И есть ли программы достоверно моделирующие сборку белков. Возможны ли разные варианты сборки белков по одному коду РНК, если да дайте инфу пожалуйста.

Помимо этого форума посмотрите и по другим, например:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=48
Программ много, но строго достоверного не бывает практически ничего. Над темой работают институты. Структур может быть несколько - самое простое, что у денатурированного (варёного) белка структура другая.
P.S. Исправил сообщение. Моделирование белков обсуждается на нескольких форумах.

Так как сборка белка идет очень медленно, сейчас нет программ, моделирующих фолдинг за разумное время. Для полноатомных моделей не хватает ресурсов, грубые модели выдают что попало. Случаев синтеза разных белков по одной мРНК масса, но, подозреваю, вопрос на самом деле не об этом.

"Случаев синтеза разных белков по одной мРНК масса, но, подозреваю, вопрос на самом деле не об этом. "
что это значит? Банальный Альтернативный сплайсинг или что покруче?
а кстати, за какое время происходит фолдинг в клетках? Ничего не слышал об этом.

Программ много которые строят белок по сиквенсу но не видел пока ни одного серьезного примера использования этого.
Если кто знает ссылку в литературе, где например сначала построили а потом получили кристалл и все сошлось, буду очень признателен.
Как я понимаю проблема в огромном колличестве установок/вопросов на которые нужно ответить при построении и на которые ответить пока невозможно.

Точно знаю, что такое есть. Не de novo, конечно, а по гомологии.

Chromocenter, альтернативные стартовые позиции, протекающие стоп-кодоны... Время фолдинга бывает разное, но обычно безобразно медленное - микросекунды, если мне не изменяет память.

Юджин, смотрите http://predictioncenter.org/ - уже более 10 лет строят и иногда сходится. Другое дело, все работающие методы так или иначе используют шаблоны. Даже "de novo" типа розетты.