в общем стоит задача, получить литературу с доступной(для биолога) и правдивой информацией по этим методам, в целях структурной характеризации белка. Особо интересно, как Surface Plasmon Resonance
узнает энергию взаимодействия двух белков

отдельным пунктом хочется знать, могут ли в ИБХ или белозерском (или где-то в москве) снять ИК- или рамановский спектр, и обсчитать по нему бета-(и любую другую)структуру

Вот вам- на русском, просто и понятно (пройдитесь по ссылкам)
http://www.google.com/search?q=%D0%9F%D0%B...lient=firefox-a

за ссылку конечно спасибо, но мне нужно что-нибудь более понятное, желательно чтобы авторитет в этой области рассказал на пальцах, чтоб на него можно было еще и ссылку поставить (вроде "физики белка" птицына). А википедии и подобным ресурсам я не очень доверяю, они совсем уж для обывателей.

I. Попробуйте почитать:
1) Р. Давид, Введение в биофизику, М.: Мир, 1982, 208с.
2) М.В. Волькенштейн, <куча книг о биофизике и полимерах>

II) Про плазмонные методы не могу посоветовать ничего популяризированного (относительно новый подход к исследованию биополимеров).

III) Мож чего найдете в "Соросовском образовательном журнале".

IV) Попробуйте подучить физику, чтобы понимать смысл перечисленных вами методов исследования структуры биомолекул. "Царских дорог" в науку до сих пор не проложили.

V) Наймите в свою лабораторию квалифицированных специалистов. Серьезная наука - дело коллективное (мне ли объяснять биологу про симбиоз?).

ну хорошо с литературой все, в общем, ясно,
а кто посчитает спектр и бета-структуру с него?
спасибо, кстати, а то я чего-то требую,требую...

См. пункт V) моего ответа.
Советую обратиться в Институт белка РАН (Пущино) www.protres.ru , когда-то там занимались (может и сейчас это делают) спектроскопией белков.

Спектр, конечно, можно и "посчитать", но обычно его снимают, потом анализируют и интерпретируют...

Кажый из упоминаемых вами спектроскопических методов - может "рассказать кое-что тем - кто понимает этот язык" о межатомных контактах. Причем, как правило, каждый метод "видит" только свое подмножество из всего множества контактов (Например, КД можно ипользовать для выявления доли альфаспиральных участков). И т.д. Так что от спектра до структуры дорога очень далека...

Желаю удачи....

ЗЫ: У вас правильное отношение к ресурсам типа википедии. Это уже хорошо.

КД и ИК в ИБХе снять могут, про раман-не знаю, надо спросить. Также могут в НИИ ФХМ Росздрава. Помню, что для маленьких пептидов раман делали на химфаке, но потянет ли там на белок - не скажу. В Москве в позапрошлом году было 2 SPR-девайса (оба биакоры), но где точно - не помню (сами делаем в Нидерах). Можно позвонить в HVD - это был дистрибьютор Biacore в свое время, можно спросить у них (типа, хотите опробовать девайс у коллег, прежде чем покупать самим). Кроме того, их можно долго и нудно пытать по методу... Кстати, энергию взаимодействия проще мерять в ITC.

спасибо за советы,
немного поясню: я счас пишу диплом, белок давно выделен и очищен, КД сняли и обсчитали, с SPRом договорились,
осталось только количество бета-стуктуры узнать (ик/раман, то есть найти нежадного хозяина прибора) и прочитать что происходит в кювете(во всех методах) и что это значит(как кривая на графике трансформируется в количество структуры)

Мнэээ... но количество бета-структуры можно порой узнать и из КД, вы не пробовали?

Точно узнал, что и раман, и ик есть на Химфаке/ФНМ МГУ и в Центре коллективного пользования в Черноголовке.

пробовали, рассчет по КД может отклонятся от правды на 60%,

а вы не в курсе, как на химфаке относятся к желающим добраться до их прибора,
и на какой кафедре он находится?

