Прошу подсказать
модуль pdb2gmx создает файл porsr.itp

Как я понял он включает в себя описание тяжелых атомов
(то есть всех кроме атомов водорода)

В мануале есть глава на эту тему.
В принципе что написано понятно.
и формулы там приведены.

Но я не могу разобраяться откуда берутся
значения констант fx, fy, fz равные видимо всегда 1000
В файлах силовых полей я их не нашел
в отличии от других констант.

Например:

[ position_restraints ]
; atom type fx fy fz
1 1 1000 1000 1000
5 1 1000 1000 1000
7 1 1000 1000 1000


И хотелось еще узнать
насколько важен этот блок (файл porse.itp)
при описании топологии молекулы.

Рассказываю.

Этот файл нужен для того, чтобы пустить position restrained MD для размешивания воды в модели. То есть после того как добавили воду, ее надо "размешать", не трогая при этом белок. Не трогая - потому, что если какая-то молекула воды случайно встала слишком близко к белку, то белок может сильно "отскочить" и попортится структура. Соответственно, в этом файле написано, какие дополнительные ограничения накладываются на модель при молекулярной динамике. По формату это файл топологии. fx. fy и fz - это силы в направлении x, y и z соответственно, которые удерживают атом на месте. Естественно, в этом файле есть все атомы белка и нет атомов воды.

Большое спасибо

Но все равно есть 2 вопроса:


1) Откуда берутся величины fx=1000, fy=1000, fz=1000
то есть почему 1000, а не например 2000 ?


2) Аналогичное описание есть и для воды как растворителя
( 1 - кислород в модели воды SPC )
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif

А если использовать другой растворитель, например этанол,
там надо будет записать похожие строчки для атомов углерода и кислорода

А для них брать какие значения fx, fy, fz ?

1000 в данном случае это просто эквивалент "дохрена". Почему "дохрена", а не "дохрена*2"? Наверное, потому что просто "дохрена" хватает. Поэтому каких-то других значений для Position restraint брать не надо.

Я примерно так и предполагал - жесткое отталкивание.

Спасибо за помощь

жесткое притягивание! Притягивание к начальной позиции атома.