Полная версия страницы  English  

Проблема с выделением РНК

formamid, 30.06.2009 10:54
Здравствуйте. Недавно в лаборатории закупили наборы для выделения тотальной РНК из крови (Axygen, AxyPrep blood Total RNA Miniprep Kit). В качестве набора я не сомневался, всё-таки Axygen. Выделение набором производится на колонках (центрифугирование) с предварительным лизисом сначала эритроцитов, затем лейкоцитов. Согласно заявлениям производителя на колонке связывается до 100 мкг РНК (количество крови для выделения 200-400 мкл). Элюция РНК на завершающем этапе производится с пом-ю TE-буфера (60-100 мкл на 1 колонку). Однако концентрация выделяемой РНК составляет (у меня) от 10 до 15 мкг/мл!!! Мне ПОКАЗАЛОСЬ, что этого маловато. В разделе troubleshootings инструкции к набору рекомендуется, в случае малого выхода РНК, повторить элюцию подогретым элюентом, но это не помогло. Вопрос у меня очень простой - нормально ли такое кол-во РНК? Спасибо...

В прикрепленном файле инструкция к набору, если кто заинтересуется.


Файл/ы:

axyprep_blood_total_rna_miniprep.pdf
размер: 125.09
кол-во скачиваний: 5
30.06.2009 — 14.07.2009

formamid, 30.06.2009 10:58
Сорри... Забыл указать - зачем я собственно выделяю РНК. Все ради real-time ПЦР. Беспокоит поздний выход продуктов амплификации (в районе 35-36 циклов). Мишени - транскрипционные факторы.
Ъ, 30.06.2009 11:06
"Все-таки Аксиген!..."
Аксиген производит второсортный пластик, а уж киты для молбиологии - побочное производство с ворованными протоколами. umnik.gif
Если на порядок меньше заявленного - кричите караул. "Выделенную РНК" нанесите на аналитический форез - может быть у вас ДНК выделилась!
Если пользоваться Тризолом, но умеючи, выделится РНК без сюрпризов.
formamid, 30.06.2009 14:27
С тем, что Axygen производит второсортный пластик я категорически не согласен. Могу с уверенностью и, полагаясь на собственный опыт, сказать, что пластик они производят один из лучших в мире. А вот с наборами AxyPrep Blood KIt у них действительно проблемы, т.к. заявленного кол-ва РНК получить (мне) не удается. И что значит побочное производство с "ворованными протоколами"? Я не представитель фирмы, но если производство есть и даже если оно базируется на ранее известных опробированных методиках, то продукция такого производства тем более должна работать. Уточню свой вопрос. Есть ли у кого-либо опыт работы с наборами выделения РНК из крови (на колонках) и какой при этом выход РНК?
Тяни-толкай, 30.06.2009 14:52
Опыта выделения из крови у меня нет, давайте прикинем. Вы можете определить сколько лейкоцитов (штук) у вас в заданном объеме?
10-15 нг/мкл вполне можно получить, если исходного материала мало.
Я бы а) позвонила бы представителю аксигена, может они чего знают, может у них бетч плохой попался; б) выделила параллельно тризолом, ну или каким другим знакомым китом и сравнила бы качество и количество на выходе.

Не знаю как за весь пластик, но пробирки и типы у них вполне на уровне.
Ъ, 30.06.2009 15:32
Еще раз добавлю: киты аксигена - какашки, завернутые в красивую обертку. Про пластик тоже добавлю - не все то золото, что блестит. Имхо, зарекся не связываться! Ширпотреб для дураков, одним словом. mad.gif
Сравнивайте и убеждайтесь.
Guest, 30.06.2009 16:08
(Ъ @ 30.06.2009 15:32)
Ссылка на исходное сообщение  Еще раз добавлю: киты аксигена - какашки, завернутые в красивую обертку. Про пластик тоже добавлю - не все то золото, что блестит. Имхо, зарекся не связываться! Ширпотреб для дураков, одним словом. mad.gif
Сравнивайте и убеждайтесь.