Насколько я понимаю, он вообще в собственности ФНМ (факультет наук о материалах, на 4ом, по-моему этаже ХФ)... А как относятся - не знаю=(

был я вчера на химфаке, сначала фнмщики послали меня к органикам, те гоняли по свей кафедре по трем этажам, а потом послали в другие места...
а в белозерском нашлась хорошая тетя, обещала похлопотать за меня,
химфак-отстой, никогда его не любил

Печально, что сказать=(

да вроде все нормально, в понедельник все будет ясно

В Институте белка ИК уже давно нет, КД есть.

кроме ITC, который меряет эту энергию напрямую, Вам ничто помочь не способно

в ITC принцип весьма простой, меряется выделившаяся или поглощённая теплота от несвязанного до насыщенно-связанного состояния белка в кювете. И по форме кривой связывания численным фиттингом уравнения связывания на экспериментальные данные численно определяются как изменение свободной энергии при связывании, так и константа диссоциации. Для биологов - самое то, так как кроме численного фиттинга данных и аккуратного приготовления растворов титрования объяснять ничего и не надо.

если вас ещё и структура интересует и вы каким-то образом узнали что в вашем случае ЦД даёт большую ошибку (где относительный эталон? есть решённая ЯМР или рентгеном структура ВАШЕГО КОНКРЕТНОГО БЕЛКА?), проверьте биоинформатическое чисто вычислительное гомологическое (у белка есть гомологи с решённой структурой?) моделирование. Для него вообще кроме компьютера и базы данных (http://swissmodel.expasy.org/SWISS-MODEL.html) с интернетом не нужно ничего, и ни с кем не нужно договариваться. Как первое приближение к будущим экспериментам - работает во всех случаях.

нмр-гай, константу диссоциации уже определили, для CD в случае беташитов коэффициент кореляции 0,3(это по литературе, а у нас с контролем совпало)
ответ на все вопросы(кроме первого) - нет,
теперь мне интересно как про это все писать, как по пидиби посчитать количество вторичной структуры не карандашом и листочком, а парой кликов

спасиба заранее

ЗЫ.у меня есть пять моделей шарлатанской природы

Что-то я совсем перестал понимать что вы хотите от жизни. Что значит "для CD в случае беташитов коэффициент кореляции 0,3(это по литературе, а у нас с контролем совпало)"??? Корреляции чего с чем? С каким контролем что у вас совпало? Как можно более подробно пожалуйста. Что Вы вообще считаете структурным контролем? Вообще Ваше безответственное жонглирование термином "корреляция" сильно настораживает. Корреляция может использована в Ваших объяснениях только когда есть эталон структуры (плюньте на литературу, все предсказания недостоверны, если структура пока не решена), но Вы говорите оптом, что на все вопросы ответ "нет". То есть - её нет, я Вас правильно понял?

я Вам дал ссылку на мощнейший инструмент для ПРЕДСКАЗАНИЯ структур де-ново. По первичной последовательности.

А после Вашей фразы "как по пидиби посчитать количество вторичной структуры не карандашом и листочком, а парой кликов" Вам стало вообще неитересно что-либо дальше говорить. Вы никогда структурной биологии не освоите с таким подходом. И помощь тут бессильна, похоже.

ээээ... только один коммент - свисс-прот не де-ново моделлинг, а все ж гомологичный...

"??? Корреляции чего с чем?"-данных КД с РСА, контроль - белок с известной структурой.

нет у белка гомологов со структурой, он до сих пор в гипотетических числится.

за ссылку спасибо, раз уж про кд, то предсказания с ним совпадают

"как по пидиби посчитать количество вторичной структуры не карандашом и листочком, а парой кликов"- ладно, я могу написать програму, которая пересчитывает координаты в углы. могу во вьювере смотреть углы и записывать карандашом, а хотелось бы узнать есть ли такой вьювер, в котром есть подобная опция или чо-нибудь в таком духе.

