В Украине вольные селяне ведут исследования в области генетической инженерии. Это единственный путь выжить селам в преддверье надвигающегося энергетического кризиса и конкуренции ВТО. На эти цели каждый селянин отдает сознательно небольшую часть своего дохода, который направляется непосредственно в лаборатории. Делается это все открыто, честно, наш народ давно неприемлет нашу власть, теперь мы решили делать все сами.

По ходу работ у нас появился вопрос к специалистам этого форума.

**************
Сейчас мы разрабатываем очень важную для нас технологию и у нас есть некоторые вопросы:

1. Где можно найти 3х мерные модели расположения хроматина в ядре клетки многоклеточных организмов.

2. В то время как ученые пока пилят ДНК, в святой вере, что там есть всё... (это одно и тоже что пилить последовательность цепи белка ,чтоб понять работу белка (например ионного канала)),
нам нужно найти методику укладки хроматина в ядре.

Поясняю - в первичной последовательности нет достаточной информации о конечной структуре белка и укладки хроматина, они содержится во всех тех белках, которые ответственны за сборку этого белка и укладку хроматина (приводятся 2 аналогии).

У нас вопрос какими методами были определены структуры белка? Можно ли по последовательности определить его структуру? Какие есть методики? Можно ли подобные методики использовать для построения 3х мерных моделей укладки хроматина?

http://jcs.biologists.org/cgi/content/full/119/20/4165

Сериал "Возвращение Вейдера из Чернобыля", серия нумер ХХХХ.....

ПИП!!!
Мы - это ОНИ. Инопланетяне обозначают Присутствие и Происки в украинских селах!

Уважаемый батько. Здесь только один человек способен. Это - известный ученый, демократ-разночинец и передвижник-почвенник - Петр Петрович Гаряев. Напишите ему в личку!

термоядерное сало?!

IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 большое спасибо очень интересная ссылка, мне не понятны механизмы динамики хроматина и его укладки в ядре. Что вы по этому поводу можете рассказать?

Дядя ФАКСер сериалы это для женщин, не имеете ничего по сути, зачем тратите время в пустую?

"Еврей Богу : мой сын перешел в христианство - помоги .
Бог : ничем не могу помочь - у меня теже проблемы"

All: 1 Review: 0
Click to change filter selection through MyNCBI.

1: Differentiation. 2007 Nov 15 [Epub ahead of print]Click here to read Links
Chromatin movement visualized with photoactivable GFP-labeled histone H4.
Wiesmeijer K, Krouwels IM, Tanke HJ, Dirks RW.

Department of Molecular Cell Biology, Leiden University Medical Center, Postal zone S1-P, P.O. Box 9600, 2300 RC Leiden, The Netherlands.

The cell nucleus is highly organized with chromosomes occupying discrete, partially overlapping territories, and proteins that localize to specific nuclear compartments. This spatial organization of the nucleus is considered to be dynamic in response to environmental and cellular conditions to support changes in transcriptional programs. Chromatin, however, is relatively immobile when analyzed in living cells and shows a constrained Brownian type of movement. A possible explanation for this relative immobility is that chromatin interacts with a nuclear matrix structure and/or with nuclear compartments. Here, we explore the use of photoactivatable GFP fused to histone H4 as a potential tool to analyze the mobility of chromatin at various nuclear compartments. Selective photoactivation of photoactivatable-GFP at defined nuclear regions was achieved by two-photon excitation with 820 nm light. Nuclear speckles, which are considered storage sites of splicing factors, were visualized by coexpression of a fluorescent protein fused to splicing factor SF2/ASF. The results reveal a constrained chromatin motion, which is not affected by transcriptional inhibition, and suggests an intimate interaction of chromatin with speckles.

PMID: 18021258 [PubMed - as supplied by publisher]

Камрад, зря стараешься, ибо батькО Вейдер по аглицки- не розумиет

ну кто розумиет -почитает нивсеж про водку и баб

Т.е. как я понял наряду с динамическими изменениями локализации некоторых генов (хроматина) в ядре, есть еще статические участки привязанные к «матрице» ядра.

