Skagite, 4to ozna4aut termini: "belki-paralogi" i "belki ortologi"???

Ну вот вам картинка, так словами сложно объяснить:

untitled.bmp размер: 631.55 кол-во скачиваний: 14 22.06.2006 — 06.07.2006

Сравнительный анализ последовательностей нуклеотидов в ДНК и аминокислот в белках потребовал развития традиционного понятия гомологии. При анализе последовательностей принято различать ортологию и паралогию (и, соответственно, ортологи и паралоги). Гомологичные последовательности называют ортологичными, если к их разделению привел акт видообразования: если ген существует у некоего вида, который дивергирует с образованием двух видов, то копии этого гена у дочерних видов называются ортологами. Гомологичные последовательности называют паралогичными, если к их разделению привело удвоение гена: если в пределах одного организма в результате хромосомной мутации произошло удвоение гена, то его копии называют паралогами. Ортологи обычно выполняют идентичные или сходные функции. Это не всегда справедливо в отношении паралогов. В виду отсутствия давления отбора на одну из копий гена, подвергшегося удвоению, эта копия получает возможность беспрепятственно мутировать далее, что может привести к возникновению новых функций.
Гены, кодирующие миоглобин и гемоглобин, обычно считаются древними паралогами. Сходным образом, четыре известных класса гемоглобинов (гемоглобины A, A2, S и F) — паралоги друг друга. В то время как каждый из этих генов служит той же самой основной функции транспорта кислорода, их функции уже слегка дивергировали: гемоглобин зародыша (фетальный гемоглобин F) имеет большее сродство к кислороду, чем гемоглобин взрослого человека. Другой пример: гены инсулина у крыс и мышей. У грызунов имеется пара паралогичных генов, однако вопрос о том, произошла ли дивергенция функций, остается открытым. Паралогичные гены часто принадлежат одному и тому же виду, однако это не необходимо. Например, гены гемоглобина человека и миоглобина шимпанзе — паралоги. Это общая проблема биоинформатики: когда геномы раних видов секвенированы и обнаружены гомологичные гены, невозможно сразу же сделать вывод о том, что эти гены выполняют ту же самую или сходную функцию, поскольку они могут оказаться паралогами, функции которых дивергировали.

Это, конечно, справедливо, но черезчур запутано. Лучше иметь в виду следующее.

1. Гомологичные гены одного генома (и соответствующие белки) - паралоги. Но следует ожидать того, что в литературе и гены разных геномов могут иногда именоваться паралогами.
2. Ортологи - гомологичные гены разных геномов, но не любые (как правило самые близкие). Термин крайне субъективен - зависит от изучаемой выборки.

чего запутано???????? сравнивая "Ортологи - гомологичные гены разных геномов, но не любые (как правило самые близкие). Термин крайне субъективен - зависит от изучаемой выборки" и "Гомологичные последовательности называют ортологичными, если к их разделению привел акт видообразования: если ген существует у некоего вида, который дивергирует с образованием двух видов, то копии этого гена у дочерних видов называются ортологами" мне лично намного понятнее второе...

to CellCulturist,

Возможно я не совсем верно выразился. Претензии не к Вам и не к Вашим формулировкам. Проблемы в сложившейся практике использования этих терминов. В соответствии с общепринятыми формулировками, НИКОГДА нельзя быть уверенным, что два данных гена (белка) - ортологи и НИКОГДА нельзя быть уверенным, что два гомологичных гена из разных геномов - не паралоги. Для (предварительного) вывода о пара-/орто-логичности двух белков/генов необходимо проведение специального исследования. То есть эти термины невозможно свободно использовать в тексте статьи - только в выводах... У меня уже были по этому вопросу проблемы с рецензентами...

согласен полностью. Да, Даниил, формулировки все-таки не мои: что, как говорится, нарыл, то и выложил

А почему тогда нет ссылок???

умоляю, не надо... "я его слепила из того, что было" © Уж многовато придется вставлять...

Хотите - обзор Кунина с определениями и историей вопроса.