Может кто может вкратце объяснить человеку несведущему как расшифровать ORF, и что это такое?
Большое спасибо
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
ORF, что такое?
Lidija, 02.06.2003 17:34
legion, 02.06.2003 17:39
open reading frame
Павел, 03.06.2003 12:34
кратко ответ на второй вопрос:
часто, когда есть сиквенс ДНК и анализ последовательности указывает на потенциальное наличие гена, причем не регуляторного, а кодирующего, скажем, полипротеин, а сам ген неизвестен или примерно известен
, то в описании отмечают, что мол, есть в таком-то положении orf1 или 2. Если ген известен, то указывают название белка. orf не всегда кодирует один белок. Очень часто в вирусах orf кодирует длиииииннныый полипротеин-предшественник, который нарезается на кучку белочков поменьше. область, кодирующая именно эти белочки уже следует назвать - cds. в описании последовательностей (скажем в GeneBank) все это описывается подробно. например можете посмотреть на геном SARS: его номер - NC_004718.
или ссылка на него же - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...26&dopt=GenBank
это совсем вкратце...
часто, когда есть сиквенс ДНК и анализ последовательности указывает на потенциальное наличие гена, причем не регуляторного, а кодирующего, скажем, полипротеин, а сам ген неизвестен или примерно известен
, то в описании отмечают, что мол, есть в таком-то положении orf1 или 2. Если ген известен, то указывают название белка. orf не всегда кодирует один белок. Очень часто в вирусах orf кодирует длиииииннныый полипротеин-предшественник, который нарезается на кучку белочков поменьше. область, кодирующая именно эти белочки уже следует назвать - cds. в описании последовательностей (скажем в GeneBank) все это описывается подробно. например можете посмотреть на геном SARS: его номер - NC_004718.или ссылка на него же - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...26&dopt=GenBank
это совсем вкратце...
Midgardsormen, 03.06.2003 16:29
ORF=open reading frame, фрагмент ДНК или геномной РНК, фланкированный старт-кодоном на одном конце и стоп-кодоном на другом. Это строгое определение.
aleksm, 03.06.2003 17:08
...и еще по-русски: открытая рамка считывания.
При том не любой фрагмент, фланкированный старт- и стоп- кодонами, а фрагмент ДНК, фланкированный оными, находящимися в одной рамке считывания (пардон за тавтологию).
При том не любой фрагмент, фланкированный старт- и стоп- кодонами, а фрагмент ДНК, фланкированный оными, находящимися в одной рамке считывания (пардон за тавтологию).
Midgardsormen, 03.06.2003 18:08
aleksm - вот именно, что тавтология.
Lidija, 03.06.2003 18:20
так вот, человек несведующий понял так:
если есть последовательность нуклеотидов то начало отсчета может быть разнае, и соответственно разные белки получаються
а написано (в том что для понимания) так:
The gene encoding the protein showed one intron, and the ORF showed a sequence with low homology (≤ 25% identity or 65% similarity) to other known flavin-containing carbohydrate oxidases.
если есть последовательность нуклеотидов то начало отсчета может быть разнае, и соответственно разные белки получаються
а написано (в том что для понимания) так:
The gene encoding the protein showed one intron, and the ORF showed a sequence with low homology (≤ 25% identity or 65% similarity) to other known flavin-containing carbohydrate oxidases.
aleksm, 03.06.2003 18:24
Конечно тавтология, но человек не вникший еще что и зачем (я не имею в виду автора темы) может бог знает что себе представить - да хоть в разных нитях ДНК.
aleksm, 03.06.2003 18:46
To Lidija:
так действительно, в одном локусе ДНК в одной рамке считывания могут находиться разные ORF,(но вряд ли обе или все они экспрессируются). В то же время известно (например, у ряда фагов и вирусов) наличие экспрессируемых перекрывающихся генов, cds (ORF) которых находятся в разных рамках считывания. Могут перекрываться ORF в разных нитях.
Но текст то о другом - о гомологии исследуемого гена другим известным.
так действительно, в одном локусе ДНК в одной рамке считывания могут находиться разные ORF,(но вряд ли обе или все они экспрессируются). В то же время известно (например, у ряда фагов и вирусов) наличие экспрессируемых перекрывающихся генов, cds (ORF) которых находятся в разных рамках считывания. Могут перекрываться ORF в разных нитях.
Но текст то о другом - о гомологии исследуемого гена другим известным.
a11, 03.06.2003 19:26
to Lidija:
они имели в виду чрезвычайно простую вещь:
в последовательности ДНК, соответствующей гену данного белка, был найден один интрон (т.е. упрощенно говоря, участок, который ничего не кодирует), а анализ первичной структуры белка показал гомологию его с флавиновыми оксидазами.
они имели в виду чрезвычайно простую вещь:
в последовательности ДНК, соответствующей гену данного белка, был найден один интрон (т.е. упрощенно говоря, участок, который ничего не кодирует), а анализ первичной структуры белка показал гомологию его с флавиновыми оксидазами.
ship, 03.06.2003 20:15
то Мидгарсормен: А что такое геномная РНА? Ранше как-то не встречал такого такого понятия...
[Текст переведён с транслита]
[Текст переведён с транслита]
[Текст переведён с транслита]
[Текст переведён с транслита]
olkol, 03.06.2003 20:31
Извиняюсь за, возможно, глупый вопрос - а как ищут интроны? Чем их последовательность отличается?
Midgardsormen, 04.06.2003 00:27
ship - у некоторых вирусов геном РНКовый, поэтому и сделал оговорку - ORFы бывают не тока в ДНК.
olkol - компьютерно интроны ищутся по сигналам сплайсинга, а в натуре посредством сравнения сиквенсов геномной и кДНКов.
olkol - компьютерно интроны ищутся по сигналам сплайсинга, а в натуре посредством сравнения сиквенсов геномной и кДНКов.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.