Недавно Parhit высказал, на мой взгляд, здравую идею
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=4598#

Вопросы о том, у кого лучше купить тот или иной фермент, прибор и т.д. возникают на форуме довольно часто.
Если б был отдельный каталог, где можно было б проголосовать за продукт той или иной фирмы и оставить свой отзыв, то м.б. это было бы многим полезно для правильного и быстрого выбора.

Темы в таком каталоге, понятно, лучше делать в форме опросов (варианты ответов - фирмы-производители), а сам каталог можно раздробить на Рестриктазы, Другие ферменты, Приборы, Реактивы и т.д.

Извините, только сейчас заметил тему.

Не думаю, что в таком виде дело пойдет:
1) голосование -- вещь порочная, так как нельзя отличить голос авторитетного человека от студенческой тусовки.
2) каталог получится сумбурным и неполным. Куча народа вместо поиска темы будет образовывать свою новую.

Хотя потребность в такой информации, конечно, есть. Может лучше подготовить отдельные страницы по (для начала) по отдельным ферментам? И в коментариях уже можно было бы и качество обсуждать и продавца вибирать.

Согласен с Redactor'ом, сложно в таком деле однозначно полагаться на оценки рейтинга, так как не известно, кто его оставил.
Если делать каталог, то в виде отдельного веб-приложения (модуля), где к каждому "продукту" пользователи могут оставлять свои комментарии и реккомен, а не в виде секции форума. Если такой каталог многим нужен и будет использоваться, можно будет его сделать.

to Abd
Вы бы взялись его пополнять, радактировать, модерировать?

Ну, поскольку деятельность на литературном фронте меня сейчас не слишком напрягает , то я бы мог заняться рестриктазами (в остальном не силен).

Для меня самым простым было б нечто подобное подфорумам-каталогам, но если есть другая удобная форма - то на усмотрение Редактора. Правда, я теперь не совсем понимаю, как это будет выглядеть. Можно образец в студию? (как будет свободное время, можно не торопиться - семья - это святое )

Я могу сделать норманьный каталог с возможностью комментировать каждый его пункт.
Проект в студию могу представить к следующей неделе, сейчас занят другим проектом.

2 Abd
Возметесь его курировать, модерировать и пополнять?

Да, будет здорово, т.к. Редактор, как я понимаю, занят еще сильнее Но лучше, наверное, согласовать с ним предварительно технические и оформительские детали.


Охотно. Думаю, что без проблем найдутся и другие помощники в модерации, если возникнет такая потребность.

Естественно, это будет сделано в тесном сотрудничестве с проектом molbiol.ru.

Так что ставлю проект "Каталог ферментов" следующим после проекта RusPubMed, над которым я сейчас активно работаю.

Я не зря спрашивал про желающий модерировать подобные каталоги. Так как создать такой каталог для меня несложно, но вот заниматься его пополнением и модерированием уже проблематично. Поэтому и нужны энтузиасты, которые будут этим заниматься.

P.S. По обсуждениям на форуме в последние время, так же есть еще ряд идей.
Например:
- создание каталога оборудования
- создание каталога книг со ссылками хотя бы на Ослосеть, откуда можно эти книги скачать (на мой взгляд, на molbiol.ru работа с каталогом книг немного не удобна)
- база данных диссертаций

Ок, тогда с рестриктаз и начнем (раз есть специалист ).

Сначала о смысле всего этого мероприятия.

Хочется создать место которое послужит якорем для обсуждения конкретных ферментов (чтобы информация не тонула и не пропадала):
* чтобы можно было задать вопрос по конкретному ферменту;
* чтобы можно было сделать сообщение по особенностям фермента (заодно коллеги могут подсказать, что это не особенность, а руки кривые);
* чтобы можно было обсудить, где лучше покупать.
* и т.д.


Как делать

Пока что представляется, что для этого надо сделать по каждому ферменту отдельную странички, на которых УЖЕ ЕСТЬ некая полезная информация. Она послужит в качестве затравки и якоря для обсуждения. Когда люди привыкнут, им будет сразу ясно, куда идти для обсуждения конкретного фермента.

Дальше сложнее. Представленная "в самом начале" информация будет "вторичной" -- т.е. взятой из каких-то других мест. Конкретно для рестриктаз -- скорее всего, собранной с сайтов производителей. Т.е. какого-то самостоятельного значения эти данные не имеют -- они служал лишь для создания "места для обсуждения".
С одной стороны -- нет смысла приводить слишком много информации, так как всегда можно пойти на оригинальный сайт и прочитать там. С другой -- чтобы страница служила якорем обсуждения, она должна содержать полезные сведения. С третьей -- если информации будет слишком много, страница будет большой и неудобной.

Так что надо с головой подойти к вопросу, "что должна содержать страница, посвященная отдельному ферменту".

Давайте пока ограничим обсуждение рестриктазами.

Предварительный список:

• Название;
• сайт узнавания, температура реакции;
• чувствительность к тепл. инактивации;
• активность в буферах от основных производителей (NEB, Roche, Fermentas, Sibenzyme);
• (???) картинка резанного субстрата.
• ссылка на страницу Rebase;
• особенности (выживаемость в реакции, звездная активность, активность около конца ДНК, чувствительность к метилированию и т.п.);
• (???) список изошизомеров.
• (???) совместимые концы для лигирования.
• единица активности (определение);
• мини-скрипт для пересчета единиц под разные субстраты -- лямбда, "геномная ДНК", аденовирус, pUC и т.п.

