Слышал, что в России сейчас обсуждается уже более 10 проектов по созданию центров геномного секвенирования , работа которых будет построена на использовании секвенаторов нового поколения (FLX, 1G, и SOLiD). В числе соискателей финансирования подобных проектов упоминались Е.Д.Свердлов, К.Г.Скрябин, Н.А.Колчанов, ИМБ, ММА и другие академические и медицинские организации. Буду очень признателен за любые подробности .

В ноябре прошлого года Скр. говорил о GS20 так, как будто бы тот уже у него в кармане (хотя как бы он там поместился )
Однако пока его нет. Что, впрочем, неудивительно.

К настоящему моменту куплены/покупаются минимум 3 системы FLX (у Скрябина, в НПЦ медпомощи детям и еще где-то в Москве). G2 планируется купить для НПЦ медпомощи детям, SOLiD - для Власовского НИИ в Новосибирске. Реально не работает еще ни один прибор. К концу года ситуация должна измениться, т.е. хоть что-то заработает.

GS20 (пиросеквенатор Roche/454) был установлен и запущен в Центре "Биоинженерия" РАН у К.Г.Скрябина к конце ноября или в начале декабря прошлого года.

Ну сразу видно - долго думали - Г2 тогда уж лучше во Владивосток

Классика жанра - лебедь, рак да щука

Генсек, поддерживаю Вас! Надо долго и громко шуметь на форуме на тему Масштабного секвенирования в России, указывая пальцами на главарей этих проектов - может когда-нибудь заработают эти дорогущие "экспонаты", от стыда...

проблема в том , что 454 и Г1 должны работать ПОСТОЯННО , как АБИшные
капиллярники - иначе "жаржавелло" . Как "коммерческие услуги" -
нужно оценить "рынок" сначала . ГАТЦ не стал заморачиватся с СОЛИДом и из-за
рынка . Есстественно и 454 и Г1 нужно ставить в одном месте и обучать спецов
работать и на 454 и на Г1.

заметьте, что 454 в ЦБ уже работает как полгода... всего сделали около 10 прогонов. ПО слухам каждый прогон был около 130 миллионов нуклеотидов, что не очень плохо... Относительно GAII/SOLID- не шумите.. все будет...

Если за пол года пиросеквенатор GS20 запускался 10 раз, то это 1...2 раза в месяц . Продолжительность рабочего цикла у него, если не ошибаюсь, 4,5 часа, т.е. при нормальной эксплуатации его можно запускать 2 раза в день (4 раза в сутки) . Тогда при нормальной эксплуатации за пол года должно было "набежать" ~250 (до 500) рабочих циклов, что в 25...50 раз больше нынешнего показателя .

были бы деньги
У нас как водится покупают прибор "шобы было", а потом репу чешут - что бы такое выдающееся на нем сделать. Пока чешут - нужно будет новый брать "шобы было", потому как дешевле быстрее престижнее...

Ну вообщем да, в современной Москве проблема не людях а в приборах.... только вот квартирный вопрос их испортил...

Квртирный вопрос тоже вторичен - людей губит высокие цены на нефть и ее изобилие...

это не совсем так... Рабочий цикл около трех суток. Конечно же не самого секвенирования, а общий. Приготовление библиотек, титрование- это тоже целый день... Так что, чтобы работать по два цикла в день нужно, чтобы параллельно шло около шести задач при 24 часовом рабочем дне. Реальность работы с 454 такова, что приблизительно можно делать один полноценный цикл в неделю. Более того, именно на это рассчитан и "промывочный цикл", его нужно проводить, если прибор проставивает более 7 дней. Так что раз в неделю, господа, ... раз в неделю.

Кстати а что там ЛУКОЙЛ о геномном секвенировании думает? Почему бы не подписать их через правительстви на секвенирование всех геномов организмов найденных на нефтепромыслах, включая самих промысловиков - пêредовиков производства и весь высший менеджмент? Неужели они смогут найти достойную аргументацию для отказа?

