Хочу услышать мнение у народа из России (впрочем и всех остальных с удовольствием выслушаю). На сколько может быть востребовано, на ваш взгляд, в здешних условиях разделение труда по принципу эксперимент/анализ данных в области секвенирования/анализа последовательностей. Иными словами можно ли найти тут достаточное количество людей нуждающихся в помощи в хорошем компьютерном анализе их эспериментально полученных сиквенсов. Мне представляется очевидным, что молбиологи и тем более биохимики вовсе не обязаны владеть методами биоинформатики. Поэтому такая потребность теоретически может быть, но есть ли она на самом деле? Или люди скорее предпочтут сделать хоть и плохо, но сами?

[ 14.05.2004, 11:28: Сообщение отредактировано: daniil_naumoff ]

Иногда получаеться и не так плохо как вам кажеться.
Биоинформатику нам всеже читали.

Отрадно слышать, но позвольте полюбопытствовать в каком году и что Вы заканчивали? Как назывался соответствующий курс и какой он имел объём? В мою бытность даже в МГУ такого не читали, а прошло не так уж и много лет...

2 daniil_naumoff: по-моему, прошло уже 9 лет...

Silence,

Вы хотите сказать, что 9 лет назад ещё неочем было лекции читать? Я так не думаю. Если не читали тогда, то и сейчас вполне могут не читать, по крайней мере в некоторых ВУЗах.

Но мы слишком далеко устранились от темы моего вопроса. Мне представляется очевидным, что большинство людей принимающих решение о межлабораторном взаимодействии заканчивали ВУЗы существенно больше, чем 9 лет назад... Тот факт, что у них в лаборатории есть студенты-аспиранты, которые слушали какие-то лекции мало что меняет на мой взгляд.

Я сменил "тему" - возможно так обсуждение будет поактивнее...

Я предпочту сам. Тем более, что судя по тому, что получается, получается совсем неплохо Хотя биоинформатику я, по-моему просто прогулял. Мне, во всяком случае, чтобы докопаться в чём делохватило обычных сетевых энжинов. Думаю, что и в других случаях ситуация такая же - анализ какого угодно качества ещё не значит функцию, а чтобы догадаться о функции, нужно ещё много чего. Если этого "чего" нет, и анализ заказываь ИМХО бессмысленно

Я не сомневаюсь, что есть люди (сам из их числа) которые сами разобрались во многих методах биоинформатики без всяких ВУЗовских лекций. Однако, это нельзя сказать обо всех. Я видел кучу экспериментальных работ (как из России, так и из других стран), где делались совершенно дилетанские попытки сравнения собственных сиквенсов с другими из баз данных. При этом вызывают большое недоумение как результаты самого выравнивания последовательностей (картинки), так и термины в которых оно описано в тексте, а так же делаемые авторами выводы. На очень грустные мысли наводят высказывания по типу: "последовательность N1 на 17% гомологична N2 и только на 13% - N3" и делаемые выводы о родстве N1 и N2...

Nu, naprimer u nas v institute (Germaniya) est specialnye bioinformatiki. Potomu chto biologi ponyali, chto programmirovanie - eto otdelnaya statya, i inogda proche (i effektivnee) zakazat chto-to bioinformatiku, i esli on ponimaet, chto ot nego hotyat, to mozhet byt' ochen dazhe polezen. To est u nas neploho rabotaet, naprimer, variant, kogda rezultaty microarray bioinformatik (pravda, deistvitelno gramotnyi v biologii!) normalizuet, statisticheski obrabatyvaet, a uzhe biology delayut iz etogo "biologicheskie" vyvody. Nu i drugie otdelnye zadachi.

