Вот кусок хромосомы (длиной в 2 гена) в формате Genbank

... gene complement(12186..14801)
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/note="Nuclear Hormone Receptor family"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
mRNA complement(join(12186..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14686,14741..14801))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/transcript_id="NM_064725.3"
/db_xref="GI:193210024"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
mRNA complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/transcript_id="NM_181901.1"
/db_xref="GI:32564283"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
CDS complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14686,14741..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AU110482.2"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AU114413.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AV197155.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ755322.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ779487.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ796495.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CB405648.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_497126.1"
/db_xref="GI:17553874"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
CDS complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/inference="similar to RNA sequence, mRNA (same
species):INSD:CK584504.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:BI174764.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_871630.1"
/db_xref="GI:32564284"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
STS 13103..14054
/standard_name="H10E21.3"
/db_xref="UniSTS:312656"
STS 15681..17220
/standard_name="H10E21.1"
/db_xref="UniSTS:313206"
gene 16180..17279
/locus_tag="H10E21.1"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"
mRNA join(16180..16251,16521..16938,17148..17279)
/locus_tag="H10E21.1"
/transcript_id="NM_064726.3"
/db_xref="GI:71987598"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"
CDS join(16807..16938,17148..17279)
/locus_tag="H10E21.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:BI175370.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CV122816.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CV122817.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_497127.2"
/db_xref="GI:32564149"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"...

А что такое STS?
Чем отличается mRNA от CDS?
Тем, что CDS получены картированием реально транслируемых с хромосомы белков?
А mRNA получены именно в виде РНК?

Процитирую Bioinformatics for Dummies
"CDS (CoDing Segment) introduces a complex section that describes the gene’s open reading frame (ORF). The first line indicates the coordinates of the ORF from its initial ATG to the last nucleotide of the first stop codon TAA. Each of the following lines (indented at the same level) gives the name of a protein product, indicates the reading frame to use, the genetic code to apply, and a number of IDs for the protein sequence. /translation, the final keyword of the CDS section, introduces the conceptual amino-acid sequence of the coding segment. This sequence is a computer translation that uses the coordinates, reading frame, and genetic code indicated in the preceding lines."

а из GeneBank glossary:
"STS
A short DNA segment that occurs only once in the human genome, the exact location and order of bases of which are known. Because each is unique, STSs are helpful for chromosome placement of mapping and sequencing data from many different laboratories. STSs serve as landmarks on the physical map of the human genome."

Большое спасибо!
Ещё из GenBank glossary http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f...ook&part=A1237:

mRNA
messenger RNA. mRNA describes the section of a genomic DNA sequence that is transcribed, and can include the 5' untranslated region (5'UTR), CDS, and 3' untranslated region (3'UTR). Successful translation of the CDS section of an mRNA results in the synthesis of a protein

CDS
coding region, coding sequence. CDS refers to the portion of a genomic DNA sequence that is translated, from the start codon to the stop codon, inclusively, if complete. A partial CDS lacks part of the complete CDS (it may lack either or both the start and stop codons). Successful translation of a CDS results in the synthesis of a protein

contig
A contiguous segment of the genome made by joining overlapping clones or sequences. A clone contig consists of a group of cloned (copied) pieces of DNA representing overlapping regions of a particular chromosome. A sequence contig is an extended sequence created by merging primary sequences that overlap. A contig map shows the regions of a chromosome where contiguous DNA segments overlap. Contig maps provide the ability to study a complete and often large segment of the genome by examining a series of overlapping clones, which then provide an unbroken succession of information about that region.

Если на http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210 поставить Sequence Format: "GenBank"
и "Display" напрмимер последний из 6-и контигов, то на экране появится текст несколько отличный от того, который сохраняется в файле, если нажать "Save to Disk"?

Почему есть разница?
Отличием является только отсутствие в тексте, появляющемся при нажатии "Display", нуклеотидной последовательности?

Оба на!!!
Зашел в другую хромосому, а потом вернулся опять к 17-ой
и содержательная часть файла формата GenBank, открываемого нажатием "Display", имеет такой вид:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_010...&report=genbank

А при предыдущем заходе сюда же, имела нормальный вид (с CDS, STS и тому подобным)!!! http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_024...&report=genbank

Леш - а поподробней и без пальцев веером ? Ты по-русски ваащетто говорищь ?

вопрос - сколько контигов, по вашему, в хромосоме человека номер 17?

6, судя по http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210
А название контига идет очевидно в первой же строке (например для третьего контига "LOCUS NT_024862 596398 bp DNA linear CON")?

Что означает запись в конце генбанковского файла, например, последнего из 6 контигов - NT_010663.15:Почему используются слова "complement", если нету описания генов?
Можно ли из этого описпания взять информацию о началах и концах генов и о началах и концах интронов и экзонов? Если нет, ТО ОТКУДА ее БРАТЬ?

"source" в любом из 6 контигов начинается с позиции 1? В каждом контиге своя нумерация от начала этого контига?

Длины gap-ов, указанные в http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210, кончаются как минимум 4 нулями. Эти длины наверное очень приблизительно определены?

Интересная "птичка" из Тарту - Естония ? Вы случайно Андреаса Метспалу не знаете ?

напомионает вечную дружбу" финно-уггорсских и англо-сакссонсских языков" -
узнав про 16 естонсских финно-угорских падежов англо-сакс покончил жизнь самоповешением

Кстати, Птичка - первый раз сллышу што-то вразумительное из чухонской деревни
Вам что , делать нечего - жизнь гробить в Тарту ?

похоже "птичка" всетаки" ЦИТИРОВАЛА ТЕКСТ" - и "наезд" на "птичку" необоснован