Производительность прибора определяется не расторопность обслуживающего персонала, а продолжительностью рабочего цикла, в течение которого автомат считывает информацию с проточной ячейки. Для GS20 это 4,5 часа. Для FLX - 7,5 часов. Для GA - 2...3 суток при одинарном чтении и 4...6 суток при парном. Для SOLiD - 10 суток при парном чтении (недавно было 6 суток, но они ввели фосфатазную обработку и продолжительность увеличилась).

Ну, а если для простаивающего более недели прибора требуется промывочный цикл, то это просто означает, что работать нужно без простоев.

Впрочем, спасибо за информацию. Как сказал в соседней теме Guest1, у каждого метода секвенирования есть свой "скелет в шкафу", и информация о подобных "скелетах" очень полезна .

Проблема в том, что время рабочего цикла у FLX несравнимо меньше всех подготавливающих процедур. И это его отличие от Иллюмины. Титрование- это отдельный запуск прибора, только на маленькой пикотитровальной пластине. Понятно, что если в стране появятся задачи по геномному de novo секвенированию, то тогда можно хоть в три смены работать. Пока таких задач нет и большая удача современных московских пользователей, что им удается избегать промывочного цикла, т.е. каждую неделю запускать минимум дважды (титрование+ основное чтение) сам прибор. Дело это, как все понимают, недешевое. Существенно дороже GAII или СОЛИДа. По крайней мере в расчете на один нуклеотид... ну да и за запуск все равно дороже. Нужна популяризация de novo секвенирования в российских нии, вузах, ак институтах. Тогда это может создать большую загрузку прибора. Это разумнее, чем покупать еще один, который так же лениво будет эксплуатироваться...

"Нужна популяризация de novo секвенирования в российских нии, вузах, ак институтах. Тогда это может создать большую загрузку прибора."

Один из лучших способов популяризации - это данный форум. Если есть желание загрузить имеющийся GS20 работой, то сообщите расценки и/или дайте контактную информацию .

http://genomics.ucr.edu/about/reports/Sequ...n1207_Table.pdf

это сравнение разных next gen секвенаторов по цене и времени и тп

Огромное спасибо за ссылку. Есть неточности, кое-что устарело, но в целом очень полезная информация.

Прикольно - 50 runs в год машинки ценою в 500k$+расходники+зарплата+аренда+ещё что-нибудь. Как же может получиться $1000 за ген/паспорт индивидума ?

Может быть лучше и дешевле SNP?

SNP дешевле, и для непритязательных клиентов, конечно, лучше. Но здесь обсуждаются технологии другого уровня. Про 1000$ речь пока не идёт, но за 40 тыс. евро (SOLiD) и 60 тыс.$ (Illumina) геном уже сделали. Правда, при этом подсчитали только стоимость реактивов, да и повторностей маловато, но лиха беда - начало.

Как там с разработкой отечественных расходников для пиросеквенирования? Уже забросили эту идею, или можно не терять надежду?

Сделать можно, но кто купить? Объём рынка пока оптимизма не внушает, чтобы под него затачиваться...

Итак, в России пока есть только один GS20, который за 8 месяцев своего существования запускался 10 раз.

Есть другие мнения (а также замечания, дополнения и предложения)?

Можно я скажу Я не верю, что машинка запускалась в 10 раз , допускаю, что была попытка ОДИН раз на стартовых реактивах. Я имею еще много чего сказать, но пока воздержусь, с Вашего позволения.

Не вижу оснований для недоверия к информации. представленной уважаемый Guest_ом . Он явно знаком с людьми, приближёнными к GS20 в центре "Биоинженерия" РАН. Также яно и то, что сам он далёк от данной проблемы. Об этом свидетельствует приведённая им цифра для прогонов - ~130 млн. нуклеотидов. Дело в том, что рабочий цикл на на GS20 даёт примерно 100 тыс. последовательностей длиной порядка 100 оснований. При этом общая производительнрость составляет примерно 10 млн. оснований . У более продвинутой модели FLX количество считываемых последовательностей увеличено до 400 тыс., а их длина превышает 200 оснований. В результате производительность рабочего цикла может достигать 100 млн. оснований.

