Полная версия страницы  English  

Учебник по методам высокопроизводительного секвенирования (NGS)

Pages: 1, 2, 3
dr, 01.04.2014 10:08
картинка: NGS_cover.gif
В мае 2014 в издательстве БИНОМ выходит первый отечественный учебник по методам высокопроизводительного секвенирования (NGS). В книге рассмотрены различные варианты и особенности современных методов определения структуры нуклеиновых кислот (методов секвенирования второго и третьего поколений). Описаны принципы наиболее популярных технологий NGS. Дана классификация высокопроизводительных методов секвенирования по нескольким параметрам. Приведены основные элементы первичного анализа данных масштабного секвенирования. Отдельные главы посвящены применению NGS для решения различных биологических задач: секвенирования про- и эукариотических геномов и транскриптомов, метагеномного секвенирования, использования NGS в медицинской практике. Для сотрудников генно-инженерных и медицинских диагностических лабораторий, а также для преподавателей и студентов, специализирующихся в области молекулярной биологии.

Оглавление учебника в приложенном файле.

Презентация книги планируется 15 мая 2014 в ИБХ РАН (в рамках конференции NGS-2014, http://ngsconference.ru/). Тираж небольшой, поэтому желающие наверняка получить экземпляр могут оставить заявку здесь: http://ngsconference.ru/ и купить книгу на конференции (цена пока неизвестна, но должна быть примерно как у "ПЦР "в реальном времени": от 250 до 320 руб.)


Файл/ы:

скачать файл NGS_cont1.pdf
размер: 441.58
кол-во скачиваний: 2521


Семён, 02.04.2014 08:30
Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, а как можно приобрести эту книгу не приезжая на конференцию?
Заранее спасибо!

С уважением Семён.

Лобов Семен Леонидович
к.б.н., младший научный сотрудник
лаборатории молекулярной генетики человека
Федерального государственного бюджетного
учреждения науки Института биохимии и генетики
Уфимского научного центра РАН
тел.: 8-917-427-10-83
semenleonidovichl@mail.ru
г. Уфа, пр. Октября 71
Guest, 02.04.2014 08:46
авторы кто?
Guest, 02.04.2014 08:56
авторы - википедия, интернет и методички. правильнее спрашивать, кто переводил
Guest, 02.04.2014 09:49
(Guest @ 02.04.2014 08:46)
Ссылка на исходное сообщение  авторы кто?


так долго переводили что все успело устареть smile.gif

http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n1...th.2688_F4.html
dr, 02.04.2014 09:58
К концу мая книга разойдётся по онлайн-магазинам. Ищите на OZONе

Денис Ребриков



(Семён @ 02.04.2014 06:30)
Ссылка на исходное сообщение  Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, а как можно приобрести эту книгу не приезжая на конференцию?
Заранее спасибо!

С уважением Семён.

Лобов Семен Леонидович
к.б.н., младший научный сотрудник
лаборатории молекулярной генетики человека
Федерального государственного бюджетного
учреждения науки Института биохимии и генетики
Уфимского научного центра РАН
тел.: 8-917-427-10-83
semenleonidovichl@mail.ru
г. Уфа, пр. Октября 71
Guest, 02.04.2014 10:05
(Guest @ 02.04.2014 08:46)
Ссылка на исходное сообщение  авторы кто?

ЗАО "НПФ ДНК-Технология" smile.gif)))
dr, 02.04.2014 10:10
Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему)
И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации.



(Guest @ 02.04.2014 06:46)
Ссылка на исходное сообщение  авторы кто?
Guest, 02.04.2014 10:16
(dr @ 02.04.2014 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему)
И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации.

http://www.fiercebiotechit.com/story/roche...ness/2013-10-17

smile.gif))
Guest, 02.04.2014 10:40
(dr @ 02.04.2014 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему)
И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации.

