Какие только склонения русскоязычного варианта этого слова не встречал я на просторах научного рунета. Решил таки сабж обмозговать.

Данные Гугла:
cytoflowmetry - 40
cytoflourimetry - 4
cytofluometry - 66
cytofluorimetry - 2100
cytofluorometry - 12000

Данные Янедкса:
цитофлуориметрия - 329
цитофлюориметрия - 189
цитофлуорометрия - 50
цитофлюорометрия - 145
цитофлуометрия - 21
цитофлюометрия - 6
цитофлоуриметрия - 3

Основная неразбериха в словах flow и fluoro, которые при переводе термина почему-то путаются.
fluoro можно перевести и как флюоро, и как флуоро. ГРАМОТА.ру указывает на то, что вариант флуоро все же является устаревающим.
Если учесть, что помимо flow cytometry, flow cytofluorometry - выражение, встречающееся наиболее часто, можно предположить, что правильно по-русски это будет так:
проточная цитофлюорометрия.

ну так верно или нет?

я в русскоязычных статьях всегда пишу "проточная цитофлюорометрия", как вы и предлагаете. Нас уже двое, значит верно

Встречается и флуориметрия и флюориметрия.

В официальных документах на препараты, которые идут через ГИСК требуют писать флуоро- (для флуоресцирующих иммуноглобулинов например), раньше употребляли флюоро-. Конечно, в проточной цитофлуориметрии флуори- не имеет ни какого отношения к flow (потоку).

по-моему правильнее проточная цитометрия.
в принципе регистрация клеток может происходить и без флюоресценции. мало конечно применяется, но все же.

Согласен с vb.. Анализ распределения клеток по параметрам светорассеяния - не такая уж редкая процедура...

Согласен. Когда нет флуоресцирующих красителей, то используется термин цитометрия - измерение морфологических параметров - размера, формы клеток по светорассеянию, когда применяются флуорофоры, то цитофлуориметрия.