с чем сравнивать предлагаете? confused.gif Я имею в виду пластик, из тех, что можно купить в России.
Guest, 30.06.2009 16:11
Уважаемый frh5mdI9nB8Yg меня теперь мало интересует ваше отношение к Axygen (или любым другим производителям), я все равно останусь при своём мнении. Утверждать о плохом качестве наборов можно, вероятнее всего, только поработав с ними, но ничего конкретного от Вас я не "услышал". Вот я, например, сравнивать могу с Bio-Rad Blood Kit, но он уже 2 года как не производится. Так вот с этим набором выход РНК был 160 мкг/мл (из 300 мкл крови) и очень чистый препарат. С модифицированным вариантом тризол я тоже работал (YellowSolve), но там выход максимум 45-60 мкг/мл. (из 300 мкл крови) и, при этом, до 30% составляет примесь генДНК! Учитывая размер примесей и потери после обработки ДНазой тризол малоэффективен. Плюсы разве только в стоимости.
formamid, 30.06.2009 16:13
Уважаемый frh5mdI9nB8Yg меня теперь мало интересует ваше отношение к Axygen (или любым другим производителям), я все равно останусь при своём мнении. Утверждать о плохом качестве наборов можно, вероятнее всего, только поработав с ними, но ничего конкретного от Вас я не "услышал". Вот я, например, сравнивать могу с Bio-Rad Blood Kit, но он уже 2 года как не производится. Так вот с этим набором выход РНК был 160 мкг/мл (из 300 мкл крови) и очень чистый препарат. С модифицированным вариантом тризол я тоже работал (YellowSolve), но там выход максимум 45-60 мкг/мл. (из 300 мкл крови) и, при этом, до 30% составляет примесь генДНК! Учитывая размер примесей и потери после обработки ДНазой тризол малоэффективен. Плюсы разве только в стоимости.
Guest, 30.06.2009 17:57
Попробуйте подсчитать количество лейкоцитов в вашей пробе.
guest: ммм , 30.06.2009 20:12
-Вот я, например, сравнивать могу с Bio-Rad Blood Kit, но он уже 2 года как не производится. Так вот с этим набором выход РНК был 160 мкг/мл (из 300 мкл крови) и очень чистый препарат.

Этот чи толи.
http://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr...re/4006179C.pdf

Там написано 5-7мкг.

-YellowSolve
Я знаю производителя у него плохо со стабильным воспроизведением реагента.
ship, 30.06.2009 20:48
можно конкретику чем же плох пластик от Ахуген и чей пластик хорош??? а то я тут недавно поставил нескока сотен ПЦРов в их пробирках и вот теперь даже не знаю доверять ли результатам....
guest: ммм , 30.06.2009 21:19
-" Ахуген" smile.gif Аху...ен

-Нескока сотен ПЦРов в их пробирках и вот теперь даже не знаю доверять ли результатам....

Поц-э-э-ровым не доверять всем и О-хуген и всем остальным! У них фамилиЁ не исконное. smile.gif
Тяни-толкай, 30.06.2009 21:49
То ship: я работала несколько лет с пробирками 1.5мл от аксиген и их типами. Выделяли РНК и всячески над ним измывались. Только в этих пробирках. ПЦР, правда, делали в АБ-геновских, по историческим причинам. И ничего, очень даже приличные результаты, чем не угодил аксиген товарищу ммм непонятно, по-моему он просто поговорить хочет, не пугайтесь smile.gif
distemper, 01.07.2009 08:40
Уважаемый Ъ! Нельзя ли подробнее про пластик от аксигена, так ли он плох. И какие альтернативные варианты. спасибо.
Vadim Sharov, 01.07.2009 09:02
Сказания про ужасный пластик от Axygen сильно преувеличены.
Господин Ъ основные претензии имеет к планшетам, а не к наконечникам и пробиркам.
По китам: уважаемый Ъ, предоставьте на пробу свой кит, пожалуйста, сравним с ахугеновским smile.gif

По теме вопроса: выделите вручную, проверьте количество РНК.
formamid, 01.07.2009 09:16
To ммм (frwHRv5zEzGDY): Действительно набор от Bio-Rad позволял получать около 7 мкг РНК. И я не ошибся, ведь я указал концентрацию (160 мкг/мл), а вы количество. Подсчитайте и получите 8 мкг, чуть больше, чем вами указано.
Надо было создать тему: "Пластик от Axygen - отзывы бывалых" lol.gif
guest: ммм , 01.07.2009 09:37
Собственно! Байрэдовский кит можно самому собрать почитав их MSDS. Если он вам так нравится.

Вообще, если вы пользуете кит задавать вопросы: "Почему у меня не получается" или "что я делаю не так". Имеет смысл только производителю. НЕ НАВИЖУ любые закрытые киты. Ибо если бы производитель сидел у меня в лабе, то мило, а так дистанционный разбор полетов превращается в пустую трату времени и денег.

