Подскажите, пожалуйста, как по-русски будет peptide pull-down assay, а то что-то не могу нагуглить.

Устоявшегося перевода не существует. Видите ли, наш Великий и Могучий, при всём своём богатстве, не может дать форы примитивной англосаксонской мове по части лапидарности.
Можно вменяемо перевести как "преципитация пептидом(ами)" или "тест на связывание с пептидом(ами)".