Как быстро построить поверхности активного сайта молекулы белка в PYMOL?
Нужно показать свойства гидрофобности, зарадов и др.
Не сразу понятно что PYMOL вообще показывает.
Может есть другая такая же шустрая бесплатная прога где можно строить поверхности байндинг сайта с разными свойствами.
Знаю что SYBYL хорошо строит но его нет под ругкой постоянно.

Программа мощная, но с документацией не очень. Сделать можно всё, но не быстро. Ищите в рассылке полезные хинты, вдумчиво читайте доки, можно еще плагины поискать. Практически всё делается с командной строки.

VMD

Спасибо всем !!!
VMD может визуализировать байндинг сайты как поверхности с разными свойствами?
Гирофобность, заряд и тд?
В Maestro симмуляция бандинг сайта не очень получается. Может я еще не дошел как.

Можно попробовать исползовать окраску по бета фактору в пымоле.
Гдето есть такой скриптик. програма супер но главная инфа находится тут:
http://sourceforge.net/mail/?group_id=4546

http://adelie.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/
тут скрипты. я с этим игрался давно но может что и вспомню.

Программа PyMol действительно очень мощная и с ее помощью многое можно сделать. Но с документацик у нее, к сожалению, дейсвительно очень плохо.
Я находил много полезного на сайте www.pymolwiki.org
или просто поиском по ключевой фразе в Google

Спасибо Всем !!! Проверю и опять спрошу.