Здравствуйте

Просматривая материалы (Интернет) по МД моделированию
обратил внимание, на может быть неоднозначное отношение к набору параметров,
связанных с учетом электростатического взаимодействия по Эвальду
в разных материалах.

coulombtype = PME
rvdw = 1.4
rlist = 0.9
rcoulomb = 0.9
fourierspacing = 0.12
pme_order = 4
ewald_rtol = 1e-5

Практика показала, что включение этих параметров резко
увеличивает время расчета.

Вопрос: на сколько нужно (важно) использование этих параметров при МД
моделировании поведения органических молекул в полярном растворителе
(например в воде) ?

Например четвертичные соли аммония или амины в воде.
Парциальные заряды на атомах рассчитываю с использование GAMESS.

Если все нормально работает и система не разваливается, можно без Эвальда. Если разваливается - можно попробовать Эвальда включить, иногда помогает. Раньше, когда параметризация полей была хуже, суммирование Эвальда было более актуально, чем сейчас. Время расчета и должно увеличиваться, все правильно.

Понял, тогда еще один вопрос, если можно

Если я не буду использовать суммирование по Эвальду, то
будет ли GROMACS учитывать именно мои парциальные атомные
заряды, которые я считаю отдельно и загоняю
в файл топологии молекулы ?

А то возникли сомнения, что кулоновское взаимодействие
у меня не учитывается.

Разумеется будет учитывать, просто по-другому. Там смысл в том, что кулоновский потенциал на определенном расстоянии (нанометра полтора) зануляется. Посмотрите документацию к Gromacs, там про это есть.

СПАСИБО