В ноябре 2012 года компания Helicos Biosience была признана банкротом и прекратила существование[9].

smile.gif
Guest, 02.04.2014 10:44
(dr @ 02.04.2014 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему)


Что под редакцией, это примерно понятно. Вот и вопрошаю: кто конкретно авторы разделов? Судя по некоторым признакам, из Еврогена/лаборатории Лукьянова точно кто-то есть.
dr, 02.04.2014 11:00
Дак Ребриков и есть из Лукьянова. Без вариантов)


(Guest @ 02.04.2014 08:44)
Ссылка на исходное сообщение  Что под редакцией, это примерно понятно. Вот и вопрошаю: кто конкретно авторы разделов? Судя по некоторым признакам, из Еврогена/лаборатории Лукьянова точно кто-то есть.
Guest, 02.04.2014 11:49
(dr @ 02.04.2014 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему)
И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об НГС, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации.


на такую структуру чего угодно ляжет когда основная масса современных NGS методов просто не представлена smile.gif
Guest, 02.04.2014 11:51
(Guest @ 02.04.2014 11:49)
Ссылка на исходное сообщение  на такую структуру чего угодно ляжет когда основная масса современных NGS методов просто не представлена smile.gif

http://www.nature.com/nrg/journal/v13/n2/f...nrg3141_F1.html

smile.gif
Guest, 02.04.2014 12:56
"на такую структуру чего угодно ляжет когда основная масса современных NGS методов просто не представлена".
полностью согласен!
к тому же, печатаются явно не для структурирования и систематики знания, а для галки в личном деле. и вследствие графоманства.
Guest, 03.04.2014 00:57
(dr @ 02.04.2014 11:00)
Ссылка на исходное сообщение  Дак Ребриков и есть из Лукьянова. Без вариантов)

вспомнила бабка, как девкой была...

К черту подробности, Митя Чудаков есть?
Guest, 03.04.2014 03:00
Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать smile.gif)
Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол
Guest, 03.04.2014 07:32
(Guest @ 03.04.2014 03:00)
Ссылка на исходное сообщение  Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать smile.gif)
Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол

http://res.illumina.com/documents/applicat...logy-poster.pdf

smile.gif
Guest, 03.04.2014 08:24
(Guest @ 03.04.2014 03:00)
Ссылка на исходное сообщение  Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать smile.gif)
Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол

http://tech.yandex.ru/events/science-semin...nov/talks/1384/

smile.gif
Guest, 03.04.2014 08:29
(Guest @ 03.04.2014 03:00)
Ссылка на исходное сообщение  Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать smile.gif)
Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол

http://www.evrogen.com/services/service-TC...profiling.shtml

smile.gif
-Ъ-, 03.04.2014 15:01
В СССР книги переводили. frown.gif
А нынешние чукчи все пишут и пишут и пишут... tongue.gif
Guest, 04.04.2014 08:14
(-Ъ- @ 03.04.2014 15:01)
Ссылка на исходное сообщение  В СССР книги переводили. frown.gif
А нынешние чукчи все пишут и пишут и пишут...  tongue.gif


Привет чукча smile.gif lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif

Гест1

книги переводить пустая трата времени особенно в некст генерейшн сиквиноровании методы убивают друг друга в течение полугода lol.gif
Guest, 04.04.2014 08:24
(-Ъ- @ 03.04.2014 15:01)
Ссылка на исходное сообщение  В СССР книги переводили. frown.gif
А нынешние чукчи все пишут и пишут и пишут...  tongue.gif


ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif

http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n1...th.2688_F4.html
Guest, 04.04.2014 08:40
(Guest @ 04.04.2014 08:24)
Ссылка на исходное сообщение  ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков  lol.gif  lol.gif  lol.gif  lol.gif

http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n1...th.2688_F4.html


кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина

типа метод "русский" плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане lol.gif lol.gif lol.gif
Guest, 04.04.2014 08:50
(Guest @ 04.04.2014 08:40)
Ссылка на исходное сообщение  кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина

типа метод "русский"  плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане  lol.gif  lol.gif  lol.gif


