Народ! Нет ли у кого-нибудь из вас взломанного PAUP (лучше последняя версия)? Или если нет, но есть в интернете, то киньте ссылку в форум либо на мыло. А еще мне очень нужен GapCoder for Windows - программа по молекулярной филогении, которая позволяет кодировать информативные индели как дополнительные признаки. А то в сети все ссылки на нее битые, без объяснения причин.

Напишите авторам GapCoder. Они пришлют.
Nelson D Young: youngnd@duq.edu; John Healy: praehotec8@yahoo.com
PAUP какой-то был на фтп сервере.

PAUP 4b10 работает и так, могу прислать.

Когда (и если) пришлют GapCoder, свистните мне, пожалуйста. Покуда же можно пользовать
http://maen.huh.harvard.edu:8080/services/gap_recoder
(идея та же, но разработка другая).

to plantago,

А http://maen.huh.harvard.edu:8080/services/gap_recoder лучше, чем Phylip?

C Web-сайта PHYLIP:
===
The molecular sequence programs will accept sequences that have gaps (the "-" character). They do various things with them, mostly not optimal. DNAPARS counts "gap" as if it were a fifth nucleotide state (in addition to A, C, G, and T). Each site counts one change when a gap arises or disappears. The disadvantage of this treatment is that a long gap will be overweighted, with one event per gapped site. So a gap of 10 nucleotides will count as being as much evidence as 10 single site nucleotide substitutions. If there are not overlapping gaps, one way to correct this is to recode the first site in the gap as "-" but make all the others be "?" so the gap only counts as one event. Other programs such as DNAML and DNADIST count gaps as equivalent to unknown nucleotides...
===
Таким образом, on-line gap recoder делает это чуть разумнее. Про виндовый GapCoder не знаю, хочется попробовать.

Я обычно позиции, которые во многих последовательностях соответствуют гэпам, просто удаляю перед анализом... Также стараюсь удалять и аномально короткие сиквенсы - фрагменты генов.

Присылайте на nnosov2004@mail.ru, жду.

Сорри, просто была не удалена регистрация предыдущего участника, и я случайно запостил ответ под чужим ником, не заметив, что этот участник стоит по умолчанию. Но все равно, шлите на адрес nnosov2004@mail.ru

Я отправила, ловите.

У меня возникла следующая проблема: PAUP работает только при стандартных настройках, при bootstrap-анализе изменять можно только количество сохраненных деревьев (это изменение может вводиться в окне, а не в командной строке). Все остальные изменения, которые могут вводиться в командной строке, PAUP не воспринимает. Прочел хелп, вроде опции набираю правильно. Не сталкивались ли Вы с подобной проблемой? Буду очень признателен, если сможете что-нибудь посоветовать.

Что-то я сущности этой проблемы не улавливаю. Что такое стандартные настройки? Я обычно составляю файл, в котором отдельным блоком прописаны все команды в том виде и с такими опциями, какие мне нужны.
А какие параметры Вам надо менять?

Пожалуйста, пришлите и мне PAUP. на gragg.dk{@}gmail.com. Буду очень благодарен!

Привет всем!

Очень нужен PAUP от 4.0. Люди помогите с дистрибутивом для Windows, я сейчас на стажировке в Мадриде, а здесь энтот ПАУП лишь на маках, свободных машин нет. Нужна виндовая версия.

Заранее признателен, если кто откликнется.
e-mail: borislyovin@mail.ru

Уважаемые форумчане!
Я вновь вернулся к проблеме поиска хоть какой-нибудь программы, которая кодирует индели (не каждый как пятое состояние, а присутствие/отсутствие больших, значимых инделей). GapCoder по-прежнему не работает, а та онлайновая программа, которая была, удалена с сайта. (( Может, есть какие-нибудь онлайновые кодировщики инделей?
Заранее Спасибо!