Продолжая тему палиндромы.
Что для нас перевёртыши? Игра с языком, искромётная, веселая. А что для нас палиндромы и инвертированные повторы в ДНК? Инструменты, которые задействованы в важных биологических процессах. Какие уж тут шутки! Но ей богу, с тех пор, как я в свое время узнал, что у некоторых фагов при сдвиге рамки тот же сиквенс дает другой белок, но тоже функциональный (если я правильно понял), я не могу отделаться от мысли, что это – искромётная игра, фантазия, короче – креатив. То же и про палиндромы и инвертированные повторы.
А теперь вопрос.
Какие ещё игры вам известны в ДНК?
Понятно, что хоть ДНК - текст, но игры там свои, не такие, как в языке. Вряд ли мы встретим там рифмы, скороговорки, аллитерации, ритм, размер, и пр.
Хотя, ?...

К ППГ.....

ну зачем сразу - в крестики нолики природа точно играет. ( а вот не буду расшифровывать:)
А еще там хранится много прочей информации за пределами триплетного кода. И способы ее реализации или расшифровки далеко неясны.

Посетите темы: Хокку и Буримэ. ответы там.

игры в ДНК? кроссинговер

Браво!!!

Полно работ по изучению текстоподобности ДНК, в т.ч. наши работы. Палиндромы могут играть роль пунктуации. Или сигналов для перевода на иные языки генома. Языковый плюрализм - для сверхплотной упаковки информации в одних и тех же последовательностях. Он виден уже в том, что триплетных белковых кодов уже обнаружено 18.

А вы расшифруйте

>Полно работ по изучению текстоподобности ДНК, в т.ч. наши работы.

Ссылки на Ваши не дадите?
Чтобы ознакомиться с языковым плюрализмом и сигналами для перевода на другие языки (!!).

В зип файлах в моем сайте. Выложил сюда, но система не скушеле, т.к. в ссылках фигурирует слово "джино". Так что сами поищите.

Извините, это не моя тема и я эти ссылки не храню. Может попозже залезу в Пабмед и сделаю поиск по фамилиям, но не обещаю. Дело в том, что большей частью, это устная информация, с лекций и семинаров.

ЗЫ Петр Петрович, не хвалите меня, а то мне стыдно будет, как Скулачеву

Это ничего, до свадьбы заживет.

Вашими устами...

Ну ооочень многозначительно. Для однозначности не хватает контекста.

Ничего, что я тут вмешаюсь?
Esya, вы меня заинтриговали крестиками ноликами - что это такое?
А насчёт ссылок это я к ППГ обращался.
ППГ, спасибо, ссылки на Вашем сайте посмотрю.

Esya, по поводу того, что Вы слышали на лекциях и семинарах, мне интересно в первую очередь краткий пересказ сути дела, а уж сцылки на статьи - только во вторую. Ведь врубаться в серьёзные статьи... это да.
Интересно хотя бы составить список - что "бывает" с текстом ДНК.
1 палиндромы
2 инвертированные повторы
3 плотная запись информации со сдвигом рамки
4 вырожденность кода
5 знаки пунктуации (стоп кодоны, инициирующие кодоны, кодоны для "проскальзывания" рибосомы)
Что ещё?

бывают и крестообразные структуры и бывают петли
А курс я пересказывать, простите, не буду - ленива Может ссылкой кинусь.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...%22%5BAuthor%5D
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...%22%5BAuthor%5D

а бывают даже ХРОМОСОМЫ и кросс-хромомсомная инициация транскрипции, когда энхансер - на одной хромосоме, а промотор - на другой

Не забудьте про swollen codons, и что уже 18 триплетных кодов обнаружено. А еще не забудье про главное - омонимичность и контекстность кода. А еще главнеее про мусор в ДНК. Последнее обсуждается по новым данным в моей теме про биохимизм как квантовый генератор.

офф

момент, ребята. Я пока скрою перебранку и прослежу, чтобы речь далее шла не о достоинствах отдельных участнегов, а по теме топика.