и название метода чисто русское АТАКА Сек типа ответ Чимбирлену lol.gif
"Голь на выдумки хитра" lol.gif
Guest, 04.04.2014 08:59
(Guest @ 04.04.2014 08:24)
Ссылка на исходное сообщение  ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков  lol.gif  lol.gif  lol.gif  lol.gif

http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n1...th.2688_F4.html


яб за русский метод АТАКА Сек присвоил бы титул " Метод Года" просто дешево надежно и елегантно smile.gif
Guest, 04.04.2014 09:06
(Guest @ 04.04.2014 08:40)
Ссылка на исходное сообщение  кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина

типа метод "русский"  плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане  lol.gif  lol.gif  lol.gif


ну и хде Маскфа если Метода НГС продвигают Регионы России в Мирофом Масштабе зажрались однако lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif
Guest, 04.04.2014 12:06
(Guest @ 04.04.2014 11:56)
Ссылка на исходное сообщение  Мне одно не понятно в Иллумине работает Горышин из Лияф АН СССР к москве и россии никакого отношения не имеет "типичный советсский регионал" киты НекстЕра Иллумины Горышина об чем будем байки трепать


в гробу я видел некстеру, например.
Guest, 09.04.2014 02:00
(Guest @ 04.04.2014 12:06)
Ссылка на исходное сообщение  в гробу я видел некстеру, например.

Последние новости от Шуры Шишкина из Лабы Гуттмана

kloun
IP-штамп: frbxb5dnUVtR6
гость




прочитанное сообщение 06.04.2014 11:37 Сообщение для модератора Сообщение для куратора темы
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей URL #3258 множественное цитирование
(ASDF @ 03.04.2014 21:25)
Ссылка на исходное сообщение kloun, извините, что не ответил сразу - но Ваша схема не кажется мне изящной, а ведь именно это мы ценим в научном исследовании, не так ли!?. проблема в том, что преждложенный вами метод не дает нам главного - избавиться от биаса при амплификации, а в этом вся суть этого эксперимента/

Возможно.
А как без ПЦР, если материала очень мало (одна клетка?) - а на сиквенс нужно минимум 1 нг? Всякие whole genome amplification - ещё хуже будет, ПЦР сейчас хорошо отработан - у нас нет вопросов только к ПЦРу во многих методах.

Если бы было много-много материала - можно сделать аналог Exome или cDNA capture, но опять же - никак без ПЦР.

Я вообще люблю простые методы. Вот есть dUTP RNA-seq - там вроде 9 шагов, а у нас - 3.5 шага - не самые изящные, но очень простые и работают smile.gif

(-Ъ- @ 24.03.2014 11:53)
Ссылка на исходное сообщение Варвар Ваш начальник... eek.gif

Начальник - молодой, да ранний. Ему 28, но у него уже около 6 тысяч цитирований. Варвар, конечно, но сам сделал 90 CLiPов за 2 дня так, что потом я сутки спасал эти библиотеки smile.gif Но за день прогнали HiSeq и от старта до данных 4.5 суток. Данные не супер, но опыт удачно прошёл - высоковат duplication rate - но решается увеличением количества клеток и антител - брали по минимуму.
Зол я на начальника - вместо Nature Biotech послали статью в Nature Methods - но методы в лабе кроме меня никого не интересуют - все хотят быть знаменитыми в биологии, не в методах. Им даже на патенты всем пофигу.
Guest, 09.04.2014 02:05
(Guest @ 09.04.2014 02:00)
Ссылка на исходное сообщение  Последние новости от Шуры Шишкина из Лабы Гуттмана

kloun
IP-штамп: frbxb5dnUVtR6
гость

прочитанное сообщение 06.04.2014 11:37    Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы   
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3258 множественное цитирование
(ASDF @ 03.04.2014 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  kloun, извините, что не ответил сразу - но Ваша схема не кажется мне изящной, а ведь именно это мы ценим в научном исследовании, не так ли!?. проблема в том, что преждложенный вами метод не дает нам главного - избавиться от биаса при амплификации, а в этом вся суть этого эксперимента/

Возможно.
А как без ПЦР, если материала очень мало (одна клетка?) - а на сиквенс нужно минимум 1 нг? Всякие whole genome amplification - ещё хуже будет, ПЦР сейчас хорошо отработан - у нас нет вопросов только к ПЦРу во многих методах.

