Полная версия страницы  English  

Приглашаю на биоинформатический портал

МИХАЙЛЫЧ, 31.12.2007 11:15
Приглашаю всех на биоинформатический портал
www.biocomput.ru
Guest, 01.01.2008 17:24
Так уж и портал. smile.gif
МИХАЙЛЫЧ, 19.03.2008 23:08
На портале сделаны важные обновления.
laska56, 23.03.2008 15:14
Сделайте, пожалуйста, ещё и пояснения, а то сразу хочется убежать из вашего портала туда где HELP есть. eek.gif
Ax, 23.03.2008 18:30
Фуууу.... Гадысть какая...

Слабонервным лучше не заходить.
Осмелившимся зайти - лучше не пользоваться единственным на этом "портале" сервисом).
guest: вано , 28.03.2008 21:02
А мне понравилось. Тока не понятно как все работает.
guest: help , 13.12.2008 16:37
ожидается обновление!
портал живее всех живых, прям как Ленин!
а лучше как феникс восстающий из пепла!

да кстати для всех желающих существует небольшой faq !
Руководство по докингу на biocomput.ru
---------------------------------------

1. Введение.
------------

Сервер позволяет докировать небольшие молекулы (лиганды) с макромолекулами (белок, ДНК). В качестве основной программы
используется Autodock-4.0.1 ( Morris, G. M., Goodsell, D. S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W. E., Belew, R. K. and
Olson, A. J. (1998), Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function
J. Computational Chemistry, 19: 1639-1662.)
В состав сервера входят также разработанные нами программные средства, позволяющие управлять пространственными структурами
молекул, выбирать необходимые структуры для докинга и визуализировать их. В качестве основной программы для визуализации
используется molscript-2.1.2 (P. J. Kraulis, J. Appl. Cryst. (1991) vol. 24 pp. 946-950).

2. Управление пространственными структурами молекул.
----------------------------------------------------

Перейдите в одну из вкладок: лиганд или макромолекула.


Операции с файлами
------------------

Для хранения пространственных структур используется формат PDB. Существует несколько способов ввода файлов PDB:
-в окошечко операцией копирования/вставки
-загрузкой на сервер файла
-использование идентификатора PDB
-воспользоваться готовыми примерами

Для файлов применимы операции изменения названия, удаления.
Все вводимые Вами файлы сохраняются на сервере и Вы можете к ним всегда вернуться, зайдя на сервер под своим логином.

Если в одном файле представлены вместе лиганд и макромолекула для предстоящего докинга, Вам достаточно ввести его один
раз. Он будет доступен в любой из вкладок.

Навигатор структур
------------------

Навигатор структур позволяет обозревать содержимое файла PDB. Вам будут видны все модели, цепи и вся первичная структура биомолекулы.


Операции с структурами
----------------------
После ввода файла необходимо выбрать конечную структуру, т. е. однозначно определенную цепь молекулы
(В файлах PDB обычно хранится несколько цепей или моделей). Для выбора конечной структуры надо использовать навигатор структур.
Здесь Вы можете выбрать цепь, модель, а в особых случаях значение altloc. Далее необходимо нажать на кнопку выбрать структуру
и Ваша конечная структура сохраняется на сервере.

Для конечных структур применимы операции изменения названия, редактирования, удаления, копирования.

Чтобы вернуться к сохраненной Вами конечной структуре:
1. Выберите файл на основе которого она создана.
2. Выберите ее в списке выбора объекта для отображения.

При операции редактирования Вы можете изменять:
1. Геометрию структуры (в пределах того, что описано в Вашем файле) т. е. Вы можете изменить модель и значения altloc (если указаны).
2. Параметры отображения в встроенном просмотрщике пространственных структур (какие элементы выделять при отображении).

3. Просмотрщик пространственных структур.
-----------------------------------------

Просмотрщик позволяет визуализировать сохраненные структуры. Параметры отображения должны быть заданы при редактровании структуры.
Для визуализации необходимо выбрать роль структуры в докинге(лиганд или макромолекула), файл и структуру
( или сочетание структур в случае, если есть несколько цепей).

4. Подготовка к докингу.
------------------------

Необходимо отдельно подготовить лиганд и макромолекулу к докингу.

Подготовка лиганда
------------------

Перейдите во вкладку лиганд.

Выберите из представленного списка те химические связи, вокруг которых возможно вращение при докинге.

Если Ваша структура уже имеет расчитанные заряды Вы можете использовать их. Также возможен расчет зарядов методом
предлагаемым разработчиками Autodock.

Подготовка макромолекулы
------------------------

Перейдите во вкладку макромолекула.

