Уважаемые коллеги!

Подскажите пожалуйста какую программу лучше всего использовать для расчета электростатического потенциала на поверхности (например vdw сфер) РНК-молекулы?
И какую для его визуализации, что бы визуально сравнить результаты расчета для нескольких молекул?

В наличии файлы pdb и винда. Поэтому программы для линукса лучше не предлагать.



Факультативная задача:
как можно сравнить молекулы РНК кроме формальной пространственной структуры и э. потенциала на поверхности?


Заранее спасибо за информацию!

Если нужно посчитать - то лучше взять GRASP2 Есть версия и под винды.
http://luna.bioc.columbia.edu/honiglab/sof...pl?input=GRASP2
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_pub...ex.php/Software
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_pub.../Manuals:GRASP2

Если надо только "посмотреть" на поверность, то можно использовать DS Visualizer
http://accelrys.com/products/discovery-stu...visualizer.html

Наверное есть и еще проги, но это самые, на мой взгляд, распространенные.

Сравнить... Ччо под этим термином можно понять...
Сиквенс - alignment
Вторичная структура - видно невооруженным взглядом но не вполне отражает трехмерную действительность.
Пространственная структура - вот истина в последней инстанции. Инструментов масса.
Потенциал - вещь производная, дериватив
В принципе, можно сравнивать "липучесть" с другим молекулам, по ученому выражаясь - сродство к какому-нибудь объекту (белку, малой молекуле и т.д.)