Eur J Histochem. 2006 Jul-Sep;50(3):161-76. Links
Rise, fall and resurrection of chromosome territories: a historical perspective. Part I. The rise of chromosome territories.

* Cremer T,
* Creme C.

LMU Biozentrum, Antropology and Human Genetics, Department of Biology II, Martinsried, Germany. Thomas.Cremer@lrz.uni-muenchen.de

It is now generally accepted that chromosomes in the cell nucleus are organized in distinct domains, first called chromosome territories in 1909 by the great cytologist Theodor Boveri. Yet, even today chromosomes have remained enigmatic individuals, whose structures, arrangements and functions in cycling and post-mitotic cells still need to be explored in full detail. Whereas numerous recent reviews describe present evidence for a dynamic architecture of chromosome territories and discuss the potential significance within the functional compartmentalization of the nucleus, a comprehensive historical account of this important concept of nuclear organization was lacking so far. Here, we describe the early rise of chromosome territories within the context of the discovery of chromosomes and their fundamental role in heredity, covering a period from the 1870th to the early 20th century (part I, this volume). In part II (next volume) we review the abandonment of the chromosome territory concept during the 1950th to 1980th and the compelling evidence, which led to its resurrection during the 1970th to 1980th.

1: Exp Cell Res. 2006 Sep 16; [Epub ahead of print]Click here to read Links
Distinct nuclear arrangement of active and inactive c-myc genes in control and differentiated colon carcinoma cells.

* Harnicarova A,
* Kozubek S,
* Pachernik J,
* Krejci J,
* Bartova E.

Laboratory of Molecular Cytology and Cytometry, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Kralovopolska 135, 612 65 Brno, Czech Republic.

Using sequential RNA-DNA fluorescence in situ hybridization, the nuclear arrangement of both the active and inactive c-myc gene as well as its transcription was investigated in colon cancer HT-29 cells induced to differentiate into enterocytes. Cytogenetic studies revealed the presence of two chromosomes 8 in HT-29 cells, of which the one containing c-myc gene amplicons was substantially larger and easily distinguished from the normal chromosome. This observation enabled detection of both activity and nuclear localization of c-myc genes in single cells and in individual chromosome territories. Similar transcriptional activity of the c-myc gene was observed in both the normal and derivative chromosome 8 territories showing no influence of the amplification on the c-myc gene expression. Our experiments demonstrate strikingly specific nuclear and territorial arrangements of active genes as compared with inactive ones: on the periphery of their territories facing to the very central region of the cell nucleus. Nuclear arrangement of c-myc genes and transcripts was conserved during cell differentiation and, therefore, independent of the level of differentiation-specific c-myc gene expression. However, after the induction of differentiation, a more internal territorial location was found for the single copy c-myc gene of normal chromosome 8, while amplicons conserved their territorial topography.

очень УМНЫМ молбиологам Книжица Шредингера "Че такое жисть может и старовата" но Вашему вокругзору не помешает а так будете вокруг Молботаники
крутится а кто входил в "Фаговую Группу" желателъно нужно помнитъ и силъно не выпендриватся

Молбиологию на Биофаках нужно ЗАПРЕТИТь )) болъше полъзы будет ))))))))))))))))))

http://www.cshl.edu/History/phagegroup.html

Просьба не размещать без особой необходимости по 5 (пять!) сообщений подряд от одного лица. Тем более, что это далеко не первый случай.
Aglaya.

кое-что скрыл я. после вынужденного перерыва, не пугайтесь

Спасибо всем за интересные ссылки о структурных "закидонах" в ДНК! Это действительно необыкновенно!
Но в этой теме я пытаюсь обговорить именно текст ДНК, а не структуру.
Вот к тому, что я написал (палиндромы, инвертированные повторы, плотная запись информации со сдвигом рамки, вырожденность кода, знаки пунктуации) ППГ добавил :
swollen codons
18 триплетных кодов
омонимичность кода
контекстность кода

Что это такое?? В двух простых словах?

