Дорогие коллеги! Хотелось бы узнать каким софтом вы пользуетесь для анализа отсеквенированных проб. Я пользовался vector NTI contig express-ом, который здесь же и утянул, но он меня огорчает - не хочеть делать ассембли с картой плазмида и вообще эта 11-ая версия вся какая-то в ошибках. Поэтому хочу найти другой софт для анализа отсеквенированных последовательностей. Делаю это (секвенирую) не слишком часто, но все же иногда приходится

Заранее благодарен,
Илья

А в каком формате представлена карта плазмида?

*.gb (vector NTI DNA/RNA document) Вектор сделан в Vector NTI 11 и оттуда и импортирован

Хороший инструмент для DNA assembly - Bowtie, правда консольный.

Для него есть графический интерфейс - Unipro UGENE.

на фтп есть CLC Main Workbench

я в Вектор NTI использую contig, раблтает отлично для сиквенсов

Прошу прощения а кто может посоветовать аналогичную программу, которая работает под Windows 7?

И второй вопрос: есть ли в векторе 11 ограничение на длину складываемых контигов?

в меньшую сторону точно есть. меньше 20 не кладет.

Спасибо за ответ! ТОгда другой вопрос: как сделать чтобы вектор был не демо версии?

я тоже вклинюсь в разговор и спрошу: а есть софт, который "прямую" днк последовательность мтДНК "закруглит" в кольцо и сможет по полученному кольцу праймеры подбирать?