Здравствуйте. Не подскажите, каким образом можно в расчет в Gromacs включить 1-3 Ван-дер-Ваальсовские взаимодействия, например, между парами О...N.
В мануале есть информация про блок [ pairtypes ] в ffnonbonded.itp, который есть в полях Gromos, однако мне нужен amber03. Написано также, что стоит поменять параметр gen-pairs на "yes" в директиве [ defaults ] в forcefield.itp. Если прописывать вручную в amber эти параметры, то можно ли их просто скопировать из gromos?
Может быть я не там ищу? Подскажите, пожалуйста.