"В двух простых словах" описать то, о чем Вы прочитали у ППГ, конечно можно, но на форуме нельзя писать матерные слова, а если даже удастся написать - то модераторы могут влепить фол, т.е. придется пострадать за правду. ...К этому готовы не все.....

А еще нельзя обсуждать внесенных в черный список.

Понял. Не дурак
Так давайте обсуждать ДНК, наконец!
--
Раз мои вопросы не находят отклика, значит я плохо их задаю
-
Вот ещё вспомнил о предпочтительности тех или иных кодонов в разных микроорганизмах. Тоже своего рода текстовая игра.

to klav- Alu - - это ТЕКСТ или СТРУКТУРА ?

to klav - хорошо бы вы как-то пояснили кто текстоструктура

1: Exp Cell Res. 1996 Apr 10;224(1):163-73.Click here to read Links
Inhibition of RNA polymerase II transcription causes chromatin decondensation, loss of nucleolar structure, and dispersion of chromosomal domains.

* Haaf T,
* Ward DC.

Max-Planck-Institute of Molecular Genetics, Berlin, Germany.

Fluorescence in situ hybridization and immunofluorescence have been used to visualize specific genomic DNA sequences and proteins in interphase nuclei treated with transcriptional inhibitors. The adenosine analog 5,6-dichloro-beta-D-ribofuranosylbenzimidazole (DRB) and alpha-amanitin selectively inhibit transcription by RNA polymerase II at low doses. Upon exposure to DRB or alpha-amanitin the fibrillar components of the normally compact nucleolus unravel into necklace-like structures which represent highly extended linear arrays of ribosomal ®RNA genes. Similarly, blocks of tandemly repeated satellite DNAs dissociate into extended beaded strands. Localized (euchromatic) chromosome domains and even whole chromosome territories disperse throughout the nuclear interior. Treatment of cells with actinomycin D (AMD) at doses that block rRNA synthesis does not cause significant decondensation of nucleolar, heterochromatic, and interphase chromosome domains. Interestingly, both alpha-amanitin and AMD cause coilin to associate with the nucleolar domain. In AMD-treated cells, coilin is enriched in nucleolar caps abutting upon the residual nucleolus. After alpha-amanitin treatment, coilin is concentrated in numerous beads closely associated with individual rDNA transcription units within nucleolar necklaces. The changes in higher-order nuclear structure are reversible in cell cultures exposed to nontoxic doses of transcriptional inhibitors. It therefore may be concluded that nuclear topographic organization is dependent on a continued transcription of nuclear genes, but not of the rRNA genes.

PMID: 8612682 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Related Links

* Drug-induced dispersal of transcribed rRNA genes and transcriptional products: immunolocalization and silver staining of different nucleolar components in rat cells treated with 5,6-dichloro-beta-D-ribofuranosylbenzimidazole. [J Cell Biol. 1984] PMID: 6204996
* 3-D organization of ribosomal transcription units after DRB inhibition of RNA polymerase II transcription. [J Cell Sci. 1999] PMID: 10362544
* The three-dimensional organization of ribosomal genes and the architecture of the nucleoli vary with G1, S and G2 phases. [J Cell Sci. 1995] PMID: 8586655
* Large-scale chromatin decondensation and recondensation regulated by transcription from a natural promoter. [J Cell Biol. 2001] PMID: 11448988
* Redistribution of ribosomal DNA after blocking of transcription induced by actinomycin D. [Chromosome Res. 1996] PMID: 8871827
* See all Related Articles...

Display Show

to klav - из этого следует что клетка читает ТЕКСТ от нефиг делать - но чтоб
сохранить СТРУКТУРУ

to klav - наверно токо бактерии читают книжки с пользой для себя (транскриптотранслатион) - жизнь научила уму-разуму

2 klav - хорошо бы подождать Геном Саламандры а из примитивных
организмов типа хамасапиков мало че узнаешь о ДНK ))