Думаю, что имеет смысл и создавать отдельную базу по рестриктазам, поскольку у них своя специфика. Если нужно, то потом можно создать отдельные базы по полимеразам и другим типам ферментов.

Согласен, что нужно продумать минимальный набор полей для описания каждой рестриктазы, чтобы я мог с этой структрурой таблицы создать базу данных. Далее, если будут обоснованные пожелания по добавления каких-то дополнительных полей, я всегда могу их ввести в структуру базы данных.
Утилиту для пересчета количестви рестриктаз можно будет создать отдельно и привязать к рестриктазам.


Вообще, поскольку началось конструктивное обсуждение этого вопроса, то создал отдельную тему по этому проекту - Проект "Каталог рестриктаз"

Что-то ссылка не работает...

Так... пока не понял основного принципа построения (не Веб-мастер я). Это будет набор страниц со статическим ядром и привязкой к соответствующим темам в форуме для комментариев (предложение Редактора)? Или база данных, по которой динамически будут строиться странички (предложение Pilgrim)?

Первоначальная идея (насколько я ее себе представлял), заключалась в возможности быстрого сравнения аналогичных продуктов по некоторым особенностям (t' работы, инактивация и т.д.), цене и отзывам пробовавших этот товар (показатель реального качества). Цены, конечно, отслеживать не так просто, но с точки зрения многих - они наверное важны. Не знаю, насколько это сложно технически, но может стоит сделать кнопочки "Сравнить с аналогичными продуктами" и выводить сводную табличку свойств/цен? Иначе у нас получится урезанный (но комментируемый) REBASE.

Для упрощения, наверное, надо ограничиться пока ферментами основных производителей: NEB, Promega, Roche, Fermentas, SibEnzyme. Остальные - либо перепродают чужое, либо не пользуются особой популярностью.

Про поля - в общем, Редактор довольно полно все обозначил, может даже чересчур . Насчет последнего скрипта есть сомнения - придется либо делать прогу, на лету подсчитывающую кол-во сайтов в разных ДНК, либо тупо вбивать в базу эти кол-ва сайтов (еще не надо забывать, что субстраты могут быть метилированы).

И еще, я не совсем понимаю:
- то ли для каждого фермента конкретного производителя создавать отдельную запись,
-то ли для фермента, который производится несколькими фирмами делать единственную страничку - тогда несколько таблиц активности по буферам


Имхо, можно

a)добавить поле "Производитель(и)"

б)добавить цена(ы) - в пересчете на единицу активности? (C оговоркой, что большая фасовка на 20% дешевле)

в)единица активности (определение) - имхо, можно убрать; в 99% случаев - это лямбда и оптимальные t'/буфер. Если будут исключения - то сделаем сноску(*) к активности.

г)(???) картинка резанного субстрата - тоже кажется лишней, если будут указаны точки расщепления и липкие концы.

Эта тема важна в целом, если вынести обсуждение рестриктаз, она утонет, так что я против разбиения темы на части.


Для рестриктаз будет сделана своя база данных. Как именно база данных будет генерировать страницы -- полностью динамически или заранее статические ещё не решено, но для пользователя это значения не имеет. К страницам можно будет добавлять комментарии, которые будут одновременно появляться в форуме "Молекулярная биология"

Будет администраторская панель для изменения свойств рестриктаз.


Единственная проблема с ценами -- их вводить и поддерживать на б.м. актуальном уровне. Все остальное просто. По поводу цен были сомнения (из-за трудоемкости), но то, что Вы пишите вполне резонно, так что я постараюсь сделать как можно более удобную работу с ценами.

Согласен. А Промега по-прежнему входит? У меня было чувство, что она выходит их этого бизнеса.

Со скриптом -- я сделаю пример, и тогда обсудим полезность.


Один фермент -- одна страница. Да, будет несколько таблиц активности по буферам.


В каком-то виде оно и так будет.

Если цены будут, то для сравнения будет браться самоая дешевая цена по фасовкам.

Пусть лучше будет. Отсутствие информации -- не совсем то же самое, что присутствие стандортной инф. Пока предполагается, что это будет очень сжатая запись, типа: лямбда, 37^o, 1h, 1 mkg, 50mkl

Ок! это я погорячился. Картинку из планов выкидываем.

Запущена первая пробная версия Каталога ферментов.

Пока он работает только на отображение ферментов, но в ближайшее время будут добавленны следующие возможности:

1. Добавление комментариев к каждому ферменту на его страничке.
2. Сравнение нескольких ферментов в одном окне (сравнение рабочих температур. активности в различных буферах, цен разных производителей и др.)
3. Поиск по названию ферментов

Высказывайте ваши мнения и пожелания по доработке!

В Каталог ферментов для каждого фермента теперь можно просматривать его активность в различных буферах.

Следующий на очереди пункт 2 (см. предыдущий пост).

В Каталог ферментов добавлена форма Сравнение, в которой можно сравнивать до 4 рестриктаз.

Каталог Эндонуклеаз рестрикции работает.

Добро пожаловать!



P.S. Все пожелания и замечания высказывайте здесь или пне в Приват.