А можно поподробнее про биоинформатика: что он может для меня полезного сделать? Я вот уже как 12 лет только тем и занимаюсь, что анализирую последовательности - начинал c PCGENE.
Какие задачи он может решить, кроме статистики, конечно же?
Огласите список

alex2345,

ну это пока не объявление из раздела "биотехнологические работы и услуги", а лишь дискуссия - хочется понять есть ли в принципе спрос. Если Вы уже 12 лет этим плотно занимаетесь, то я готов поверить в то, что Вы уже профессионал. Впрочем, готов обсудить интересующие Вас вопросы. Если нужен список, то в качестве предварительного могу дать такой:

– Множественное выравнивание аминокислотных последовательностей
– Поиск отдалённых гомологов в базах данных
– Поиск консервативных мотивов в группах белков
– Филогенетический анализ (построение древ семейств белков и генов)
– Разбиение семейств белков на подсемейства
– Выявление и исправление сдвигов рамок считывания в генах
– Поиск генов в нуклеотидных последовательностях
– Аннотация генов

Если есть более детальные вопросы - можно законтактировать по телефону или e-mail, все координаты даны в теме http://molbiol.ru/ubb/ultimatebb.php?ubb=g...ic;f=5;t=000217

Сдаётся мне, что секвенатор, определив новую последовательность, бросается... не искать предложений, а делать именно то, что Вы предлагаете, а именно - выравнивание, поиск гомологов и т.д. Благо GenBank доступен, и программы имеются.

А таким ничего не поможет. Я же говорю - надо ответ назадаваемый вопрос знать. Но в качестве мурзилки для ёжиков такая услуга может и пользоваться спросом. Шутка дело - за них research идёт

В идеале так оно и происходит, но мир далёк от идеала... Иначе GenBank не был бы забит сиквенсами со сбитыми рамками считывания в кодирующих областях, в том числе и в генах представителей очень хорошо известных семейств белков. Но это касается лишь сравнения с 5-10 наиболее близкими гомологами. Мало у кого доходят руки оценить, что же из себя представляет в целом то семейство белков к которому относится его свежесеквенированный представитель (филогенетическая гомогенность семейства, наличие чётко обособленных подсемейств, корреляция подсемейств с биохимическими особенностями белков и т.д.), а тем более охарактеризовать возможные эволюционные связи данного семейства с другими семействами белков, вместе с которыми оно может быть объединено в клан или суперсемейство. Очень мало экспериментальных статей, где это хотя бы пытаются сделать... Недаром, что до сих пор обнаруживают родство между давно и очень хорошо известными семействами белков...

Все молекулярные генетики обычно не нуждаются в анализе своих сиквенсов. Без этого просто невозможно планировать свою работу. Я не говорю о новичках, за них вначале думает их шеф.
Так что, Даниил предлагать свои услуги в анализе последовательностей довольно сложно.

Меня давно мучает этот вопрос. Кто же скрывается под личиной биоинформатика? Кем хотела стать Mrs. Zelenski в начале своей карьеры?
Открывая книжки по оной (кроме тех, которые о языках программирования), вижу до боли знакомые сравнения последовательностей с анализ, только сочно присыпано формулами.

Другими словами, биоинформатик - это оператор, владеющий (т.е. знает что и зачем) пакетами программ типа PHYLIP & CO., DNAStar, DNASIS и т.п., кому что больше нравится. Так что ли? Это всё или ещё что-то?

Рекомендую страждущим посмотреть в сторону DNASpace - "биоинформатик", которого можно многому научить. Вот я своего такого уже учу. - )

ну, после ваших бессмертных перлов с открытием тредов о том, "где найти бласт, кроме как по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/", о "угрожаюшем росте сиквенсов в nr", и других подобных, думаю, что люди скорее предпочтут сделать сами и уж никак нехуже.

[Текст переведён с транслита]

[quote]Автор - daniil_naumoff:
[b] ...Или люди скорее предпочтут сделать хоть и плохо, но сами? [/quote]... думаю, что люди скорее предпочтут сделать сами и уж никак нехуже.

[Текст переведён с транслита] [/b][/QUOTE]
Наверняка хуже - и примеров этому множество - но не будем показивать палцами ибо не хватих оних...

Интересно, почему отдать DNA sample куда-то в sequencing center - это нормално, а анализ - нет?