Скорее всего. приведённая Гостем цифра "~130" млн. характеризовала общую длину ДНК, которая была оцифрована за 10 прогонов, "что очень неплохо" (по его же словам), поскольку превышает среднюю расчётную производительность данного прибора для данного количества циклов .

В биоинженерии стоит FLX. За один прогон он, действительно, по расчетам должен делать около 100 млн. Я лично видел обработку результатов, которую делал Genomatix, по данным коллег из ЦБ. 138 миллионов за один прогон. Относительно других прогонов ручаться не могу. Говорят, что за 10 прогонов сделали уже больше миллиарда нуклеотидов....

В ГАТЦе мне показывали , как 454 воспроизводимо "недосчитует" или "пересчитует"
3-5 одинаковых букв подряд - ААААА!!!!!!!
эти участки они пересеквинируют Иллуминой-Солексой при де ново секвенсах.
Пересеквенировать "подозрителъные" места капиллярниками - самасшедствие

Спасибо за информацию. Если FLX, то всё сходится .

Что 138 лимонов за прогон ? Это значит , что 38 лимонов в туалет потому как
скорее всего куча ошибок с коротких и длинных ридов .

http://www.in-sequence.com/issues/1_32/web...s/141735-1.html

Plant Physiol. 2008 Jan;146(1):32-44. Epub 2007 Nov 16.Click here to read Click here to read Links
Transcript profiling by 3'-untranslated region sequencing resolves expression of gene families.
Eveland AL, McCarty DR, Koch KE.

Department of Horticultural Sciences, Plant Molecular and Cellular Biology Program, Genetics Institute, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA.

Differences in gene expression underlie central questions in plant biology extending from gene function to evolutionary mechanisms and quantitative traits. However, resolving expression of closely related genes (e.g. alleles and gene family members) is challenging on a genome-wide scale due to extensive sequence similarity and frequently incomplete genome sequence data. We present a new expression-profiling strategy that utilizes long-read, high-throughput sequencing to capture the information-rich 3'-untranslated region (UTR) of messenger RNAs (mRNAs). Resulting sequences resolve gene-specific transcripts independent of a sequenced genome. Analysis of approximately 229,000 3'-anchored sequences from maize (Zea mays) ovaries identified 14,822 unique transcripts represented by at least two sequence reads. Total RNA from ovaries of drought-stressed wild-type and viviparous-1 mutant plants was used to construct a multiplex cDNA library. Each sample was labeled by incorporating one of 16 unique three-base key codes into the 3'-cDNA fragments, and combined samples were sequenced using a GS 20 454 instrument. Transcript abundance was quantified by frequency of sequences identifying each unique mRNA. At least 202 unique transcripts showed highly significant differences in abundance between wild-type and mutant samples. For a subset of mRNAs, quantitative differences were validated by real-time reverse transcription-polymerase chain reaction. The 3'-UTR profile resolved 12 unique cellulose synthase (CesA) transcripts in maize ovaries and identified previously uncharacterized members of a histone H1 gene family. In addition, this method resolved nearly identical paralogs, as illustrated by two auxin-repressed, dormancy-associated (Arda) transcripts, which showed reciprocal mRNA abundance in wild-type and mutant samples. Our results demonstrate the potential of 3'-UTR profiling for resolving gene- and allele-specific transcripts.

http://www.plantphysiol.org/cgi/reprint/146/1/32

Ясное дело, жемчуг мелковат . Нам бы их проблемы. У нас-то пока даже супчик жидковат .

http://www.genome.org/cgi/reprint/18/1/161

We found no evidence that this is a new epidemic isolate that is spreading worldwide: LGV is an old strain causing a new disease
Dr Nick Thomson

http://www.sanger.ac.uk/Info/Press/2008/080107.shtml

Наткнулся на майский пресс-релиз фирмы Applied Biosystems, посвящённый прогрессу технологии SOLiD:
1. В институте Бродов (Broad Institute) запустили пару секвенаторов и сделали 50 млрд.п.о. за 6 недель .
2. К концу этого периода довели производительность до 13,4 млрд.п.о. за цикл .
3. В самой фирме ABI выход достигает 17 млрд. п.о. за цикл .
4. Продолжительность цикла уменьшилась, но не признаются, на сколько конкретно .
5. В 2009 году планируют увеличить длину секвенирования до 50 п.о. (50х2 п.о. при парном чтении) .