Если Ваша структура уже имеет расчитанные заряды Вы можете использовать их. Также возможен расчет зарядов методом
предлагаемым разработчиками Autodock.

Если макромолекула имеет несколько цепей требуется в отдельности подготовить каждую.

5. Настройка параметров докинга
-------------------------------
Перейдите во вкладку докинг.

Сформируйте новую задачу.

Сперва необходимо выбрать какие структуры из числа сохраненных будут участвовать в докинге.

Далее необходимо расчитать энергетический массив вокруг макромолекулы.

Далее выберите метод докинга и параметры.

Начните докинг.
guest: petr , 14.12.2008 01:54
прикольно!!!
МИХАЙЛЫЧ, 19.12.2008 06:21
Доброго времени всем участникам форума!

Хочу дать небольшую рекламу нашему серверу www.biocomput.ru
1. Добавлена функция регистрации
2. Добавлен сервис докинга

Будем рады всем конструктивным предложениям.
Lex, 13.02.2009 13:02
Не работает
вот что я делаю:

Выберите лиганд - выбираю
Выберите макромолекулу - выбираю по ПДБ идентификатору
кликаю на Докиннг - выбираю лиганд и макромолекулу - ничего более не происходит...
кликаю на "изображение" - тоже ничего не происходит, то есть действую вот как:

Выберите объект для отображения: выбираю докинг
Выбрать задачу: - выбираю задачу с именем из предыдусчего раздела Докинг
Выбрать рун: нет никаких опций выбрать или кликнуть...
почему?
МИХАЙЛЫЧ, 13.02.2009 20:41
Для того чтобы визуализировать докинг необходимо получить результаты докинга, то есть Вы должны провести докинг и получить некоторый набор докированных конформаций. Тогда Вы сможете посмотреть каждую конформацию

Следует также учитывать, что основной структурной единицей для раьоты с сервисом является структура, то есть однозначно определенная цепь молекулы (в файлах PDB присутствует обычно множество моделей и цепей). Поэтому после выбора файлов следует выделить цепь из этого файла и сохранить ее в виде структуры, которую можно визуализировать и использовать для докинга.

Если у Вас возникли затруднения, Вы можете написать в техподдержку, сказав Ваш
логин и мы будем заниматься конкретно Вашей проблемой, четко видя какие файлы Вы загружали и что с ними делали.
Lex, 18.02.2009 16:20
я написал на личную почту неделю назад - пока не получил ответа...
МИХАЙЛЫЧ, 23.12.2010 18:57
Работа портала восстановлена после небольшого перерыва.
Отметим новое:
-усилена аппаратная составляющая;
-переработан программный код ядра;
-создана автономная база данных белковых структур

Будем рады всем предложениям и замечаниям!
Guest, 25.06.2012 09:12
Портал умер из за неквалифицированной тех поддержки.
Спи спокойно.
МИХАЙЛЫЧ, 28.06.2012 16:00
Кажется кто-то нам делает рекламу!
МИХАЙЛЫЧ, 28.06.2012 16:02
Все в порядке, все работает!
Esya, 30.06.2012 03:05
а другие презентации ваш molscript будет делать? мне очень нравились молсцриптовские картинки
МИХАЙЛЫЧ, 30.06.2012 07:46
Вы можете ввести интересующий Вас белок ввиде файла PDB или воспользоваться идентификатором PDB
Esya, 30.06.2012 08:57
не... я хочу чтобы функции молскрипта были, все
типа bobscript кажется был
и с выводом растер изображений и скриптов
мне не нравятся нынешние глянцевые, точнее, не всегда нравятся
ну хоть сделайте чтобы оно размоловские скрипты узнавала что ли...
Nastja, 30.06.2012 15:18
Esya, в PyMol можно делать вполне себе неглянцевые.
Guest, 30.06.2012 19:01
Возможно, говоря "неглянцевые" Вы имеете ввиду вывод картинки в формате Postscript.
Учтем Ваши замечания приподготовке обновлений сервера.
Esya, 30.06.2012 19:25
(Nastja @ 30.06.2012 07:18)
Ссылка на исходное сообщение  Esya, в PyMol можно делать вполне себе неглянцевые.


такие как в молскрипте получались с четкой прорисовкой? ни разу не видела, как ни странно
ну да, надо бы освоить, все равно
Esya, 30.06.2012 19:27
(Guest @ 30.06.2012 11:01)
Ссылка на исходное сообщение  Возможно, говоря "неглянцевые" Вы имеете ввиду вывод картинки в формате Postscript.
Учтем Ваши замечания приподготовке обновлений сервера.


это, во первых, а во вторых, чтобы изображением можно было управлять, показывая разные части молекулы в разной презентации
guest: 123 , 13.06.2022 08:04
Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.