А пластик... Вы народ, смайлики читать умеете? Кстати шутка была воообще про ПЦР, а не про пластик.
Ъ, 01.07.2009 12:44
Ну, теперь из БиоРада сделали фирму-специалиста по РНК. confused.gif Ну ваще mad.gif Если речь шла о глюкозе и мочевине, я бы промолчал. frown.gif
Коллеги, ну нельзя покупать что попало у кого попало.
Для выделения РНК, и не только выделения, рекомендую Амбион (входит в состав АБИ-Инвитрогена).
Ну, если хотите экономить, пропись Тризола я недавно давал на форуме (поиск на этой же странице справа вверху) - это самый оптимальный вариант.
Про побочную продукцию Аксигена повторяться не буду - я высказываю мнение пользователей. frown.gif
Про пластик и не по теме...Аксиген бессовестно врет и пользуется демпингом:
-max recovery пластик - то же самое, что и немах, но обильно смазанное гидрофобной бякой... mad.gif
-0,5 ПЦР пробирки настолько низкие, что... подходит наверное только под терцик.
- пишут под АБИ совместимость, но на самом деле или застревают или же явно не достают дна confused.gif ,
- плашки настолько жесткие, что невозможно из резать ножницами...
И так и далее... Да. пластик очень прозрачный. ну просто КРИСТАЛЛ! Но для меня важнее теплопроводность, а не то что как пробирки блестят.
Но есть и плюс, но единственный - пробирки 1,5 настолько туго закрываются, аж со скрипом, что кипятить в них можно без всяких последствий... lol.gif захочешь не откроешь. Рекомендую Литеху и ДНК технологии свои уникальные ДНК экспрессы в них раскапывать smile.gif Немножно отвлекся, пардон.
Пластик пока могу рекомендовать АБГен, хотя тоже до конца не испытал....
formamid, 01.07.2009 14:08
(Ъ @ 01.07.2009 13:44)
Ссылка на исходное сообщение  Ну, теперь из БиоРада сделали фирму-специалиста по РНК. confused.gif Ну ваще mad.gif Если речь шла о глюкозе и мочевине, я бы промолчал. frown.gif
Коллеги, ну нельзя покупать что попало у кого попало. 
Для выделения РНК, и не только выделения, рекомендую Амбион (входит в состав АБИ-Инвитрогена).
Пластик пока могу рекомендовать АБГен, хотя тоже до конца не испытал....


Все побежали за китами от инвитрогена и амбиона...ну-ну... lol.gif Скажу еще раз для особо внимательных wall.gif : у Bio-Rad были и сейчас есть очень хорошие киты для выделения НК и все тут. Никто специалистом Bio-Rad не провозглашал. Если нравится Инвитроген - бог в помощь, можно и Амбион. Можно Qiagen, наконец, рекомендовать - это еще "лучше" (20000 руб на 20 выделений). Пластик от Axygen - очень хороший. Пробирки просто отличные, причем самые разные с плотно притертыми крышками и менее плотно "сидящие". Плашки есть, как те, что режутся, так и монолитные. Вы, кажется рекомендовали АБГен, но пока не испытывали. Значит весь остальной существующий пластик - барохло, да и АБГен возможно тоже? lol.gif
Ъ, 01.07.2009 14:58
Я поделился опытом, а Вы оскорбляетесь - не хотите разобраться, как хотите confused.gif
Откровенно скажу, что никакие киты я не покупаю для текущей работы, а при необходимости я их делаю сам по своим протоколам (ну, может быть кроме Тризола...).
И посылаю подальше продавцов типа Аксигена и Кайгена...
Очень ценю мнение пользователей таких как Вы, а Вы, как пользователь с негативным опытом, не первый и далеко не последний на форуме сайта.
Про пластик... ну и что я долго выбираю поставщика? И делюсь мнением - да, на АБГене на данный момент мой выбор. Если удасться еще больше снизить цены для России, подскажу где покупать. wink.gif
С уважением, Ъ smile.gif
formamid, 02.07.2009 10:33
To Ъ: Возможно я перегнул палку, но это потому, что хотелось услышать больше конкретных ответов на поставленный вопрос. Мне показалось странно, что так мало людей работавших с китами по выделению РНК на колонках. В любом случае большое спасибо за советы smile.gif . Буду думать, что можно сделать confused.gif
guest: ммм , 02.07.2009 12:01
--Мне показалось странно, что так мало людей работавших с китами по выделению РНК на колонках.