Если бы было много-много материала - можно сделать аналог Exome или cDNA capture, но опять же - никак без ПЦР.

Я вообще люблю простые методы. Вот есть dUTP RNA-seq - там вроде 9 шагов, а у нас - 3.5 шага - не самые изящные, но очень простые и работают smile.gif

(-Ъ- @ 24.03.2014 11:53)
Ссылка на исходное сообщение  Варвар Ваш начальник... eek.gif

Начальник - молодой, да ранний. Ему 28, но у него уже около 6 тысяч цитирований. Варвар, конечно, но сам сделал 90 CLiPов за 2 дня так, что потом я сутки спасал эти библиотеки smile.gif Но за день прогнали HiSeq и от старта до данных 4.5 суток. Данные не супер, но опыт удачно прошёл - высоковат duplication rate - но решается увеличением количества клеток и антител - брали по минимуму.
Зол я на начальника - вместо Nature Biotech послали статью в Nature Methods - но методы в лабе кроме меня никого не интересуют - все хотят быть знаменитыми в биологии, не в методах. Им даже на патенты всем пофигу.


http://guttmanlab.caltech.edu/lab.php
Guest, 09.04.2014 09:35
(Guest @ 04.04.2014 12:06)
Ссылка на исходное сообщение  в гробу я видел некстеру, например.


а чего так если у нее сиквинс специфик биазы так и у МНАзы н у ДНАзы1 не менше smile.gif

http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n1...id=NMETH-201312
Guest, 09.04.2014 09:46
(Guest @ 04.04.2014 12:06)
Ссылка на исходное сообщение  в гробу я видел некстеру, например.


строго говоря не очень понятно что лучше городить огород на магнитных шариках
после Чип-Сека или быстренько НЕКСТ ерой smile.gif

http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2013-14-12-r147.pdf
Guest, 09.04.2014 10:00
(Guest @ 04.04.2014 12:06)
Ссылка на исходное сообщение  в гробу я видел некстеру, например.


кстати проверил НЕКСТ ЕРУ на магнитных шариках после нативного Чип-Сека без формалина все прекрасно работает smile.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../pdf/gkn022.pdf
Guest, 09.04.2014 10:11
(Guest @ 09.04.2014 10:00)
Ссылка на исходное сообщение  кстати проверил НЕКСТ ЕРУ на магнитных шариках после нативного Чип-Сека без формалина все прекрасно работает smile.gif

хттп://щщщ.нцби.нлм.них.гов/пмц/артицлес/П.../пдф/гкн022.пдф


главно ултразвуком не усердствовать делал Чип-сек на фрагментах 400-600 потом что поймал НекстЕрой прям на магнитных бидзах - полет нормальный smile.gif
Guest, 09.04.2014 10:27
Нативный хроматин с МНАзой не понравился - мороки много а толку мало smile.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24336359
Guest, 09.04.2014 10:34
(Guest @ 09.04.2014 10:27)
Ссылка на исходное сообщение  Нативный хроматин с МНАзой не понравился - мороки много а толку мало smile.gif

хттп://щщщ.нцби.нлм.них.гов/пубмед/24336359


Устроила откровенный АТ-биаз и все пики цинк фингорового репрессора загнала в "открытый хроматин" smile.gif
Guest, 09.04.2014 10:42
(Guest @ 09.04.2014 10:34)
Ссылка на исходное сообщение  Устроила откровенный АТ-биаз и все пики цинк фингорового репрессора загнала в "открытый хроматин" smile.gif


в итоге он у меня из репрессора превратился в активатора smile.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0083506.pdf
Guest, 09.04.2014 10:57
(Guest @ 09.04.2014 10:42)
Ссылка на исходное сообщение  в итоге он у меня из репрессора превратился в активатора smile.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0083506.pdf

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...s.201316064.pdf
Guest, 09.04.2014 17:27
(Guest @ 09.04.2014 10:57)


