Полная версия страницы  English  

Музыка из сиквенсов

klav, 06.08.2007 18:20
Гость GI сообщил о майской статье в Genome Biology
Conversion of amino-acid sequence in proteins to classical music


Что сделали авторы этой работы :.
Расположили аминокислоты в ряд по изменению гидрофобности. Первой присвоили ДО октавой ниже среднего ДО на пианино, и каждая следующая а/к-та - следующая нота вверх. Получили 20-ти нотный натуральный звукоряд, охватывающий 2,5 октавы. В музыке, полученной из последовательности Human thymidylate synthase A (ThyA) по этому правилу, по мнению авторов, оказались слишком велики скачки между некоторыми нотами. Они встречаются нерегулярно, что не дает возможность услышать связную мелодию.
Мелодия
Тогда некоторые аминокислоты объединили (например, Tyr-Phe,Val-Ala, Thr-Ser, и др) и присвоили паре одну ноту. Получили 13-ти нотный звукоряд. Каждой нотной ступени присвоили аккорд (натуральное трезвучие), построенный на этой ступени. Аккорды аминокислот внутри пары отличаются тем, что одна звучит, как основное трезвучие, а вторая - как его первое обращение.
Мелодия
Затем авторы задумались о разных длительностях аккордов, которые до этого звучали как четверти. Длительность аккорда данной аминокислоты поставили в зависимость от частоты использования её кодона в человеке. Диапазон встречаемости кодонов разделили на четыре части. Чем выше частота, тем длиннее звучание - от 1/8 до целой.
Мелодия
Вполне удовлетворённые услышанным, авторы "озвучили" Huntingtin protein человека. В нём есть участок из 21 глутамина и пролин-богатый участок, каковые прекрасно различаются в представляющей этот белок музыке. В связи с этим, видимо, авторы предполагают, что "озвучивание" последовательностей поможет в работе учёным с ослабленным зрением. (Я заплакал.)
Мелодия
В дальнейшем авторы планируют присвоить функционально разным последовательностям генома звучание разных инструментов. Различие в звучании предлагается использовать при знакомстве обучающихся с функциями частей генома.
В целом, считают авторы, каждый белок дает свою музыкальную тему, импровизировать на которую можно как за фортепиано, так и на рабочем месте, при изменении свойств белка.


Исследователи, способные к синестетическому восприятию (например, цветной слух, цветное зрение и и др), вероятно, оценят новые возможности исследования и изменения свойств белков. Также развитие этого направления может привлечь в молекулярную биологию музыкантов, композиторов, теоретиков музыки, что поможет ей совершить новый скачок в развитии, как ранее случилось после прихода физиков.
Теперь пришло время лириков!!!!
smile.gif
GI, 07.08.2007 10:25
Смех смехом, но забавно было бы на досуге попробовать послушать что-нибудь из генбанка, или же, наоборот, побластить что-нибудь из классики или попсы)
Еще бы софтину ихнюю добыть...
PPK Rattus, 07.08.2007 12:37
Ага, а используя сэмплы в диджейском софте всегда получается что-то более-менее удобоваримое даже на генераторе случайных чисел.
Авторы ещё не опубликовали работу "К вопросу о получении пищевых экстрактов из бытового инструментария на примере топора" ?
klav, 07.08.2007 13:24
(GI @ 07.08.2007 11:25)
Ссылка на исходное сообщение  Смех смехом

Мне тут понравились две вещи :
1) То, что люди из серьёзного (University of California) места находят время и силы просто поразвлечься, покреативить просто так, а не для практических приложений.
2) Сама мысль обсудить музыку и сиквенс в рамках одной статьи, хоть и идиотской smile.gif .

Ведь что роднит сиквенс, музыку и литературу? Всё это информация, организованная в виде линейного текста, "одномерная" информация. Её считывание идет в определённом направлении, после считывания получается неодномерная информация. В случае сиквенса - трехмерная (белок), у музыки и литературы мерность оценить нельзя - это образы и мысли, приходящие нам в голову umnik.gif smile.gif .
klav, 08.08.2007 09:39
После обсуждения с коллегами молбиологами пришли к выводу, что одномерно-многомерный переход информации происходит также в паре музыка-танец.
eek.gif eek.gif smile.gif smile.gif
klav, 08.08.2007 09:50
(GI @ 07.08.2007 11:25)
Ссылка на исходное сообщение  Еще бы софтину ихнюю добыть...

Вот их сайт, где можно перекатить ген в музыку и тут же её сохранить. Или просто прослушать.
Я попробовал... smile.gif
marasmius, 08.08.2007 10:40
- Господа, - сказал он [Алье]. - Предлагаю вам самим отправиться и измерить эту будку. Вы увидите, что длина прилавка составляет 149 сантиметров, то есть одну стомиллиардную долю расстояния между Землей и Солнцем. Высота его задней стенки, разделенная на ширину окошка, дает нам 176/56, то есть 3,14. Высота фасада составляет девятнадцать дециметров, то есть равна количеству лет древнегреческого лунного цикла. Сумма высот двух передних ребер и двух задних ребер подсчитывается так: 190х2+176х2=732, это дата победы при Пуатье. Толщина прилавка составляет 3,10 сантиметров, а ширина наличника окна - 8,8 сантиметров. Заменяя целые числа соответствующими литерами алфавита, мы получим C10H8, то есть формулу нафталина.
(Умберто Эко, "Маятник Фуко")
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2012 Invision Power Services, Inc.