А мне нет. мне оно показалось закономерным.
formamid, 09.07.2009 15:24
"На молбиол надейся, а сам не плошай". umnik.gif

Я просканировал сайты некоторых производителей китов по выделению РНК из небольших объемов крови человека (Qiagen, Ambion, Promega...), но без учета наборов в 96-луночном формате и для выделения на автоматических станциях. eek.gif Решил поделиться полученной информацией

Сначала о китах от Ambion. Производят набор RiboPure (есть еще множество наборов, но рассчитанные на большие обёмы крови). Получаемая концентрация РНК, этим набором RiboPure 2-4мкг из 500 мкл крови.

Теперь о промеговских. У промеги я не нашел наборов, специально разработанных для выделения РНК из крови. Но есть SV Total RNA Isolation System, кот-й якобы может использоваться для выделения из образцов цельной крови. На сайте promega.com дана ссылка на статью Kephart, D. and Shenoi, H. (1999) Can the SV RNA Isolation System be used to purify RNA from frozen, unprocessed whole blood? согласно которой из 200 мкл свежей крови выход РНК составил 2.26 мкг.

Наконец Qiagen. У них есть набор QIAamp® RNA Blood Mini. Набор рассчитан на выделения из 1 мл образца. Выход РНК 3 мкг. confused.gif

Важно, что протоколы от Promega, Qiagen, Ambion и Axygen очень похожи. Так, что следует говорить не о побочном производстве с ворованными протоколами, а об использовании единой технологии, но под разными марками. Каждый производитель лишь вносит некоторые изменения.

Теперь, что касается Axygen - я проделал серию выделению с подогретым элюентом (60 мкл) до Т 70С (ранее пробовал до 50С, что неправильно). В результате концентрация во всех образцах была около 50 мкг/мл, общий выход составил в каждом образце около 3 мкг. A260/280 1.8.

Вывод напрашивается сам собой - киты от Аксигена не уступают вышеперечисленным. А мои сомнения по поводу количества РНК оказались ошибочными. Одна ремарка, на сайте axygen.com указано, что на 1 колонке набора AxyPrep blood Total RNA Miniprep Kit связывается до 100 мкг РНК(!!!). Но это лишь теоретически, поскольку реально получить даже из 1 мл крови 100мкг РНК невозможно! Такая информация вводит в заблуждения.

Большой плюс, что киты от Аксиген не так дороги. cool.gif
Yuri K, 09.07.2009 16:05
(Ъ @ 01.07.2009 12:44)
Ссылка на исходное сообщение - плашки настолько жесткие, что невозможно из резать ножницами...

LOL. I used to cut but this was so long ago that I totally forgot that plates can be cut...luxury corrupts, I guess.
(Ъ @ 01.07.2009 12:44)
Ссылка на исходное сообщение
Но есть и плюс, но единственный - пробирки 1,5 настолько туго закрываются, аж со скрипом, что кипятить в них можно без всяких последствий... lol.gif захочешь не откроешь.

I used their 1.5s, no complains. In fact, I was so pissed with VWR tubes that kept popping when heated or when freezing larger volumes that I specifically ordered 1.5s from Bio-Rad and Axy cause their caps are tight.

As for the "stolen protocols" as far as I know the silica protocol is IP free, so it can't be stolen.
Ъ, 09.07.2009 17:11
(Yuri K @ 09.07.2009 16:05)
Ссылка на исходное сообщение  As for the "stolen protocols" as far as I know the silica protocol is IP free, so it can't be stolen.

Я же не говорю, что силика-протокол я придумал и Аксиген у меня спёр. confused.gif В том то и дело, что их. протоколов, туева хуча, а Аксиген "придумал" свой, самый не удачный, ИМХО.

