Вопрос, наверное, совсем ламерский. Можно ли использовать одновременно антитела меченые PE-Cy5 (как альтернатива - PE-Cy7) и меченые APC?
У APC и PE-Cy5 спектры испускания практически одинаковы, хотя они идут на разные каналы проточника FACSCalibur. В мануале написано, что в одной панели их использовать модно, только вот как на практике будет? Не слишком ли сложно будет компенсацию настроить, чтоб они не перекрывались?
А с PE-Cy7 другая проблема. Судя по всем мануалам он для FACSCalibur подходит, но его максимум испускания лежит где-то в области 730 нм, а фильтр на третьем канале 660 нм (по-моему). Как такое может быть?

На Калибуре можно - ибо детекторы для зеленого и красного лазеров разнесены ( PE-Cy5/PE-Cy-7 будет на FL3, а АPC- на FL4, ЕМНИП). Правда, калибур- он полуаналоговый , с неполной матрицей компенсаций. А у PE-Cy7 хреновая эффективность FRET- переноса, следовательно - на FL2 будет вылезать (если маркер яркий)- а компенсации FL2-FL4 на Калибуре нет.
Фильтр на FL3 обычно лонгпасс стоит (проверьте)- так что, с PE-Cy7 траблов быть не должно.

P.S. Лучше юзать цитометр с полной матрицей компенсаций- Canto или CyAn хотя бы.

калибуры иногда без красного лазера попадаются
так что лучше узнать про свой калибур заранее .

Верно подмечено - но это те, что в 3-х цветной конфигурации шли, для IVD - под 3/4/8 киты для HIV мониторинга и прочее.

То что в Калибуре детекторы для красного и зеленого лазеров разнесены - это означает, что PE-Cy5 и APC будут независимо от перекрывания спектров эмиссии светиться на разных каналах?
Нашел еще антитела меченые PE-Cy5.5 - вроде они как раз должны заменить PerCP-меченые. Или я не прав?

Да, будут светиться на разных каналах, но о cross-beam компенсации- не забываем

P.S. PE-Cy5.5 или PE-Cy5? С Су5.5 PE-тандемов не встречал (обычно PerCP-Cy5.5 идет - для "голубого" октагона в BD-шных машинках стандартно).