Наверное, потому что думаетса - я ведь тоже умний, сам могу не хуже сделать...
и ведь правда, умний-умний, и сделать можно...
Да ведь у професионала гораздо бистрее вийдет - то же самойе - и грамотно обоснованной, "согласно последним веяниям партийи" - BTW, PHYLIP, with all due respect, is NOT appropriate tool for SO many things...

Tеоретик - это не тот кто умнейэ, а тот кто болший процент времени палцами по клаве стучит (forum replies excluded)
И потом, такийе веши все-равно очень collaborative - ведь никто лучше вас вашу дату не знайет - и еше много всаческих биологических фактов... И всегда приятно иметь дело с человеком которий не просто sequence получайет, но еше и програмами владейет (и это все в одном лице).
И если он при этом еше и к tak-nazivajemomu "биоинформатику" прийдет посоветоватса, у них гораздо болейе интересная paper получитса чем если "он сам с усам"

И перед тем как постит гневний ответ что "в натуре, ми и в самом деле все можем и все сами делаем!", ответе себе на такой вопрос - перед тем как новий експеримент ставить, ви ведь ходите к кому-то посоветоватса - желателно к тому кто это уже делал? Правда советуйетесь?


[Текст переведён с транслита]

О как тут оживленно стало.
На счет разделения труда, это конечно хорошо. Но не всякий институт может позволить ставку биоинформатика, а если выделит то кто на нее пойдет. Класный спец точно не пойдет.
Далее трудно найти такого спеца, это у нас например.
Действительно видел очень много примеров весьма интересного сравнения, анализа и не только последовательностей
Мне например самому более интересно что-то делать. Лучьше понимаешь собственную проблему
А вот посоветоваться и проконсультироваться это было бы замечательно. Обычно с коллегами которые постарше, это я думаю и есть приемственность поколений
Сейчас наука все больше автоматизируеться и все больше приходиться сидеть за компом, чтоб осмыслить полученный результат. Поэтому хорошое владение программами, я думаю, становиться необходимым. И деление совсем необязательно, просто надо немного изменить подготовку специалистов.
Компьютеры были еще не очень распространены, поэтому и обучение соответственное было. Сейчас с этим намного проще. У многих есть домашние РК.
Так что я думаю на данный момент еще необходимо деление, но это не надолго. Главное чтоб разделение труда не закрепилось в дальнейшем. Я за более универсальных спецов.

Etu informaziyu prochital v Nature....

Bioinformatician (Munich, Germany)

We are looking for highly motivated individuals to work on projects involving comparative genomics, genome annotation, protein structure prediction, structural genomics, protein-protein interactions and many other aspects of applied bioinformatics (see http://binfo.bio.wzw.tum.de/groups/frishman). The successful candidate will have a Ph.D. in biology, computer science or related field. Applicants with a biological background need considerable programming experience (Perl, Java, SQL, Unix). Computer scientists are expected to have a good knowledge of molecular biology. Good understanding of statistics and machine intelligence tools would be a plus.

Please submit your CV to Prof. D. Frishman, Technische Universität München, Am Forum 1, 85354 Freising, Germany (d.frishman@wzw.tum.de).

ot tuda zhe....

AstraZeneca
Structural Chemist/Bioinformatician

Structural Chemist/Bioinformatician Mölndal

We are looking for a scientist to work at the interface between structural bioinformatics and the analysis of ligand binding properties for drug candidates.

You will have a background and research record in chemoinformatics or computational chemistry, ideally related to drug design in an academic or industrial setting. Strong computing skills and a basic knowledge of protein structure are also essential. Experience in sequence analysis, homology modelling, data mining and other areas of bioinformatics would be an advantage.

Successful applicants will have a Ph.D. in the chemical sciences although bioinformaticians with strong chemistry backgrounds will also be considered. High motivation, excellent presentation skills and teamwork are also qualities we are looking for.

For further information please contact Christopher Southan, Phone: +46 31-706 58 91.

