и никакие повторяющиеся элементы якобы не страшны.

Это примерно как сказать - обуваешь зимнюю шипованную резину и машину вообще перестает заносить.

Информация датируется первой половиной 2015 года, поэтому уже основательно устарела. Тем не менее:

Дело в том, что основная цель закидывания нам этого устаревшего брахла с чудовищной по цене расходкой - это как раз лишить нас навсегда возможности и желания возиться с этим.

Они эти свои железяки выпускают под конкретные расчетные цифры геномотипирующих исследований, как инструмент. А нам сваливают втридорога для окупания нашими лоботрясами-завхозами их разработок... Понятно, что завхозу это опасно понимать - наступает разрыв шаблона сразу в голове. Как так, прибор стоит мильон баксов, произвелся всего пару лет назад серьезной американской корпорацией (то есть в его понимании почти новый), и при этом уже абсолютно безполезен!

Важно понимать - конечной целью их внедрения является создание громадной базы данных геномов людей с относительно малым количеством белых пятен и двусмысленностей. Типо бигдата-Гугла для биокода. У нас же ресурсов не хватит пройти этим путем быстрее их, поскольку эту часть молекулярной медицины завхозы еще лет 10-20 будут понимать. А потом просто купят лицензии по-тихому там и всех оцифруют под ними здесь.

меня сейчас наверно помидорками закидают=)

А смысл плакаться? Всё, профукали, отставание на 20-30 лет в развитии технологии - это колоссальных размеров дыра, которую не восполнить за пятилетку, и дело тут даже не в технологиях, а в сознании обывателя. Сколько процентов населения страны вообще знает, что такое ген? не говоря уже о генетической диагностике (про науку вообще молчу).

Одно дело что жуткие Америкосы сосут наш нефтяной бабос, другое дело что у нас нету среды для разработки и внедрения своих инноваций. Так мы хоть и на буржуйском, но можем работать, а если и буржуйское не покупать, то вообще всё встанет. Если у вас есть пример перспективных отечественных наработок, покажите, поверю что всё не так плохо и что у нас есть шанс догнать забугорников...

Тут выбора то даже не стоит... Либо буржуйское, либо никак...

про базу данных и так всё понятно, уже давно, они и собирают... пока мы сидим и жалуемся на дороговизну и жадных буржуинов. Ценность то не в секвенаторах, а в данных, какая разница на своём али на буржуйском получено? Цель оправдывает средства

Про завхозов вы правы конечно... Тут самая и проблема, распил завхозами нефтяных денег явно не в пользу таких долгосрочных вложений как фундаментальные исследования, которые выльются в практику уже не при жизни распиливающих завхозов... И когда всё будет по-другому нам, к сожалению, неведомо, хотя с нетерпением жду этих времён...

Служба новостей Голоса Америки (25.02.2016):
Белый дом продвигает инициативу в области прецизионной медицины
http://www.golos-ameriki.ru/content/cn-pre...it/3207861.html

Забавные сопли про "секвенаторное импортозамещение" и "подлых завхозов"
Лишний раз показывает: на сколько дискутанты далеки от реальной жизни
Первым делом в РФ угробили станкостроение. И ни в коем случае не дадут ему подняться.
Без него можно скольк угодно плясать с бубном выкрикивая мантры "инновацыы, гены, импортозамещение" , метая в костер стопки нефтедолларов.
Хотите работать в генетике - работайте на чем есть, а не включайте "евгениев онегиных"

Но в прочем это фактически оффтоп

Мне вот интересно: Все ли НГС линейки идут по "принципу Джилет": железка по произвольной бросовой цене, а отбиваются - "на картриджах", сконстролить замену которым - без шансов ?

Все.

Мы и работаем на чем есть. То есть - на чужих статьях из пабмеда
Вы тоже не заводитесь (ничего явно не соображая в вопросах не исследования, а внедрения в практику), завхозы - это все же лучше, чем всякие дерьмократы на взятках от бигфармы. Хороший завхоз все же склонен иметь хороший автономный агрегат в своем распоряжении и развязанный от чипованной расходки, а не подписанным на "NGS-науку за дань бигфарме" на всю короткую жизнь "пока деньги не кончились".

Тем, кто работает с чужими данными и любит взаимодействия белков и РНКи - всякие там сплайсинги.
Вышла статья с кучей данных по CLIP. Данные лежат на сайте Encode.
Наконец-то CLIP заработал - данные нормальные и пики нормальные!
Мой протокол для библиотек поднял выход примерно в 1000 раз (10 циклов) - нужно стало разумные 9-14 циклов для хороших белков вместо 27-35 циклов ПЦР, которые все делали.