Всё идёт к тому, что в следующем году будут читать геном человека за один заход .

1: Nat Methods. 2008 Jul;5(7):613-9.


Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing.
Cloonan N, Forrest AR, Kolle G, Gardiner BB, Faulkner GJ, Brown MK, Taylor DF, Steptoe AL, Wani S, Bethel G, Robertson AJ, Perkins AC, Bruce SJ, Lee CC, Ranade SS, Peckham HE, Manning JM, McKernan KJ, Grimmond SM.

Expression Genomics Laboratory, Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, 306 Carmody Road, St. Lucia, Queensland, 4072, Australia.

We developed a massive-scale RNA sequencing protocol, short quantitative random RNA libraries or SQRL, to survey the complexity, dynamics and sequence content of transcriptomes in a near-complete fashion. This method generates directional, random-primed, linear cDNA libraries that are optimized for next-generation short-tag sequencing. We surveyed the poly(A)(+) transcriptomes of undifferentiated mouse embryonic stem cells (ESCs) and embryoid bodies (EBs) at an unprecedented depth (10 Gb), using the Applied Biosystems SOLiD technology. These libraries capture the genomic landscape of expression, state-specific expression, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), the transcriptional activity of repeat elements, and both known and new alternative splicing events. We investigated the impact of transcriptional complexity on current models of key signaling pathways controlling ESC pluripotency and differentiation, highlighting how SQRL can be used to characterize transcriptome content and dynamics in a quantitative and reproducible manner, and suggesting that our understanding of transcriptional complexity is far from complete.

В общем, рубеж в 10 Gb за рабочий цикл уже преодолён. При десятикратном чтении на геном человека требуется всего 6 циклов.

Недавно смотрел Y-хромосому Уотсона. Его геном прочли шестикратно. Очень дырявая картинка! Аутосомы выглядят лучше, т.к. для Y-хромосомы чтение оказалось не более, чем троекратным.

With 15 GB on GA II and Avantome Buy,
Illumina Confident in Next-Gen Battle

[July 29, 2008]

By Julia Karow

Internally, through improvements in the chemistry and software, Illumina is now able to generate 15 gigabases of sequence data per run on its Genome Analyzer, and it has “clearly defined a roadmap to reach 20 gigabases or beyond by the end of this year.”

интересная метода ссылки выкладывать

http://www.in-sequence.com/issues/2_31/fea...s/148483-1.html

Так лучше?

Нифига не лучше Это что еще за новое "чудо-юдо" иллумина будет делать
по новому рецепту ?

Откуда этот Мустафа взялся ?

Illumina to Buy Avantome for Up to $60M;
Long, Cheap Reads Will Target Sanger

[July 29, 2008]

By Julia Karow

The company was co-founded by Mostafa Ronaghi, a principal investigator at the Stanford Genome Technology Center. He is one of the inventors of pyrosequencing and a previous collaborator of Illumina. Illumina hopes that the new technology, which may compete with 454’s platform, will complement its Genome Analyzer.

http://en.wikipedia.org/wiki/Mostafa_Ronaghi

Типичный швед.

у шведов викингские имена типа Игорей и Ольгов
Мустафа Рюрик не звучит

А Ибрагимович тоже не звучит?

Иранец. Был рабочей лошадкой (аспирантом) в шведской лаборатории, занимавшейся люминометрическим определением пирофосфата. Под чутким руководством неспешных шведов быстро довёл до работоспособного состояния технологию пиросеквенирования и защитил на этом диссертацию.

Шведы продолжили ковыряться с планшетным пиросеквенированием, а американцы (454) тем временем занялись технологией параллельного пиросеквенирования, которая привела к появлению первого коммерческого геномного секвенатора GS20.

Ну, а Mostafa тем временем переметнулся в Стэнфорд и сконцентрировал усилия на совершенствовании параллельной технологии секвенирования. В прошлом году грозился всех переплюнуть, но вместо того, чтобы "плеваться", продал свою фирмочку Иллюмине за 60 млн.$.