confused.gif От ДНК избавляются осождением изопропанолом, а супер с РНК наносит спин-колонку. confused.gif Это же надо такое придумать. confused.gif
Да фиг с ним с протоколом, mad.gif лишь бы РНК выделялась и, самое главное, работала. umnik.gif
epsylonit, 10.07.2009 14:26
Вы не упомянули хороший кит для выделения РНК из крови от Zymo Research, коими торгует Русбиолинк. Я выделяю РНК и размороженной! (один раз, как правило) крови. Выделяла Invitek, Quiagen и ZR. Первые два очень похожи, выход из 1,5 мл около 200 нг, из свежей (2-3 часа в термосе, пока до лабы доеду) крови выделяется в 50 раз больше. ZR из 200 мкл крови даёт те же 200 нг. Пользовалась инвитрогеновским прибором для измерения концентрации НК Qubit.
Делайте выводы, господа.
Дедушкины методы, конечно, рулят, но время... 2 дня или 2 часа?
Ъ, 11.07.2009 23:47
(epsylonit @ 10.07.2009 14:26)
Ссылка на исходное сообщение  Вы не упомянули хороший кит для выделения РНК из крови от Zymo Research, коими торгует Русбиолинк. Я выделяю РНК и размороженной! (один раз, как правило) крови. Выделяла Invitek, Quiagen и ZR. Первые два очень похожи, выход из 1,5 мл около 200 нг, из свежей (2-3 часа в термосе, пока до лабы доеду) крови выделяется в 50 раз больше. ZR из 200 мкл крови даёт те же 200 нг. Пользовалась инвитрогеновским прибором для измерения концентрации НК Qubit.
Делайте выводы, господа.
Дедушкины методы, конечно, рулят, но время... 2 дня или 2 часа?

Если это успех систематический, скажем в пяти дублях подряд, господа могут делать выводы - о, это класс!
Я лично отношесь "к этому преимуществу" скептически - метод один и тот же, колоночки из одного источника. Но возможно ZR продвинулся с составои растворов. confused.gif Но две последовательные колонки no.gif в одном выделении confused.gif очень жирно.
Да фиг с ним с колоночками, пусть хоть пять, лишь бы она была на выходе и живая. smile.gif
epsylonit, 16.07.2009 11:20
Успех систематический, проверено. РНК живее всех живых: ко-шаперон ловится спокойно и без проблем (праймеры с зондом грамотные, с геномной ДНК ампликона не получится). У ZR кстати и концентрационные колонки в наборе есть, которые работают и с кДНК. Стоит это счастье 18000 рублей (без ндс) на 100 выделений.
Ъ, 16.07.2009 17:21
А с неграмотными праймерами и пробами?
Рассказывайте сказки в другом месте - на микроколоночках РНКу, свободную от ДНКа, еще никому не удавалось выделить. Без специальной обработки.
genseq, 16.07.2009 19:33
Похоже, Интернет восстановился.
vadimchik152a, 06.09.2022 21:19
Не следует, однако, забывать, что дальнейшее развитие различных форм деятельности обеспечивает широкому кругу (специалистов) участие в формировании идей по выходу из сложившейся ситуации. https://myanimelist.net/profile/bogdan33w6
vadimchik152a, 11.09.2022 21:27
Задача организации в особенности же новая модель организационной деятельности укрепляет нас, в нашем стремлении улучшения соответствующих моделей активизации. https://www.metal-archives.com/users/pasha15x7
Ufa1688, 19.09.2022 18:57
But there were darker สล็อตออนไลน์ sides to British rule in Singapore UFA1688 too. Experts point out the colonial ลิงค์รับทรัพย์ administration suppressed แฮนดิแคป the local identity and aff 1688 made English the official language. ufabet เข้า สู่ระบบ They also say modern Singapore’s ทางเข้าufa1688 infamous tough stance บอลสเต็บ towards hard drugs was ราคาบอล a result of colonial Britain’s lucrative ufa1688 opium trade.
vadimchik152a, 04.10.2022 23:34
Задача организации в особенности же начало повседневной работы по формированию позиции в значительной степени обусловливает создание соответствующих моделей активизации. https://www.borderlandrainbow.org/profile/kostja48k/profile
vadimchik152a, 05.10.2022 01:28
Таким образом сложившаяся ситуация ни коим образом не создает все необходимые предпосылки для утверждения новейших вариантов поиска решений. https://www.theedwardfoundation.co.uk/profi...rtem65f/profile
vadimchik152a, 20.02.2023 01:02
Хотя на самом деле уже очевидно, что движение в данном направлении позволяет выполнить важные задания по разработке системы массового участия. https://www.traditionalanimation.com/author/valik13u/
vadimchik152a, 26.02.2023 13:20
Повседневная практика показывает, что консультации с широким активом создает все необходимые предпосылки для утверждения направлений прогрессивного развития. https://www.outlived.co.uk/author/slava46c/
vadimchik152a, 08.03.2023 15:32
On the other hand further development of different forms of activity requires the analysis of corresponding models of activation from us. https://docs.google.com/document/d/1UbmqN0R...vJaFhZirEw/edit
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.