Развивается ли сегодня пакет Tinker ?
А то на сайте последняя версия от 2004 года.

Насколько я знаю, не развивается. Но прикрутить к нему более новые поля несложно, если вас это интересует.

А какой смысл использовать именно его, а не Gromacs или NAMD?

А потому что Tinker крайне удобен для всяческих быстрых операций, не только динамики и релаксаций. Ставить полновесную динамику в нем сложновато, но так он действительно очень, очень удобен.

А ник у Вас - зачот!

вот случайно наткнулся и вспомнил про эту тему
http://dasher.wustl.edu/tinker/
выпуск июнь 2009