Все форумы > Разве может быть Gap В контиге?

> Все форумы > Тематические форумы > Софт
[ Вход \| Регистрация ]	Помощь · Поиск · Участники · Календарь

Разве может быть Gap В контиге?

Alexy, 03.06.2010 19:33

Перед первым и между 2-мя контигами Y-хромосомы мыши ( см. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=98319150 ) есть гапы длиной соответственно 150 000 и 13 000 000 нуклеотидов

Но кроме того в Y-хромосоме мыши ВО втором контиге есть гап "gap 452062..502061" ( см. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_166...&report=genbank )

...    gap    452062..502061
   /estimated_length=50000
   STS    527380..527477
   /db_xref="UniSTS:224709"
   STS    539224..539362
   /standard_name="G42064"
   /db_xref="UniSTS:105081"
CONTIG join(AC163691.4:1..165543,AC149585.7:80048..172093,
complement(AC160971.4:1..62944),AC175459.3:35345..166872,
gap(50000),AC191597.1:1..55168)
//

Разве может быть гап В контиге , ведь контиг - это точно определенная непрерывная последовательность, в которой точно известно общее количество нуклеотидов, и для каждого номера от 1 до этого количества известен нуклеотид, стоящий на позиции под этим номером?

И ещё вопрос:
информация о ЧЁМ заключена в выделенном жирным абзаце в конце выше приведенной цитаты? Почему она не приведена в порядке возрастания номера нуклеотидных позиций, как выше нее приводится информация о генах, misc_RNA и STS?

Alexy, 19.11.2010 15:14

Может в контигах есть гапы просто потому, что секвенирующие организации по какой-то причине не желают открыто публиковать определенные части разных геномов (пока не поимели с них всю возможную выгоду)?

Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.