(Chlorum @ 27.11.2008 13:34)

Протестую. Алгоритмов несколько...
Мне известны четыре, но пользуюсь двумя - Clustal W и One Pair (blast nr)
Все зависит от целей исследователя.

Минимум действительно в мануалах к программам, наверное.
Если Вы конкретнее поставите вопрос, уверен, ответят квалифицированно.