А был ли анализ, какие гены (участки хроматина) меняют свое местоположение в ядре а какие статичны?
К чему в ядре привязаны статичные элементы? И как организуется эта привязка в пространстве клетки, и относительно чего? Т.е. должна быть точка Х относительно которой все «вертиться»?

может вокруг сц-35 густонаселенные-активные гены
http://www.jcb.org/cgi/content/full/162/6/981

: J Cell Biol. 2007 Sep 10;178(6):951-64.Click here to read Links
Defining early steps in mRNA transport: mutant mRNA in myotonic dystrophy type I is blocked at entry into SC-35 domains.
Smith KP, Byron M, Johnson C, Xing Y, Lawrence JB.

Department of Cell Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, MA 01655, USA.

In myotonic dystrophy type 1 (DM1), triplet repeat expansion in the 3' untranslated region of dystrophia myotonica protein kinase (DMPK) causes the nuclear retention of mutant messenger RNA (mRNA). Although the DMPK gene locus positions precisely at the outer edge of a factor-rich SC-35 domain, the normal mRNA consistently accumulates within the domain, and this RNA is depleted upon transcriptional inhibition. In DM1, mutant transcripts detach from the gene but accumulate in granules that abut but do not enter SC-35 domains, suggesting that RNA entry into the domain is blocked. Despite their exclusion from these compartments, mutant transcripts are spliced. MBNL1 (muscleblind-like protein 1) is an alternative splicing factor that becomes highly concentrated with mutant RNA foci. Small interfering RNA-mediated knockdown of MBNL1 promotes the accumulation or entry of newly synthesized mutant transcripts in the SC-35 domain. Collectively, these data suggest that an initial step in the intranuclear path of some mRNAs is passage from the gene into an SC-35 domain and implicate these structures in postsplicing steps before export.

PMID: 17846170 [PubMed - indexed for MEDLINE]

All: 1 Review: 1
Click to change filter selection through MyNCBI.

1: Cell Cycle. 2007 Aug 1;6(15):1864-72. Epub 2007 Jun 11.Click here to read Links
Beyond repair foci: subnuclear domains and the cellular response to DNA damage.
Dellaire G, Bazett-Jones DP.

Department of Pathology, Dalhousie University, Halifax, Nova Scotia, Canada.

In the mid to late 1990s several groups identified DNA damage-dependent focal accumulations in nuclei of both DNA repair factors and the phosphorylated form of the histone variant H2A.X. The term "repair foci" has since been used to describe these protein accumulations. As a molecular marker for DNA damage, they have been immensely useful in the study of signal transduction pathways triggered by DNA damage while aiding in the identification of new factors involved in DNA repair. In spite of their importance, many other changes in the nuclear landscape correlate with DNA damage and repair processes. These include dramatic changes in chromatin ultrastructure and epigenetic modifications, which occur at the site of DNA breaks as well as globally throughout the nucleus. Besides chromatin, DNA damage also affects the dynamic behaviour, morphology and biochemical composition of various subnuclear domains, including the nucleolus, promyelocytic leukemia (PML) nuclear bodies and Cajal bodies. These changes in the nuclear landscape, the topic of this review, appear to be intimately linked to the cellular response to DNA damage and may prove as useful as repair foci in elucidating mechanisms of DNA repair.

PMID: 17660715 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Может я пропустил, а как информация о структуре хроматина поможет селам Украины?

http://www.pnas.org/content/vol0/issue2004...02958Movie1.mpg

получается, что из-за "вреда ДНК" - то есть мутациям в некоторых регионах, нарушается структура укладки,
"глобула" хроматина меняеться и не могут считываться гены с нормальным кодом.
Представляю сколько тогда возможно появилось ошибок и непонимания по поводу локализации генов ответственных (влияющих) на то-то и то-то. Меняеться цепь, нужный участок не попадает куда нужно в пространстве ядра, а ученые пьют шампанское думая, что открыли функциональное расположение гена...

а он реально совсем в другом месте
так получаеться?

получается, что у гена как бы два положения - одно непосредственно на ДНК, другое(другие) среди прочего хроматина, определяющего форму хроматина в пространстве, и второе выходит в большем числе случаев влияет на регуляцию.

