Честно говоря, я подозреваю, что ответ будет - нет, не часто. Но всё-таки можно ли допустить, что ITS1 и ITS2 происходят от разных предковых аллелей. Больше всего меня смущает то, это multicopy gene, то есть если кроссинговер и происходит, то это бы приводило к наличию разных копий целых предковых rDNA в геноме + одна смешаная копия. (То, что это может произойти синхронно во всех копиях, уж совсем невероятно).

Вообще кстати, насколько обычны внутригенные рекомбинации, например, в протеинкодирующих генах? Подозреваю, что всё банальные истины, но уж такой уж чайник в вопросах молгенетики.

ЗЫ Речь идет про грибы есснно (Ascomycota).

Всё-таки лучше говорить про гены рРНК, а не про рДНК. Ведь ещё существуют и гены рибосомальных белков...

Мне и самой интересно. Очень нередка ситуация, когда ищешь бластом наиболее близкие организмы, по ITS1 получается одно, по ITS2 --- другое. Внутригенные рекомбинации, имхо, очень редки. Если верить учебникам, конечно --- "ген --- единица мутации, рекомбинации и ещё чего-то там"

Внутригенные рекомбинации - частоты где-то один на несколько десятков тысяч (или тысяч) - в принцыпе немного, но для эволюции сойдёт вполне. Поймать такое на мухах - трудновато будет, но вот на вирусах - вполне. Вообще частоты рекомбинации зависят от того, насколько высоко сродство если не ошибаюсь, то recBCD - кажется он главный игрок в этом деле, к участку ДНК - между генами рассеяна "горячие пятна", к которым он имеет более высокое сродство, внутри генов (и интронов и экзонов), видимо таких "пятен" нет. Что за консенсузы в этих пятнах - не знаю.
"Ген - единица мутации" (это когда такие времена прошли?)

Как насчет "ITS conversion" ( http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/92/1/107 )? Наблюдал на Dactylorhiza baltica, у растений -- частое явление, причем с не очень ясными механизмами. Хотя дело здесь скорее всего не в рекомбинации, а в избирательной элиминации.

Один из эффективных способов выявления рекомбинаций в Вашем случае
- это построение филогений у одной и той же группы организмов отдельно по ITS1 и по ITS2. В случае диверсификации по клональному типу (без рекомбинации) построенные филогении будут иметь идентичную топологию. При рекомбинации это сходство будет искажаться. О статистических подходах, связанных со сравнением топологий можете почитать в
http://jb.asm.org/cgi/content/full/185/10/...g&pmid=12730157
или еще много где.
Все сказанное не касается рекомбинации внутригеномной. Этот случай непростой, так как, действительно, есть организмы (например, среди бактерий), обладающие десятком рРНК оперонов, различающихся по последовательностям.