Объясните, что такое codon usage? Как "литературно" перевести.
И с чем его едят.
Спасибо.

Как литературно перевести смотри в русской литературе. По смыслу codon usage это частота использования (синонимичных) кодонов в геноме, опероне, или отдельном гене. Табулируется например здесь http://www.kazusa.or.jp/codon/. Частота эта является отчасти стохастическим, отчасти адаптивным продуктом эволюции, и часто - уникальной характеристикой вида или более высокого таксона (хотя бывает, что отличается в пределах генома в зависимости от уровня экспресии). Codon usage не едят, а используют при анализе геномов - например, сильно отличающийся по CU от остального генома оперон это неплохой кандидат на продукт горизонтального переноса (horizontal transfer) из другого организма.

Ну или при экспрессии, если нужно много белка, то хорошо иметь код, оптимизированный под продуцентов. Чтоб количество tRNA под "непривычный" для данного вида кодон не ограничивало.

А причём тут продуценты? tRNA никто напрямую использовать не собирается - при съедании она разложится значительно раньше, чем могла бы достигнуть "места работы"
А вообще так другой гость всё уже рассказал.

Chromocenter: 2nd guest все правильно добавил. Продуценты тут вот при чем. Если экспрессировать чужеродный ген в хозяине с сильно отличающимся CU, то на редкие в хозяине кодоны может не хватить соответствующих тРНКов. Особенно если в экспрессируемом гене таких редких кодонов много и еще хуже - если они собираются в кучу. На кластерах редких кодонов хозяйскую рибосому может и заесть, А-сайт пустой - ну и все вытекающие последствия. Поэтому есть любители как сказано оптимизировать CU в экспресиируемом гене. Можно конешно, если ген короткий, но в лом. Ну или попроще ежели использовать хозяина, трансформированного плазмидой с генами редкими в ем тРНК. Я например пользуюсь стратахреновым BL21-CodonPlus-RIPL клетками ежели надо экспрессировать сильно отличающийся по CU ген.

Первый гость: всё понятно, но причём тут продуценты? Или под этим подразумевается не продуценты, которые находятся на основании экологических пирамид, а те, у кого клонируемый ген взят?

Chromocenter: под продуцентами в данном случае понимается та клеточная линия, где происходит экспрессия чужеродного гена. Я смотрю тут столкновение терминологий ;-) Помнится что-то про продуцентов-редуцентов из курса экологии, но они к CU как-то боком. У моего коллеги мысль была более protein expression-oriented: скажем при экспрессии гена белка млекопитающих скажем в E. coli иногда имеет смысл подогнать CU экспрессируемого гена под оный продуцента. Я их хозяевами именую, продуцентов то бишь. Ну так что, разобрались?

Ой, простите, а можно ли попросить вас поделиться этими чудесными клетками? Взамен могу предложить какие-нибудь другие штаммы или векторы... Напишите в личку, пожалуйста.

Разобрались: продуценты это те, кто экспресирует белок. понятно, спасибо.

Блин, от те куда занесло... Модератор чтоль прибраться решил? Праздники ж.
GuestA: личку посылать не дают. Не зарегистрован говорят. В принципе такой линией поделиться проблем нет. Но доставка гарантируется только в пределах Дикого Запада, посылки в России и бывшие страны Варшавского договора - геморрой. Если есть контактная лаборатория в Штатах перешлю без проблем, дальше - самовывоз.

1-ому гостю спасибо за то, что обьяснил мою кривую фразу.