угу после 1 час в однопроцентном формалине и не такое причудится поосторожней надо с растворами smile.gif

http://www.plosgenetics.org/article/info%3...al.pgen.1002380
Guest, 09.04.2014 17:31
(Guest @ 09.04.2014 10:57)

Formaldehyde was added to a final concentration of 0.1% to the nuclei and incubated at room temperature for 15 minutes. To quench the crosslinking, 2.5 M glycine was added to the nuclei to a final concentration of 0.125 M. Quenching was performed at room temperature for 10 minutes with constant agitation. Pellet nuclei were combined and resuspended into 20 ml ChIP Buffer (75 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.4, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1XPI, 10% Glycerol) in a 50 ml siliconized tube. The nuclei were sonicated on ice for ~30 second intervals at 30% output for 2 hours. 250 µl Protein A Sepharose beads were used for every 5×108 nuclei. The beads were washed with ChIP Buffer and then equilibrated with tRNA (200 µg/250 µl beads) in ChIP Buffer + 1% BSA for overnight at 4°C. The beads were then washed with ChIP buffer for 3 times to remove any excess tRNA. Antibodies were added and incubated with beads overnight at 4°C: 250 µl crude anti-HP1a antisera (Covance), 160 µg anti-RNA Polymerase II (clone CTD4H8, Millipore), 200 µg mouse IgG1 (for mock ChIP, Abcam). The beads were then washed with ChIP buffer to remove any excess antibody. Chromatin samples were incubated with antibody-bound beads overnight at 4°C. The beads were washed for 5 minutes for each washing buffer: 1. RIPA 150 (50 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA pH 8.0, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), 2. RIPA 500 (50 mM HEPES pH 7.4, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), 3. LiCl Buffer (50 mM HEPES pH 7.4, 0.25 M LiCl, 1 mM EDTA, 1% NP-40), 4. TE Buffer. The beads were then eluted at room temperature in 500 µl Elution Buffer for 30 minutes. The supernatant was transferred to another tube and the
Guest, 09.04.2014 17:59
хотя согласен кормить клетки формалином в 21 веке моветон smile.gif
Guest, 09.04.2014 18:05
(Guest @ 09.04.2014 17:59)
Ссылка на исходное сообщение  хотя согласен кормить клетки формалином в 21 веке моветон smile.gif


Хотя ЕНКОДЫ немало бабла срубили на формалине у американсских налогоплательщиков smile.gif)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/ENCODE.html
Guest, 09.04.2014 18:15
(Guest @ 09.04.2014 17:59)
Ссылка на исходное сообщение  хотя согласен кормить клетки формалином в 21 веке моветон smile.gif

"Хотя вы все там химики, и нет на вас креста..."(с) smile.gif)))
Guest, 09.04.2014 18:20
(Guest @ 09.04.2014 18:15)
Ссылка на исходное сообщение  "Хотя вы все там химики, и нет на вас креста..."(с) smile.gif)))

http://guttmanlab.caltech.edu/lab.php

smile.gif)))))))))))))))
Guest, 09.04.2014 18:41
(Guest @ 09.04.2014 18:15)
Ссылка на исходное сообщение  "Хотя вы все там химики, и нет на вас креста..."(с) smile.gif)))

http://guttmanlab.caltech.edu/protocols/RA...te_Protocol.pdf

smile.gif))
Guest, 09.04.2014 19:10
(Guest @ 09.04.2014 18:41)


самое интересное эти бандиты химики не остановятся и начнут маппить РНК из Барра та женсских кошках NGS smile.gif
Guest, 11.04.2014 07:50
для картирования белок.РНК на траскриптом обычно УФят клетки бактерецидными лампами 5 минут Страталинкер2400 254 нанометров для кросслинка HITS-CLIP

но их протоколы у меня не пошли на трансфаки протеин ДНК . заменил Страталинкер УФ лазером 266 нанометров трансфаки начали картироватся на геном Чип.Секом ChIP-SEQ

в чем дело ?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.