Здравствуйте! Хотелось бы узнать, будет ли работать SybrGreen 1 Master Mix от Синтола на StepOnePLus oт АВ? И еще вопрос... Какой пластик, кроме родного, подходит для StepOnePLus? Буду благодарна за любую информацию.

Для плюса помоему подходит только родной пластик. Реагентика должна работать любая. А как давно вы работаете на степе плюс?

И пластик и реактивы подходят и не родные (АБИ-совместимый пластик, называется)...
Реактивами никогда не пользовался и нет даже в планах, а пластиком - уже забыл когда в последний раз.

Реактивы работают любые. Пластик - низкопрофильный прозрачный.

Я новичок в реал тайме и прибор вот-вот запустили, поэтому возникают вопросы. Спасибо большое всем, кто ответил! :-)

могут ли подойти следующие позиции?

SSI-3425, 0,2 мл, пробирки тонкостенные в планшетах для ПЦР, 96-луночные, c «полу-юбкой», ABI-совместимые, срезанный угол А-12, 10 шт. в упаковке. SSI,

SSI-3225 Микропробирки с плоской крышкой для использования в ПЦР и ПЦР в реальном времени. Объем - 0,2 мл.Плоская оптически-прозрачная крышка. Материал – полипропилен, cертифицированы на отсутствие ДНКаз, РНКаз и пирогенов. 1000 шт в упаковке.

для моих задач больше подходят микропробирки, а не планшеты....

Если Вас интересует совместимость исключительно с пластиком SSI, то сам производитель рекомендует
SSI-3426 Пробирки тонкостенные в планшетах для ПЦР 0,2 мл, 96-луночные, с полуюбкой, ABI-совместимые, низкопрофильные, 10 штук в упаковке.
Но главное - низкопрофильность. Если предлагаемые Вами низкопрофильные, можете попробовать с ними поставить. Единственное срезанный угол А12 - не очень хорошо, так как в Степане срезан угол А1.

у степана плус 0.1 мл пробирки , а не 0.2 мл попробуйте ножницами порезать низкопрофильные стрипы на пробирки и посмотрите высоту , чтоб за трей торчали
у степана пробирки нужно сначала воткнуть в "черный трей"

Здравствуйте! Поставила Real-time PCR на StepOnePlus. Подскажите, пожалуйста, что означает "noise spikes" в QC Summary?

будет зависить скока РОКСА в Синтоловском СЫБРЫ

http://www.bioplastics.com/catalog/ts_Quic...ector_qpcr.aspx

Очень-очень нужна помощь! Вопрос тем, кто работает на StepOne или StepOnePlus! Подскажите, пожалуйста, после верификации инструмента (RNaseP плашка) нужно ли калибровки проводить по пластику и красителям? или прибор уже готов для работы?

P.s. Провели RNaseP плашкой верификацию прибора, затем начали ставить ПЦР в РВ, получились какие-то непонятные кривые,без логарифмической фазы и без плато. Прибор не определил Ст и не смог провести анализ результатов.(((

а какую гадость "домашнего производства" вы заливаете в американский прибор ?

"РНКазная" плашка у него тоже американская-родная

не нужно - он вам потом сам скажет когда "РНКазную" плашку нужно заказывать , но год - спите спокойно

SybrGreen 1 Master Mix от Синтола. Оказалось, он с FAM, а не с ROX.
При изменении референсного красителя с ROX на FAM все осталось так же:непонятные кривые,без логарифмической фазы и без плато. Прибор не определил Ст и не смог провести анализ результатов. Плюс выдал ошибку- X axis position failed. Connect with technical support and restart your instrument((( кто-нибудь сталкивался с такой ошибкой?

P.S. заказала SybrGreen 1 Master Mix от Синтола с ROX, в качестве референсного красителя, специально для приборов ABI

если у вас праймеры кривые - мастермикс может и не помоч - почитайте Праймер Експресс в СтепУване
закажите сначала Фаст СИБР мастермикс от АБИ , а уж потом всякие "левые мастермиксы"

Спасибо за советы! Праймеры для PGK проверены многократно на IQ5 Bio-Rad. Подожду миксы)

может почитать сначала юзер мануал для СтепУван ?