Please send your application and CV, marked "71-04100 Structural Chemist/Bioinformatician" no later than June 15, 2004. Candidates should submit a CV, publications list, and the names of three professional referees. We prefer applications via http://www.astrazeneca.se or to

AstraZeneca R&D Mölndal,
Sweden HR Centre,
Staffing (KAP2),
SE-431 83 Mölndal,
Sweden

http://www.astrazeneca.se

Further information regarding these and other available jobs can be found on our website.

Print Ref:W53698R1 : Structural Chemist/Bioinformatician

Don't forget to mention naturejobs when replying to this advert

Биоинформатик - это не оператор программ типа BLAST. Это _автор_ таких программ.

Реалии жизни таковы, что объём баз данных растёт с огромной скоростью, а качество аннотаций только ухудшается (всё меньше и меньше доля ручной аннотации). В результате человек со своим сиквенсом с помощью того же BLAST'а может выловить сотни или тысячи гомологов и встаёт вопрос, что с ними делать? Или ограничиться несколькими (тогда надо делать непростой выбор), или же попытаться проанализировать всю кучу, что зачастую оказывается практически невозможно. Эта проблема будет только обострятся... готов ли каждый экспериментатор её сам решать? аккуратное решение такой задачи - это несколько месяцев работы...

А велосипедист - это изобретатель колеса.
Если бы было так, тогда _биоинформатиков_ можно пересчитать по пальцам.
Хотя... может Вы и правы. Все остальные только лишь пытаются изобрести заново колесо.

Ведь уже всё давно придумано - бери и пользуйся. Ведь никому не приходит в голову заново писАть текстовый редактор - каждый выбирает, что ему больше подходит. Программист позаботился о том, чтобы можно было менять установки на свой лад.

Или это как в кино со спецэффектами - каждый выдумывает что-то своё, а в конечном счёте получается та же "Матрица"?
(Musand выразился бы здесь по другому )

alex2345: А что плохого в возможности пересчитать по пальцам?

Проблема в том, что колесо еще не изобрели. Приходится придумывать новые методы и создавать новые базы. И не из любви к искусству, а для решения конкретных задач.

P.S. я, кстати, недавно начала писать свой текстовый редактор

> я, кстати, недавно начала писать свой текстовый редактор

С этого места поподробнее

Так базару нет, просто как остальных называть?

Что-то мне не очень верится. Можно с примерами? Чтобы я уж зря не приставал

Мне кажется, что для того, чтобы люди заказывали работу по анализу сиквенсов на стороне, нужно иметь много сиквенсов и кроме того, это не должно быть основной частью работы. За границей это весьма успешный бизнес, но думаю, что основными заказчиками являются коммерческие фирмы. Соответсвенно, в Москве не думаю, что найдётся много людей, готовых предоставить большое поле для работы с сиквенсами.

alex2345: тут уже была мысль, что если человек просто делает сиквенс, то это лаборант. Так что секвенирование в широком смысле этого слова включает в себя и использование распространенных программ.
Я вот у себя с рабочего стола остатки еды убираю, но я же не уборщица

Примеры: разработка матрицы антигенного сходства, написание программы предсказания антигенных детерминант, прогнозирование самосборки вирусных частиц в зависимости от вставок в коровый белок.

вы тоже немного мимо
я как раз-таки свои експерименты глядя в монитор ставлю, а капаю посредством g++, и если советуюсь перед этим, то с шефом или другими коллегами "биоинформатиками" (в кавычках, потому как мне кажется мы с вами (и с другими) разные понятия под этим словом подразумеваем)
а ответ гневный, потому что даниил_наумофф своими тредами (см. выше) подписывается в своей полной некомпетентности, чем дискредитирует то, что биоинформатикой называют, и то к чему я грешный имею отношение.

уважаемая Настя,
прежде чем пытаться стать автором азбуки и начинать писать к ней введение, неплохо было бы ознакомится с предметом.
попробуйте, например, почитать NCBI handbook. я пробовал в своих программах использовать куски кода с NCBI toolkit. взял я этот талмуд - уверяю вас, ребята, которые его писали вряд ли представляют себе что такое белок, зато уверен, что курс Software Engineering они не раз сдавали. Вы бы их "биоинформатиками" назвали? в обшем, мне как грешному биологу было проше требуемые модули самому написать.
если останутся сомнения могу назвать имена авторов классических алгоритмов в биоинформатике, которые за всю жизнь не написали ни строчки кода ни на одном языке, даже на perl-е. имена, как вы догадались, достаточно громкие.