Батько, а почему правильно говорить "в Украине", а не "на Украине"???

Ну это вы там в Украине отстали Вот у нас в России сейчас уже вовсю занимаются нанотехнологиями

предстаьте себе хохляндский нацпроект: НАНОСАЛО

НАНОСАЛОМ не удивите, тут вот уже НАНОФАКЕЛ придумали (зы: нанофакел произносить быстро.....мне почему-то смешно было )....
http://www.mma.ru/news/id37474

Послушайте, мне очень далеки все эти отмывания денег, и олигархические заморочки в маштабах страны. Для меня важны - моя земля, моя родина (там где я родился), и люди которые живут вместе со мной. Давайте оставим эти наношутки.

Информация о структуре хроматина очень может помочь селам Украины. У нас есть земля...

ещё одну голосовалку устроить што-ли по аналогии с "про гостей"

Не надо, Ир... просто... ну, вообщем, то что хорошо работает в понедельник, хорошо работает и во вторник

ну, начинай... и друзей своих зови... а то не ту тему зафлудили

Это какой-то извращённый вариант жёсткого стёба над участиками? Связать хроматин и землю может только нанотехнология в вашем случае. Поэтому ищите, но не тут.

Нет это не стеб, у нас есть ресурс - земля. Выращивание обычных культур – пшеницы, кукурузы, подсолнуха, становиться с каждым годом менее прибыльно, если тенденция сохраниться и если учитывать вступ нашей страны в ВТО, то к 2012 году большинство сел и их жителей разориться. А т.к. численность населения в селах высока то земля (и возвращение к лошадям, органическим удобрениям) не сможет прокормить нас и обогреть (особенно в степях). И у нас будет только один выход – война, насильственный захват энергоресурсов, газа, топлива и т.д. Не один мужчина-крестьянин не сможет смотреть как в голоде и холоде умирают его дети и жена.

Но сейчас у нас еще есть иной шанс – разработать новые технологии, независимо от государства (олигархической машины которая нахапаеться и сьебеться за границу, когда жарко станет).

Сейчас у нас задача разработать новые высокопродуктивные виды с большой отдачей и минимальными затратами на выращивание. Как в животноводстве так и в растениеводстве.

Ну а хроматин то тут причем?

Я думаю, что форма организма, заложена в небольших узловых участках по всему хроматину и тут решающую роль играют различные маркеры, для системы, которая «улаживает» хроматин в ядре и участки, которые определяют изгибы на самой нити.
Что скажите по этому поводу?

Если у вас нет ответа, пожалуйста, дайте ссылку на другой, биологический, специализированный форум.

Забаньте фуфлописца, а?....

Если укладка хроматина действительно определяет форму, то изменяя соответственно ДНК и как следствие конфигурацию хроматина в ядре мы сможем получить новые виды организмов, с свойствами которые нам нужны. Плюс надеемся получить методики клеточной терапии, излечения многих болезней, рака в том числе. А это все ресурс, который позволит нам выжить…

В чем, конкретно, Вы несогласны?

ну ясен пень про хроматиновое молчание трансгенов в ГМО картошке

если вам в селах вдруг ГМО захотелось - то быстро не получитси

1: Biochim Biophys Acta. 2007 May-Jun;1769(5-6):410-21.
Effect of chromatin upon Agrobacterium T-DNA integration and transgene expression.
Gelvin SB, Kim SI.

Department of Biological Sciences, Purdue University, West Lafayette, IN 47907-1392, USA. gelvin@bilbo.bio.purdue

Agrobacterium tumefaciens transfers DNA (T-DNA) to plant cells, where it integrates into the plant genome. Little is known about how T-DNA chooses sites within the plant chromosome for integration. Previous studies indicated that T-DNA preferentially integrates into transcriptionally active regions of the genome, especially in 5'-promoter regions. This would make sense, considering that chromatin structure surrounding active promoters may be more "open" and accessible to foreign DNA. However, recent results suggest that this seemingly non-random pattern of integration may be an artifact of selection bias, and that T-DNA may integrate more randomly than previously thought. In this chapter, I discuss the history of these observations and the role chromatin proteins may play in T-DNA integration and transgene expression. Understanding how chromatin conformation may influence T-DNA integration will be important in developing strategies for reproducible and stable transgene expression, and for gene targeting.

