Кто как рассчитывает неравновесие по сцеплению для полиморфных вариантов разных локусов? какие программы используете для этого?
Очень нужна такая программка, из инета никак не могу достать
В одной из работ нашла, что оценивали по методике Hill, 1974. Но в интернете такой старой статьи не нашлось.
Может, кто литературой по теме поможет? Буду очень благодарна!

если дадите полную ссылку на статью то все найдется

запрос на статью делала, через две недели просто кто-то его удалил, видимо, таких старых статей нет ни у кого.

Посмотрите в R project, там точно все есть, что вам может понадобится.

Литература:
Брюс С. Вейр, «Анализ генетических данных», МИР, 1995
Глава 3. Отклонение от равновесия.
В этой главе даны формулы расчета отклонения от равновесия для нескольких (2-а и более) локусов с несколькими (2-мя и более аллелями)

Спасибо за ссылку на книгу! буду искать.
А вот что такое R project, к сожалению, не имею понятия

наберите в google R и первая ссылка ваша. На этом же форуме есть топик про R, не про генетические рассчеты в нем, а в целом про R.
Вот ссылка на R task view
http://cran.r-project.org/src/contrib/Views/

а вот и на страницу самого R
http://www.r-project.org/

а еще недовно появился проект R genetics, для генетики, это что-то навроде Bioconductor для microarray data
http://rgenetics.org/

А что вам конкретно нужно посчитать? а то так все очень абстрактно и невнятно.

Спасибо, буду разбираться.

Программа Arlequin - это то, что Вам надо. Она бесплатная и
содержит все основные расчеты по популяциям, в том чисде и неравновесие по сцеплению.

Арлекин - это хорошо, только бы еще знать, как ей пользоваться, какой формат она воспринимает?

Скачайте сначала сам Арлекин - там есть достаточно хороший хэлп и форматы данных. Есть примеры данных. В общем ничего сложного.
Есть еще Genetix - но он весь на французском языке. Если знаете его - то вперед.

Арлекин скачала, разбираюсь. Еще и формулы нашла, так что можно и вручную рассчитать.
Всем откликнувшимся спасибо!

Haploview, кажется, считает LD. Только не помню, можно ли оттуда выудить точные значения.

Считает, выудить можно. Но про гаплотипы вроде как речи не было.

Литература:
1. Ф. Хедрик, Генетика популяций ,
http://books.prometey.org/download/14197.html

2. Lange K., Applied Probability, 2003
http://www.eknigu.com/info/M_Mathematics/M...4254)(379s).pdf

to колобок and others
Коллеги, а может кто имеет эл.копию или ссылочку на свежее (3-е) англоязычное издание "Генетики популяций" Хедрика (P.W.Hedick, Genetics of Populations):
http://www.jbpub.com/catalog/9780763747725/
Был бы весьма благодарен!!! (представленное русское издание, к сожалению, не блещет достоинствами)
cat1975@mail15.com

Подскажите пожалуйста, имеет ли особенности расчет LD для STR и считает ли это арлекин?

Для микросателлитов прекрасно подойдет программа Genepop любая версия(Raymond, Rousset, 1995). Формат текстовый, для каждого индивидуума в строку набивается комплексный генотип по всем локусам, например: 110120 195197 200204...
где 110120 - генотип по первому локусу, 2 трехзначные цифры - длины STR аллелей (здесь гетерозигота)
Программа считает неравновесие по сцеплению, равновесие ХВ, F-статистику, дифференциацию популяций, нуль-аллели и тд
Формат может быть импортирован в упоминавшиеся здесь Arlequin, Genetix etc

ТОЧНОЕ равновесие множественных аллелей по Харди-Вайнбергу считает программа российского производства (поддержи наших!) с сайта: http://doctorstat.narod.ru/

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.