Моноклональными антителами? Магнитными бусами??

Методы есть разные. Всё зависит от того, что надо фракционировать и с какой степенью чистоты.
Клеточный сортер (селсортер)
Магнитные бусы
Клеточный электрофорез (древний метод)
Центрифугирование в градиенте всякого разного
Адгезия на пластике