PMID: 17544520 [PubMed - indexed for MEDLINE]

www.biologizkashenko/forums/.net

Наконец-то, кажется, понял вашу логику. Последовательность ДНК определяет последовательность аминокислот, а свойства и форма организма тут не при чем, важно только, как хроматин "укладен" в ядре?
Так?
Можно вопрос - в каком именно ядре (какой клетки? какого корешка, простите?). Гость накидал кучу ссылок на структуру хроматина, но динамичную структуру!



Опечатка, наверное, не биологический, а уфологический?

Я знаю , поэтому ведем исследования сейчас, а не через 5ть лет.
Ваш сарказм про молчание хроматина не понятен, к чему это?

какой сарказм
молчание трынсГЕНА в хроматине - вроде понятно и в селе

Кладите квадратно-гнездовым, с перевязками юферсным узлом, не ошибётесь.

grumbler уфология ту не причем, мы же не строим антенны и передатчики с возгласами -инопланетяне помогите, а то власть нас заморит голодом .

2е до сих пор нет ни одной нормальной теории механизмов кодирования в генах формы! Если есть, дайте пожалуйста ссылки, только рад буду учиться, и признаю свою некомпетентность (говоря фразу выше).
Мы сейчас ведем теоретические исследования, ведем поиск системы способной кодировать форму. Я думаю, что форма организмов кроиться в укладке хроматина, и она запускает остальные механизмы. Да структура хроматина динамична, и для каждой клетки имеет свою конфигурацию, зависит от состояния клетки и прочего… поэтому есть много вопросов.

1: Plant Mol Biol. 2000 Jun;43(2-3):401-15.Click here to read Links
Transgene silencing by the host genome defense: implications for the evolution of epigenetic control mechanisms in plants and vertebrates.
Matzke MA, Mette MF, Matzke AJ.

Institute of Molecular Biology, Austrian Academy of Sciences, Salzburg. mmatzke@imb.oeaw.ac.at

IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2, извиняюсь, я подумал вы решили унизить как-то.
Картошкой мы не занимаемся, считаю эти технологии вчерашним днем, при всем моем искреннем уважении к ученым -первопроходцам.

: Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 2006;71:481-5.Click here to read Links
A paragenetic perspective on integration of RNA silencing into the epigenome and its role in the biology of higher plants.
Jorgensen RA, Doetsch N, Müller A, Que Q, Gendler K, Napoli CA.

Department of Plant Sciences, University of Arizona, Tucson, Arizona 85721-0036, USA.

везет же некоторым им ГМО картошку сделать как два пальца .....
ну тоды всей мировой науке до ваших сел недогнатси
зачем вы сюда - нужно сразу за шнобелевскими премиями
смелее - без лишней скромности

да причем тут .... просто не зачем повторять весь тот путь, который был пройден до нас.

например, в Луганском.Агр.Нац.Ун студенты агрономы играються агробактериями... (это так к слову)

Я вам про другое говорю.

Вообще я не пойму, почему вы так общаетесь? Что я не так пишу?

Что я должен делать по вашему и почему?

можно делать кубические гарбузы а не сферические -
помогает при транспортировке - я правильно понимаю ваш вопрос ?

нет, я в частности спросил -
***
Я думаю, что форма организма, заложена в небольших узловых участках по всему хроматину и тут решающую роль играют различные маркеры для системы которая «улаживает» хроматин в ядре и участки, которые определяют изгибы на самой нити.
Что скажите по этому поводу?
***
нет квадратный арбуз не нужен

многолетняя пшеница, стойкая к перепадам температуры и к засухе, как минимум.
Желаемое- многолетнее самокультивирующиеся растение - единый организм на поле, напрямую синтезирующее пищу (молоко, аналог мяса и т.п. волокна, медикаменты…..)