Добрый день,

У нас есть 100-нуклеотидная РНК. Вторичная структура известна. В двойных спиралях находятся 80 нуклеотидов. Опубликована ЯМР-структура фрагмента из 35 нуклеотидов. На гель-фильтрации получается один аккуратный пик. Дает специфичное связывание с белком.

Вопрос собственно в том, следует ли писать заявку в какое-нибудь ЯМР-фасилити, или искать коллабораторов? Сколько это будет стоить, либо соответственно, насколько легко будет уговорить коллабораторов?

Заранее спасибо

Я бы не взялся ни за какие деньги. Вы хорошо описали задачу, потому скажу сразу - удавитесь сдвиги в гомогенной спирали назначать. 35 - это уже сложно, на мой взгляд, особенно, если есть повторы, но 80 - это конец всему.

Если это и получится, то на термосе с резонансом протонов на 800 МГц, не меньше, с криодатчиком и после чудовищного количества возни с подбором оптимальной концентрации для увеличения разрешения.

Ибо большая часть разных хитрых способов его поднять работает лишь на полипептидах и опирается на их более высокую полиморфность в химическом составе, чем у нуклеотидов. Да даже и в пептидах 80 а/к в гомогенной а- или 3/10 спирали подряд с большим количеством повторов в витках - это охрененно сложная задача для назначения.

Я тут пораскинул отстатками неповрежденного мозга, и придумал что Вам посоветовать.

Вас спасет только сегментарное мечение Вашей РНК (13C-15N) и потом наложение структур. Но это - дорого. Советую Вашу сотню нуклеотидов разбивать на десяток перекрывающихся 3-4 нуклеотидами сегментов (понятно, что каждый сегмент по сиквенсу должен отличаться от всех других максимально, при этом перекрываясь). 13-14 нуклеотидов можно назначить на обычной 600-ке, за это можно найти того, кто возьмется, может даже и у Вас с первого захода получится, как только разберетесь.

Но если учесть выходы синтеза, лигирования в правильном направлении сегментов и их очистки от всего левого (в лучшем случае каждая стадия по чистому продукту на выходе для следующей - это половина дорогого меченного материала в унитаз) - стоимость правильно сделанной публикабельной работы будет на шкале сотен тысяч долларов по одной химии, думаю. Если их нет - лучше забудьте.

Может, стоит рассмотреть X-ray в комплексе с белком?

Не обязательно в комплексе, можно и так. Вот достойная лаборатория - http://serganovlab.com/index.html
Наберите в PubMed Serganov A. - и почувствуйте их силу в деле кристаллизации РНК.

XRay будет всяко дешевле. Если закристаллизуецца.

Именно "если"... РНК такая гибкая "сволочь" для кристаллизации. Там даже разница в один нуклеотид на концах может играть роль.

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

Anyone can connect บาคาร่าออนไลน์ with their audience slot xo through blogging and enjoy 11hilo you who your readers are. สล็อต the myriad benefits that 123GOAL blogging provides

organic traffic from nigoal from the first sentence.ลิงค์รับทรัพย์ search engines promotional พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง content for social media ราคา บอล and recognition from a new Hotgraph audience you haven’t tapped into yet.