программа
требует как исходные данные PDB IDs.
Где в ПДБ-файле написан PDB ID данного файла?
Например в файле: pdb1a7m.ent
Я вложил начало этого файла, где там указан PDB ID ?
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
PDB ID
Alexy, 10.09.2008 14:38
Файл/ы:
|
pdb1a7m______.txt размер: 32.2 кол-во скачиваний: 3 10.09.2008 — 24.09.2008 |
michaeli98, 10.09.2008 15:43
Он в названии. 1a7m Ну и на первой строчке, после даты.
Alexy, 10.09.2008 16:18
Но если на странице в окошко
<<Server Alignment (CE-MC) Options
Please enter the PDB IDs to align (maximum 10 structures, space-delimited):>> ввести например два PDB ID-а "1a7m 1a3m",
а в окошко
<<Con-Struct Map Options
Reference structure:>> ввести "1a7m",
то появляется сообщение: "-- There was a problem while interpreting your reference structure. Please see the [help] link next to the reference structure field if you need an example of the correct format."
Правда может нужно ввести какие-то разделители между PDB ID-ами разных PDB-файлов в первом из окон? А не просто пробел?
Попробовал сделать такие же разделители ":_ ", как в образце , между своими PDB ID-ами, но тоже ничего не получилось
<<Server Alignment (CE-MC) Options
Please enter the PDB IDs to align (maximum 10 structures, space-delimited):>> ввести например два PDB ID-а "1a7m 1a3m",
а в окошко
<<Con-Struct Map Options
Reference structure:>> ввести "1a7m",
то появляется сообщение: "-- There was a problem while interpreting your reference structure. Please see the [help] link next to the reference structure field if you need an example of the correct format."
Правда может нужно ввести какие-то разделители между PDB ID-ами разных PDB-файлов в первом из окон? А не просто пробел?
Попробовал сделать такие же разделители ":_ ", как в образце , между своими PDB ID-ами, но тоже ничего не получилось
michaeli98, 10.09.2008 19:29
Никаких ошибок не получил
1a7m:_ 1a3m:_ в alignment
1a7m:_ в reference structure
В формате PDBID:_ все или PDBID:A (chain A, B)
1a7m:_ 1a3m:_ в alignment
1a7m:_ в reference structure
В формате PDBID:_ все или PDBID:A (chain A, B)
Alexy, 12.09.2008 11:24
Спасибо, действительно после введения этих данных в таком формате скачивается файл с результатом.
Но у меня Java (скачанная с для Виндоуз ХР) его не открывает: пишется "Unable to launch the application".
А файл, полученный по тем данным, которые уже есть на , просто нажатием "Submit" открывается Javoй!
Но у меня Java (скачанная с для Виндоуз ХР) его не открывает: пишется "Unable to launch the application".
А файл, полученный по тем данным, которые уже есть на , просто нажатием "Submit" открывается Javoй!
Alexy, 15.11.2010 09:54
Указываются ли файле PDB-формата
1) № хромосомы,
2) номера первого и последнего нуклеотида гена, с которого транслируется белок
3) и с какой цепи ДНК он транслируется - с "прямой" или "комплементарной"?
Или
может в файле PDB-формата указывается только какой-то личный номер соответствующего гена?
А указанные выше характеристики этого гена можно получить только из какой-то другой базы данных?
1) № хромосомы,
2) номера первого и последнего нуклеотида гена, с которого транслируется белок
3) и с какой цепи ДНК он транслируется - с "прямой" или "комплементарной"?
Или
может в файле PDB-формата указывается только какой-то личный номер соответствующего гена?
А указанные выше характеристики этого гена можно получить только из какой-то другой базы данных?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.