Там сотня примерно белков на K562, HEPG2 и немного вроде на HEK293T.
http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/n...nmeth.3810.html
Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP).

У Вас принцип чем-то отличается от уже разрабатываемых подобных систем?:
Decoding DNA, RNA and peptides with quantum tunnelling
Заманчиво конечно. Никакой лишней химии.

Похоже, что японцы из Quantum Biosystems дальше всех продвинулись. Уже и Early Access Program объявили и первые данные выложили:
http://www.quantumbiosystems.com/get/index.html?lang=en
Только вот - это 2 года назад было, а с тех пор что-то особых подвижек не наблюдается.

Никто не позволит никаким японцам стать первыми, у кого это получится. Если БЫ у них был реальный агрегат, их бы уже купили те или иные корпорации. Пока, очевидно, покупать нечего, потому они просто шумят и переезжают.

Последняя публикация была в 2012 году :
http://www.quantumbiosystems.com/publicati...ex.html?lang=en
Гранты эти японцы эпизодически получают, но хвастать им, похоже, нечем. Разве-что отсутствием японских конкурентов .

Близится конференция "NGS 2016" (19.05.2016):
http://ngsconference.ru/
Насколько я понял, разработке секвенаторов там будет посвящён только один доклад:
"Секвенирование от Roche: что будущее нам готовит?" (Ирина Карпова).
Ещё ООО Альбиоген будет рекламировать секвенаторы от Illumina.
Хотелось бы услышать хоть что-нибудь и про отечественные разработки. Например:

Хотелось бы дополнить эту таблицу свежими проектами, которые наверняка существуют. Буду признателен за любую информацию на эту тему.

Отечественное сиквениростроение входит в Когнитивный диссонанс практикой использования. В предыдущих статьях на эту тему мы узнали, что в России штук 120 приборов разных фирм. Из них реально работают, дай бог, два десятка. Остальные без работы и морально стареют. Пишут, что нет специалистов необходимой квалификации или денег на расходники. Так зачем конструировать велосипед? Может хоть запустить в работу то, что уже куплено? Проблема даже не в расходниках, а в дифиците идей. Тупо не знают чем загрузить уже имеющиеся мощности.

> Тупо не знают чем загрузить уже имеющиеся мощности.

Да знают. Просто патентных лоеров многие боятся. А денег на расходку потому и нет, потому что этими запретительными ценами использование и запрещается. И волки сыты, и овцы целы...

Но не все этим котам будет масленица.

Я не представляю какие идеи могут быть нужны для налаженной "фабрики"? Что и для чего секвенировать - много ума не нужно (да простит меня Генсек )
Основной тормоз, согласен с NMR-guy, это безумные цены на киты. Не более процента от себестоимости! Бросил бы одну бомбочку на иллюмину.

А на что Вы намекаете?

На то.

На себя лучше сбросьте.

За то что ходите в кино -> недвижимость и издержки в Калифорнии раздуты кинобизнесом и всякими защитниками прав животных и ЛГБТ -> коммерциализация разработок компании со штаб-квартирой в Кали не может принципиально стать дешевой, как и китайской (если хочет продавать продукцию серьезным американским госструктурам).

Я, если честно, не понимаю как можно на 3 млн в 2 года разработать работающую модель секвенатора силами одной частной компании

За 3 млн. и за 2 года сделать можно. Если, конечно, знать как:
http://molbiol.ru/forums/index.php?act=Att...=post&id=262500

ок, у вас 5 человек в команде: биолог, химик, физик, технолог и вы.
вы работаете 2 года.
3 000 000 - [(з/п каждого, чтоб занимался только работой)х12х2х5] = ???

Генсек, большие деньги уже идут на что-то другое:
http://www.sciencemag.org/news/2016/06/sci...-genome-scratch
Секвенаторостроение - не ракетостроение или танкостроение.

У нас простой секвенатор недавно лишь "наконец построили", да и то спрос мизерный.
Боюсь, выход на рынок "клонов" будет ещё более медленным, по крайней мере, пока российские научные центры в состоянии позволить себе импортные расходники.

http://seq500.com/en/

Бельгийцы хвастаются, что нашли поровый белок для оксфордцев, который "give a tremendous increase in sequencing accuracy and speed compared to available nanopores"
http://www.vib.be/en/news/Pages/Vib-scienc...technology.aspx

Прикольно, что оксфордцы разрабатывают мини-секвенатор для айфона
https://nanoporetech.com/products-services/smidgion

А этот мужик начал делать секвенатор для нефрагментированной ДНК
http://news.unm.edu/news/new-dna-sequencin...ionize-industry


Гм... что-то подобное я уже где-то видел раньше: