Какие есть наиболее доступные и распространенные программы для работы с pdb файлами и где скачать бесплатно?

swissmodel.expasy.org - предоставляет программу DeepView, доступную для скачивания без регистрации
pymol.org - программа PyMol, образовательная версия доступна для скачивания после регистрации (для регистрации необходимо указать имя, институт, научного руководителя и т.д.).

необязательно. Девушка же не указала, что речь о файлах структур, а не program database

Да и гугл не отключали еще...

pymol - очень хорошая программа для рисования, но, на мой взгляд лучше и проще (особенно для не очень посвященных) программа DS visualizer. Можно скачать бесплатно зарегистрировавшись п о адресу
http://accelrys.com/products/discovery-stu...egistration.php

А какого рода работа имеется ввиду? Одна из самых используемых мной программ это текстовый редактор. Рекомендую.

PyMol - программа для рисования? Векторного или растрового? DS Visualizer - гадость.

Спасибо. Речь идет о работе с данными из Protein Date Bank

...is an open-source molecular visualization program... И - да, пимоль - программа для визуализации молекулярных структур и создания изображений и видеороликов. Если не умеете сохранять изображение из пимоля - то посмотрите пункт меню Save Image... или почитайте ман по команде png...

Анна, DCh прав, для определенных работ с pdb-файлами нужен только текстовый редактор...

"Имя! Назови имя, сестра!!!"
Уважаемая Анна, мы уже поняли, о каких файлах идёт речь. Вопрос о том, что именно Вам нужно с ними делать. С ПиДиБишками народ чего только не вытворяет! И 9/10 из этого удивительного разнообразия Вам наверняка совершенно не нужно. Ну так таскройте же наконец Вашу страшную тайну: что Вы с ними делать собираетесь?! Вот тот же Nik_AD так их делает, например. У него такой вот конечный продукт его научной жизнедеятельности. А кому-то этот файл только сырьё для работы. И в обоих случаях будут использоваться совершенно разные программы, наилучшим образом подходящие для решения определённых задач. Не существует СамойЛучшейУниверсальнойПрограммы v.7.019 для работы с PDB. И про текстовый редактор я сущюю правду написал, я иногда там промежуточные файлы редактирую. Иногда ненужный лиганд или иной кусок модели проще в текстовом редакторе удалить, чем возиться в каком-нибудь Coot или MiFit. Ну или отредактировать файло, когда какая-то программа не понимает каких-то обозначений. Или просто надо разрешение посмотреть для какой-то надобности.

Во, человека загрузили - берите VMD здесь http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ не ошибетесь ... если сможе момогите мне про него написать здесь http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ по людски, чтобы вопросов не возникало ...

Если за слишком сложный посмотрите здесь целый список http://ru.vlab.wikia.com/wiki/Молекулярное_моделирование

Давайте я вас загружу побольше "сестры" ... кто сможет мне обяснить что там в файле pdb - есть за колонка названная как "temperature factor" ? Что это - только доходчиво ? И еще есть непонятная мне колонка "occupancy" - это что такое ?

Далее, здесь при моделировании на NAMD есть т.н. "Температурные параметры сцепления" - что это такое ?
Там например можно указать их в pdb файле про это написано так:

"tCoupleFile PDB файл с tCouple параметрами

Значения: имя файла
Значение по умолчанию: координаты

Описание: файл PDB, чтобы использовать для температурного коэффициента сцепления для каждого атома. Если этот параметр не определен, то файл PDB, определенный координатами, используется."

Это что температура каждого атома - или нет ? Что будет обозначать это значение ?

все это описано здесь на английском http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.6/ug/node30.html ... но не более того, что я написал ...

Настоятельно рекомендую посмотреть описание к X-PLOR (и теорчасть, которая в его мануале есть) - именно он засунут для temp coupling в NAMD, а также посмотреть еще раз математический аппарат молдинамики на предмет всяческих термостатов и температуры системы...

В двух словах.
Температурный или В-фактор служит для описания неких статических колебаний атома возле его указанных координат. Чем больше В-фактор, тем менее "упорядочен" атом. НО! В-фактор зависит не только от его состояния в структуре, но и от различных погрешностей при съемке, уточнении и т.п. Поэтому, в последнее время, В-фактор потерял актуальность в первоначальном смысле слова и чаще стал обзываться ADP - atomic displacement parameter. По расшифровке понятен смысл, я надеюсь.
Более того, при высоком (выше 1.5А как правило), вводится анизотропный ADP, т.е. возмущения описываются не сферой, а эллипсоидом...
Occupancy - проще простого. Дословно - величина замещения. Поскольку в кристалле у вас идет усреднение структур по всем имеющимся ячейкам - а это от миллиона и выше штук молекул, то атом в данном усредненном положении может и не встречаться аообще, или иметь некую вероятность "встречаемости". Для атома белка, как правило вероятность его нахождения в данной точке равна 1. При разупорячивании петель это может быть и 0. В основном же критично для лигандов и ионов, которые могут присутуствовать, а могут и не связаться с белком.

А так, для просвещения очень рекомендую книгу J. Drenth Practical protein crystallography. На мой взгляд - это самая приятная и аккуратная книга для аспирантов по белковой кристаллографии. Но в интеренете ее не встречал.

Насчет программы DS - все зависит от целей. Я могу и Coot посоветовать А для мол биолога там много чего удобного есть для тупого анализа поверхности или раскрашивания на свой вкус. Опять таки все через меню и мышку делается.

Порекламирую тул нашей команды: http://ugene.unipro.ru - бесплатный и с русским интерфейсом

PDB открывает уже, MMDB будет через месяц.
Заодно можно попросить что-нибудь и добавить в него из того что будет нужно.