там-же по-русски написано : "интегрированная быстрая реал-тайм ПЦР система , включающая прибор, пластик, реагенты и софт ПраймерЕкспресс 3.0"

у АБИ и Биорада разные понимания ТМ праймеров

Уже читала. Но есть же режим стандартной программы пцр.
Да, ПраймерЭкспресс 3.0 программа есть, но почему-то она не выдает вторичные структуры и локализацию праймеров-что тоже является вопросом....(
А вы на каких реагентах работаете?
"у АБИ и Биорада разные понимания ТМ праймеров"-что вы имеете ввиду?

http://www3.bio-rad.com/B2B/BioRad/product...vel=Lit+Request

для Степана "нормализатор" РОКС в общем не нужен - на иконке кликните
1. ЕваГрин лучше СИБРА - добавляете в любой "хот-старт" микс
2. ампликоны - 70-80 бп
3 праймеры - ТМ - 60 градусов, концентрация 0.3 микромол
4. протокол "универсал"- 95 градусов -15 секунд , отжиг-протяжка - 60 секунд 40 раз -
кривая плавления ( не жмите кнопку "быстрый СИБР" )

"для Степана "нормализатор" РОКС в общем не нужен - на иконке кликните"- какая иконка, подскажите, пожалуйста.
я видела, что можно использовать и другие красители: FAM, TAMRA и т.д. но когда поставила FAM, то результат не изменился и он еще выдал ошибку.
Условия при которых я ставила:
ампликон 180bp
праймеры - ТМ - 60 градусов, концентрация 0.2 микромол
протокол - 95 градусов -20 секунд , отжиг-60-20 секунд, протяжка -72-20секунд. 40 циклов, кривая плавления. режим 2 часа
на синтоловском мастер миксе с сибром

иконка : Select the dye to use as passive reference - "None"

1. ампликон слишком длинный
2. 3 - температуры - 95-60-72 - это путь в никуда

переделайте праймеры ПраймерЕкспресс ТакМан софтом (70-80 бп) , закажите 2-3 пары ,
и погоняйте с СИБРом - одна пара будет работать

Будет она тебе ампликоны укорачивать (праймеры переделывать).

"Ну что этих будем мыть или новых нарожаем!" ©

кажется биолинк торгует ЕвойГрин ?

я гоняю Степана с обычными хот-старт мастермиксами с добавлением ЕвыГрин без РОКСа

дешевле и лучше СИБРа

http://www.rusbiolink.com/biotium.htm

По большому счету, праймеры можно переподобрать-не проблема.
В большинстве инструкции к подбору праймеров говорится о длине ампликона 70-200 bp. Для степана получается подходит только 70-80?
Почему 3 - температуры - 95-60-72 - это путь в никуда? Разве полимераза при 60 работает нормально?
А чем СИБР плох?

P.s. извините за, возможно, глупые вопросы, я работала только на IQ5 с сибром, там протокол был уже оптимизирован. Поэтому на новом приборе первоначально установила все так же как было на IQ5 и ставила с сибром, так как есть запас этих реагентов. Благодарю за помощь

прочитайте " Primer Express for Real-Time PCR v3.0"

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../pdf/gni181.pdf

спасибо за статью) попробую, как вы посоветовали.
-ампликон-70-80 (где-то у меня есть такие праймеры)
-95-15 сек-60-1мин-40циклов
-установлю none в поле референсного красителя

вообще-то в Степане плюс - этот протокол циклирования записан , как "Стандартный СИБР"
есть еще "Быстрый СИБР" - но лучше с ним не связыватся

засунте локус на какой у вас были сделаны старые праймеры в "Пример Експресс ТакМан Квантификейшн" не изменяя никакие параметры (дефалт сеттингс) и
посмотрите найдет ли Степан Плюс ваши праймеры ?

а почему обязательно прозрачный??
то только для убогих роторджинов важна прозрачность,а для нормальных приборов давным давно белый или молочный пластик пользуют.
если конечно хотят получить качественный результат.

Подскажите, а для CFX96 Bio-rad подходит белый или молочный пластик

gj

Подходит, и даже предпочтителен

Спасибо за советы! Все работает! И с ROX и без него.
Для себя отметила, что надо тщательнее оптимизировать количество и качество праймеров