[Текст переведён с транслита]

То: "мимо"
А скажите имена ( итересно угадал или нет)....

[Текст переведён с транслита]

ню-ню

[Текст переведён с транслита]

это наверное из серии о том, что "колесо еще не изобрели. Приходится придумывать новые методы и создавать новые базы. И не из любви к искусству, а для решения конкретных задач."


[Текст переведён с транслита]

первая буква... К? Сорри, я здесь просто свой образовательный уровень повысить пыталась.

андрей, можно на ты (тока тс-с-с... )
думаю ты имел в виду имя "юджин". ну, что ж он тоже, но пример не лучший (ешё раз "тс-с-с!")
примеры следуюшие:
Rob Russell - классик в structure comparison и не только
Andrei Lupas - coiled coil prediction
ети примеры подостойнее будут


[Текст переведён с транслита]

да, да. юджин - он как-раз на "К"

[Текст переведён с транслита]

чтоб совсем точным быть
ребята не написали ни строчки кода на момент, когда стали классиками
думую, и до сих пор так, но на всякий случай поправлюсь, а то здесь любят за мелочь зацепиться
и не поймите меня правильно, это ни в коем случае не умаляет их заслуг. в конце концов, если б все кода писали, тогда индусы на что?!

[Текст переведён с транслита]

" ....что ж он тоже, но пример не лучший...."
Предчуствия его не обманули...

[Текст переведён с транслита]

а я, кстати, когда о примерах упоминал, имя героя нашего времени и позабыл как-то по холатности

[Текст переведён с транслита]

А причем здесь кодирование вообше? - кодировать должни люди которие этим 'for living' занимаютса - а ваша задача как биолога - правилно йему обьяснить что именно вам нужно


В обшем, если под биоинформатиком понимать data analyst, тогда кодированийе вообше optional- ну не совсем, конечно - но не job 24x7

А если биоинформатиk - это service tech (or whatever) которий db поддерживайем локалную и tools настраивайет - ну так это не сюда - и вопрос кто именно может себе такое afford really

[Текст переведён с транслита]

так, вовсе и не причём
к вам по этому поводу притензий и не поступало

по поводу кодирования, это было к Naste (см. выше)

[Текст переведён с транслита]

Действительно, причем здесь кодирование?

"Биоинформатик - это не оператор программ типа БЛАСТ. Это _автор_ таких программ."

"я, кстати, недавно начала писать свой текстовый редактор"

"Примеры: ..., написание программы предсказания антигенных детерминант, ...",

ну, из других тредов можете посабирать. сами. если хотите

[Текст переведён с транслита]

Это часть работы, но не необходимая и не достаточная. Тут с этим кто-то несогласен?

"Автор - Настя:
Биоинформатик - это не оператор программ типа БЛАСТ. Это _автор_ таких программ."
Настя тогда получается сколько биоинформатиков столько и различных "Бластов" Так????
"Примеры: ..., написание программы предсказания антигенных детерминант, ...",
А ознакомиться с сим опусом возможно?????

[Текст переведён с транслита]

Tom1: насчет ознакомиться - PMID: 7686807
А насчет "сколько биоинформатиков столько и различных "Бластов"" - аналогия грубая, но верная.

Настаы я имел ввиду не ссылку на пубмед а реальный продукт...
ааа наверное это комерческий продукт и его надо покупать???
Дык ( опать же грубо) сколько бластов столько и структур????
Тогда Вы хорошо устроились ребята как говаривал г-дин Райкин...

[Текст переведён с транслита]

Том, фи ...

чево фи я ни на кого не наезжаю просто пытаюсь понять...

[Текст переведён с транслита]

Tom1: Так Вас что интересует - факт наличия программы или детерминанты?

Сколько бластов - столько путей решения, но результатов не так много.