Полная версия страницы  English  

microarrays: как fold change абсолютных значений expression value может быть отрицательным?

marengo, 12.08.2010 11:10
здравствуйте! помогите разобраться, пожалуйста.

вот есть статья
http://www.plantphysiol.org/cgi/content/full/146/2/748

к ней есть Supplemental Data http://www.plantphysiol.org/cgi/content/fu....107.112060/DC1
например, вот среди них таблица http://www.plantphysiol.org/content/vol0/i...112060Supp1.xls

в ней есть величины экспрессии определённых генов, измеренные при различных обработках и приводится их fold change к контролю. но почему, если поделить величины экспрессии самостоятельно, то число на выходе получается отличное от приведенного авторами?? причем посчитанные вручную отношения эксперимент/контроль на протяжение всей таблицы очень близкие к авторским, но все равно отличаются.
кроме того у автора в таблице в графе fold change есть клетки с отрицательным значением. а это как так вообще?? меня терзают сомнения, что я всё это неправильно понимаю. наставьте на путь истинный, пожалуйста!

в других таблицах данных Supplemental Data ситуация такая же, не только с fold change, но и с логарифмами. авторское значение из приведенных ими величин экспрессии не высчитывается.
Guest, 12.08.2010 11:56
Try log transforming -- (after dividing all by control sample level)
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2012 Invision Power Services, Inc.