может быть не в тему, но напоминаю, что кроме альфаспиралей и бетатяжей, существуют и другие виды регулярной вторичной структуры(пи-спираль, коллагеновая, еще чо-та было...) и нерегулярной (бетатёрны), которые на глаз и не увидишь. и не видел я таких вьюверов которые их отмечают, а у нас по кд посчитали количество бета-поворотов (не знаю как), и раз уж их приличное количество(25%), то по ним можно попробовать дискредитировать некоторые из имеющихся моделей.

нмр-гай, а какой смысл может быть в измерении количества вторичной структуры у белка с известной третьичной???

дааа,.. гомологичный модделинг - это один из видов ДЕ-НОВО-моделлинга, так как он предсказывает структуру с известной аминокислотной последовательностью ДЕ-НОВО, то есть ГОМОЛОГИ - ЭТО НЕ САМ БЕЛОК!!! ЭТО ТОЛЬКО ЕГО ГОМОЛОГИ! даже если 1 аминокислота различается в белке, без КОНКРЕТНО ЕГО СТРУКТУРЫ решённой по "сырым" приборным данным любое другое его структурное моделирование является определением его структуры "ДЕ НОВО".

bish, спасибо за напоминание, дискредитируйте модели дальше, желаю удачи, только... как-то странно вы их дискредитируете. Чтобы дискредитировать модель нужно решить структуру в кристалле или растворе. Своими попытками очередным набором "псевдоструктурных" методов вы просто усложняете другим анализ того, что имеется в литературе касательно своего белка. По КД Вы не различите тип спиралей. Как и б-листов. Они все одинаковы. А смысл как раз в обратном возврате к вторичной структуре в том, чтобы ещё раз подтвердить или опровергнуть модели которые работают в гомологичных "предсказывающих" программах.

Ещё раз повторяю: Вы не имеете право утверждать что-либо про полезность метода КД, при том, что не совсем представляете зачем он применяется и каковы требования к структуре белка, для которого КД может применяться для количестенного анализа. Без решённой структуры Вашего "псевдобелка" это всё спекуляции и опубликуют их только если Ваша статья попадёт на рассмотрение к тому, кто как и Вы будет нуждаться в опровержении каких-то существующих моделей любой ценой.

если есть решенная структура, тогда вообще зачем нужна модель?

модель до решения структуры обычно заменяет её для предсказания термодинамических и кинетических свойств белка, что в свою очередь важно для предсказания (НЕ для утверждения истины в последней инстанции!) его взаимодействий, биосинтеза, субстрат-специфичности, констант диссоциации в разных комплексах или каталитических констант для ферментов. Если с моделью структуры белка ошибаются - построенные пилотные теории его функционирования идут в ведро. В последнюю очередь кто-то из серьёзных людей будет доверять этой псевдоструктурной возне вокруг моделей и разбираться в ней, если данный серьёзный человек ЛИЧНО не доверяет научному уровню тех, кто строит эту модель.

Если мы говорим о структурной биологии, то вся важность новых работ в ней и заключается в построении БЕТОННОГО базиса под теориями, использующими структурные данные как основу для объяснений дальнейших свойств объекта. Потому многим биохимикам и молбиологам обычно непонятно, почему белок с 99% гомологии не может служить ничем более чем моделью. Непонятно ровно до той степени пока кто-нибудь не обнаружит, что оставшийся 1% - это полиморфизм в области связывания белка с одним из тучи внутриклеточных транспортёров, и белок - секреторный, скажем, а не цитоплазматический. С соответствующей разницей в субстратспецифичности, скоростях и доступности для различной регуляции. И разница в рецептор-специфичности - всего в паре аминокислот из-за которой не сворачивается одна маленькая бета-шпилька, которую на КД можно счесть за погрешность измерения если белок большой. А когда мне пишут про низкие корреляции - я вообще этого не понимаю, так как на структуру влияет абсолютно всё - от метода выделения (состава буфера), очистки и приготовления стокового раствора, до степени очистки воды в лабе и времени дегазирования пробулькиванием аргона через раствор перед растворением в нём белка перед экспериментом КД.

NMR_guy, - верно сказано.